TY - JOUR AU - King, M. C. AU - Wilson, A. C. PY - 1975 DA - 1975// TI - Evolution at two levels in humans and chimpanzees JO - Science VL - 188 UR - https://doi.org/10.1126/science.1090005 DO - 10.1126/science.1090005 ID - King1975 ER - TY - JOUR AU - White, K. P. PY - 2001 DA - 2001// TI - Functional genomics and the study of development, variation and evolution JO - Nat Rev Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/35080565 DO - 10.1038/35080565 ID - White2001 ER - TY - JOUR AU - Carroll, S. B. PY - 2003 DA - 2003// TI - Genetics and the making of Homo sapiens JO - Nature VL - 422 UR - https://doi.org/10.1038/nature01495 DO - 10.1038/nature01495 ID - Carroll2003 ER - TY - JOUR AU - Wray, G. A. AU - Hahn, M. W. AU - Abouheif, E. AU - Balhoff, J. P. AU - Pizer, M. AU - Rockman, M. V. AU - Romano, L. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - The evolution of transcriptional regulation in eukaryotes JO - Mol Biol Evol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/molbev/msg140 DO - 10.1093/molbev/msg140 ID - Wray2003 ER - TY - JOUR AU - West-Eberhard, M. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Developmental plasticity and the origin of species differences JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0501844102 DO - 10.1073/pnas.0501844102 ID - West-Eberhard2005 ER - TY - JOUR AU - Khaitovich, P. AU - Enard, W. AU - Lachmann, M. AU - Paabo, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Evolution of primate gene expression JO - Nat Rev Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1940 DO - 10.1038/nrg1940 ID - Khaitovich2006 ER - TY - JOUR AU - Callaerts, P. AU - Halder, G. AU - Gehring, W. J. PY - 1997 DA - 1997// TI - PAX-6 in development and evolution JO - Annu Rev Neurosci VL - 20 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.neuro.20.1.483 DO - 10.1146/annurev.neuro.20.1.483 ID - Callaerts1997 ER - TY - JOUR AU - Gehring, W. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - New perspectives on eye development and the evolution of eyes and photoreceptors JO - J Hered VL - 96 UR - https://doi.org/10.1093/jhered/esi027 DO - 10.1093/jhered/esi027 ID - Gehring2005 ER - TY - JOUR AU - Makova, K. D. AU - Li, W. H. PY - 2003 DA - 2003// TI - Divergence in the spatial pattern of gene expression between human duplicate genes JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1133803 DO - 10.1101/gr.1133803 ID - Makova2003 ER - TY - JOUR AU - Levy, S. F. AU - Siegal, M. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Network hubs buffer environmental variation in Saccharomyces cerevisiae JO - PLoS Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0060264 DO - 10.1371/journal.pbio.0060264 ID - Levy2008 ER - TY - JOUR AU - Gu, X. AU - Zhang, Z. AU - Huang, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rapid evolution of expression and regulatory divergences after yeast gene duplication JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0409186102 DO - 10.1073/pnas.0409186102 ID - Gu2005 ER - TY - JOUR AU - Ha, M. AU - Kim, E. D. AU - Chen, Z. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Duplicate genes increase expression diversity in closely related species and allopolyploids JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0807350106 DO - 10.1073/pnas.0807350106 ID - Ha2009 ER - TY - JOUR AU - Taylor, M. S. AU - Kai, C. AU - Kawai, J. AU - Carninci, P. AU - Hayashizaki, Y. AU - Semple, C. A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Heterotachy in mammalian promoter evolution JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020030 DO - 10.1371/journal.pgen.0020030 ID - Taylor2006 ER - TY - JOUR AU - Park, C. AU - Makova, K. D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Coding region structural heterogeneity and turnover of transcription start sites contribute to divergence in expression between duplicate genes JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-1-r10 DO - 10.1186/gb-2009-10-1-r10 ID - Park2009 ER - TY - JOUR AU - De, S. AU - Teichmann, S. A. AU - Babu, M. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - The impact of genomic neighborhood on the evolution of human and chimpanzee transcriptome JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.086165.108 DO - 10.1101/gr.086165.108 ID - De2009 ER - TY - JOUR AU - Papp, B. AU - Pal, C. AU - Hurst, L. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolution of cis-regulatory elements in duplicated genes of yeast JO - Trends Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1016/S0168-9525(03)00174-4 DO - 10.1016/S0168-9525(03)00174-4 ID - Papp2003 ER - TY - JOUR AU - Zheng, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - Asymmetric histone modifications between the original and derived loci of human segmental duplications JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-7-r105 DO - 10.1186/gb-2008-9-7-r105 ID - Zheng2008 ER - TY - JOUR AU - Ha, M. AU - Li, W. H. AU - Chen, Z. