Skip to main content

Table 6 List of genesets in the C2.KEGG category detected significantly by the FAERI.perms method (detection threshold of 0.05 for the p-values)

From: Functional Analysis: Evaluation of Response Intensities - Tailoring ANOVA for Lists of Expression Subsets

  faeri.
fixed.perms
faeri.
fixed.null
a2.fixed GSA.
mean
GSA.
absmean
GSA.
maxmean
Globaltest.
asymptocic
Globaltest.
gamma
Globaltest.
perm
Gsea.
pval
Gsea.
fdr
Samgs.
pval
Samgs.
qval
Gse1056 Gse4086
hsa00010_glycolysis_and_gluconeogenesis 1.8E-03 0.64 1.2E-13 0.96 0.95 0.98 0.020 7.8E-03 0.10 0.11 0.17 0.10 0.08 0.047 8.0E-04
hsa00020_citrate_circle 6.9E-03 0.38 1.7E-05 0.19 0.65 0.10 0.08 0.035 0.10 0.22 0.40 0.19 0.08 0.020 1.9E-03
hsa00030_pentose_phosphate_pathway 8.4E-03 0.41 9.5E-04 0.95 0.90 0.97 0.024 8.8E-03 0.10 0.23 0.28 0.10 0.08 3.0E-03 0.019
hsa00051_fructose_and_mannose_metabolism 0.011 0.97 6.0E-04 0.92 0.68 0.97 0.043 0.014 0.10 0.24 0.38 0.10 0.08 0.025 3.9E-03
hsa00100_biosynthesis_of_steroids 4.0E-04 0.94 2.5E-04 0.15 0.75 0.0E+00 0.14 0.10 0.30 0.11 0.32 0.10 0.08 2.0E-04 1.0E-04
hsa00190_oxidative_phosphorylation 0.036 0.99 4.5E-07 0.23 0.48 0.27 0.30 0.35 0.50 0.40 0.53 0.49 0.08 0.0E+00 0.0E+00
hsa00230_purine_metabolism 0.047 1.00 0.12 0.69 0.43 0.63 0.13 0.10 0.30 0.23 0.51 0.49 0.08 7.0E-04 1.0E-04
hsa00480_glutathione_metabolsim 0.025 1.00 1.0E-03 0.19 0.52 0.10 0.27 0.30 0.50 0.22 0.37 0.30 0.08 9.0E-04 0.012
hsa00511_n_glycan_degradation 9.5E-03 0.90 0.020 0.19 0.59 0.08 0.15 0.14 0.30 0.29 0.48 0.30 0.08 0.06 0.21
Hsa00530_aminosugars_metabolism 0.031 0.19 0.040 0.19 0.55 0.07 0.10 0.06 0.30 0.18 0.48 0.30 0.08 0.026 0.12
Hsa00620_pyruvate_metabolism 0.011 1.00 2.6E-05 0.09 0.68 0.045 0.06 0.031 0.10 0.11 0.19 0.10 0.08 8.2E-03 5.0E-04
Hsa00710_carbon_fixation 0.022 1.00 3.3E-03 0.95 0.90 0.97 0.045 0.017 0.10 0.23 0.35 0.10 0.08 0.019 0.034
Hsa00720_reductive_caboxylate_cycle 0.031 1.00 4.2E-04 0.10 0.75 0.0E+00 0.07 0.034 0.10 0.11 0.30 0.10 0.08 4.6E-03 0.038
Hsa00900_terpenoid_biosynthesis 0.018 0.047 0.010 0.25 0.77 0.025 0.06 0.019 0.10 0.48 0.63 0.10 0.08 0.07 0.035
Hsa01032_glycan_structures_degradation 4.7E-03 0.83 3.9E-03 0.19 0.55 0.13 0.14 0.13 0.30 0.10 0.43 0.40 0.08 0.05 0.08
Hsa01510_neurodegenerative_diseases 0.010 1.00 0.21 0.92 0.92 0.97 0.09 0.043 0.10 0.71 0.72 0.10 0.08 0.08 9.0E-03
Hsa03010_ribosome 5.0E-04 0.91 1.1E-10 0.78 0.57 0.86 0.24 0.26 0.40 0.11 0.22 0.29 0.08 0.27 2.0E-04
Hsa03320_ppar_signaling_pathway 0.014 1.00 3.9E-03 0.17 0.55 0.035 0.06 0.039 0.10 0.11 0.27 0.40 0.08 0.017 6.9E-03
Hsa04010_mapk_signaling_pathway 0.020 0.90 0.57 0.59 0.30 0.33 0.22 0.22 0.50 0.30 0.54 0.49 0.08 0.0E+00 0.0E+00
Hsa04130_snare_interactions_in_vesicular_transport 8.6E-03 0.97 0.11 0.18 0.56 0.11 0.16 0.10 0.40 0.61 0.71 0.40 0.08 0.48 2.8E-03
Hsa4150_mtor_signaling_pathway 0.038 0.23 4.8E-03 0.81 0.47 0.75 0.039 0.010 0.10 0.12 0.32 0.38 0.08 0.017 0.039
