From: Free energy estimation of short DNA duplex hybridizations
Method | Statistics | MFE_AD [kcal/mol] | Pearson coeff. (r) | RMSE |
---|---|---|---|---|
MultiRNAFold | min | 0.0000 | 0.7352 | 4.418 |
(Mathews) | q1 | 0.300 | Â | Â |
 | median | 0.800 |  |  |
 | mean | 2.672 |  |  |
 | q3 | 3.395 |  |  |
 | max | 18.400 |  |  |
 | stddev | 3.521 |  |  |
MultiRNAFold | min | 0.0000 | 0.7456 | 4.223 |
(SantaLucia) | q1 | 0.330 | Â | Â |
 | median | 0.680 |  |  |
 | mean | 2.553 |  |  |
 | q3 | 3.390 |  |  |
 | max | 17.200 |  |  |
 | stddev | 3.367 |  |  |
 | min | 0.0000 | 0.7434 | 4.101 |
 | q1 | 0.2528 |  |  |
 | median | 0.6128 |  |  |
UNAFold | mean | 2.4110 | Â | Â |
 | q3 | 2.9970 |  |  |
 | max | 13.0000 |  |  |
 | stddev | 3.319 |  |  |
Vienna | min | 0.0000 | 0.7413 | 3.876 |
Package | q1 | 1.820 | Â | Â |
 | median | 2.440 |  |  |
 | mean | 3.167 |  |  |
 | q3 | 3.965 |  |  |
 | max | 15.400 |  |  |
 | stddev | 2.236 |  |  |