TY - JOUR AU - Golub, T. R. AU - Slonim, D. K. AU - Tamayo, P. AU - Huard, C. AU - Gaasenbeek, M. AU - Mesirov, J. P. AU - Coller, H. AU - Loh, M. L. AU - Downing, J. R. AU - Caligiuri, M. A. AU - Bloomfield, C. D. AU - Lander, E. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.531 DO - 10.1126/science.286.5439.531 ID - Golub1999 ER - TY - JOUR AU - Hughes, T. R. AU - Marton, M. J. AU - Jones, A. R. AU - Roberts, C. J. AU - Stoughton, R. AU - Armour, C. D. AU - Bennett, H. A. AU - Coffey, E. AU - Dai, H. AU - He, Y. D. AU - Kidd, M. J. AU - King, A. M. AU - Meyer, M. R. AU - Slade, D. AU - Lum, P. Y. AU - Stepaniants, S. B. AU - Shoemaker, D. D. AU - Gachotte, D. AU - Chakraburtty, K. AU - Simon, J. AU - Bard, M. AU - Friend, S. H. PY - 2000 DA - 2000// TI - Functional discovery via a compendium of expression profiles JO - Cell VL - 102 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00015-5 DO - 10.1016/S0092-8674(00)00015-5 ID - Hughes2000 ER - TY - JOUR AU - Lamb, J. AU - Crawford, E. D. AU - Peck, D. AU - Modell, J. W. AU - Blat, I. C. AU - Wrobel, M. J. AU - Lerner, J. AU - Brunet, J. P. AU - Subramanian, A. AU - Ross, K. N. AU - Reich, M. AU - Hieronymus, H. AU - Wei, G. AU - Armstrong, S. A. AU - Haggarty, S. J. AU - Clemons, P. A. AU - Wei, R. AU - Carr, S. A. AU - Lander, E. S. AU - Golub, T. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Connectivity Map: using gene-expression signatures to connect small molecules, genes, and disease JO - Science VL - 313 UR - https://doi.org/10.1126/science.1132939 DO - 10.1126/science.1132939 ID - Lamb2006 ER - TY - JOUR AU - Hassane, D. C. AU - Guzman, M. L. AU - Corbett, C. AU - Li, X. AU - Abboud, R. AU - Young, F. AU - Liesveld, J. L. AU - Carroll, M. AU - Jordan, C. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Discovery of agents that eradicate leukemia stem cells using an in silico screen of public gene expression data JO - Blood VL - 111 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2007-11-126003 DO - 10.1182/blood-2007-11-126003 ID - Hassane2008 ER - TY - JOUR AU - Dudley, J. T. AU - Tibshirani, R. AU - Deshpande, T. AU - Butte, A. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Disease signatures are robust across tissues and experiments JO - Mol Syst Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2009.66 DO - 10.1038/msb.2009.66 ID - Dudley2009 ER - TY - JOUR AU - Suthram, S. AU - Dudley, J. T. AU - Chiang, A. P. AU - Chen, R. AU - Hastie, T. J. AU - Butte, A. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Network-based elucidation of human disease similarities reveals common functional modules enriched for pluripotent drug targets JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000662 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000662 ID - Suthram2010 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Troup, D. B. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Rudnev, D. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Soboleva, A. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Phillippy, K. H. AU - Sherman, P. M. AU - Muertter, R. N. AU - Edgar, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - NCBI GEO: archive for high-throughput functional genomic data. JO - Nucleic Acids Res VL - 37 Database UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn764 DO - 10.1093/nar/gkn764 ID - Barrett2009 ER - TY - JOUR AU - Parkinson, H. AU - Kapushesky, M. AU - Kolesnikov, N. AU - Rustici, G. AU - Shojatalab, M. AU - Abeygunawardena, N. AU - Berube, H. AU - Dylag, M. AU - Emam, I. AU - Farne, A. AU - Holloway, E. AU - Lukk, M. AU - Malone, J. AU - Mani, R. AU - Pilicheva, E. AU - Rayner, T. F. AU - Rezwan, F. AU - Sharma, A. AU - Williams, E. AU - Bradley, X. Z. AU - Adamusiak, T. AU - Brandizi, M. AU - Burdett, T. AU - Coulson, R. AU - Krestyaninova, M. AU - Kurnosov, P. AU - Maguire, E. AU - Neogi, S. G. AU - Rocca-Serra, P. AU - Sansone, S. A. AU - Sklyar, N. AU - Zhao, M. AU - Sarkans, U. AU - Brazma, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - ArrayExpress update-from an archive of functional genomics experiments to the atlas of gene expression. JO - Nucleic Acids Res VL - 37 Database UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn889 DO - 10.1093/nar/gkn889 ID - Parkinson2009 ER - TY - JOUR AU - Hubble, J. AU - Demeter, J. AU - Jin, H. AU - Mao, M. AU - Nitzberg, M. AU - Reddy, T. B. K. AU - Wymore, F. AU - Zachariah, Z. K. AU - Sherlock, G. AU - Ball, C. