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Table 3 Overlap between predicted tissue specific miRNAs, Arora and Simpson data, and available experimental data

From: Detecting microRNA activity from gene expression data

Predicted miRNA

Brain

Heart

Kidney

Liver

Lung

Ovary

Skeletal Muscle

Testes

let-7/a/b/f

Y*, 1,2,3

*

*

*

*

*

*

*

miR-1/206

 

Y*, 1,2,3

 

*

  

Y, 2

 

miR-7

Y, 2

 

Y

     

miR-10/a/b

  

*

Y, 10

 

*

  

miR-15/a/b

*

 

Y*, 15

 

*

Y*, 18

 

*

miR-18/a/b

       

Y

miR-21

Y, 4

  

Y, 10

    

miR-22

 

Y, 3

  

Y

 

Y

 

miR-23a/b

    

Y, 2

   

miR-24/*

 

*

  

*

Y*, 18

  

miR-29/a/b/c

Y*, 2,3

 

*

     

miR-30

*

*

Y*, 2,15

*

*

Y*, 18

*

*

miR-33

    

Y

 

*

*

miR-34/b/c

     

*

Y

Y*, 16

miR-99/b

 

Y, 1

Y

     

miR-101

*

  

Y*, 2

  

*

 

miR-122/a

   

Y*, 1,2,3

    

miR-125/a/b

*

Y*, 1,2

*

 

*

Y*, 18

  

miR-126

  

Y, 2

 

Y, 2

   

miR-127

 

Y

    

Y

 

miR-128/b

*

 

*

 

*

*

Y*

 

miR-129/3p

      

Y

 

miR-133/a/b

 

Y*, 2,3

    

Y*, 2,3

 

miR-134

 

Y

      

miR-135/a/b

  

Y

  

Y

  

miR-136

    

Y

  

*

miR-137

*

  

Y*

Y*

*

  

miR-141

  

Y, 8

 

Y

   

miR-142-3p/5p

 

Y

  

Y, 11

  

Y

miR-143

Y, 3

       

miR-146/a/b

Y, 1

  

Y

Y*, 12

*

  

miR-151

    

Y

   

miR-152

   

Y

   

Y

miR-181a

     

Y

  

miR-182/*

   

Y

 

Y

 

Y

miR-184

Y, 17

       

miR-187

       

Y

miR-188

     

Y

  

miR-190

  

*

 

Y

   

miR-191

   

Y

    

miR-195

     

Y, 18

  

miR-196/a/b

Y*

*

*

  

*

*

*

miR-199/b

Y, 5

Y, 15

    

*

 

miR-200/a/b/c

  

Y, 7,8

Y, 10

  

Y

 

miR-205

       

Y

miR-208

   

Y

    

miR-210

   

Y

   

Y

miR-212

   

Y

    

miR-215

       

Y

miR-217

    

Y

Y

  

miR-219

Y, 1

    

Y

  

miR-221

    

Y, 13

  

Y

miR-222

   

Y, 10

   

Y

miR-223

  

Y, 9

     

miR-299-3p/5p

Y

       

miR-302

   

Y

    

miR-324-5p

    

Y

   

miR-325

  

Y

 

Y

Y

  

miR-326

     

Y

  

miR-335

Y, 4

      

*

miR-340

Y

       

miR-361

  

Y

     

miR-369-3p/5p

  

Y

     

miR-375

Y*

       

miR-411

  

Y

     
  1. Y represents miRNAs predicted by CIA. * represents those miRNAs also predicted by Arora and Simpson. Those miRNAs in bold were not incorporated into TargetScan version 3.1 (used by Arora and Simpson). The numbers are the references from available experimental data. References: 1. Gu et al., [44], 2. Sempere et al., [33], 3. Lagos-Quint et al., [32], 4. Sathyan et al., [45], 5. Hua et al., [46], 6. Chan et al., [47], 7. Gregory et al., [48], 8. Nakada et al., [49], 9. Anglicheau et al., [50], 10. Ladeiro et al., [51], 11. Lui et al., [52], 12. Raponi et al., [53] 13. Navarro et al., [54], 14.Lagos-Quint et al., [55], 15. Naraba et al., [56], 16. Yu et al., [57], 17. Nomura et al., [58], 18. Baskerville et al. [35].
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BMC Bioinformatics

ISSN: 1471-2105

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