Skip to main content

Table 13 Design of the simulation study

From: Selection of optimal reference genes for normalization in quantitative RT-PCR

              Min Var of NF1
Scenario Std Dev Correlation Matrix of R Total Covariance Matrix V No Genes True Uncorr 2
  0.30 1 0 0 0 0 0.25 0.16 0.16 0.16 0.16 1 0.250 0.250
Uncorrelated R 0.35 0 1 0 0 0 0.16 0.28 0.16 0.16 0.16 2 0.213 0.133
Sample Random 0.80 0 0 1 0 0 0.16 0.16 0.80 0.16 0.16 3 0.255 0.148
Effect Var = 0.16 0.90 0 0 0 1 0 0.16 0.16 0.16 0.97 0.16 4 0.264 0.144
  1.00 0 0 0 0 1 0.16 0.16 0.16 0.16 1.16 5 0.267 0.139
  0.60 1 0.2 0.2 0.2 0.2 0.38 0.10 0.11 0.15 0.16 1 0.380 0.380
Corr Coef = 0.2 0.70 0.2 1 0.2 0.2 0.2 0.10 0.51 0.13 0.17 0.19 2 0.275 0.223
Sample Random 0.75 0.2 0.2 1 0.2 0.2 0.11 0.13 0.58 0.19 0.20 3 0.239 0.164
Effect Var = 0.02 1.10 0.2 0.2 0.2 1 0.2 0.15 0.17 0.19 1.23 0.28 4 0.275 0.169
  1.20 0.2 0.2 0.2 0.2 1 0.16 0.19 0.20 0.28 1.46 5 0.301 0.167
  0.42 1 -0.2 -0.2 0.2 0.2 0.28 0.06 0.06 0.15 0.15 1 0.276 0.276
Corr Coef = ±0.2 0.45 -0.2 1 -0.2 0.2 0.2 0.06 0.30 0.06 0.15 0.15 2 0.176 0.145
Sample Random 0.48 -0.2 -0.2 1 0.2 0.2 0.06 0.06 0.33 0.16 0.16 3 0.141 0.101
Effect Var = 0.1 0.60 0.2 0.2 0.2 1 0.2 0.15 0.15 0.16 0.46 0.17 4 0.166 0.086
  0.60 0.2 0.2 0.2 0.2 1 0.15 0.15 0.16 0.17 0.46 5 0.175 0.073
  0.30 1 -0.4 0.0 0.0 0.0 0.25 0.11 0.16 0.16 0.16 1 0.250 0.090
Corr Coef = ±0.4 0.40 -0.4 1 0.0 0.0 0.0 0.11 0.32 0.16 0.16 0.16 2 0.199 0.063
Sample Random 0.60 0.0 0.0 1 0.0 0.0 0.16 0.16 0.52 0.16 0.16 3 0.217 0.068
Effect Var = 0.16 0.70 0.0 0.0 0.0 1 0.4 0.16 0.16 0.16 0.65 0.38 4 0.223 0.069
  0.80 0.0 0.0 0.0 0.4 1 0.16 0.16 0.16 0.38 0.80 5 0.244 0.070
  0.40 1 0.4 0.4 0.4 0.4 0.26 0.18 0.21 0.23 0.24 1 0.260 0.260
Corr Coef = 0.4 0.50 0.4 1 0.4 0.4 0.4 0.18 0.35 0.24 0.26 0.28 2 0.243 0.153
Sample Random 0.70 0.4 0.4 1 0.4 0.4 0.21 0.24 0.59 0.32 0.35 3 0.274 0.133
Effect Var = 0.1 0.80 0.4 0.4 0.4 1 0.4 0.23 0.26 0.32 0.74 0.39 4 0.302 0.121
  0.90 0.4 0.4 0.4 0.4 1 0.24 0.28 0.35 0.39 0.91 5 0.331 0.114
  1. 1NF - normalizing factor
  2. 2Assuming Szabo et al [9] model