Skip to main content

Table 13 Design of the simulation study

From: Selection of optimal reference genes for normalization in quantitative RT-PCR

             

Min Var of NF1

Scenario

Std Dev

Correlation Matrix of R

Total Covariance Matrix V

No Genes

True

Uncorr 2

 

0.30

1

0

0

0

0

0.25

0.16

0.16

0.16

0.16

1

0.250

0.250

Uncorrelated R

0.35

0

1

0

0

0

0.16

0.28

0.16

0.16

0.16

2

0.213

0.133

Sample Random

0.80

0

0

1

0

0

0.16

0.16

0.80

0.16

0.16

3

0.255

0.148

Effect Var = 0.16

0.90

0

0

0

1

0

0.16

0.16

0.16

0.97

0.16

4

0.264

0.144

 

1.00

0

0

0

0

1

0.16

0.16

0.16

0.16

1.16

5

0.267

0.139

 

0.60

1

0.2

0.2

0.2

0.2

0.38

0.10

0.11

0.15

0.16

1

0.380

0.380

Corr Coef = 0.2

0.70

0.2

1

0.2

0.2

0.2

0.10

0.51

0.13

0.17

0.19

2

0.275

0.223

Sample Random

0.75

0.2

0.2

1

0.2

0.2

0.11

0.13

0.58

0.19

0.20

3

0.239

0.164

Effect Var = 0.02

1.10

0.2

0.2

0.2

1

0.2

0.15

0.17

0.19

1.23

0.28

4

0.275

0.169

 

1.20

0.2

0.2

0.2

0.2

1

0.16

0.19

0.20

0.28

1.46

5

0.301

0.167

 

0.42

1

-0.2

-0.2

0.2

0.2

0.28

0.06

0.06

0.15

0.15

1

0.276

0.276

Corr Coef = ±0.2

0.45

-0.2

1

-0.2

0.2

0.2

0.06

0.30

0.06

0.15

0.15

2

0.176

0.145

Sample Random

0.48

-0.2

-0.2

1

0.2

0.2

0.06

0.06

0.33

0.16

0.16

3

0.141

0.101

Effect Var = 0.1

0.60

0.2

0.2

0.2

1

0.2

0.15

0.15

0.16

0.46

0.17

4

0.166

0.086

 

0.60

0.2

0.2

0.2

0.2

1

0.15

0.15

0.16

0.17

0.46

5

0.175

0.073

 

0.30

1

-0.4

0.0

0.0

0.0

0.25

0.11

0.16

0.16

0.16

1

0.250

0.090

Corr Coef = ±0.4

0.40

-0.4

1

0.0

0.0

0.0

0.11

0.32

0.16

0.16

0.16

2

0.199

0.063

Sample Random

0.60

0.0

0.0

1

0.0

0.0

0.16

0.16

0.52

0.16

0.16

3

0.217

0.068

Effect Var = 0.16

0.70

0.0

0.0

0.0

1

0.4

0.16

0.16

0.16

0.65

0.38

4

0.223

0.069

 

0.80

0.0

0.0

0.0

0.4

1

0.16

0.16

0.16

0.38

0.80

5

0.244

0.070

 

0.40

1

0.4

0.4

0.4

0.4

0.26

0.18

0.21

0.23

0.24

1

0.260

0.260

Corr Coef = 0.4

0.50

0.4

1

0.4

0.4

0.4

0.18

0.35

0.24

0.26

0.28

2

0.243

0.153

Sample Random

0.70

0.4

0.4

1

0.4

0.4

0.21

0.24

0.59

0.32

0.35

3

0.274

0.133

Effect Var = 0.1

0.80

0.4

0.4

0.4

1

0.4

0.23

0.26

0.32

0.74

0.39

4

0.302

0.121

 

0.90

0.4

0.4

0.4

0.4

1

0.24

0.28

0.35

0.39

0.91

5

0.331

0.114

  1. 1NF - normalizing factor
  2. 2Assuming Szabo et al [9] model
Back to article page

BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

Contact us