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Implementation of GenePattern within the Stanford Microarray Database. JO - Nucleic Acids Res VL - 37 Database UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn786 DO - 10.1093/nar/gkn786 ID - Hubble2009 ER - TY - JOUR AU - Fujibuchi, W. AU - Kiseleva, L. AU - Taniguchi, T. AU - Harada, H. AU - Horton, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - CellMontage: similar expression profile search server JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm462 DO - 10.1093/bioinformatics/btm462 ID - Fujibuchi2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, R. AU - Mallelwar, R. AU - Thosar, A. AU - Venkatasubrahmanyam, S. AU - Butte, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - GeneChaser: identifying all biological and clinical conditions in which genes of interest are differentially expressed JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-548 DO - 10.1186/1471-2105-9-548 ID - Chen2008 ER - TY - JOUR AU - Caldas, J. AU - Gehlenborg, N. AU - Faisal, A. AU - Brazma, A. AU - Kaski, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Probabilistic retrieval and visualization of biologically relevant microarray experiments JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp215 DO - 10.1093/bioinformatics/btp215 ID - Caldas2009 ER - TY - JOUR AU - Kapushesky, M. AU - Emam, I. AU - Holloway, E. AU - Kurnosov, P. AU - Zorin, A. AU - Malone, J. AU - Rustici, G. AU - Williams, E. AU - Parkinson, H. AU - Brazma, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene expression atlas at the European bioinformatics institute. JO - Nucleic Acids Res VL - 38 Database UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp936 DO - 10.1093/nar/gkp936 ID - Kapushesky2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, H. AU - Liu, C. C. AU - Zhou, X. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Bayesian approach to transforming public gene expression repositories into disease diagnosis databases JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0912043107 DO - 10.1073/pnas.0912043107 ID - Huang2010 ER - TY - JOUR AU - Hibbs, M. A. AU - Hess, D. C. AU - Myers, C. L. AU - Huttenhower, C. AU - Li, K. AU - Troyanskaya, O. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Exploring the functional landscape of gene expression: directed search of large microarray compendia JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm403 DO - 10.1093/bioinformatics/btm403 ID - Hibbs2007 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Allison, D. B. AU - Cui, X. AU - Page, G. P. AU - Sabripour, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1749 DO - 10.1038/nrg1749 ID - Allison2006 ER - TY - JOUR AU - Raychaudhuri, S. AU - Sutphin, P. D. AU - Chang, J. T. AU - Altman, R. B. PY - 2001 DA - 2001// TI - Basic microarray analysis: grouping and feature reduction JO - Trends Biotechnol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0167-7799(01)01599-2 DO - 10.1016/S0167-7799(01)01599-2 ID - Raychaudhuri2001 ER - TY - JOUR AU - Clarke, R. AU - Ressom, H. W. AU - Wang, A. AU - Xuan, J. AU - Liu, M. C. AU - Gehan, E. A. AU - Wang, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - The properties of high-dimensional data spaces: implications for exploring gene and protein expression data JO - Nat Rev Cancer VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2294 DO - 10.1038/nrc2294 ID - Clarke2008 ER - TY - JOUR AU - Alter, O. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Singular value decomposition for genome-wide expression data processing and modeling JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.97.18.10101 DO - 10.1073/pnas.97.18.10101 ID - Alter2000 ER - TY - JOUR AU - Liebermeister, W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Linear modes of gene expression determined by independent component analysis JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.1.51 DO - 10.1093/bioinformatics/18.1.51 ID - Liebermeister2002 ER - TY - JOUR AU - Saeys, Y. AU - Inza, I. AU - Larrañaga, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - A review of feature selection techniques in bioinformatics JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm344 DO - 10.1093/bioinformatics/btm344 ID - Saeys2007 ER - TY - JOUR AU - Draghici, S. AU - Khatri, P. AU - Tarca, A. L. AU - Amin, K. AU - Done, A. AU - Voichita, C. AU - Georgescu, C. AU - Romero, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - A systems biology approach for pathway level analysis JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6202607 DO - 10.1101/gr.6202607 ID - Draghici2007 ER - TY - JOUR AU - Liu, C. C. AU - Hu, J. AU - Kalakrishnan, M. AU - Huang, H. AU - Zhou, X. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Integrative disease classification based on cross-platform microarray data JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-S1-S25 DO - 10.1186/1471-2105-10-S1-S25 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Yeung, K. Y. AU - Medvedovic, M. AU - Bumgarner, R. E. PY - 2003 DA - 2003// TI - Clustering gene-expression data with repeated measurements JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-5-r34 DO - 10.1186/gb-2003-4-5-r34 ID - Yeung2003 ER - TY - JOUR AU - Sjögren, A. AU - Kristiansson, E. AU - Rudemo, M. AU - Nerman, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Weighted analysis of general microarray experiments JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-387 DO - 10.1186/1471-2105-8-387 ID - Sjögren2007 ER - TY - JOUR AU - Engreitz, J. M. AU - Daigle, B. J. AU - Marshall, J. J. AU - Altman, R. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Independent component analysis: Mining microarray data for fundamental human gene modules JO - J Biomed Inform VL - 43 UR - https://doi.org/10.1016/j.jbi.2010.07.001 DO - 10.1016/j.jbi.2010.07.001 ID - Engreitz2010 ER - TY - JOUR AU - Small, C. L. AU - Shima, J. E. AU - Uzumcu, M. AU - Skinner, M. K. AU - Griswold, M. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Profiling gene expression during the differentiation and development of the murine embryonic gonad JO - Biol Reprod VL - 72 UR - https://doi.org/10.1095/biolreprod.104.033696 DO - 10.1095/biolreprod.104.033696 ID - Small2005 ER - TY - JOUR AU - Wilhelm, D. AU - Palmer, S. AU - Koopman, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Sex determination and gonadal development in mammals JO - Physiol Rev VL - 87 UR - https://doi.org/10.1152/physrev.00009.2006 DO - 10.1152/physrev.00009.2006 ID - Wilhelm2007 ER - TY - JOUR AU - Loh, Y. H. AU - Wu, Q. AU - Chew, J. L. AU - Vega, V. B. AU - Zhang, W. AU - Chen, X. AU - Bourque, G. AU - George, J. AU - Leong, B. AU - Liu, J. AU - Wong, K. Y. AU - Sung, K. W. AU - Lee, C. W. H. AU - Zhao, X. D. AU - Chiu, K. P. AU - Lipovich, L. AU - Kuznetsov, V. A. AU - Robson, P. AU - Stanton, L. W. AU - Wei, C. L. AU - Ruan, Y. AU - Lim, B. AU - Ng, H. H. PY - 2006 DA - 2006// TI - The Oct4 and Nanog transcription network regulates pluripotency in mouse embryonic stem cells JO - Nat Genet VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/ng1760 DO - 10.1038/ng1760 ID - Loh2006 ER - TY - JOUR AU - Mitsui, K. AU - Tokuzawa, Y. AU - Itoh, H. AU - Segawa, K. AU - Murakami, M. AU - Takahashi, K. AU - Maruyama, M. AU - Maeda, M. AU - Yamanaka, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - The homeoprotein Nanog is required for maintenance of pluripotency in mouse epiblast and ES cells JO - Cell VL - 113 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)00393-3 DO - 10.1016/S0092-8674(03)00393-3 ID - Mitsui2003 ER - TY - JOUR AU - Chambers, I. AU - Colby, D. AU - Robertson, M. AU - Nichols, J. AU - Lee, S. AU - Tweedie, S. AU - Smith, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Functional expression cloning of Nanog, a pluripotency sustaining factor in embryonic stem cells JO - Cell VL - 113 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(03)00392-1 DO - 10.1016/S0092-8674(03)00392-1 ID - Chambers2003 ER - TY - JOUR AU - Hailesellasse Sene, K. AU - Porter, C. J. AU - Palidwor, G. AU - Perez-Iratxeta, C. AU - Muro, E. M. AU - Campbell, P. A. AU - Rudnicki, M. A. AU - Andrade-Navarro, M. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene function in early mouse embryonic stem cell differentiation JO - BMC Genomics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-8-85 DO - 10.1186/1471-2164-8-85 ID - Hailesellasse Sene2007 ER - TY - JOUR AU - Williams, R. L. AU - Hilton, D. J. AU - Pease, S. AU - Willson, T. A. AU - Stewart, C. L. AU - Gearing, D. P. AU - Wagner, E. F. AU - Metcalf, D. AU - Nicola, N. A. AU - Gough, N. M. PY - 1988 DA - 1988// TI - Myeloid leukaemia inhibitory factor maintains the developmental potential of embryonic stem cells JO - Nature VL - 336 UR - https://doi.org/10.1038/336684a0 DO - 10.1038/336684a0 ID - Williams1988 ER - TY - JOUR AU - Hibi, K. AU - Takahashi, T. AU - Sekido, Y. AU - Ueda, R. AU - Hida, T. AU - Ariyoshi, Y. AU - Takagi, H. AU - Takahashi, T. PY - 1991 DA - 1991// TI - Coexpression of the stem cell factor and the c-kit genes in small-cell lung cancer JO - Oncogene VL - 6 ID - Hibi1991 ER - TY - JOUR AU - Watkins, D. N. AU - Berman, D. M. AU - Burkholder, S. G. AU - Wang, B. AU - Beachy, P. A. AU - Baylin, S. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Hedgehog signalling within airway epithelial progenitors and in small-cell lung cancer JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01493 DO - 10.1038/nature01493 ID - Watkins2003 ER - TY - JOUR AU - Young, G. D. AU - Winokur, T. S. AU - Cerfolio, R. J. AU - Van Tine, B. A. AU - Chow, L. T. AU - Okoh, V. AU - Garver, R. I. PY - 2002 DA - 2002// TI - differential expression and biodistribution of cytokeratin 18 and desmoplakins in non-small cell lung carcinoma subtypes JO - Lung Cancer VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/S0169-5002(01)00486-X DO - 10.1016/S0169-5002(01)00486-X ID - Young2002 ER - TY - JOUR AU - Cauffman, G. AU - De Rycke, M. AU - Sermon, K. AU - Liebaers, I. AU - Van de Velde, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Markers that define stemness in ESC are unable to identify the totipotent cells in human preimplantation embryos JO - Hum Reprod VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/humrep/den351 DO - 10.1093/humrep/den351 ID - Cauffman2009 ER - TY - JOUR AU - Delprat, B. AU - Schaer, D. AU - Roy, S. AU - Wang, J. AU - Puel, J. L. AU - Geering, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - FXYD6 is a novel regulator of Na, K-ATPase expressed in the inner ear JO - J Biol Chem VL - 282 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M609872200 DO - 10.1074/jbc.M609872200 ID - Delprat2007 ER - TY - JOUR AU - Renault, V. M. AU - Rafalski, V. A. AU - Morgan, A. A. AU - Salih, D. A. M. AU - Brett, J. O. AU - Webb, A. E. AU - Villeda, S. A. AU - Thekkat, P. U. AU - Guillerey, C. AU - Denko, N. C. AU - Palmer, T. D. AU - Butte, A. J. AU - Brunet, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - FoxO3 regulates neural stem cell homeostasis JO - Cell Stem Cell VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2009.09.014 DO - 10.1016/j.stem.2009.09.014 ID - Renault2009 ER - TY - JOUR AU - Tothova, Z. AU - Gilliland, D. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - FoxO transcription factors and stem cell homeostasis: insights from the hematopoietic system JO - Cell Stem Cell VL - 1 UR - https://doi.org/10.1016/j.stem.2007.07.017 DO - 10.1016/j.stem.2007.07.017 ID - Tothova2007 ER - TY - JOUR AU - Salih, D. A. M. AU - Brunet, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - FoxO transcription factors in the maintenance of cellular homeostasis during aging JO - Curr Opin Cell Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2008.02.005 DO - 10.1016/j.ceb.2008.02.005 ID - Salih2008 ER - TY - JOUR AU - Bakker, W. J. AU - Harris, I. S. AU - Mak, T. W. PY - 2007 DA - 2007// TI - FOXO3a is activated in response to hypoxic stress and inhibits HIF1-induced apoptosis via regulation of CITED2 JO - Mol Cell VL - 28 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2007.10.035 DO - 10.1016/j.molcel.2007.10.035 ID - Bakker2007 ER - TY - JOUR AU - Kallio, P. J. AU - Wilson, W. J. AU - O'Brien, S. AU - Makino, Y. AU - Poellinger, L. PY - 1999 DA - 1999// TI - Regulation of the hypoxia-inducible transcription factor 1alpha by the ubiquitin-proteasome pathway JO - J Biol Chem VL - 274 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.274.10.6519 DO - 10.1074/jbc.274.10.6519 ID - Kallio1999 ER - TY - JOUR AU - Jögi, A. AU - Vallon-Christersson, J. AU - Holmquist, L. AU - Axelson, H. AU - Borg, A. AU - Påhlman, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Human neuroblastoma cells exposed to hypoxia: induction of genes