TY - JOUR AU - Frommer, M. AU - McDonald, L. E. AU - Millar, D. S. AU - Collis, C. M. AU - Watt, F. AU - Grigg, G. W. AU - Molloy, P. L. AU - Paul, C. L. PY - 1992 DA - 1992// TI - A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residues in individual DNA strands JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 89 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.89.5.1827 DO - 10.1073/pnas.89.5.1827 ID - Frommer1992 ER - TY - JOUR AU - Cokus, S. J. AU - Feng, S. AU - Zhang, X. AU - Chen, Z. AU - Merriman, B. AU - Haudenschild, C. D. AU - Pradhan, S. AU - Nelson, S. F. AU - Pellegrini, M. AU - Jacobsen, S. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Shotgun bisulphite sequencing of the Arabidopsis genome reveals DNA methylation patterning JO - Nature VL - 452 UR - https://doi.org/10.1038/nature06745 DO - 10.1038/nature06745 ID - Cokus2008 ER - TY - JOUR AU - Lister, R. AU - O'Malley, R. C. AU - Tonti-Filippini, J. AU - Gregory, B. D. AU - Berry, C. C. AU - Millar, A. H. AU - Ecker, J. R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Highly integrated single-base resolution maps of the epigenome in Arabidopsis JO - Cell VL - 133 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.03.029 DO - 10.1016/j.cell.2008.03.029 ID - Lister2008 ER - TY - JOUR AU - Meissner, A. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Gu, H. AU - Wernig, M. AU - Hanna, J. AU - Sivachenko, A. AU - Zhang, X. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. AU - Gnirke, A. AU - Jaenisch, R. AU - Lander, E. S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells JO - Nature VL - 454 ID - Meissner2008 ER - TY - JOUR AU - Smith, Z. D. AU - Gu, H. AU - Bock, C. AU - Gnirke, A. AU - Meissner, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - High-throughput bisulfite sequencing in mammalian genomes JO - Methods VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2009.05.003 DO - 10.1016/j.ymeth.2009.05.003 ID - Smith2009 ER - TY - JOUR AU - Lister, R. AU - Pelizzola, M. AU - Dowen, R. H. AU - Hawkins, R. D. AU - Hon, G. AU - Tonti-Filippini, J. AU - Nery, J. R. AU - Lee, L. AU - Ye, Z. AU - Ngo, Q. M. AU - Edsall, L. AU - Antosiewicz-Bourget, J. AU - Stewart, R. AU - Ruotti, V. AU - Millar, A. H. AU - Thomson, J. A. AU - Ren, B. AU - Ecker, J. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08514 DO - 10.1038/nature08514 ID - Lister2009 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - BLAT--the BLAST-like alignment tool JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 DO - 10.1101/gr.229202. Article published online before March 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Li, R. AU - Li, Y. AU - Kristiansen, K. AU - Wang, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - SOAP: short oligonucleotide alignment program JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn025 DO - 10.1093/bioinformatics/btn025 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Trapnell, C. AU - Pop, M. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-3-r25 DO - 10.1186/gb-2009-10-3-r25 ID - Langmead2009 ER - TY - JOUR AU - Xi, Y. AU - Li, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - BSMAP: whole genome bisulfite sequence MAPping program JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-232 DO - 10.1186/1471-2105-10-232 ID - Xi2009 ER - TY - CHAP AU - Smith, A. D. AU - Chung, W. AU - Hodges, E. AU - Kendall, J. AU - Hannon, G. AU - Hicks, J. AU - Xuan, Z. AU - Zhang, M. Q. PY - 2009 DA - 2009// TI - Updates to the RMAP short-read mapping software BT - Bioinformatics ID - Smith2009 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Ruan, J. AU - Durbin, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping short DNA sequencing reads and calling variants using mapping quality scores JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.078212.108 DO - 10.1101/gr.078212.108 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Hodges, E. AU - Smith, A. D. AU - Kendall, J. AU - Xuan, Z. AU - Ravi, K. AU - Rooks, M. AU - Zhang, M. Q. AU - Ye, K. AU - Bhattacharjee, A. AU - Brizuela, L. AU - McCombie, W. R. AU - Wigler, M. AU - Hannon, G. J. AU - Hicks, J. B. PY - 2009 DA - 2009// TI - High definition profiling of mammalian DNA methylation by array capture and single molecule bisulfite sequencing JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.095190.109 DO - 10.1101/gr.095190.109 ID - Hodges2009 ER - TY - JOUR AU - Dohm, J. C. AU - Lottaz, C. AU - Borodina, T. AU - Himmelbauer, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Substantial biases in ultra-short read data sets from high-throughput DNA sequencing JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn425 DO - 10.1093/nar/gkn425 ID - Dohm2008 ER -