Skip to main content

Advertisement

Table 2 Univariate results by logistic regression, training and test sets combined.

From: A classification model for distinguishing copy number variants from cancer-related alterations

  Smoothed CBS GLAD Unsmoothed CBS
  β P β P β P
Height 3.95E - 01 1.16E - 20 4.88E - 01 7.93E - 27 8.88E - 01 6.47E - 117
Relative height 7.14E - 02 3.36E - 17 9.34E - 02 9.75E - 26 1.64E - 01 7.79E - 102
Break -3.43E - 01 1.06E - 24 -3.39E - 01 2.47E - 26 -3.42E - 01 3.33E - 36
Close to other candidates -1.19E + 00 2.17E - 32 -8.06E - 01 6.78E - 17 -1.17E + 00 1.19E - 37
Overlap with CNAs -7.10E - 02 1.24E - 26 -6.67E - 02 6.88E - 25 -5.07E - 02 9.44E - 22
Database score 3.06E - 01 4.08E - 306 3.06E - 01 1.98E - 323 2.27E - 01 8.60E - 186
Database score II 9.79E - 03 3.19E - 159 9.35E - 03 2.16E - 167 5.90E - 03 5.25E - 74
Overlap w. other pts: % 8.89E + 00 4.98E - 254 8.02E + 00 8.64E - 276 5.45E + 00 1.71E - 158
Matching bkpt in other: % 17.31 2.58E - 276 13.13 1.11E - 246 9.14 3.62E - 178
Overlap w. other pts - GG 3.42E - 01 3.63E - 199 3.37E - 01 1.04E - 208 -1.70E - 01 6.08E - 258
LG 2.85E + 00   2.85E + 00   2.29E + 00  
LL 1.68E + 00   1.73E + 00   2.13E + 00  
Closeness to centromere 8.41E - 01 2.55E - 09 7.98E - 01 2.72E - 09 7.15E - 02 5.95E - 01
Closeness to telomere 4.24E - 01 2.15E - 04 5.78E - 01 2.46E - 07 -1.55E - 01 1.27E - 01
Length -2.46E - 06 2.14E - 130 -1.78E - 06 9.65E - 94 -2.65E - 06 1.27E - 183
Dat. score of other cand. 5.98E - 02 6.69E - 17 5.45E - 02 9.41E - 14 5.17E - 02 9.02E - 11
Percent of Normal 3.40E + 00 5.29E - 59 2.70E + 00 3.35E - 50 2.78E + 00 1.72E - 60
Segmental duplication 6.81E - 01 5.71E - 11 7.16E - 01 1.51E - 13 1.79E - 01 5.85E - 02
Sign -2.74E - 01 5.10E - 14 -2.62E - 01 2.73E - 13 -7.05E - 01 2.06E - 107
Surrounded by Normals 1.30E + 00 2.28E - 23 1.07E + 00 5.02E - 23 1.31E + 00 7.06E - 32