TY - JOUR AU - Schena, M. AU - Shalon, D. AU - Davis, R. W. AU - Brown, P. O. PY - 1995 DA - 1995// TI - Quantitative monitoring of gene expression patterns with a complementary DNA microarray JO - Science VL - 270 UR - https://doi.org/10.1126/science.270.5235.467 DO - 10.1126/science.270.5235.467 ID - Schena1995 ER - TY - JOUR AU - Lockhart, D. J. AU - Dong, H. AU - Byrne, M. C. AU - Follettie, M. T. AU - Gallo, M. V. AU - Chee, M. S. AU - Mittmann, M. AU - Wang, C. AU - Kobayashi, M. AU - Horton, H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Expression monitoring by hybridization to high-density oligonucleotide arrays JO - Nat Biotechnol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1296-1675 DO - 10.1038/nbt1296-1675 ID - Lockhart1996 ER - TY - JOUR AU - Wodicka, L. AU - Dong, H. AU - Mittmann, M. AU - Ho, M. H. AU - Lockhart, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Genome-wide expression monitoring in Saccharomyces cerevisiae JO - Nat Biotechnol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1297-1359 DO - 10.1038/nbt1297-1359 ID - Wodicka1997 ER - TY - JOUR AU - White, K. P. AU - Rifkin, S. A. AU - Hurban, P. AU - Hogness, D. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Microarray analysis of Drosophila development during metamorphosis JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5447.2179 DO - 10.1126/science.286.5447.2179 ID - White1999 ER - TY - JOUR AU - Hill, A. A. AU - Hunter, C. P. AU - Tsung, B. T. AU - Tucker-Kellogg, G. AU - Brown, E. L. PY - 2000 DA - 2000// TI - Genomic analysis of gene expression in C. elegans JO - Science VL - 290 UR - https://doi.org/10.1126/science.290.5492.809 DO - 10.1126/science.290.5492.809 ID - Hill2000 ER - TY - JOUR AU - Schena, M. AU - Shalon, D. AU - Heller, R. AU - Chai, A. AU - Brown, P. O. AU - Davis, R. W. PY - 1996 DA - 1996// TI - Parallel human genome analysis: microarray-based expression monitoring of 1000 genes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 93 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.93.20.10614 DO - 10.1073/pnas.93.20.10614 ID - Schena1996 ER - TY - JOUR AU - Bar-Or, C. AU - Czosnek, H. AU - Koltai, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cross-species microarray hybridizations: a developing tool for studying species diversity JO - Trends Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2007.02.003 DO - 10.1016/j.tig.2007.02.003 ID - Bar-Or2007 ER - TY - JOUR AU - Karaman, M. W. AU - Houck, M. L. AU - Chemnick, L. G. AU - Nagpal, S. AU - Chawannakul, D. AU - Sudano, D. AU - Pike, B. L. AU - Ho, V. V. AU - Ryder, O. A. AU - Hacia, J. G. PY - 2003 DA - 2003// TI - Comparative analysis of gene-expression patterns in human and african great ape cultured fibroblasts JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1289803 DO - 10.1101/gr.1289803 ID - Karaman2003 ER - TY - JOUR AU - Enard, W. AU - Khaitovich, P. AU - Klose, J. AU - Zollner, S. AU - Heissig, F. AU - Giavalisco, P. AU - Nieselt-Struwe, K. AU - Muchmore, E. AU - Varki, A. AU - Ravid, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Intra- and interspecific variation in primate gene expression patterns JO - Science VL - 296 UR - https://doi.org/10.1126/science.1068996 DO - 10.1126/science.1068996 ID - Enard2002 ER - TY - JOUR AU - Caceres, M. AU - Lachuer, J. AU - Zapala, M. A. AU - Redmond, J. C. AU - Kudo, L. AU - Geschwind, D. H. AU - Lockhart, D. J. AU - Preuss, T. M. AU - Barlow, C. PY - 2003 DA - 2003// TI - Elevated gene expression levels distinguish human from non-human primate brains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.2135499100 DO - 10.1073/pnas.2135499100 ID - Caceres2003 ER - TY - JOUR AU - Uddin, M. AU - Wildman, D. E. AU - Liu, G. AU - Xu, W. AU - Johnson, R. M. AU - Hof, P. R. AU - Kapatos, G. AU - Grossman, L. I. AU - Goodman, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Sister grouping of chimpanzees and humans as revealed by genome-wide phylogenetic analysis of brain gene expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0308725100 DO - 