Comparative study of gene set enrichment methods

BMC Bioinformatics

Table 5 Results for the Hypoxia gene sets in the Hypoxia/normal data set.

		RS		GLAPA			GSEA
Pathway	Size	Rank	P-value	Rank	P-value1	P-value2	Rank	P-value
MENSE_HYPOXIA_UP	342	1	0.000	19	0.074	0.000	2	0.000
HYPOXIA_FIBRO_UP	51	3	0.000	18	0.081	0.004	9	0.000
MENSE_HYPOXIA_DN	14	31	0.000	1	0.054	0.000	4	0.000
MANALO_HYPOXIA_UP	305	11	0.001	30	0.083	0.000	7	0.004
MENSE_HYPOXIA TRANSPORTER_GENES	196	7	0.003	42	0.083	0.000	11	0.002
MENSE_HYPOXIA APOPTOSIS_GENES	38	10	0.000	31	0.086	0.000	26	0.014
HYPOXIA_NORMAL_UP	587	4	0.000	64	0.086	0.000	6	0.000
HIF1_TARGETS	98	8	0.004	66	0.088	0.006	37	0.013
HYPOXIA_REVIEW	220	5	0.002	116	0.111	0.005	8	0.000
VEGFPATHWAY	85	38	0.001	135	0.093	0.016	59	0.011
HYPOXIA_REG_UP	105	2	0.002	241	0.128	0.037	29	0.010
MANALO_HYPOXIA_DN	211	133	0.178	253	0.125	0.032	126	0.094
HIFPATHWAY	42	49	0.018	611	0.196	0.142	31	0.008
P53HYPOXIAPATHWAY	57	285	0.070	249	0.120	0.053	238	0.126
VHL_NORMAL_UP	1251	26	0.083	328	0.134	0.008	522	0.081
RCC_NL_UP	1529	15	0.033	239	0.116	0.001	727	0.222
VHL_RCC_UP	288	374	0.188	130	0.118	0.003	539	0.229
HYPOXIA_RCC_NOVHL_UP	159	528	0.201	177	0.111	0.014	560	0.260
HYPOXIA_RCC_UP	330	716	0.304	415	0.136	0.092	561	0.177

ISSN: 1471-2105