TY - JOUR AU - Persson, B. AU - Hedlund, J. AU - Jornvall, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Medium- and short-chain dehydrogenase/reductase gene and protein families: the MDR superfamily JO - Cell Mol Life Sci VL - 65 UR - https://doi.org/10.1007/s00018-008-8587-z DO - 10.1007/s00018-008-8587-z ID - Persson2008 ER - TY - STD TI - The Uniprot consortium: The Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Res 2007, (35 Database):D193–197. ID - ref2 ER - TY - JOUR AU - Nordling, E. AU - Jornvall, H. AU - Persson, B. PY - 2002 DA - 2002// TI - Medium-chain dehydrogenases/reductases (MDR). Family characterizations including genome comparisons and active site modeling JO - Eur J Biochem VL - 269 UR - https://doi.org/10.1046/j.1432-1033.2002.03114.x DO - 10.1046/j.1432-1033.2002.03114.x ID - Nordling2002 ER - TY - JOUR AU - Kavanagh, K. L. AU - Jornvall, H. AU - Persson, B. AU - Oppermann, U. PY - 2008 DA - 2008// TI - Medium- and short-chain dehydrogenase/reductase gene and protein families: the SDR superfamily: functional and structural diversity within a family of metabolic and regulatory enzymes JO - Cell Mol Life Sci VL - 65 UR - https://doi.org/10.1007/s00018-008-8588-y DO - 10.1007/s00018-008-8588-y ID - Kavanagh2008 ER - TY - JOUR AU - Jornvall, H. PY - 1970 DA - 1970// TI - Horse liver alcohol dehydrogenase. The primary structure of the protein chain of the ethanol-active isoenzyme JO - Eur J Biochem VL - 16 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1970.tb01049.x DO - 10.1111/j.1432-1033.1970.tb01049.x ID - Jornvall1970 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, J. AU - Cederlund, E. AU - Jornvall, H. PY - 1984 DA - 1984// TI - Sorbitol dehydrogenase. The primary structure of the sheep-liver enzyme JO - Eur J Biochem VL - 140 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1984.tb08059.x DO - 10.1111/j.1432-1033.1984.tb08059.x ID - Jeffery1984 ER - TY - JOUR AU - Persson, B. AU - Zigler, J. S. AU - Jornvall, H. PY - 1994 DA - 1994// TI - A super-family of medium-chain dehydrogenases/reductases (MDR). Sub-lines including zeta-crystallin, alcohol and polyol dehydrogenases, quinone oxidoreductase enoyl reductases, VAT-1 and other proteins JO - Eur J Biochem VL - 226 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1994.tb20021.x DO - 10.1111/j.1432-1033.1994.tb20021.x ID - Persson1994 ER - TY - JOUR AU - Jornvall, H. AU - Persson, M. AU - Jeffery, J. PY - 1981 DA - 1981// TI - Alcohol and polyol dehydrogenases are both divided into two protein types, and structural properties cross-relate the different enzyme activities within each type JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 78 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.78.7.4226 DO - 10.1073/pnas.78.7.4226 ID - Jornvall1981 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, M. F. AU - Jornvall, H. PY - 1976 DA - 1976// TI - Structural analyses of mutant and wild-type alcohol dehydrogenases from drosophila melanogaster JO - Eur J Biochem VL - 68 UR - https://doi.org/10.1111/j.1432-1033.1976.tb10774.x DO - 10.1111/j.1432-1033.1976.tb10774.x ID - Schwartz1976 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. T. AU - Rossmann, M. G. PY - 1973 DA - 1973// TI - Comparison of super-secondary structures in proteins JO - J Mol Biol VL - 76 UR - https://doi.org/10.1016/0022-2836(73)90388-4 DO - 10.1016/0022-2836(73)90388-4 ID - Rao1973 ER - TY - JOUR AU - Taneja, B. AU - Mande, S. C. PY - 1999 DA - 1999// TI - Conserved structural features and sequence patterns in the GroES fold family JO - Protein Eng VL - 12 UR - https://doi.org/10.1093/protein/12.10.815 DO - 10.1093/protein/12.10.815 ID - Taneja1999 ER - TY - JOUR AU - Stoop, J. M. AU - Pharr, D. M. PY - 1992 DA - 1992// TI - Partial purification and characterization of mannitol: mannose 1-oxidoreductase from celeriac (Apium graveolens var. rapaceum) roots JO - Arch Biochem Biophys VL - 298 UR - https://doi.org/10.1016/0003-9861(92)90456-7 DO - 10.1016/0003-9861(92)90456-7 ID - Stoop1992 ER - TY - JOUR AU - Stoop, J. M. AU - Williamson, J. D. AU - Conkling, M. A. AU - Pharr, D. M. PY - 1995 DA - 1995// TI - Purification of NAD-dependent mannitol dehydrogenase from