10.1073/pnas.0308725100 ID - Uddin2004 ER - TY - JOUR AU - Khaitovich, P. AU - Muetzel, B. AU - She, X. AU - Lachmann, M. AU - Hellmann, I. AU - Dietzsch, J. AU - Steigele, S. AU - Do, H. H. AU - Weiss, G. AU - Enard, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Regional patterns of gene expression in human and chimpanzee brains JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.2538704 DO - 10.1101/gr.2538704 ID - Khaitovich2004 ER - TY - JOUR AU - Khaitovich, P. AU - Hellmann, I. AU - Enard, W. AU - Nowick, K. AU - Leinweber, M. AU - Franz, H. AU - Weiss, G. AU - Lachmann, M. AU - Paabo, S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Parallel patterns of evolution in the genomes and transcriptomes of humans and chimpanzees JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1108296 DO - 10.1126/science.1108296 ID - Khaitovich2005 ER - TY - JOUR AU - Calarco, J. A. AU - Xing, Y. AU - Caceres, M. AU - Calarco, J. P. AU - Xiao, X. AU - Pan, Q. AU - Lee, C. AU - Preuss, T. M. AU - Blencowe, B. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Global analysis of alternative splicing differences between humans and chimpanzees JO - Genes Dev VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gad.1606907 DO - 10.1101/gad.1606907 ID - Calarco2007 ER - TY - JOUR AU - Hacia, J. G. AU - Fan, J. B. AU - Ryder, O. AU - Jin, L. AU - Edgemon, K. AU - Ghandour, G. AU - Mayer, R. A. AU - Sun, B. AU - Hsie, L. AU - Robbins, C. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Determination of ancestral alleles for human single-nucleotide polymorphisms using high-density oligonucleotide arrays JO - Nat Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/9674 DO - 10.1038/9674 ID - Hacia1999 ER - TY - JOUR AU - Hacia, J. G. AU - Makalowski, W. AU - Edgemon, K. AU - Erdos, M. R. AU - Robbins, C. M. AU - Fodor, S. P. AU - Brody, L. C. AU - Collins, F. S. PY - 1998 DA - 1998// TI - Evolutionary sequence comparisons using high-density oligonucleotide arrays JO - Nat Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/ng0298-155 DO - 10.1038/ng0298-155 ID - Hacia1998 ER - TY - JOUR AU - Blekhman, R. AU - Oshlack, A. AU - Chabot, A. E. AU - Smyth, G. K. AU - Gilad, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene regulation in primates evolves under tissue-specific selection pressures JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000271 DO - 10.1371/journal.pgen.1000271 ID - Blekhman2008 ER - TY - JOUR AU - Gilad, Y. AU - Rifkin, S. A. AU - Bertone, P. AU - Gerstein, M. AU - White, K. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Multi-species microarrays reveal the effect of sequence divergence on gene expression profiles JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3335705 DO - 10.1101/gr.3335705 ID - Gilad2005 ER - TY - JOUR AU - Oshlack, A. AU - Chabot, A. E. AU - Smyth, G. K. AU - Gilad, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using DNA microarrays to study gene expression in closely related species JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm111 DO - 10.1093/bioinformatics/btm111 ID - Oshlack2007 ER - TY - JOUR AU - Kurtz, S. AU - Phillippy, A. AU - Delcher, A. L. AU - Smoot, M. AU - Shumway, M. AU - Antonescu, C. AU - Salzberg, S. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Versatile and open software for comparing large genomes JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-2-r12 DO - 10.1186/gb-2004-5-2-r12 ID - Kurtz2004 ER - TY - JOUR AU - Doring, A. AU - Weese, D. AU - Rausch, T. AU - Reinert, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - SeqAn an efficient, generic C++ library for sequence analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-11 DO - 10.1186/1471-2105-9-11 ID - Doring2008 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Zeeberg, B. R. AU - Qu, G. AU - Koru, A. G. AU - Ferrucci, A. AU - Kahn, A. AU - Ryan, M. C. AU - Nuhanovic, A. AU - Munson, P. J. AU - Reinhold, W. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - AffyProbeMiner: a web resource for computing or retrieving accurately redefined Affymetrix probe sets JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm360 DO - 10.1093/bioinformatics/btm360 ID - Liu2007 ER - TY - CHAP AU - Carter, S. L. AU - Eklund, A. C. AU - Mecham, B. H. AU - Kohane, I. S. AU - Szallasi, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Redefinition of affymetrix probe sets by sequence overlap with cDNA microarray probes reduces cross-platform inconsistencies in cancer-associated gene expression measurements BT - Bmc Bioinformatics ID - Carter2005 ER - TY - JOUR AU - Dai, M. AU - Wang, P. AU - Boyd, A. D. AU - Kostov, G. AU - Athey, B. AU - Jones, E. G. AU - Bunney, W. E. AU - Myers, R. M. AU - Speed, T. P. AU - Akil, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolving gene/transcript definitions significantly alter the interpretation of GeneChip data JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni179 DO - 10.1093/nar/gni179 ID - Dai2005 ER - TY - JOUR AU - Gautier, L. AU - Moller, M. AU - Friis-Hansen, L. AU - Knudsen, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Alternative mapping of probes to genes for Affymetrix chips JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-111 DO - 10.1186/1471-2105-5-111 ID - Gautier2004 ER - TY - JOUR AU - Kong, S. W. AU - Hwang, K. B. AU - Kim, R. D. AU - Zhang, B. T. AU - Greenberg, S. A. AU - Kohane, I. S. AU - Park, P. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - CrossChip: a system supporting comparative analysis of different generations of Affymetrix arrays JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti288 DO - 10.1093/bioinformatics/bti288 ID - Kong2005 ER - TY - JOUR AU - Sandberg, R. AU - Larsson, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improved precision and accuracy for microarrays using updated probe set definitions JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-48 DO - 10.1186/1471-2105-8-48 ID - Sandberg2007 ER - TY - JOUR AU - Lu, J. AU - Lee, J. C. AU - Salit, M. L. AU - Cam, M. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transcript-based redefinition of grouped oligonucleotide probe sets using AceView: high-resolution annotation for microarrays JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-108 DO - 10.1186/1471-2105-8-108 ID - Lu2007 ER - TY - JOUR AU - Elo, L. L. AU - Lahti, L. AU - Skottman, H. AU - Kylaniemi, M. AU - Lahesmaa, R. AU - Aittokallio, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Integrating probe-level expression changes across generations of Affymetrix arrays JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni193 DO - 10.1093/nar/gni193 ID - Elo2005 ER - TY - JOUR AU - Mecham, B. H. AU - Wetmore, D. Z. AU - Szallasi, Z. AU - Sadovsky, Y. AU - Kohane, I. AU - Mariani, T. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Increased measurement accuracy for sequence-verified microarray probes JO - Physiol Genomics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00066.2004 DO - 10.1152/physiolgenomics.00066.2004 ID - Mecham2004 ER - TY - JOUR AU - Oldham, M. C. AU - Horvath, S. AU - Geschwind, D. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Conservation and evolution of gene coexpression networks in human and chimpanzee brains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0605938103 DO - 10.1073/pnas.0605938103 ID - Oldham2006 ER - TY - JOUR AU - Nagpal, S. AU - Karaman, M. W. AU - Timmerman, M. M. AU - Ho, V. V. AU - Pike, B. L. AU - Hacia, J. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Improving the sensitivity and specificity of gene expression analysis in highly related organisms through the use of electronic masks JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh048 DO - 10.1093/nar/gnh048 ID - Nagpal2004 ER - TY - JOUR AU - Robinson, M. D. AU - Speed, T. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - A comparison of Affymetrix gene expression arrays JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-449 DO - 10.1186/1471-2105-8-449 ID - Robinson2007 ER - TY - JOUR AU - Okoniewski, M. J. AU - Hey, Y. AU - Pepper, S. D. AU - Miller, C. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - High correspondence between Affymetrix exon and standard expression arrays JO - Biotechniques VL - 42 UR - https://doi.org/10.2144/000112315 DO - 10.2144/000112315 ID - Okoniewski2007 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Bolstad, B. M. AU - Collin, F. AU - Cope, L. M. AU - Hobbs, B. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng015 DO - 10.1093/nar/gng015 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Gibbs, R. A. AU - Rogers, J. AU - Katze, M. G. AU - Bumgarner, R. AU - Weinstock, G. M. AU - Mardis, E. R. AU - Remington, K. A. AU - Strausberg, R. L. AU - Venter, J. C. AU - Wilson, R. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Evolutionary and biomedical insights from the rhesus macaque genome JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1139247 DO - 10.1126/science.1139247 ID - Gibbs2007 ER - TY - JOUR AU - Wang, H. Y. AU - Chien, H. C. AU - Osada, N. AU - Hashimoto, K. AU - Sugano, S. AU - Gojobori, T. AU - Chou, C. K. AU - Tsai, S. F. AU - Wu, C. I. AU - Shen, C. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rate of evolution in brain-expressed genes in humans and other primates JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050013 DO - 10.1371/journal.pbio.0050013 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Hobbs, B. AU - Collin, F. AU - Beazer-Barclay, Y. D. AU - Antonellis, K. J. AU - Scherf, U. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Exploration, normalization, and summaries of high density oligonucleotide array probe level data JO - Biostatistics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/4.2.249 DO - 10.1093/biostatistics/4.2.249 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Choe, S. E. AU - Boutros, M. AU - Michelson, A. M. AU - Church, G. M. AU - Halfon, M. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Preferred analysis methods for Affymetrix GeneChips revealed by a wholly defined control dataset JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-2-r16 DO - 10.1186/gb-2005-6-2-r16 ID - Choe2005 ER - TY - JOUR AU - Xia, X. AU - McClelland, M. AU - Wang, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - WebArray: an online platform for microarray data analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-306 DO - 10.1186/1471-2105-6-306 ID - Xia2005 ER - TY - CHAP AU - Smyth, G. ED - Gentleman, R. V. C. ED - Dudoit, S. ED - Irizarry, R. ED - Huber, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Limma: linear models for microarray data BT - Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor PB - Springer CY - New York ID - Smyth2005 ER - TY - JOUR AU - Benovoy, D. AU - Kwan, T. AU - Majewski, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Effect of polymorphisms within probe-target sequences on olignonucleotide microarray experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn409 DO - 10.1093/nar/gkn409 ID - Benovoy2008 ER - TY - JOUR AU - Kumari, S. AU - Verma, L. K. AU - Weller, J. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - AffyMAPSDetector: a software tool to characterize Affymetrix GeneChip expression arrays with respect to SNPs JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-276 DO - 10.1186/1471-2105-8-276 ID - Kumari2007 ER - TY - JOUR AU - Ferrari, F. AU - Bortoluzzi, S. AU - Coppe, A. AU - Sirota, A. AU - Safran, M. AU - Shmoish, M. AU - Ferrari, S. AU - Lancet, D. AU - Danieli, G. A. AU - Bicciato, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Novel definition files for human GeneChips based on GeneAnnot JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-446 DO - 10.1186/1471-2105-8-446 ID - Ferrari2007 ER - TY - JOUR AU - Lee, J. C. AU - Stiles, D. AU - Lu, J. AU - Cam, M. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - A detailed transcript-level probe annotation reveals alternative splicing based microarray platform differences JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-284 DO - 10.1186/1471-2164-8-284 ID - Lee2007 ER - TY - JOUR AU - Chalifa-Caspi, V. AU - Yanai, I. AU - Ophir, R. AU - Rosen, N. AU - Shmoish, M. AU - Benjamin-Rodrig, H. AU - Shklar, M. AU - Stein, T. I. AU - Shmueli, O. AU - Safran, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - GeneAnnot: comprehensive two-way linking between oligonucleotide array probesets and GeneCards genes JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth081 DO - 10.1093/bioinformatics/bth081 ID - Chalifa-Caspi2004 ER - TY - JOUR AU - Hwang, K. B. AU - Kong, S. W. AU - Greenberg, S. A. AU - Park, P. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Combining gene expression data from different generations of oligonucleotide arrays JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-159 DO - 10.1186/1471-2105-5-159 ID - Hwang2004 ER - TY - JOUR AU - Alberts, R. AU - Terpstra, P. AU - Hardonk, M. AU - Bystrykh, L. V. AU - de Haan, G. AU - Breitling, R. AU - Nap, J. P. AU - Jansen, R. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - A verification protocol for the probe sequences of Affymetrix genome arrays reveals high probe accuracy for studies in mouse, human and rat JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-132 DO - 10.1186/1471-2105-8-132 ID - Alberts2007 ER - TY - JOUR AU - Cooper, G. M. AU - Nickerson, D. A. AU - Eichler, E. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mutational and selective effects on copy-number variants in the human genome JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2054 DO - 10.1038/ng2054 ID - Cooper2007 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Astrand, M. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - JOUR AU - Liu, G. AU - Loraine, A. E. AU - Shigeta, R. AU - Cline, M. AU - Cheng, J. AU - Valmeekam, V. AU - Sun, S. AU - Kulp, D. AU - Siani-Rose, M. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - NetAffx: Affymetrix probesets and annotations JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg121 DO - 10.1093/nar/gkg121 ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Dai, M. AU - Wang, P. AU - Jakupovic, E. AU - Watson, S. J. AU - Meng, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Web-based GeneChip analysis system for large-scale collaborative projects JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm297 DO - 10.1093/bioinformatics/btm297 ID - Dai2007 ER - TY - JOUR AU - Gautier, L. AU - Cope, L. AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - affy – analysis of Affymetrix GeneChip data at the probe level JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg405 DO - 10.1093/bioinformatics/btg405 ID - Gautier2004 ER - TY - JOUR AU - Consortium, T. C. S. a. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Initial sequence of the chimpanzee genome and comparison with the human genome JO - Nature VL - 437 UR - https://doi.org/10.1038/nature04072 DO - 10.1038/nature04072 ID - Consortium2005 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the False Discovery Rate – a Practical and Powerful Approach to Multiple Testing JO - Journal of the Royal Statistical Society Series B-Methodological VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood JO - Comput Appl Biosci VL - 13 ID - Yang1997 ER - TY - JOUR AU - Liu, G. AU - Uddin, M. AU - Islam, M. AU - Goodman, M. AU - Grossman, L. I. AU - Romero, R. AU - Wildman, D. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - OCPAT: an online codon-preserved alignment tool for evolutionary genomic analysis of protein coding sequences JO - Source Code Biol Med VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1751-0473-2-5 DO - 10.1186/1751-0473-2-5 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Uddin, M. AU - Goodman, M. AU - Erez, O. AU - Romero, R. AU - Liu, G. AU - Islam, M. AU - Opazo, J. C. AU - Sherwood, C. C. AU - Grossman, L. I. AU - Wildman, D. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Distinct genomic signatures of adaptation in pre- and postnatal environments during human evolution JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0712400105 DO - 10.1073/pnas.0712400105 ID - Uddin2008 ER -