TY - JOUR PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Clark, J. I. AU - Brooksbank, C. AU - Lomax, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - It's all GO for plant scientists JO - Plant Physiol VL - 138 UR - https://doi.org/10.1104/pp.104.058529 DO - 10.1104/pp.104.058529 ID - Clark2005 ER - TY - JOUR AU - Hubbard, T. J. P. AU - Aken, B. L. AU - Beal, K. AU - Ballester, B. AU - Caccamo, M. AU - Chen, Y. AU - Clarke, L. AU - Coates, G. AU - Cunningham, F. AU - Cutts, T. AU - Down, T. AU - Dyer, S. C. AU - Fitzgerald, S. AU - Fernandez-Banet, J. AU - Graf, S. AU - Haider, S. AU - Hammond, M. AU - Herrero, J. AU - Holland, R. AU - Howe, K. AU - Howe, K. AU - Johnson, N. AU - Kahari, A. AU - Keefe, D. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Lawson, D. AU - Longden, I. AU - Melsopp, C. AU - Megy, K. AU - Meidl, P. AU - Overduin, B. AU - Parker, A. AU - Prlic, A. AU - Rice, S. AU - Rios, D. AU - Schuster, M. AU - Sealy, I. AU - Severin, J. AU - Slater, G. AU - Smedley, D. AU - Spudich, G. AU - Trevanion, S. AU - Vilella, A. AU - Vogel, J. AU - White, S. AU - Wood, M. AU - Cox, T. AU - Curwen, V. AU - Durbin, R. AU - Fernandez-Suarez, X. M. AU - Flicek, P. AU - Kasprzyk, A. AU - Proctor, G. AU - Searle, S. AU - Smith, J. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Birney, E. PY - 2007 DA - 2007// TI - Ensembl JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl996 DO - 10.1093/nar/gkl996 ID - Hubbard2007 ER - TY - JOUR PY - 2009 DA - 2009// TI - The Gene Ontology's Reference Genome Project: a unified framework for functional annotation across species JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000431 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000431 ID - ref4 ER - TY - JOUR AU - Hunter, S. AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bairoch, A. AU - Bateman, A. AU - Binns, D. AU - Bork, P. AU - Das, U. AU - Daugherty, L. AU - Duquenne, L. AU - Finn, R. D. AU - Gough, J. AU - Haft, D. AU - Hulo, N. AU - Kahn, D. AU - Kelly, E. AU - Laugraud, A. AU - Letunic, I. AU - Lonsdale, D. AU - Lopez, R. AU - Madera, M. AU - Maslen, J. AU - McAnulla, C. AU - McDowall, J. AU - Mistry, J. AU - Mitchell, A. AU - Mulder, N. AU - Natale, D. AU - Orengo, C. AU - Quinn, A. F. AU - Selengut, J. D. AU - Sigrist, C. J. A. AU - Thimma, M. AU - Thomas, P. D. AU - Valentin, F. AU - Wilson, D. AU - Wu, C. H. AU - Yeats, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - InterPro JO - Bioinformatics VL - 37 ID - Hunter2009 ER - TY - JOUR PY - 2010 DA - 2010// TI - The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010 JO - Nucleic Acids Res VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp846 DO - 10.1093/nar/gkp846 ID - ref6 ER - TY - JOUR AU - Camon, E. AU - Barrell, D. AU - Brooksbank, C. AU - Magrane, M. AU - Apweiler, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - The Gene ontology Annotation (GOA) project-application of GO in SWISS-PROT, TrEMBL and InterPro JO - Comparative and Functional Genomics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1002/cfg.235 DO - 10.1002/cfg.235 ID - Camon2003 ER - TY - JOUR AU - Kuśnierczyk, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Taxonomy-based partitioning of the Gene Ontology JO - J Biomed Inform VL - 41 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbi.2007.07.007 DO - 10.1016/j.jbi.2007.07.007 ID - Kuśnierczyk2008 ER - TY - JOUR AU - Vastrik, I. AU - D'Eustachio, P. AU - Schmidt, E. AU - Joshi-Tope, G. AU - Gopinath, G. AU - Croft, D. AU - de Bono, B. AU - Gillespie, M. AU - Jassal, B. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reactome: a knowledge base of biologic pathways and processes JO - Genome biology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-3-r39 DO - 10.1186/gb-2007-8-3-r39 ID - Vastrik2007 ER - TY - CHAP AU - Mi, H. AU - Dong, Q. AU - Muruganujan, A. AU - Gaudet, P. AU - Lewis, S. AU - Thomas, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - PANTHER version 7: improved phylogenetic trees, orthologs and collaboration with the Gene Ontology Consortium BT - Nucleic Acids Research ID - Mi2009 ER - TY - JOUR AU - Millard, A. AU - Clokie, M. R. AU - Shub, D. A. AU - Mann, N. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Genetic organization of the psbAD region in phages infecting marine Synechococcus strains JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 27 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0401478101 DO - 10.1073/pnas.0401478101 ID - Millard2004 ER - TY - JOUR AU - Evans, L. AU - Lavignon, M. AU - Taylor, M. AU - Alamgir, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Antigenic subclasses of polytropic murine leukemia virus (MLV) isolates reflect three distinct groups of endogenous polytropic MLV-related sequences in NFS/N mice JO - J Virol VL - 77 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.77.19.10327-10338.2003 DO - 10.1128/JVI.77.19.10327-10338.2003 ID - Evans2003 ER - TY - STD TI - OBO Conversion of NCBI Taxonomy[http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy] UR - http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=ncbi_taxonomy ID - ref13 ER - TY - CHAP AU - Courtot, M. AU - Gibson, F. AU - Lister, A. AU - Malone, J. AU - Schober, D. AU - Brinkman, R. AU - Ruttenberg, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - MIREOT: the Minimum Information to Reference an External Ontology Term BT - ICBO ID - Courtot2009 ER - TY - CHAP AU - Carbon, S. AU - Ireland, A. AU - Mungall, C. J. AU - Shu, S. AU - Marshall, B. AU - Lewis, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - AmiGO: online access to ontology and annotation data BT - Bioinformatics ID - Carbon2008 ER - TY - STD TI - GOBO Perl Toolkit[http://search.cpan.org/dist/GOBO/] UR - http://search.cpan.org/dist/GOBO/ ID - ref16 ER - TY - CHAP AU - Wielemaker, J. ED - Mesnard, F. ED - Serebenik, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - An overview of the SWI-Prolog Programming Environment BT - Proceedings of the 13th International Workshop on Logic Programming Environments PB - Katholieke Universiteit Leuven CY - Heverlee, Belgium ID - Wielemaker2003 ER - TY - CHAP AU - Mungall, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Experiences Using Logic Programming in Bioinformatics BT - Proceedings of the 13th International Workshop on Logic Programming Environments ID - Mungall2009 ER - TY - STD TI - Smith B, Ceusters W, Kohler J, Kumar A, Lomax J, Mungall C, Neuhaus F, Rector A, Rosse C: Relations in Biomedical Ontologies. Genome Biology 2005., 6(5): [http://genomebiology.com/2005/6/5/R46] 10.1186/gb-2005-6-5-r46 UR - http://genomebiology.com/2005/6/5/R46 ID - ref19 ER - TY - CHAP AU - Mungall, C. J. AU - Bada, M. AU - Berardini, T. Z. AU - Deegan, J. AU - Ireland, A. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Lomax, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cross-Product Extensions of the Gene Ontology BT - Journal of Biomedical Informatics ID - Mungall2010 ER - TY - JOUR AU - Day-Richter, J. AU - Harris, M. A. AU - Haendel, M. AU - Lewis, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - OBO-Edit - An ontology editor for biologists JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm112 DO - 10.1093/bioinformatics/btm112 ID - Day-Richter2007 ER -