celery suspension cultures JO - Plant Physiol VL - 108 UR - https://doi.org/10.1104/pp.108.3.1219 DO - 10.1104/pp.108.3.1219 ID - Stoop1995 ER - TY - JOUR AU - Pauly, T. A. AU - Ekstrom, J. L. AU - Beebe, D. A. AU - Chrunyk, B. AU - Cunningham, D. AU - Griffor, M. AU - Kamath, A. AU - Lee, S. E. AU - Madura, R. AU - Mcguire, D. AU - Subashi, T. AU - Wasilko, D. AU - Watts, P. AU - Mylari, B. L. AU - Oates, P. J. AU - Adams, P. D. AU - Rath, V. L. PY - 2003 DA - 2003// TI - X-ray crystallographic and kinetic studies of human sorbitol dehydrogenase JO - Structure VL - 11 UR - https://doi.org/10.1016/S0969-2126(03)00167-9 DO - 10.1016/S0969-2126(03)00167-9 ID - Pauly2003 ER - TY - JOUR AU - Jeffery, J. AU - Chesters, J. AU - Mills, C. AU - Sadler, P. J. AU - Jornvall, H. PY - 1984 DA - 1984// TI - Sorbitol dehydrogenase is a zinc enzyme JO - EMBO J VL - 3 ID - Jeffery1984 ER - TY - JOUR AU - Hisanaga, Y. AU - Ago, H. AU - Nakagawa, N. AU - Hamada, K. AU - Ida, K. AU - Yamamoto, M. AU - Hori, T. AU - Arii, Y. AU - Sugahara, M. AU - Kuramitsu, S. AU - Yokoyama, S. AU - Miyano, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Structural basis of the substrate-specific two-step catalysis of long chain fatty acyl-CoA synthetase dimer JO - J Biol Chem VL - 279 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M400100200 DO - 10.1074/jbc.M400100200 ID - Hisanaga2004 ER - TY - JOUR AU - Sonnhammer, E. L. AU - Eddy, S. R. AU - Durbin, R. PY - 1997 DA - 1997// TI - Pfam: a comprehensive database of protein domain families based on seed alignments JO - Proteins VL - 28 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-L DO - 3.0.CO;2-L ID - Sonnhammer1997 ER - TY - JOUR AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bairoch, A. AU - Bateman, A. AU - Birney, E. AU - Biswas, M. AU - Bucher, P. AU - Cerutti, L. AU - Corpet, F. AU - Croning, M. D. AU - Durbin, R. AU - Falquet, L. AU - Fleischmann, W. AU - Gouzy, J. AU - Hermjakob, H. AU - Hulo, N. AU - Jonassen, I. AU - Kahn, D. AU - Kanapin, A. AU - Karavidopoulou, Y. AU - Lopez, R. AU - Marx, B. AU - Mulder, N. J. AU - Oinn, T. M. AU - Pagni, M. AU - Servant, F. AU - Sigrist, C. J. AU - Zdobnov, E. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.37 DO - 10.1093/nar/29.1.37 ID - Apweiler2001 ER - TY - JOUR AU - Mulder, N. J. AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bairoch, A. AU - Bateman, A. AU - Binns, D. AU - Biswas, M. AU - Bradley, P. AU - Bork, P. AU - Bucher, P. AU - Copley, R. AU - Courcelle, E. AU - Durbin, R. AU - Falquet, L. AU - Fleischmann, W. AU - Gouzy, J. AU - Griffith-Jones, S. AU - Haft, D. AU - Hermjakob, H. AU - Hulo, N. AU - Kahn, D. AU - Kanapin, A. AU - Krestyaninova, M. AU - Lopez, R. AU - Letunic, I. AU - Orchard, S. AU - Pagni, M. AU - Peyruc, D. AU - Ponting, C. P. AU - Servant, F. AU - Sigrist, C. J. PY - 2002 DA - 2002// TI - InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites JO - Brief Bioinform VL - 3 UR - https://doi.org/10.1093/bib/3.3.225 DO - 10.1093/bib/3.3.225 ID - Mulder2002 ER - TY - STD TI - Finn RD, Mistry J, Tate J, Coggill P, Heger A, Pollington JE, Gavin OL, Gunasekaran P, Ceric G, Forslund K, Holm L, Sonnhammer EL, Eddy SR, Bateman A: The Pfam protein families database. Nucleic Acids Res 2010, (38 Database):D211–222. 10.1093/nar/gkp985 ID - ref20 ER - TY - CHAP AU - Kallberg, Y. AU - Oppermann, U. AU - Persson, B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Classification of the short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily using hidden Markov models BT - FEBS Journal ID - Kallberg2010 ER - TY - JOUR AU - Hedlund, J. AU - Johansson, J. AU - Persson, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - BRICHOS - a superfamily of multidomain proteins with diverse functions JO - BMC Res Notes VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-2-180 DO - 10.1186/1756-0500-2-180 ID - Hedlund2009 ER - TY - JOUR AU - Berglund, L. AU - Bjorling, E. AU - Oksvold, P. AU - Fagerberg, L. AU - Asplund, A. AU - Szigyarto, C. A. AU - Persson, A. AU - Ottosson, J. AU - Wernerus, H. AU - Nilsson, P. AU - Lundberg, E. AU - Sivertsson, A. AU - Navani, S. AU - Wester, K. AU - Kampf, C. AU - Hober, S. AU - Ponten, F. AU - Uhlen, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - A genecentric Human Protein Atlas for expression profiles based on antibodies JO - Mol Cell Proteomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1074/mcp.R800013-MCP200 DO - 10.1074/mcp.R800013-MCP200 ID - Berglund2008 ER - TY - JOUR AU - Wistow, G. PY - 1993 DA - 1993// TI - Identification of lens crystallins: a model system for gene recruitment JO - Methods Enzymol VL - 224 UR - https://doi.org/10.1016/0076-6879(93)24042-S DO - 10.1016/0076-6879(93)24042-S ID - Wistow1993 ER - TY - STD TI - Johnson M, Zaretskaya I, Raytselis Y, Merezhuk Y, McGinnis S, Madden TL: NCBI BLAST: a better web interface. Nucleic Acids Res 2008, (36 Web Server):W5–9. 10.1093/nar/gkn201 ID - ref25 ER - TY - STD TI - Biogrid web site[http://wiki.ndgf.org/display/ndgfwiki/BioGrid] UR - http://wiki.ndgf.org/display/ndgfwiki/BioGrid ID - ref26 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 1998 DA - 1998// TI - Profile hidden Markov models JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.9.755 DO - 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ID - Eddy1998 ER - TY - JOUR AU - Li, W. AU - Godzik, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cd-hit: a fast program for clustering and comparing large sets of protein or nucleotide sequences JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl158 DO - 10.1093/bioinformatics/btl158 ID - Li2006 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Kuma, K. AU - Toh, H. AU - Miyata, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - MAFFT version 5: improvement in accuracy of multiple sequence alignment JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki198 DO - 10.1093/nar/gki198 ID - Katoh2005 ER - TY - CHAP AU - Benson, D. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Lipman, D. J. AU - Ostell, J. AU - Sayers, E. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - GenBank BT - Nucleic Acids Res UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn723 DO - 10.1093/nar/gkn723 ID - Benson2009 ER - TY - CHAP AU - Sayers, E. W. AU - Barrett, T. AU - Benson, D. A. AU - Bryant, S. H. AU - Canese, K. AU - Chetvernin, V. AU - Church, D. M. AU - DiCuccio, M. AU - Edgar, R. AU - Federhen, S. AU - Feolo, M. AU - Geer, L. Y. AU - Helmberg, W. AU - Kapustin, Y. AU - Landsman, D. AU - Lipman, D. J. AU - Madden, T. L. AU - Maglott, D. R. AU - Miller, V. AU - Mizrachi, I. AU - Ostell, J. AU - Pruitt, K. D. AU - Schuler, G. D. AU - Sequeira, E. AU - Sherry, S. T. AU - Shumway, M. AU - Sirotkin, K. AU - Souvorov, A. AU - Starchenko, G. AU - Tatusova, T. A. AU - Wagner, L. AU - Yaschenko, E. AU - Ye, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Database resources of the National Center for Biotechnology Information BT - Nucleic Acids Res UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn741 DO - 10.1093/nar/gkn741 ID - Sayers2009 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Madden, T. L. AU - Schaffer, A. A. AU - Zhang, J. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. AU - Lipman, D. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs JO - Nucleic Acids Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/nar/25.17.3389 DO - 10.1093/nar/25.17.3389 ID - Altschul1997 ER - TY - JOUR AU - Thompson, J. D. AU - Higgins, D. G. AU - Gibson, T. J. PY - 1994 DA - 1994// TI - CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice JO - Nucleic Acids Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/nar/22.22.4673 DO - 10.1093/nar/22.22.4673 ID - Thompson1994 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Richter, D. C. AU - Rausch, C. AU - Dezulian, T. AU - Franz, M. AU - Rupp, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dendroscope: An interactive viewer for large phylogenetic trees JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-460 DO - 10.1186/1471-2105-8-460 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. M. AU - Westbrook, J. AU - Feng, Z. AU - Gilliland, G. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. AU - Shindyalov, I. N. AU - Bourne, P. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The Protein Data Bank JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER -