TY - JOUR AU - Manning, G. AU - Whyte, D. B. AU - Martinez, R. AU - Hunter, T. AU - Sudarsanam, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Protein Kinase Complement of the Human Genome JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1075762 DO - 10.1126/science.1075762 ID - Manning2002 ER - TY - JOUR AU - Ubersax, J. A. AU - Woodbury, E. L. AU - Quang, P. N. AU - Paraz, M. AU - Blethrow, J. D. AU - Shah, K. AU - Shokat, K. M. AU - Morgan, D. O. PY - 2003 DA - 2003// TI - Targets of the Cyclin-dependent Kinase Cdk1 JO - Nature VL - 425 UR - https://doi.org/10.1038/nature02062 DO - 10.1038/nature02062 ID - Ubersax2003 ER - TY - JOUR AU - Ptacek, J. AU - Devgan, G. AU - Michaud, G. AU - Zhu, H. AU - Zhu, X. AU - Fasolo, J. AU - Guo, H. AU - Jona, G. AU - Breitkreutz, A. AU - Sopko, R. AU - McCartney, R. R. AU - Schmidt, M. C. AU - Rachidi, N. AU - Lee, S. J. AU - Mah, A. S. AU - Meng, L. AU - Stark, M. J. R. AU - Stern, D. F. AU - De Virgilio, C. AU - Tyers, M. AU - Andrews, B. AU - Gerstein, M. AU - Schweitzer, B. AU - Predki, P. F. AU - Snyder, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Global Analysis of Protein Phosphorylation in Yeast JO - Nature VL - 438 UR - https://doi.org/10.1038/nature04187 DO - 10.1038/nature04187 ID - Ptacek2005 ER - TY - JOUR AU - Huse, M. AU - Kuriyan, J. PY - 2002 DA - 2002// TI - The conformational plasticity of protein kinases JO - Cell VL - 109 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(02)00741-9 DO - 10.1016/S0092-8674(02)00741-9 ID - Huse2002 ER - TY - JOUR AU - Burgess, A. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - EGFR family: structure physiology signalling and therapeutic targets JO - Growth Factors VL - 26 UR - https://doi.org/10.1080/08977190802312844 DO - 10.1080/08977190802312844 ID - Burgess2008 ER - TY - JOUR AU - Yamada, S. AU - Shiro, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Structural basis of the signal transduction in the two-component system JO - Adv Exp Med Biol VL - 631 UR - https://doi.org/10.1007/978-0-387-78885-2_3 DO - 10.1007/978-0-387-78885-2_3 ID - Yamada2008 ER - TY - JOUR AU - Sanz, P. PY - 2008 DA - 2008// TI - AMP-activated protein kinase: structure and regulation JO - Curr Protein Pept Sci VL - 9 UR - https://doi.org/10.2174/138920308785915254 DO - 10.2174/138920308785915254 ID - Sanz2008 ER - TY - JOUR AU - Ortutay, C. AU - Väliaho, J. AU - Stenberg, K. AU - Vihinen, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - KinMutBase: a registry of disease-causing mutations in protein kinase domains JO - Hum Mutat VL - 25 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20166 DO - 10.1002/humu.20166 ID - Ortutay2005 ER - TY - JOUR AU - Richardson, C. J. AU - Gao, Q. AU - Mitsopoulous, C. AU - Zvelebil, M. AU - Pearl, L. H. AU - Pearl, F. M. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - MoKCa Database-mutations of Kinases in Cancer JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn832 DO - 10.1093/nar/gkn832 ID - Richardson2009 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. M. AU - Westbrook, J. AU - Feng, Z. AU - Gilliland, G. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. AU - Shindyalov, I. N. AU - Bourne, P. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Protein Data Bank JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER - TY - CHAP AU - Finn, R. D. AU - Tate, J. AU - Mistry, J. AU - Coggill, P. C. AU - Sammut, S. J. AU - Hotz, H. R. AU - Ceric, G. AU - Forslund, K. AU - Eddy, S. R. AU - Sonnhammer, E. L. L. AU - Bateman, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The Pfam protein families database BT - Nucleic Acids Res ID - Finn2008 ER - TY - CHAP AU - Greene, L. H. AU - Lewis, T. E. AU - Addou, S. AU - Cuff, A. AU - Dallman, T. AU - Dibley, M. AU - Redfern, O. AU - Pearl, F. AU - Nambudiry, R. AU - Reid, A. AU - Sillitoe, I. AU - Yeats, C. AU - Thornton, J. M. AU - Orengo, C. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The CATH domain structure database: new protocols and classification levels give a more comprehensive resource for exploring evolution BT - Nucleic Acids Res ID - Greene2007 ER - TY - JOUR AU - Shchemelinin, I. AU - Sefc, L. AU - Necas, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - Protein kinases, their function and implication in cancer and other diseases JO - Folia Biol (Praha) VL - 52 ID - Shchemelinin2006 ER - TY - JOUR AU - Wood, L. D. AU - Parsons, D. W. AU - Jones, S. AU - Lin, J. AU - Sjöblom, T. AU - Leary, R. J. AU - Shen, D. AU - Boca, S. M. AU - Barber, T. D. AU - Ptak, J. AU - Silliman, N. AU - Szabo, S. AU - Dezso, Z. AU - Ustyanksky, V. AU - Nikolskaya, T. AU - Nikolsky, Y. AU - Karchin, R. AU - Wilson, P. A. AU - Kaminker, J. S. AU - Zhang, Z. AU - Croshaw, R. AU - Willis, J. AU - Dawson, D. AU - Shipitsin, M. AU - Willson, J. K. V. AU - Sukumar, S. AU - Polyak, K. AU - Park, B. H. AU - Pethiyagoda, C. L. AU - Pant, P. V. K. AU - Ballinger, D. G. AU - Sparks, A. B. AU - Hartigan, J. AU - Smith, D. R. AU - Suh, E. AU - Papadopoulos, N. AU - Buckhaults, P. AU - Markowitz, S. D. AU - Parmigiani, G. AU - Kinzler, K. W. AU - Velculescu, V. E. AU - Vogelstein, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - The genomic landscapes of human breast and colorectal cancers JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1145720 DO - 10.1126/science.1145720 ID - Wood2007 ER - TY - JOUR AU - Sjöblom, T. AU - Jones, S. AU - Wood, L. D. AU - Parsons, D. W. AU - Lin, J. AU - Barber, T. D. AU - Mandelker, D. AU - Leary, R. J. AU - Ptak, J. AU - Silliman, N. AU - Szabo, S. AU - Buckhaults, P. AU - Farrell, C. AU - Meeh, P. AU - Markowitz, S. D. AU - Willis, J. AU - Dawson, D. AU - Willson, J. K. V. AU - Gazdar, A. F. AU - Hartigan, J. AU - Wu, L. AU - Liu, C. AU - Parmigiani, G. AU - Park, B. H. AU - Bachman, K. E. AU - Papadopoulos, N. AU - Vogelstein, B. AU - Kinzler, K. W. AU - Velculescu, V. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers JO - Science VL - 314 UR - https://doi.org/10.1126/science.1133427 DO - 10.1126/science.1133427 ID - Sjöblom2006 ER - TY - JOUR AU - Greenman, C. AU - Stephens, P. AU - Smith, R. AU - Dalgliesh, G. L. AU - Hunter, C. AU - Bignell, G. AU - Davies, H. AU - Teague, J. AU - Butler, A. AU - Stevens, C. AU - Edkins, S. AU - O'Meara, S. AU - Vastrik, I. AU - Schmidt, E. E. AU - Avis, T. AU - Barthorpe, S. AU - Bhamra, G. AU - Buck, G. AU - Choudhury, B. AU - Clements, J. AU - Cole, J. AU - Dicks, E. AU - Forbes, S. AU - Gray, K. AU - Halliday, K. AU - Harrison, R. AU - Hills, K. AU - Hinton, J. AU - Jenkinson, A. AU - Jones, D. AU - Menzies, A. AU - Mironenko, T. AU - Perry, J. AU - Raine, K. AU - Richardson, D. AU - Shepherd, R. AU - Small, A. AU - Tofts, C. AU - Varian, J. AU - Webb, T. AU - West, S. AU - Widaa, S. AU - Yates, A. AU - Cahill, D. P. AU - Louis, D. N. AU - Goldstraw, P. AU - Nicholson, A. G. AU - Brasseur, F. AU - Looijenga, L. AU - Weber, B. L. AU - Chiew, Y. E. AU - DeFazio, A. AU - Greaves, M. F. AU - Green, A. R. AU - Campbell, P. AU - Birney, E. AU - Easton, D. F. AU - Chenevix-Trench, G. AU - Tan, M. H. AU - Khoo, S. K. AU - Teh, B. T. AU - Yuen, S. T. AU - Leung, S. Y. AU - Wooster, R. AU - Futreal, P. A. AU - Stratton, M. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Patterns of somatic mutation in human cancer genomes JO - Nature VL - 446 UR - https://doi.org/10.1038/nature05610 DO - 10.1038/nature05610 ID - Greenman2007 ER - TY - CHAP AU - Baudot, A. AU - Real, F. AU - Izarzugaza, J. AU - Valencia, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - From cancer genomes to cancer models: bridging the gaps BT - EMBO Rep ID - Baudot2009 ER - TY - JOUR AU - Santamaría, D. AU - Barrière, C. AU - Cerqueira, A. AU - Hunt, S. AU - Tardy, C. AU - Newton, K. AU - Cáceres, J. F. AU - Dubus, P. AU - Malumbres, M. AU - Barbacid, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Cdk1 is sufficient to drive the mammalian cell cycle JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature06046 DO - 10.1038/nature06046 ID - Santamaría2007 ER - TY - JOUR AU - Rebholz-Schuhmann, D. AU - Marcel, S. AU - Albert, S. AU - Tolle, R. AU - Casari, G. AU - Kirsch, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Automatic