TY - JOUR AU - Kallioniemi, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - CGH microarrays and cancer JO - Curr Opin Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2007.11.004 DO - 10.1016/j.copbio.2007.11.004 ID - Kallioniemi2008 ER - TY - JOUR AU - Shinawi, M. AU - Cheung, S. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - The array CGH and its clinical applications JO - Drug Discov Today VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/j.drudis.2008.06.007 DO - 10.1016/j.drudis.2008.06.007 ID - Shinawi2008 ER - TY - JOUR AU - van de Wiel, M. A. AU - Smeets, S. J. AU - Brakenhoff, R. H. AU - Ylstra, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - CGHMultiArray: exact P-values for multi-array comparative genomic hybridization data JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti489 DO - 10.1093/bioinformatics/bti489 ID - van de Wiel2005 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J Roy Stat Soc Ser B VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Lee, M. L. T. AU - Whitmore, G. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Power and sample size for DNA microarray studies JO - Stat Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1002/sim.1335 DO - 10.1002/sim.1335 ID - Lee2002 ER - TY - JOUR AU - Muller, P. AU - Parmigiani, G. AU - Robert, C. AU - Rousseau, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Optimal sample size for multiple testing: the case of gene expression microarrays JO - J Am Stat Assoc VL - 99 UR - https://doi.org/10.1198/016214504000001646 DO - 10.1198/016214504000001646 ID - Muller2004 ER - TY - JOUR AU - Pan, W. AU - Lin, J. AU - Le, C. T. PY - 2002 DA - 2002// TI - How many replicates of arrays are required to detect gene expression changes in microarray experiments? A mixture model approach JO - Genome Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-5-research0022 DO - 10.1186/gb-2002-3-5-research0022 ID - Pan2002 ER - TY - JOUR AU - Pawitan, Y. AU - Michiels, S. AU - Koscielny, S. AU - Gusnanto, A. AU - Ploner, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - False discovery rate, sensitivity and sample size for microarray studies JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti448 DO - 10.1093/bioinformatics/bti448 ID - Pawitan2005 ER - TY - JOUR AU - Tibshirani, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - A simple method for assessing sample sizes in microarray experiments JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-106 DO - 10.1186/1471-2105-7-106 ID - Tibshirani2006 ER - TY - JOUR AU - Ferreira, J. A. AU - Zwinderman, A. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Approximate power and sample size calculations with the Benjamini-Hochberg method JO - Int J Biostat VL - 2 ID - Ferreira2006 ER - TY - JOUR AU - Jørstad, T. S. AU - Midelfart, H. AU - Bones, A. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A mixture model approach to sample size estimation in two-sample comparative microarray experiments JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-117 DO - 10.1186/1471-2105-9-117 ID - Jørstad2008 ER - TY - CHAP AU - van de Wiel, M. A. AU - Picard, F. AU - van Wieringen, W. N. AU - Ylstra, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Preprocessing and downstream analysis of microarray DNA copy number profiles BT - Brief Bioin-form ID - van de Wiel2010 ER - TY - JOUR AU - van de Wiel, M. A. AU - van Wieringen, W. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - CGHregions: dimension reduction for array CGH data with minimal information loss JO - Cancer Informatics VL - 3 ID - van de Wiel2007 ER - TY - JOUR AU - Ferreira, J. A. AU - Zwinderman, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Approximate sample size calculations with microarray data: an illustration JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 5 ID - Ferreira2006 ER - TY - JOUR AU - Chin, S. F. AU - Teschendorff, A. E. AU - Marioni, J. C. AU - Wang, Y. AU - Barbosa-Morais, N. L. AU - Thorne, N. P. AU - Costa, J. L. AU - Pinder, S. E. AU - van de Wiel, M. A. AU - Green, A. R. AU - Ellis, I. O. AU - Porter, P. L. AU - Tavare, S. AU - Brenton, J. D. AU - Ylstra, B. AU - Caldas, C. PY - 2007 DA - 2007// TI - High-resolution aCGH and expression profiling identifies a novel genomic subtype of ER negative breast cancer JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-10-r215 DO - 10.1186/gb-2007-8-10-r215 ID - Chin2007 ER - TY - JOUR AU - Douglas, E. J. AU - Fiegler, H. AU - Rowan, A. AU - Halford, S. AU - Bicknell, D. C. AU - Bodmer, W. AU - Tomlinson, I. P. M. AU - Carter, N. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - Array comparative genomic hybridization analysis of colorectal cancer cell lines and primary carcinomas JO - Cancer Res VL - 64 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-0328 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-0328 ID - Douglas2004 ER - TY - JOUR AU - Fridlyand, J. AU - Snijders, A. M. AU - Ylstra, B. AU - Li, H. AU - Olshen, A. AU - Seg-raves, R. AU - Dairkee, S. AU - Tokuyasu, T. AU - Ljung, B. M. AU - Jain, A. N. AU - McLennan, J. AU - Ziegler, J. AU - Chin, K. AU - Devries, S. AU - Feiler, H. AU - Gray, J. W. AU - Waldman, F. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Breast tumor copy number aberration phenotypes and ge-nomic instability JO - BMC Cancer VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-6-96 DO - 10.1186/1471-2407-6-96 ID - Fridlyand2006 ER - TY - JOUR AU - Myllykangas, S. AU - Junnila, S. AU - Kokkola, A. AU - Autio, R. AU - Scheinin, I. AU - Kiviluoto, T. AU - Karjalainen-Lindsberg, M. AU - Hollmen, J. AU - Knuu-tila, S. AU - Puolakkainen, P. AU - Monni, O. PY - 2008 DA - 2008// TI - Integrated gene copy number and expression microarray analysis of gastric cancer highlights potential target genes JO - Int J Cancer VL - 123 UR - https://doi.org/10.1002/ijc.23574 DO - 10.1002/ijc.23574 ID - Myllykangas2008 ER - TY - JOUR AU - Nymark, P. AU - Wikman, H. AU - Ruosaari, S. AU - Hollmen, J. AU - Vanhala, E. AU - Karjalainen, A. AU - Anttila, S. AU - Knuutila, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of specific gene copy number changes in asbestos-related lung cancer JO - Cancer Res VL - 66 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-06-0199 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-06-0199 ID - Nymark2006 ER - TY - JOUR AU - Postma, C. AU - Koopman, M. AU - Buffart, T. E. AU - Eijk, P. P. AU - Carvalho, B. AU - Peters, G. J. AU - Ylstra, B. AU - van Krieken, J. H. AU - Punt, C. J. A. AU - Meijer, G. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - DNA copy number profiles of primary tumors as predictors of response to chemotherapy in advanced colorectal cancer JO - Ann Oncol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/annonc/mdn738 DO - 10.1093/annonc/mdn738 ID - Postma2009 ER - TY - JOUR AU - Smeets, S. J. AU - Braakhuis, B. J. M. AU - Abbas, S. AU - Snijders, P. J. F. AU - Ylstra, B. AU - van de Wiel, M. A. AU - Meijer, G. A. AU - Leemans, C. R. AU - Brak-enhoff, R. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Genome-wide DNA copy number alterations in head and neck squamous cell carcinomas with or without oncogene-expressing human pa-pillomavirus JO - Oncogene VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/sj.onc.1209275 DO - 10.1038/sj.onc.1209275 ID - Smeets2006 ER - TY - JOUR AU - Wrage, M. AU - Ruosaari, S. AU - Eijk, P. P. AU - Kaifi, J. T. AU - Hollmen, J. AU - Yekebas, E. F. AU - Izbicki, J. R. AU - Brakenhoff, R. H. AU - Streichert, T. AU - Riethdorf, S. AU - Glatzel, M. AU - Ylstra, B. AU - Pantel, K. AU - Wikman, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genomic profiles associated with early micrometas-tasis in lung cancer: relevance of 4q deletion JO - Clin Cancer Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-08-2188 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-08-2188 ID - Wrage2009 ER - TY - JOUR AU - van den Ijssel, P. AU - Tijssen, M. AU - Chin, S. F. AU - Eijk, P. AU - Carvalho, B. AU - Hopmans, E. AU - Holstege, H. AU - Bangarusamy, D. K. AU - Jonkers, J. AU - Meijer, G. A. AU - Caldas, C. AU - Ylstra, B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Human and mouse oligonucleotide-based array CGH JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gni191 DO - 10.1093/nar/gni191 ID - van den Ijssel2005 ER - TY - JOUR AU - Fiegler, H. AU - Carr, P. AU - Douglas, E. J. AU - Burford, D. C. AU - Hunt, S. AU - Scott, C. E. AU - Smith, J. AU - Vetrie, D. AU - Gorman, P. AU - Tomlinson, I. P. M. AU - Carter, N. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - DNA microarrays for comparative ge-nomic hybridization based on DOP-PCR amplification of BAC and PAC clones JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 36 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.10155 DO - 10.1002/gcc.10155 ID - Fiegler2003 ER - TY - JOUR AU - Snijders, A. M. AU - Nowak, N. AU - Segraves, R. AU - Blackwood, S. AU - Brown, N. AU - Conroy, J. AU - Hamilton, G. AU - Hindle, A. K. AU - Huey, B. AU - Kimura, K. AU - Law, S. AU - Myambo, K. AU - Palmer, J. AU - Ylstra, B. AU - Yue, J. P. AU - Gray, J. W. AU - Jain, A. N. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Assembly of mi-croarrays for genome-wide measurement of DNA copy number JO - Nat Genet VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/ng754 DO - 10.1038/ng754 ID - Snijders2001 ER - TY - JOUR AU - van de Wiel, M. A. AU - Brosens, R. AU - Eilers, P. H. C. AU - Kumps, C. AU - Meijer, G. A. AU - Menten, B. AU - Sistermans, E. AU - Speleman, F. AU - Timmerman, M. E. AU - Ylstra, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Smoothing waves in array CGH tumor profiles JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp132 DO - 10.1093/bioinformatics/btp132 ID - van de Wiel2009 ER - TY - JOUR AU - Venkatraman, E. S. AU - Olshen, A. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - A faster circular binary segmentation algorithm for the analysis of array CGH data JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl646 DO - 10.1093/bioinformatics/btl646 ID - Venkatraman2007 ER - TY - JOUR AU - van de Wiel, M. A. AU - Kim, K. I. AU - Vosse, S. J. AU - van Wieringen, W. N. AU - Wilting, S. M. AU - Ylstra, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - CGHcall: calling aberrations for array CGH tumor profiles JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm030 DO - 10.1093/bioinformatics/btm030 ID - van de Wiel2007 ER - TY - JOUR AU - Scheinin, I. AU - Myllykangas, S. AU - Borze, I. AU - Bohling, T. AU - Knuutila, S. AU - Saharinen, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - CanGEM: mining gene copy number changes in cancer JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm802 DO - 10.1093/nar/gkm802 ID - Scheinin2008 ER - TY - CHAP PY - 2009 DA - 2009// BT - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref30 ER -