Skip to main content

Table 1 Empirical FDR from N = 1000 simulations with B = 1000 permutations for each simulation data set

From: Sample size calculation for microarray experiments with blocked one-way design

   

n

m 1

q*

10

30

50

40

(1, 0, -1)

0.05

0.1766

0.0921

0.0925

  

0.1

0.1819

0.1647

0.1705

  

0.2

0.2736

0.2462

0.2506

  

0.3

0.3636

0.3478

0.3512

  

0.4

0.4546

0.4449

0.4431

  

0.5

0.5435

0.5389

0.5399

 

(1, -2, 1)

0.05

0.0936

0.0899

0.0915

  

0.1

0.1619

0.1663

0.1665

  

0.2

0.2402

0.2498

0.2421

  

0.3

0.3373

0.3469

0.3461

  

0.4

0.4347

0.4481

0.4421

  

0.5

0.5318

0.5446

0.5340

200

(1, 0, -1)

0.05

0.0653

0.0573

0.0603

  

0.1

0.1120

0.1093

0.1130

  

0.2

0.2076

0.2105

0.2146

  

0.3

0.3079

0.3086

0.3176

  

0.4

0.4070

0.4056

0.4171

  

0.5

0.5051

0.5013

0.5162

 

(1, -2, 1)

0.05

0.0567

0.0554

0.0591

  

0.1

0.1108

0.1079

0.1111

  

0.2

0.2142

0.2061

0.2116

  

0.3

0.3120

0.3052

0.3113

  

0.4

0.4124

0.4049

0.4148

  

0.5

0.5141

0.5010

0.5162