associated with growth, survival, and aggressive behavior JO - Exp Cell Res VL - 295 UR - https://doi.org/10.1016/j.yexcr.2004.01.013 DO - 10.1016/j.yexcr.2004.01.013 ID - Jögi2004 ER - TY - JOUR AU - Shoshani, T. AU - Faerman, A. AU - Mett, I. AU - Zelin, E. AU - Tenne, T. AU - Gorodin, S. AU - Moshel, Y. AU - Elbaz, S. AU - Budanov, A. AU - Chajut, A. AU - Kalinski, H. AU - Kamer, I. AU - Rozen, A. AU - Mor, O. AU - Keshet, E. AU - Leshkowitz, D. AU - Einat, P. AU - Skaliter, R. AU - Feinstein, E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Identification of a novel hypoxia-inducible factor 1-responsive gene, RTP801, involved in apoptosis JO - Mol Cell Biol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1128/MCB.22.7.2283-2293.2002 DO - 10.1128/MCB.22.7.2283-2293.2002 ID - Shoshani2002 ER - TY - JOUR AU - Stahl, M. AU - Dijkers, P. F. AU - Kops, G. J. P. L. AU - Lens, S. M. A. AU - Coffer, P. J. AU - Burgering, B. M. T. AU - Medema, R. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - The forkhead transcription factor FoxO regulates transcription of p27Kip1 and Bim in response to IL-2 JO - J Immunol VL - 168 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.168.10.5024 DO - 10.4049/jimmunol.168.10.5024 ID - Stahl2002 ER - TY - JOUR AU - Tamayo, P. AU - Scanfeld, D. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Roberts, C. W. M. AU - Mesirov, J. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Metagene projection for cross-platform, cross-species characterization of global transcriptional states JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0701068104 DO - 10.1073/pnas.0701068104 ID - Tamayo2007 ER - TY - JOUR AU - Paik, J. H. AU - Kollipara, R. AU - Chu, G. AU - Ji, H. AU - Xiao, Y. AU - Ding, Z. AU - Miao, L. AU - Tothova, Z. AU - Horner, J. W. AU - Carrasco, D. R. AU - Jiang, S. AU - Gilliland, D. G. AU - Chin, L. AU - Wong, W. H. AU - Castrillon, D. H. AU - DePinho, R. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - FoxOs are lineage-restricted redundant tumor suppressors and regulate endothelial cell homeostasis JO - Cell VL - 128 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2006.12.029 DO - 10.1016/j.cell.2006.12.029 ID - Paik2007 ER - TY - JOUR AU - Shah, N. H. AU - Jonquet, C. AU - Chiang, A. P. AU - Butte, A. J. AU - Chen, R. AU - Musen, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ontology-driven indexing of public datasets for translational bioinformatics JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-S2-S1 DO - 10.1186/1471-2105-10-S2-S1 ID - Shah2009 ER - TY - JOUR AU - Malone, B. M. AU - Perkins, A. D. AU - Bridges, S. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Integrating phenotype and gene expression data for predicting gene function JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-S11-S20 DO - 10.1186/1471-2105-10-S11-S20 ID - Malone2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, R. AU - Li, L. AU - Butte, A. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - AILUN: reannotating gene expression data automatically JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth1107-879 DO - 10.1038/nmeth1107-879 ID - Chen2007 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. H. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Stevens, J. R. AU - Doerge, R. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Combining Affymetrix microarray results JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-57 DO - 10.1186/1471-2105-6-57 ID - Stevens2005 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 3 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J Roy Statist Soc VL - B ID - Benjamini1995 ER - TY - BOOK AU - Kaufman, L. AU - Rousseeuw, P. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Finding groups in data: an introduction to cluster analysis PB - Wiley CY - Hoboken, N.J. ID - Kaufman2005 ER - TY - BOOK AU - Hedges, L. V. AU - Olkin, I. PY - 1985 DA - 1985// TI - Statistical methods for meta-analysis PB - Academic Press CY - Orlando ID - Hedges1985 ER - TY - JOUR AU - Sing, T. AU - Sander, O. AU - Beerenwinkel, N. AU - Lengauer, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - ROCR: visualizing classifier performance in R JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti623 DO - 10.1093/bioinformatics/bti623 ID - Sing2005 ER -