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Table 1 Cross-correlations of pathway genes with canonical variates of the remaining genes.

From: Sparse canonical correlation analysis for identifying, connecting and completing gene-expression networks

  C1 C2 C3 C4 C5 C6 C7 C8 C9
AKT1 -0.15 -0.06 0.30 0.72 0.21 0.06 -0.12 0.00 0.16
AKT2 -0.03 -0.18 0.08 0.46 0.25 -0.24 -0.05 -0.24 0.17
ARAF -0.53 0.28 0.23 -0.01 0.12 -0.07 0.32 -0.14 0.05
CCND1 -0.16 -0.28 0.14 -0.15 0.20 0.05 -0.05 -0.36 -0.18
BRAF 0.10 0.15 0.14 0.02 0.01 -0.22 -0.13 0.17 -0.25
CAMK2A 0.89 0.00 0.08 -0.09 -0.02 0.02 0.04 0.03 0.07
CAMK2D -0.16 0.23 0.26 -0.01 0.39 0.05 -0.08 -0.04 0.26
CAMK2G 0.44 -0.16 -0.27 0.12 -0.18 0.05 -0.20 0.12 -0.12
CDK6 -0.28 -0.09 0.31 0.06 0.51 0.12 -0.18 -0.19 0.14
CDKN1A -0.10 0.63 0.04 0.03 0.52 0.13 0.13 0.09 -0.10
CDKN2A -0.21 0.74 0.29 -0.22 0.11 0.04 -0.03 0.02 -0.10
E2F1 -0.11 -0.24 0.87 0.01 -0.11 0.01 -0.03 -0.01 -0.02
E2F3 -0.21 -0.16 0.61 0.22 -0.18 -0.02 0.23 0.04 -0.12
EGF -0.16 0.38 -0.31 -0.16 0.06 -0.04 0.06 0.07 -0.13
EGFR -0.17 -0.38 0.06 0.04 0.11 -0.16 0.02 0.43 0.32
PTK2B -0.06 0.15 -0.09 0.71 0.03 0.08 0.11 0.18 -0.01
FRAP1 0.33 -0.13 0.05 0.07 -0.28 0.05 0.10 0.51 -0.14
GRB2 0.01 0.10 -0.02 0.30 0.17 -0.12 0.04 -0.14 0.63
HRAS 0.28 0.22 0.03 -0.40 0.26 -0.25 -0.06 0.28 0.04
IGF1 -0.01 0.73 -0.17 -0.14 -0.05 0.11 -0.07 0.30 0.14
IGF1R -0.16 -0.39 -0.13 -0.01 0.12 0.74 -0.04 -0.18 -0.05
KRAS2 0.09 0.08 0.09 -0.02 -0.01 -0.41 0.11 0.13 -0.07
MDM2 -0.18 0.24 0.10 -0.04 0.11 0.01 0.61 -0.01 -0.12
PDGFA -0.05 0.49 0.20 -0.23 0.61 0.10 0.04 -0.08 0.19
PDGFB 0.24 0.24 0.13 -0.01 0.19 0.05 -0.11 -0.02 0.02
PDGFRA -0.01 -0.36 0.26 0.04 -0.05 -0.05 0.12 -0.25 -0.24
PDGFRB -0.03 0.35 0.15 0.39 0.27 0.11 -0.12 0.21 0.13
PIK3CA -0.19 -0.23 -0.09 0.14 0.33 -0.39 0.06 0.05 -0.21
PIK3CB 0.25 -0.01 -0.12 0.29 -0.10 0.07 0.05 0.08 0.20
PIK3CG 0.00 0.24 0.08 -0.10 0.17 0.16 0.00 0.12 0.15
PIK3R1 0.46 -0.26 -0.25 -0.02 -0.29 -0.02 -0.03 0.24 0.07
PLCG1 -0.18 -0.33 0.40 -0.06 0.15 0.19 -0.32 0.35 -0.06
PLRG1 0.00 -0.30 -0.17 0.07 0.15 -0.31 0.15 0.02 -0.12
PRKCA 0.23 -0.29 -0.25 0.61 0.17 -0.07 0.02 -0.18 -0.21
PRKCB1 0.91 0.19 -0.15 0.09 0.08 0.10 0.00 -0.04 0.07
PRKCD 0.20 0.80 -0.13 -0.07 -0.07 0.00 0.02 0.09 -0.09
PRKCG 0.83 0.26 -0.10 0.01 -0.05 0.00 -0.01 0.01 -0.02
PRKCI 0.31 0.11 0.31 0.07 -0.05 -0.11 0.02 0.36 -0.24
MAPK1 -0.02 -0.21 -0.24 0.23 -0.13 -0.13 -0.18 -0.06 0.16
MAP2K1 0.36 0.05 -0.05 -0.40 -0.09 -0.02 0.18 -0.29 -0.11
MAP2K2 -0.21 0.20 0.14 0.04 0.27 0.25 0.03 0.25 0.33
PTEN 0.13 -0.01 -0.48 0.00 0.13 0.14 -0.09 -0.25 -0.12
RAF1 -0.31 -0.29 -0.06 0.06 -0.39 -0.12 -0.12 -0.17 0.10
RB1 -0.47 0.36 0.18 -0.01 0.27 -0.05 0.06 -0.03 0.01
SHC1 -0.29 0.58 0.20 0.11 0.38 0.12 -0.11 -0.03 -0.02
SOS1 0.16 -0.20 -0.14 0.18 0.02 -0.11 0.12 -0.13 -0.05
SOS2 -0.37 -0.20 -0.26 0.02 0.04 0.03 -0.04 -0.21 -0.07
TGFA 0.22 0.13 -0.23 0.05 0.44 -0.23 0.31 -0.31 0.13
TP53 -0.40 0.20 0.35 0.02 0.23 -0.06 -0.16 -0.10 0.02
SLC4A4 0.30 -0.34 -0.37 0.11 0.12 -0.11 -0.16 0.60 0.00
AKT3 0.40 -0.37 -0.30 0.21 -0.13 0.04 -0.12 0.00 0.10
RASSF1 -0.32 0.53 0.17 -0.36 0.11 -0.07 0.04 0.12 -0.24
SHC2 0.04 -0.49 -0.06 -0.10 0.08 -0.02 -0.08 -0.22 -0.19
SHC3 0.38 0.14 0.04 0.04 0.28 0.07 0.14 0.15 0.00
RaLP 0.08 0.12 -0.24 -0.03 0.42 0.30 0.10 0.08 -0.08