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - External factors accelerate expression divergence between duplicate genes JO - Trends Genet VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2007.02.005 DO - 10.1016/j.tig.2007.02.005 ID - Ha2007 ER - TY - JOUR AU - de Hoon, M. AU - Hayashizaki, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Deep cap analysis gene expression (CAGE): genome-wide identification of promoters, quantification of their expression, and network inference JO - Biotechniques VL - 44 UR - https://doi.org/10.2144/000112802 DO - 10.2144/000112802 ID - de Hoon2008 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Wakaguri, H. AU - Yamashita, R. AU - Suzuki, Y. AU - Sugano, S. AU - Nakai, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - DBTSS: database of transcription start sites, progress report 2008 JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm901 DO - 10.1093/nar/gkm901 ID - Wakaguri2008 ER - TY - STD TI - Translog[http://translog.genereg.net] UR - http://translog.genereg.net ID - ref22 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Aken, B. L. AU - Beal, K. AU - Ballester, B. AU - Caccamo, M. AU - Chen, Y. AU - Clarke, L. AU - Coates, G. AU - Cunningham, F. AU - Cutts, T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ensembl 2008 JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm988 DO - 10.1093/nar/gkm988 ID - Flicek2008 ER - TY - JOUR AU - Haider, S. AU - Ballester, B. AU - Smedley, D. AU - Zhang, J. AU - Rice, P. AU - Kasprzyk, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - BioMart Central Portal--unified access to biological data JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp265 DO - 10.1093/nar/gkp265 ID - Haider2009 ER - TY - JOUR AU - Suzuki, H. AU - Forrest, A. R. AU - van Nimwegen, E. AU - Daub, C. O. AU - Balwierz, P. J. AU - Irvine, K. M. AU - Lassmann, T. AU - Ravasi, T. AU - Hasegawa, Y. AU - de Hoon, M. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.375 DO - 10.1038/ng.375 ID - Suzuki2009 ER - TY - JOUR AU - Sandelin, A. AU - Carninci, P. AU - Lenhard, B. AU - Ponjavic, J. AU - Hayashizaki, Y. AU - Hume, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mammalian RNA polymerase II core promoters: insights from genome-wide studies JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2026 DO - 10.1038/nrg2026 ID - Sandelin2007 ER - TY - JOUR AU - Kuhn, R. M. AU - Karolchik, D. AU - Zweig, A. S. AU - Wang, T. AU - Smith, K. E. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Rhead, B. AU - Raney, B. J. AU - Pohl, A. AU - Pheasant, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - The UCSC Genome Browser Database: update 2009 JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn875 DO - 10.1093/nar/gkn875 ID - Kuhn2009 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Kent, W. J. AU - Smit, A. AU - Zhang, Z. AU - Baertsch, R. AU - Hardison, R. C. AU - Haussler, D. AU - Miller, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human-mouse alignments with BLASTZ JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.809403 DO - 10.1101/gr.809403 ID - Schwartz2003 ER - TY - JOUR AU - Pollard, K. S. AU - Salama, S. R. AU - King, B. AU - Kern, A. D. AU - Dreszer, T. AU - Katzman, S. AU - Siepel, A. AU - Pedersen, J. S. AU - Bejerano, G. AU - Baertsch, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Forces shaping the fastest evolving regions in the human genome JO - PLoS Genet VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0020168 DO - 10.1371/journal.pgen.0020168 ID - Pollard2006 ER - TY - JOUR AU - Hubbard, T. J. AU - Aken, B. L. AU - Ayling, S. AU - Ballester, B. AU - Beal, K. AU - Bragin, E. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Clarke, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Ensembl 2009 JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn828 DO - 10.1093/nar/gkn828 ID - Hubbard2009 ER - TY - JOUR AU - Vilella, A. J. AU - Severin, J. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Heng, L. AU - Durbin, R. AU - Birney, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - EnsemblCompara GeneTrees: Complete, duplication-aware phylogenetic trees in vertebrates JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.073585.107 DO - 10.1101/gr.073585.107 ID - Vilella2009 ER - TY - JOUR AU - Kassahn, K. S. AU - Dang, V. T. AU - Wilkins, S. J. AU - Perkins, A. C. AU - Ragan, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Evolution of gene function and regulatory control after whole-genome duplication: Comparative analyses in vertebrates JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.086827.108 DO - 10.1101/gr.086827.108 ID - Kassahn2009 ER - TY - JOUR AU - Dong, X. AU - Fredman, D. AU - Lenhard, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Synorth: exploring the evolution of synteny and long-range regulatory interactions in vertebrate genomes JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-8-r86 DO - 10.1186/gb-2009-10-8-r86 ID - Dong2009 ER - TY - JOUR AU - Engstrom, P. G. AU - Fredman, D. AU - Lenhard, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ancora: a web resource for exploring highly conserved noncoding elements and their association with developmental regulatory genes JO - Genome Biol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2008-9-2-r34 DO - 10.1186/gb-2008-9-2-r34 ID - Engstrom2008 ER - TY - JOUR AU - Visel, A. AU - Minovitsky, S. AU - Dubchak, I. AU - Pennacchio, L. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - VISTA Enhancer Browser--a database of tissue-specific human enhancers JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl822 DO - 10.1093/nar/gkl822 ID - Visel2007 ER - TY - JOUR AU - Kikuta, H. AU - Laplante, M. AU - Navratilova, P. AU - Komisarczuk, A. Z. AU - Engstrom, P. G. AU - Fredman, D. AU - Akalin, A. AU - Caccamo, M. AU - Sealy, I. AU - Howe, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genomic regulatory blocks encompass multiple neighboring genes and maintain conserved synteny in vertebrates JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6086307 DO - 10.1101/gr.6086307 ID - Kikuta2007 ER - TY - JOUR AU - Kolell, K. J. AU - Crawford, D. L. PY - 2002 DA - 2002// TI - Evolution of Sp transcription factors JO - Mol Biol Evol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a004074 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a004074 ID - Kolell2002 ER -