Hsa04210_apoptosis 3.7E-03 0.05 0.39 0.41 0.31 0.41 0.20 0.16 0.40 0.81 0.76 0.49 0.08 1.0E-04 9.0E-04
Hsa04370_vegf_signaling_pathway 0.030 0.08 2.6E-03 0.87 0.29 0.83 0.047 0.017 0.10 0.11 0.23 0.10 0.08 7.0E-04 0.026
Hsa04510_focal_adhesion 0.035 0.19 0.025 0.73 0.26 0.48 0.07 0.034 0.20 0.11 0.24 0.19 0.08 4.3E-03 0.0E+00
Hsa04620_toll_like_receptor_signaling_pathway 5.7E-03 0.047 0.020 0.61 0.47 0.66 0.049 0.018 0.10 0.11 0.44 0.10 0.08 0.033 4.0E-04
Hsa04650_natural_killer_cell_mediated_cytotoxicity 0.016 0.10 0.58 0.29 0.43 0.17 0.20 0.17 0.50 0.60 0.72 0.72 0.08 7.0E-03 0.0E+00
Hsa04660_t_cell_receptor_signaling_pathway 0.036 0.10 0.65 0.95 0.55 0.97 0.07 0.025 0.10 0.11 0.41 0.41 0.08 1.6E-03 7.1E-03
Hsa04662_b_cell_receptor_signaling_pathway 1.5E-03 0.97 0.78 0.40 0.48 0.13 0.06 0.011 0.10 0.53 0.63 0.63 0.08 2.2E-03 2.0E-04
Hsa04664_fc_epsilon_ri_signaling_pathway 0.039 0.97 0.05 0.91 0.55 0.97 0.032 6.9E-03 0.10 0.11 0.25 0.25 0.08 8.9E-03 0.022
Hsa04810_regulation_of_actin_cytoskeleton 0.024 0.52 0.023 0.30 0.40 0.38 0.29 0.32 0.50 0.42 0.52 0.52 0.08 1.0E-04 0.0E+00
Hsa05040_huntingtons_disease 3.0E-04 0.50 6.6E-03 0.78 0.95 0.98 0.13 0.06 0.10 0.29 0.45 0.45 0.08 0.83 1.1E-03
Hsa05150_cholera_infection 0.019 1.00 2.9E-03 0.37 0.73 0.11 0.045 0.015 0.10 0.37 0.51 0.51 0.08 0.12 9.4E-03
Hsa05120_epithelial_cell_signaling_in_helicobacter_pylorii_infection 0.036 1.00 1.1E-03 0.11 0.55 0.045 0.15 0.09 0.30 0.21 0.48 0.48 0.08 1.3E-03 1.3E-03
Hsa05130_pathogenic_escherishia_coli_infection_ehec 0.047 1.00 0.044 0.26 0.47 0.18 0.20 0.17 0.40 0.18 0.29 0.29 0.08 4.9E-03 3.8E-03
Hsa05131_pathogenic_escherishia_coli_infection_epec 0.047 1.00 0.044 0.26 0.47 0.18 0.20 0.17 0.40 0.18 0.29 0.29 0.08 4.9E-03 3.8E-03
Hsa05210_colorectal_cancer 0.041 7.1E-03 0.36 0.67 0.29 0.41 0.16 0.09 0.40 0.22 0.35 0.35 0.08 0.011 8.8E-03
Hsa05211_renal_cell_carcinoma 0.017 7.1E-03 5.3E-04 0.91 0.55 0.97 0.036 9.9E-03 0.10 0.12 0.24 0.24 0.08 8.2E-03 0.021
Hsa05212_pancreatic_cancer 0.013 9.5E-03 0.44 0.47 0.29 0.34 0.09 0.041 0.20 0.43 0.54 0.54 0.08 4.3E-03 3.0E-03
Hsa05216_thyroid_cancer 4.0E-03 0.86 0.91 0.53 0.55 0.20 0.17 0.15 0.30 0.30 0.54 0.54 0.08 1.0E-03 0.10
Hsa05219_bladder_cancer 0.048 0.47 0.60 0.57 0.55 0.61 0.11 0.08 0.30 0.91 0.80 0.80 0.08 9.1E-03 0.08
Hsa05220_chronic_myeloid_leukemia 0.028 1.00 0.73 0.37 0.31 0.41 0.15 0.09 0.40 0.61 0.65 0.65 0.08 1.0E-04 7.9E-03
Hsa05221_acute_myeloid_leukemia 6.0E-04 1.00 0.24 0.24 0.31 0.26 0.15 0.11 0.30 0.60 0.72 0.72 0.08 0.0E+00 0.018
  1. For each geneset, the p-values obtained by each method are listed. The values in plain text are not significant. The p-values of the significant (0.05) and highly significant (scientific notation) genesets are shown in bold. The two last columns give the p-values obtained for datasets GSE-1056 and GSE-4086 by FAERI.perms, to illustrate the coherence of the results presented.