TY - JOUR AU - Carninci, P. AU - Kasukawa, T. AU - Katayama, S. AU - Gough, J. AU - Frith, M. C. AU - Maeda, N. AU - Oyama, R. AU - Ravasi, T. AU - Lenhard, B. AU - Wells, C. AU - Kodzius, R. AU - Shimokawa, K. AU - Bajic, V. B. AU - Brenner, S. E. AU - Batalov, S. AU - Forrest, A. R. AU - Zavolan, M. AU - Davis, M. J. AU - Wilming, L. G. AU - Aidinis, V. AU - Allen, J. E. AU - Ambesi-Impiombato, A. AU - Apweiler, R. AU - Aturaliya, R. N. AU - Bailey, T. L. AU - Bansal, M. AU - Baxter, L. AU - Beisel, K. W. AU - Bersano, T. AU - Bono, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - The transcriptional landscape of the mammalian genome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1112014 DO - 10.1126/science.1112014 ID - Carninci2005 ER - TY - JOUR AU - Kapranov, P. AU - Cheng, J. AU - Dike, S. AU - Nix, D. A. AU - Duttagupta, R. AU - Willingham, A. T. AU - Stadler, P. F. AU - Hertel, J. AU - Hackermüller, J. AU - Hofacker, I. L. AU - Bell, I. AU - Cheung, E. AU - Drenkow, J. AU - Dumais, E. AU - Patel, S. AU - Helt, G. AU - Ganesh, M. AU - Ghosh, S. AU - Piccolboni, A. AU - Sementchenko, V. AU - Tammana, H. AU - Gingeras, T. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNA maps reveal new RNA classes and a possible function for pervasive transcription JO - Science VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1138341 DO - 10.1126/science.1138341 ID - Kapranov2007 ER - TY - JOUR AU - Hubbard, T. J. AU - Aken, B. L. AU - Ayling, S. AU - Ballester, B. AU - Beal, K. AU - Bragin, E. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Clarke, L. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Fernandez-Banet, J. AU - Gordon, L. AU - Graf, S. AU - Haider, S. AU - Hammond, M. AU - Holland, R. AU - Howe, K. AU - Jenkinson, A. AU - Johnson, N. AU - Kahari, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Lawson, D. AU - Longden, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ensembl 2009 JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn828 DO - 10.1093/nar/gkn828 ID - Hubbard2009 ER - TY - JOUR AU - Pang, K. C. AU - Stephen, S. AU - Dinger, M. E. AU - Engström, P. G. AU - Lenhard, B. AU - Mattick, J. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - RNAdb 2.0: an expanded database of mammalian non-coding RNAs JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl926 DO - 10.1093/nar/gkl926 ID - Pang2007 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Troup, D. B. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Rudnev, D. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Soboleva, A. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Phillippy, K. H. AU - Sherman, P. M. AU - Muertter, R. N. AU - Edgar, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - NCBI GEO: archive for high-throughput functional genomic data JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn764 DO - 10.1093/nar/gkn764 ID - Barrett2009 ER - TY - JOUR AU - Su, A. I. AU - Wiltshire, T. AU - Batalov, S. AU - Lapp, H. AU - Ching, K. A. AU - Block, D. AU - Zhang, J. AU - Soden, R. AU - Hayakawa, M. AU - Kreiman, G. AU - Cooke, M. P. AU - Walker, J. R. AU - Hogenesch, J. B. PY - 2004 DA - 2004// TI - A gene atlas of the mouse and human protein-encoding transcriptomes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0400782101 DO - 10.1073/pnas.0400782101 ID - Su2004 ER - TY - JOUR AU - Gellert, P. AU - Uchida, S. AU - Braun, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exon Array Analyzer: a web interface for Affymetrix exon array analysis JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp577 DO - 10.1093/bioinformatics/btp577 ID - Gellert2009 ER - TY - JOUR AU - Muro, E. M. AU - Herrington, R. AU - Janmohamed, S. AU - Frelin, C. AU - Andrade-Navarro, M. A. AU - Iscove, N. N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of gene 3' ends by automated EST cluster analysis JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0807813105 DO - 10.1073/pnas.0807813105 ID - Muro2008 ER - TY - JOUR AU - Sandberg, R. AU - Larsson, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improved precision and accuracy for microarrays using updated probe set definitions JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-48 DO - 10.1186/1471-2105-8-48 ID - Sandberg2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, W. M. AU - Mei, R. AU - Di, X. AU - Ryder, T. B. AU - Hubbell, E. AU - Dee, S. AU - Webster, T. A. AU - Harrington, C. A. AU - Ho, M. H. AU - Baid, J. AU - Smeekens, S. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Analysis of high density expression microarrays with signed-rank call algorithms JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.12.1593 DO - 10.1093/bioinformatics/18.12.1593 ID - Liu2002 ER - TY - JOUR AU - Hochreiter, S. AU - Clevert, D. A. AU - Obermayer, K. PY - 2006 DA - 2006// TI - A new summarization method for Affymetrix probe level data JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl033 DO - 10.1093/bioinformatics/btl033 ID - Hochreiter2006 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Bolstad, B. M. AU - Collin, F. AU - Cope, L. M. AU - Hobbs, B. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng015 DO - 10.1093/nar/gng015 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Astrand, M. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - JOUR AU - Barash, Y. AU - Dehan, E. AU - Krupsky, M. AU - Franklin, W. AU - Geraci, M. AU - Friedman, N. AU - Kaminski, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Comparative analysis of algorithms for signal quantitation from oligonucleotide microarrays JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg487 DO - 10.1093/bioinformatics/btg487 ID - Barash2004 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - Yamasaki, C. AU - Murakami, K. AU - Fujii, Y. AU - Sato, Y. AU - Harada, E. AU - Takeda, J. AU - Taniya, T. AU - Sakate, R. AU - Kikugawa, S. AU - Shimada, M. AU - Tanino, M. AU - Koyanagi, K. O. AU - Barrero, R. A. AU - Gough, C. AU - Chun, H. W. AU - Habara, T. AU - Hanaoka, H. AU - Hayakawa, Y. AU - Hilton, P. B. AU - Kaneko, Y. AU - Kanno, M. AU - Kawahara, Y. AU - Kawamura, T. AU - Matsuya, A. AU - Nagata, N. AU - Nishikata, K. AU - Noda, A. O. AU - Nurimoto, S. AU - Saichi, N. AU - Sakai, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm999 DO - 10.1093/nar/gkm999 ID - Yamasaki2008 ER - TY - JOUR AU - Mercer, T. R. AU - Dinger, M. E. AU - Mattick, J. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Long noncoding RNAs: insights into functions JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2521 DO - 10.1038/nrg2521 ID - Mercer2009 ER - TY - JOUR AU - Dinger, M. E. AU - Amaral, P. P. AU - Mercer, T. R. AU - Mattick, J. S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Pervasive transcription of the eukaryotic genome: functional indices and conceptual implications JO - Brief Funct Genomic Proteomic VL - 8 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/elp038 DO - 10.1093/bfgp/elp038 ID - Dinger2009 ER - TY - JOUR AU - Marioni, J. C. AU - Mason, C. E. AU - Mane, S. M. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - RNA-seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.079558.108 DO - 10.1101/gr.079558.108 ID - Marioni2008 ER - TY - JOUR AU - Brent, M. R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome annotation past, present, and future: How to define an ORF at each locus JO - Genome Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3866105 DO - 10.1101/gr.3866105 ID - Brent2005 ER - TY - JOUR AU - Mattick, J. S. AU - Taft, R. J. AU - Faulkner, G. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A global view of genomic information - moving beyond the gene and the master regulator JO - Trends Genet VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2009.11.002 DO - 10.1016/j.tig.2009.11.002 ID - Mattick2009 ER - TY - JOUR AU - Gautier, L. AU - Møller, M. AU - Friis-Hansen, L. AU - Knudsen, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Alternative mapping of probes to genes for Affymetrix chips JO - BMC Bioinformatics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-5-111 DO - 10.1186/1471-2105-5-111 ID - Gautier2004 ER - TY - JOUR AU - Dai, M. AU - Wang, P. AU - Boyd, A. D. AU - Kostov, G. AU - Athey, B. AU - Jones, E. G. AU - Bunney, W. E. AU - Myers, R. M. AU - Speed, T. P. AU - Akil, H. AU - Watson, S. J. AU - Meng, F. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolving gene/transcript definitions significantly alter the interpretation of GeneChip data JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni179 DO - 10.1093/nar/gni179 ID - Dai2005 ER - TY - JOUR AU - Harbig, J. AU - Sprinkle, R. AU - Enkemann, S. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - A sequence-based identification of the genes detected by probesets on the Affymetrix U133 plus 2.0 array JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni027 DO - 10.1093/nar/gni027 ID - Harbig2005 ER - TY - JOUR AU - Carter, S. L. AU - Eklund, A. C. AU - Mecham, B. H. AU - Kohane, I. S. AU - Szallasi, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Redefinition of Affymetrix probe sets by sequence overlap with cDNA microarray probes reduces cross-platform inconsistencies in cancer-associated gene expression measurements JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-107 DO - 10.1186/1471-2105-6-107 ID - Carter2005 ER - TY - JOUR AU - Leong, H. S. AU - Yates, T. AU - Wilson, C. AU - Miller, C. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - ADAPT: a database of affymetrix probesets and transcripts JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti359 DO - 10.1093/bioinformatics/bti359 ID - Leong2005 ER - TY - JOUR AU - Lu, J. AU - Lee, J. C. AU - Salit, M. L. AU - Cam, M. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transcript-based redefinition of grouped oligonucleotide probe sets using AceView: high-resolution annotation for microarrays JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-108 DO - 10.1186/1471-2105-8-108 ID - Lu2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, H. AU - Zeeberg, B. R. AU - Qu, G. AU - Koru, A. G. AU - Ferrucci, A. AU - Kahn, A. AU - Ryan, M. C. AU - Nuhanovic, A. AU - Munson, P. J. AU - Reinhold, W. C. AU - Kane, D. W. AU - Weinstein, J. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - AffyProbeMiner: a web resource for computing or retrieving accurately redefined Affymetrix probe sets JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm360 DO - 10.1093/bioinformatics/btm360 ID - Liu2007 ER - TY - JOUR AU - Ferrari, F. AU - Bortoluzzi, S. AU - Coppe, A. AU - Sirota, A. AU - Safran, M. AU - Shmoish, M. AU - Ferrari, S. AU - Lancet, D. AU - Danieli, G. A. AU - Bicciato, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Novel definition files for human GeneChips based on GeneAnnot JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-446 DO - 10.1186/1471-2105-8-446 ID - Ferrari2007 ER - TY - JOUR AU - Yates, T. AU - Okoniewski, M. J. AU - Miller, C. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - X:Map: annotation and visualization of genome structure for Affymetrix exon array analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm779 DO - 10.1093/nar/gkm779 ID - Yates2008 ER - TY - JOUR AU - Gellert, P. AU - Uchida, S. AU - Braun, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Exon Array Analyzer: a web interface for Affymetrix exon array analysis JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp577 DO - 10.1093/bioinformatics/btp577 ID - Gellert2009 ER -