extraction of mutations from Medline and cross-validation with OMIM JO - Nucl Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh162 DO - 10.1093/nar/gkh162 ID - Rebholz-Schuhmann2004 ER - TY - JOUR AU - Lee, L. C. AU - Horn, F. AU - Cohen, F. E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Automatic Extraction of Protein Point Mutations Using a Graph Bigram Association JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030016 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030016 ID - Lee2007 ER - TY - JOUR AU - Baker, C. J. O. AU - Witte, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mutation Mining – A Prospector's Tale JO - Information Systems Frontiers (ISF) VL - 8 UR - https://doi.org/10.1007/s10796-006-6103-2 DO - 10.1007/s10796-006-6103-2 ID - Baker2006 ER - TY - JOUR AU - Witte, R. AU - Baker, C. J. O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Towards A Systematic Evaluation of Protein Mutation Extraction Systems JO - J Bioinform Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1142/S0219720007003193 DO - 10.1142/S0219720007003193 ID - Witte2007 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Baumgartner, W. A. AU - Randolph, D. A. AU - Cohen, K. B. AU - Hunter, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - MutationFinder: a High-performance System for Extracting Point Mutation Mentions from text JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm235 DO - 10.1093/bioinformatics/btm235 ID - Caporaso2007 ER - TY - JOUR AU - Erdogmus, M. AU - Sezerman, O. U. PY - 2007 DA - 2007// TI - Application of Automatic Mutation-gene pair Extraction to Diseases JO - J Bioinform Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1142/S021972000700317X DO - 10.1142/S021972000700317X ID - Erdogmus2007 ER - TY - JOUR AU - McDonald, R. AU - Scott Winters, R. AU - Ankuda, C. K. AU - Murphy, J. A. AU - Rogers, A. E. AU - Pereira, F. AU - Greenblatt, M. S. AU - White, P. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - An Automated Procedure to Identify Biomedical Articles that Contain Cancer-associated gene Variants JO - Hum Mutat VL - 27 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20363 DO - 10.1002/humu.20363 ID - McDonald2006 ER - TY - JOUR AU - McDonald, R. T. AU - Winters, R. S. AU - Mandel, M. AU - Jin, Y. AU - White, P. S. AU - Pereira, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - An Entity Tagger for Recognizing Acquired Genomic Variations in Cancer Literature JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth350 DO - 10.1093/bioinformatics/bth350 ID - McDonald2004 ER - TY - JOUR AU - Horn, F. AU - Lau, A. L. AU - Cohen, F. E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Automated Extraction of Mutation data from the Literature: Application of MuteXt to G Protein-coupled Receptors and Nuclear Hormone Receptors JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg449 DO - 10.1093/bioinformatics/btg449 ID - Horn2004 ER - TY - JOUR AU - Yip, Y. L. AU - Lachenal, N. AU - Pillet, V. AU - Veuthey, A. L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Retrieving Mutation-specific Information for Human Proteins in UniProt/Swiss-Prot Knowledgebase JO - J Bioinform Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1142/S021972000700320X DO - 10.1142/S021972000700320X ID - Yip2007 ER - TY - JOUR AU - Kanagasabai, R. AU - Choo, K. H. AU - Ranganathan, S. AU - Baker, C. J. O. PY - 2007 DA - 2007// TI - A Workflow for Mutation Extraction and Structure Annotation JO - J Bioinform Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1142/S0219720007003119 DO - 10.1142/S0219720007003119 ID - Kanagasabai2007 ER - TY - JOUR AU - Yip, Y. L. AU - Famiglietti, M. AU - Gos, A. AU - Duek, P. D. AU - David, F. P. A. AU - Gateau, A. AU - Bairoch, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Annotating Single Amino acid Polymorphisms in the UniProt/Swiss-Prot Knowledgebase JO - Hum Mutat VL - 29 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20671 DO - 10.1002/humu.20671 ID - Yip2008 ER - TY - JOUR AU - Yip, Y. L. AU - Scheib, H. AU - Diemand, A. V. AU - Gattiker, A. AU - Famiglietti, L. M. AU - Gasteiger, E. AU - Bairoch, A. PY - 2004 DA - 2004// TI - The Swiss-Prot variant page and the ModSNP database: A resource for sequence and structure information on human protein variants JO - Human Mutation VL - 23 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20021 DO - 10.1002/humu.20021 ID - Yip2004 ER - TY - JOUR AU - Bamford, S. AU - Dawson, E. AU - Forbes, S. AU - Clements, J. AU - Pettett, R. AU - Dogan, A. AU - Flanagan, A. AU - Teague, J. AU - Futreal, P. A. AU - Stratton, M. R. AU - Wooster, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - The COSMIC (Catalogue of Somatic Mutations in Cancer) database and website JO - Br J Cancer VL - 91 ID - Bamford2004 ER - TY - CHAP AU - Hurst, J. AU - McMillan, L. AU - Porter, C. AU - Allen, J. AU - Fakorede, A. AU - Martin, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - The SAAPdb web resource: A large-scale structural analysis of mutant proteins BT - Hum Mutat ID - Hurst2009 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Baumgartner, W. A. AU - Randolph, D. A. AU - Cohen, K. B. AU - Hunter, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Rapid Pattern Development for Concept Recognition Systems: Application to Point Mutations JO - J Bioinform Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1142/S0219720007003144 DO - 10.1142/S0219720007003144 ID - Caporaso2007 ER - TY - JOUR AU - Morgan, A. A. AU - Lu, Z. AU - Wang, X. AU - Cohen, A. M. AU - Fluck, J. AU - Ruch, P. AU - Divoli, A. AU - Fundel, K. AU - Leaman, R. AU - Hakenberg, J. AU - Sun, C. AU - Liu, H. h. AU - Torres, R. AU - Krauthammer, M. AU - Lau, W. W. AU - Liu, H. AU - Hsu, C. N. AU - Schuemie, M. AU - Cohen, K. B. AU - Hirschman, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Overview of BioCreative II gene Normalization JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-s2-s3 DO - 10.1186/gb-2008-9-s2-s3 ID - Morgan2008 ER - TY - JOUR AU - Tam, I. Y. S. AU - Chung, L. P. AU - Suen, W. S. AU - Wang, E. AU - Wong, M. C. M. AU - Ho, K. K. AU - Lam, W. K. AU - Chiu, S. W. AU - Girard, L. AU - Minna, J. D. AU - Gazdar, A. F. AU - Wong, M. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Distinct epidermal growth factor receptor and KRAS mutation patterns in non-small cell lung cancer patients with different tobacco exposure and clinicopathologic features JO - Clin Cancer Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-05-1981 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-05-1981 ID - Tam2006 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schäffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - CHAP AU - den Dunnen, J. T. AU - Antonarakis, S. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mutation Nomenclature BT - Curr Protoc Hum Genet ID - den Dunnen2003 ER - TY - CHAP AU - Lesk, M. PY - 1986 DA - 1986// TI - Automatic sense disambiguation using machine readable dictionaries: How to tell a pine cone from an ice cream cone BT - Proceedings of SIGDOC-86: 5th International Conference on Systems Documentation UR - https://doi.org/10.1145/318723.318728 DO - 10.1145/318723.318728 ID - Lesk1986 ER - TY - BOOK AU - Joachims, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Learning to Classify Text using Support Vector Machines UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4615-0907-3 DO - 10.1007/978-1-4615-0907-3 ID - Joachims2002 ER - TY - JOUR AU - Saunders, R. E. AU - Perkins, S. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - CoagMDB: a Database Analysis of Missense Mutations Within four Conserved Domains in five Vitamin K-dependent Coagulation Serine Proteases Using a Text-mining tool JO - Hum Mutat VL - 29 UR - https://doi.org/10.1002/humu.20629 DO - 10.1002/humu.20629 ID - Saunders2008 ER - TY - JOUR AU - Furlong, L. I. AU - Dach, H. AU - Hofmann-Apitius, M. AU - Sanz, F. PY - 2008 DA - 2008// TI - OSIRISv1.2: a Named Entity Recognition System for Sequence Variants of Genes in Biomedical Literature JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-84 DO - 10.1186/1471-2105-9-84 ID - Furlong2008 ER -