Table 2 Selecting rows with END = 32 (*) ensures non-redundant observations with regard to hexamers and HMM_SCORE.
SEQ32_ID | PRO-MOTER | START | END | HMM_ SCORE | SEQ32:bold italics locates optimal HMM instance |
|---|---|---|---|---|---|
CT046_117 | 0 | 4 | * 32 | -5.9 | TAATTGTGT GTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGT |
CT046_116 | 0 | 3 | 31 | -5.9 | AATTGTGT GTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGT T |
CT046_115 | 0 | 2 | 30 | -5.9 | ATTGTGT GTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGT TA |
CT046_114 | 0 | 1 | 29 | -5.9 | TTGTGT GTGGTTAGTTTTTAATAAAAAGT TAA |
CT046_113 | 0 | 2 | 29 | -13.7 | TGTGTGT GGTTAGTTTTTAATAAAAAGTT AAA |
CT046_112 | 0 | 1 | * 32 | -11.4 | GTGTGT GGTTAGTTTTTAATAAAAAGTTAAAA |
CT046_111 | 1 | 5 | * 32 | -2.1 | TGTGTGGTTA GTTTTTAATAAAAAGTTAAAAA |
CT046_110 | 1 | 4 | 31 | -2.1 | GTGTGGTTA GTTTTTAATAAAAAGTTAAAAA C |
CT046_109 | 1 | 3 | 30 | -2.1 | TGTGGTTA GTTTTTAATAAAAAGTTAAAAA CT |
CT046_108 | 1 | 2 | 29 | -2.1 | GTGGTTA GTTTTTAATAAAAAGTTAAAAA CTA |
CT046_107 | 1 | 1 | 28 | -2.1 | TGGTTA GTTTTTAATAAAAAGTTAAAAA CTAA |
CT046_106 | 0 | 3 | 31 | -11.9 | GGTTAGTT TTTAATAAAAAGTTAAAAA CTAAC |
CT046_105 | 0 | 2 | 30 | -11.9 | GTTAGTT TTTAATAAAAAGTTAAAAA CTAACC |
CT046_104 | 0 | 1 | * 32 | -7.6 | TTAGTT TTTAATAAAAAGTTAAAAACTAACCA |
CT046_103 | 0 | 4 | * 32 | -7.8 | TAGTTTTTA ATAAAAAGTTAAAAACTAACCAT |
CT046_102 | 0 | 3 | 31 | -7.8 | AGTTTTTA ATAAAAAGTTAAAAACTAACCAT T |
CT046_101 | 0 | 2 | 30 | -7.8 | GTTTTTA ATAAAAAGTTAAAAACTAACCAT TT |