TY - JOUR AU - Redon, R. AU - Ishikawa, S. AU - Fitch, K. R. AU - Feuk, L. AU - Perry, G. H. AU - Andrews, T. D. AU - Fiegler, H. AU - Shapero, M. H. AU - Carson, A. R. AU - Chen, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Global variation in copy number in the human genome JO - Nature VL - 444 UR - https://doi.org/10.1038/nature05329 DO - 10.1038/nature05329 ID - Redon2006 ER - TY - JOUR AU - Tuzun, E. AU - Sharp, A. J. AU - Bailey, J. A. AU - Kaul, R. AU - Morrison, V. A. AU - Pertz, L. M. AU - Haugen, E. AU - Hayden, H. AU - Albertson, D. AU - Pinkel, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Fine-scale structural variation of the human genome JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1562 DO - 10.1038/ng1562 ID - Tuzun2005 ER - TY - JOUR AU - Iafrate, A. J. AU - Feuk, L. AU - Rivera, M. N. AU - Listewnik, M. L. AU - Donahoe, P. K. AU - Qi, Y. AU - Scherer, S. W. AU - Lee, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Detection of large-scale variation in the human genome JO - Nat Genet VL - 36 UR - https://doi.org/10.1038/ng1416 DO - 10.1038/ng1416 ID - Iafrate2004 ER - TY - JOUR AU - Sebat, J. AU - Lakshmi, B. AU - Troge, J. AU - Alexander, J. AU - Young, J. AU - Lundin, P. AU - Maner, S. AU - Massa, H. AU - Walker, M. AU - Chi, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Large-scale copy number polymorphism in the human genome JO - Science VL - 305 UR - https://doi.org/10.1126/science.1098918 DO - 10.1126/science.1098918 ID - Sebat2004 ER - TY - JOUR AU - Forozan, F. AU - Karhu, R. AU - Kononen, J. AU - Kallioniemi, A. AU - Kallioniemi, O. P. PY - 1997 DA - 1997// TI - Genome screening by comparative genomic hybridization JO - Trends Genet VL - 13 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(97)01244-4 DO - 10.1016/S0168-9525(97)01244-4 ID - Forozan1997 ER - TY - JOUR AU - Jobanputra, V. AU - Sebat, J. AU - Troge, J. AU - Chung, W. AU - Anyane-Yeboa, K. AU - Wigler, M. AU - Warburton, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Application of ROMA (representational oligonucleotide microarray analysis) to patients with cytogenetic rearrangements JO - Genet Med VL - 7 UR - https://doi.org/10.1097/01.GIM.0000153661.11110.FB DO - 10.1097/01.GIM.0000153661.11110.FB ID - Jobanputra2005 ER - TY - JOUR AU - Urban, A. E. AU - Korbel, J. O. AU - Selzer, R. AU - Richmond, T. AU - Hacker, A. AU - Popescu, G. V. AU - Cubells, J. F. AU - Green, R. AU - Emanuel, B. S. AU - Gerstein, M. B. PY - 2006 DA - 2006// TI - High-resolution mapping of DNA copy alterations in human chromosome 22 using high-density tiling oligonucleotide arrays JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0511340103 DO - 10.1073/pnas.0511340103 ID - Urban2006 ER - TY - JOUR AU - Fedurco, M. AU - Romieu, A. AU - Williams, S. AU - Lawrence, I. AU - Turcatti, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - BTA, a novel reagent for DNA attachment on glass and efficient generation of solid-phase amplified DNA colonies JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnj023 DO - 10.1093/nar/gnj023 ID - Fedurco2006 ER - TY - JOUR AU - Margulies, M. AU - Egholm, M. AU - Altman, W. E. AU - Attiya, S. AU - Bader, J. S. AU - Bemben, L. A. AU - Berka, J. AU - Braverman, M. S. AU - Chen, Y. J. AU - Chen, Z. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors JO - Nature VL - 437 ID - Margulies2005 ER - TY - JOUR AU - Shendure, J. AU - Porreca, G. J. AU - Reppas, N. B. AU - Lin, X. AU - McCutcheon, J. P. AU - Rosenbaum, A. M. AU - Wang, M. D. AU - Zhang, K. AU - Mitra, R. D. AU - Church, G. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Accurate multiplex polony sequencing of an evolved bacterial genome JO - Science VL - 309 UR - https://doi.org/10.1126/science.1117389 DO - 10.1126/science.1117389 ID - Shendure2005 ER - TY - JOUR AU - Cahan, P. AU - Godfrey, L. E. AU - Eis, P. S. AU - Richmond, T. A. AU - Selzer, R. R. AU - Brent, M. AU - McLeod, H. L. AU - Ley, T. J. AU - Graubert, T. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - wuHMM: a robust algorithm to detect DNA copy number variation using long oligonucleotide microarray data JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn110 DO - 10.1093/nar/gkn110 ID - Cahan2008 ER - TY - JOUR AU - Rueda, O. M. AU - Diaz-Uriarte, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Flexible and accurate detection of genomic copy-number changes from aCGH JO - PLoS Comput Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0030122 DO - 10.1371/journal.pcbi.0030122 ID - Rueda2007 ER - TY - JOUR AU - Shah, S. P. AU - Xuan, X. AU - DeLeeuw, R. J. AU - Khojasteh, M. AU - Lam, W. L. AU - Ng, R. AU - Murphy, K. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integrating copy number polymorphisms into array CGH analysis using a robust HMM JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl238 DO - 10.1093/bioinformatics/btl238 ID - Shah2006 ER - TY - JOUR AU - Broet, P. AU - Richardson, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Detection of gene copy number changes in CGH microarrays using a spatially correlated mixture model JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl035 DO - 10.1093/bioinformatics/btl035 ID - Broet2006 ER - TY - JOUR AU - Erdman, C. AU - Emerson, J. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - A fast Bayesian change point analysis for the segmentation of microarray data JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn404 DO - 10.1093/bioinformatics/btn404 ID - Erdman2008 ER - TY - JOUR AU - Pique-Regi, R. AU - Ortega, A. AU - Asgharzadeh, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Joint estimation of copy number variation and reference intensities on multiple DNA arrays using GADA JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp119 DO - 10.1093/bioinformatics/btp119 ID - Pique-Regi2009 ER - TY - JOUR AU - Wu, L. Y. AU - Chipman, H. A. AU - Bull, S. B. AU - Briollais, L. AU - Wang, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - A Bayesian segmentation approach to ascertain copy number variations at the population level JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp270 DO - 10.1093/bioinformatics/btp270 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Eilers, P. H. AU - de Menezes, R. X. PY - 2005 DA - 2005// TI - Quantile smoothing of array CGH data JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti148 DO - 10.1093/bioinformatics/bti148 ID - Eilers2005 ER - TY - JOUR AU - Hsu, L. AU - Self, S. G. AU - Grove, D. AU - Randolph, T. AU - Wang, K. AU - Delrow, J. J. AU - Loo, L. AU - Porter, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Denoising array-based comparative genomic hybridization data using wavelets JO - Biostatistics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxi004 DO - 10.1093/biostatistics/kxi004 ID - Hsu2005 ER - TY - JOUR AU - Fridlyand, J. AU - Snijders, A. M. AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. AU - Jain, A. N. A. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Hidden Markov models approach to the analysis of array CGH data JO - Journal of Multivariate Analysis VL - 90 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmva.2004.02.008 DO - 10.1016/j.jmva.2004.02.008 ID - Fridlyand2004 ER - TY - CHAP AU - Jong, K. AU - Marchiori, E. AU - van der Vaart, A. AU - Ylstra, B. AU - Meijer, G. AU - Weiss, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Chromosomal breakpoint detection in human cancer BT - Lecture Notes in Computer Science PB - Springer-Verlag CY - Berlin ID - Jong2003 ER - TY - JOUR AU - Olshen, A. B. AU - Venkatraman, E. S. AU - Lucito, R. AU - Wigler, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Circular binary segmentation for the analysis of array-based DNA copy number data JO - Biostatistics VL - 5 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxh008 DO - 10.1093/biostatistics/kxh008 ID - Olshen2004 ER - TY - JOUR AU - Picard, F. AU - Robin, S. AU - Lavielle, M. AU - Vaisse, C. AU - Daudin, J. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - A statistical approach for array CGH data analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-27 DO - 10.1186/1471-2105-6-27 ID - Picard2005 ER - TY - JOUR AU - Hupe, P. AU - Stransky, N. AU - Thiery, J. P. AU - Radvanyi, F. AU - Barillot, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Analysis of array CGH data: from signal ratio to gain and loss of DNA regions JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth418 DO - 10.1093/bioinformatics/bth418 ID - Hupe2004 ER - TY - JOUR AU - Lingjaerde, O. C. AU - Baumbusch, L. O. AU - Liestol, K. AU - Glad, I. K. AU - Borresen-Dale, A. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - CGH-Explorer: a program for analysis of array-CGH data JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti113 DO - 10.1093/bioinformatics/bti113 ID - Lingjaerde2005 ER - TY - JOUR AU - Myers, C. L. AU - Dunham, M. J. AU - Kung, S. Y. AU - Troyanskaya, O. G. PY - 2004 DA - 2004// TI - Accurate detection of aneuploidies in array CGH and gene expression microarray data JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth440 DO - 10.1093/bioinformatics/bth440 ID - Myers2004 ER - TY - JOUR AU - Wang, P. AU - Kim, Y. AU - Pollack, J. AU - Narasimhan, B. AU - Tibshirani, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - A method for calling gains and losses in array CGH data JO - Biostatistics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxh017 DO - 10.1093/biostatistics/kxh017 ID - Wang2005 ER - TY - JOUR AU - Lai, W. R. AU - Johnson, M. D. AU - Kucherlapati, R. AU - Park, P. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative analysis of algorithms for identifying amplifications and deletions in array CGH data JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti611 DO - 10.1093/bioinformatics/bti611 ID - Lai2005 ER - TY - JOUR AU - Geman, S. AU - Geman, D. PY - 1984 DA - 1984// TI - Stochastic relaxation, Gibbs distributions, and the Bayesian restoration of images JO - IEEE Transactions of Pattern Analysis and Machine Intelligence VL - 6 UR - https://doi.org/10.1109/TPAMI.1984.4767596 DO - 10.1109/TPAMI.1984.4767596 ID - Geman1984 ER - TY - JOUR AU - Newton, M. A. AU - Raftery, A. E. PY - 1994 DA - 1994// TI - Approximate Bayesian inference with the weighted likelihood bootstrap JO - Journal of Royal Statistical Society (B series) VL - 56 ID - Newton1994 ER - TY - CHAP PY - 2006 DA - 2006// BT - R: A language and environment for statistical computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref31 ER - TY - JOUR AU - Bredel, M. AU - Bredel, C. AU - Juric, D. AU - Harsh, G. R. AU - Vogel, H. AU - Recht, L. D. AU - Sikic, B. I. PY - 2005 DA - 2005// TI - High-resolution genome-wide mapping of genetic alterations in human glial brain tumors JO - Cancer Res VL - 65 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-04-4229 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-04-4229 ID - Bredel2005 ER - TY - JOUR AU - Metropolis, N. AU - Rosenbluth, A. W. AU - Rosenbluth, M. N. AU - Teller, A. H. AU - Teller, E. PY - 1953 DA - 1953// TI - Equation of state calculations by fast computing machines JO - The Journal of Chemical Physics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1063/1.1699114 DO - 10.1063/1.1699114 ID - Metropolis1953 ER - TY - JOUR AU - Hastings, W. K. PY - 1979 DA - 1979// TI - Monte Carlo sampling methods using Markov chains and their applications JO - Biometrika VL - 57 UR - https://doi.org/10.1093/biomet/57.1.97 DO - 10.1093/biomet/57.1.97 ID - Hastings1979 ER - TY - STD TI - Wen CC, Wu YJ, Huang YH, Chen WC, Liu SC, Jiang SS, Juang JL, Lin CY, Fang WT, Hsiung CA, et al.: A Bayes regression approach to array-CGH data. Stat Appl Genet Mol Biol 2006., 5(Article 3): ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Ben-Yaacov, E. AU - Eldar, Y. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - A fast and flexible method for the segmentation of aCGH data JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn272 DO - 10.1093/bioinformatics/btn272 ID - Ben-Yaacov2008 ER -