TY - JOUR AU - Siepel, A. AU - Bejerano, G. AU - Pedersen, J. S. AU - Hinrichs, A. S. AU - Hou, M. AU - Rosenbloom, K. AU - Clawson, H. AU - Spieth, J. AU - Hillier, L. W. AU - Richards, S. AU - Weinstock, G. M. AU - Wilson, R. K. AU - Gibbs, R. A. AU - Kent, W. J. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes JO - Genome Research VL - 15 UR - https://doi.org/10.1101/gr.3715005 DO - 10.1101/gr.3715005 ID - Siepel2005 ER - TY - CHAP AU - Roskin, K. M. AU - Diekhans, M. AU - Haussler, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Scoring Two-Species Local Alignments to Try to Statistically Separate Neutrally Evolving from Selected DNA Segments BT - Proceedings of the seventh annual international conference on Computational molecular biology ID - Roskin2003 ER - TY - JOUR AU - Pedersen, J. S. AU - Bejerano, G. AU - Siepel, A. AU - Rosenbloom, K. AU - Lindblad-Toh, K. AU - Lander, E. S. AU - Kent, J. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification and Classification of Conserved RNA Secondary Structures in the Human Genome JO - PLoS Comput Biol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.0020033 DO - 10.1371/journal.pcbi.0020033 ID - Pedersen2006 ER - TY - JOUR AU - Ma, J. AU - Ratan, A. AU - Raney, B. J. AU - Suh, B. B. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2008 DA - 2008// TI - The infinite sites model of genome evolution JO - Proceedings of the National Academy of Sciences VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0805217105 DO - 10.1073/pnas.0805217105 ID - Ma2008 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, S. AU - Kent, W. J. AU - Smit, A. AU - Zhang, Z. AU - Baertsch, R. AU - Hardison, R. C. AU - Haussler, D. AU - Miller, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - Human-Mouse Alignments with BLASTZ JO - Genome Research VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.809403 DO - 10.1101/gr.809403 ID - Schwartz2003 ER - TY - JOUR AU - Tönges, U. AU - Perrey, S. W. AU - Stoye, J. AU - Dress, A. W. PY - 1996 DA - 1996// TI - A general method for fast multiple sequence alignment JO - Gene VL - 172 UR - https://doi.org/10.1016/0378-1119(96)00123-0 DO - 10.1016/0378-1119(96)00123-0 ID - Tönges1996 ER - TY - JOUR AU - Reinert, K. AU - Stoye, J. AU - Will, T. PY - 2000 DA - 2000// TI - An iterative method for faster sum-of-pairs multiple sequence alignment JO - Bioinformatics VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/16.9.808 DO - 10.1093/bioinformatics/16.9.808 ID - Reinert2000 ER - TY - JOUR AU - Kryukov, K. AU - Saitou, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - MISHIMA-a new method for high speed multiple alignment of nucleotide sequences of bacterial genome scale data JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-142 DO - 10.1186/1471-2105-11-142 ID - Kryukov2010 ER - TY - JOUR AU - Feng, D. F. AU - Doolittle, R. F. PY - 1987 DA - 1987// TI - Progressive sequence alignment as a prerequisite to correct phylogenetic trees JO - J Mol Evol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1007/BF02603120 DO - 10.1007/BF02603120 ID - Feng1987 ER - TY - JOUR AU - Waterman, M. AU - Perlwitz, M. PY - 1984 DA - 1984// TI - Line geometries for sequence comparisons JO - Bulletin of Mathematical Biology VL - 46 UR - https://doi.org/10.1007/BF02459504 DO - 10.1007/BF02459504 ID - Waterman1984 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Toh, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - Parallelization of the MAFFT multiple sequence alignment program JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq224 DO - 10.1093/bioinformatics/btq224 ID - Katoh2010 ER - TY - JOUR AU - Kim, T. AU - Joo, H. PY - 2010 DA - 2010// TI - ClustalXeed: a GUI-based grid computation version for high performance and terabyte size multiple sequence alignment JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-467 DO - 10.1186/1471-2105-11-467 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Di Tommaso, P. AU - Orobitg, M. AU - Guirado, F. AU - Cores, F. AU - Espinosa, T. AU - Notredame, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cloud-Coffee: implementation of a parallel consistency-based multiple alignment algorithm in the T-Coffee package and its benchmarking on the Amazon Elastic-Cloud JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq304 DO - 10.1093/bioinformatics/btq304 ID - Di Tommaso2010 ER - TY - JOUR AU - Lee, C. AU - Grasso, C. AU - Sharlow, M. F. PY - 2002 DA - 2002// TI - Multiple sequence alignment using partial order graphs JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.3.452 DO - 10.1093/bioinformatics/18.3.452 ID - Lee2002 ER - TY - JOUR AU - Bray, N. AU - Pachter, L. PY - 2004 DA - 2004// TI - MAVID: Constrained Ancestral Alignment of Multiple Sequences JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1960404 DO - 10.1101/gr.1960404 ID - Bray2004 ER - TY - JOUR AU - Schwartz, A. S. AU - Pachter, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Multiple alignment by sequence annealing JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl311 DO - 10.1093/bioinformatics/btl311 ID - Schwartz2007 ER - TY - CHAP AU - Paten, B. AU - Herrero, J. AU - Beal, K. AU - Fitzgerald, S. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Enredo and Pecan: Genome-wide mammalian consistency-based multiple alignment with paralogs BT - Genome Res ID - Paten2008 ER - TY - CHAP AU - Myers, G. AU - Selznick, S. AU - Zhang, Z. AU - Miller, W. PY - 1997 DA - 1997// TI - Progressive multiple alignment with constraints BT - RECOMB '97: Proceedings of the first annual international conference on Computational molecular biology PB - ACM CY - New York, NY, USA UR - https://doi.org/10.1145/267521.267758 DO - 10.1145/267521.267758 ID - Myers1997 ER - TY - JOUR AU - Paten, B. AU - Herrero, J. AU - Fitzgerald, S. AU - Beal, K. AU - Flicek, P. AU - Holmes, I. AU - Birney, E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-wide nucleotide-level mammalian ancestor reconstruction JO - Genome Res VL - 18 UR - https://doi.org/10.1101/gr.076521.108 DO - 10.1101/gr.076521.108 ID - Paten2008 ER - TY - CHAP AU - Kent, W. J. PY - 2009 DA - 2009// BT - The Parasol Parallel Batch System ID - Kent2009 ER - TY - BOOK AU - Lumb, I. AU - Smith, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Scheduling attributes and Platform LSF PB - Kluwer Academic Publishers CY - Norwell, MA, USA ID - Lumb2004 ER - TY - CHAP AU - Gentzsch, W. PY - 2001 DA - 2001// TI - Sun Grid Engine: Towards Creating a Compute Power Grid BT - CCGRID'01: Proceedings of the 1st International Symposium on Cluster Computing and the Grid PB - IEEE Computer Society CY - Washington, DC, USA ID - Gentzsch2001 ER - TY - CHAP AU - Griffiths-Jones, S. AU - Moxon, S. AU - Marshall, M. AU - Khanna, A. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes. BT - Nucleic Acids Res ID - Griffiths-Jones2005 ER - TY - JOUR AU - Blanchette, M. AU - Kent, W. J. AU - Riemer, C. AU - Elnitski, L. AU - Smit, A. F. AU - Roskin, K. M. AU - Baertsch, R. AU - Rosenbloom, K. AU - Clawson, H. AU - Green, E. D. AU - Haussler, D. AU - Miller, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Aligning Multiple Genomic Sequences With the Threaded Blockset Aligner JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1933104 DO - 10.1101/gr.1933104 ID - Blanchette2004 ER - TY - JOUR AU - Bradley, R. K. AU - Roberts, A. AU - Smoot, M. AU - Juvekar, S. AU - Do, J. AU - Dewey, C. AU - Holmes, I. AU - Pachter, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast Statistical Alignment JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000392 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000392 ID - Bradley2009 ER - TY - JOUR AU - Hasegawa, M. AU - Kishino, H. AU - Yano, T. PY - 1985 DA - 1985// TI - Dating of the human-ape splitting by a molecular clock of mitochondrial DNA JO - J Mol Evol VL - 22 UR - https://doi.org/10.1007/BF02101694 DO - 10.1007/BF02101694 ID - Hasegawa1985 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - MUSCLE: multiple sequence alignment with high accuracy and high throughput JO - Nucl Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh340 DO - 10.1093/nar/gkh340 ID - Edgar2004 ER - TY - JOUR AU - Stajich, J. E. AU - Block, D. AU - Boulez, K. AU - Brenner, S. E. AU - Chervitz, S. A. AU - Dagdigian, C. AU - Fuellen, G. AU - Gilbert, J. G. AU - Korf, I. AU - Lapp, H. AU - Lehväslaiho, H. AU - Matsalla, C. AU - Mungall, C. J. AU - Osborne, B. I. AU - Pocock, M. R. AU - Schattner, P. AU - Senger, M. AU - Stein, L. D. AU - Stupka, E. AU - Wilkinson, M. D. AU - Birney, E. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Bioperl Toolkit: Perl Modules for the Life Sciences JO - Genome Research VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.361602 DO - 10.1101/gr.361602 ID - Stajich2002 ER - TY - JOUR AU - Katoh, K. AU - Toh, H. PY - 2008 DA - 2008// TI - Recent developments in the MAFFT multiple sequence alignment program JO - Brief Bioinform VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbn013 DO - 10.1093/bib/bbn013 ID - Katoh2008 ER - TY - JOUR AU - Liu, K. AU - Raghavan, S. AU - Nelesen, S. AU - Linder, C. R. AU - Warnow, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Rapid and Accurate Large-Scale Coestimation of Sequence Alignments and Phylogenetic Trees JO - Science VL - 324 UR - https://doi.org/10.1126/science.1171243 DO - 10.1126/science.1171243 ID - Liu2009 ER - TY - JOUR AU - Siepel, A. AU - Haussler, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - Combining phylogenetic and hidden Markov models in biosequence analysis JO - J Comput Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1089/1066527041410472 DO - 10.1089/1066527041410472 ID - Siepel2004 ER - TY - JOUR AU - Yang, Z. AU - Goldman, N. AU - Friday, A. PY - 1994 DA - 1994// TI - Comparison of models for nucleotide substitution used in maximum-likelihood phylogenetic estimation JO - Mol Biol Evol VL - 11 ID - Yang1994 ER - TY - CHAP AU - Rhead, B. AU - Karolchik, D. AU - Kuhn, R. M. AU - Hinrichs, A. S. AU - Zweig, A. S. AU - Fujita, P. A. AU - Diekhans, M. AU - Smith, K. E. AU - Rosenbloom, K. R. AU - Raney, B. J. AU - Pohl, A. AU - Pheasant, M. AU - Meyer, L. R. AU - Learned, K. AU - Hsu, F. AU - Hillman-Jackson, J. AU - Harte, R. A. AU - Giardine, B. AU - Dreszer, T. R. AU - Clawson, H. AU - Barber, G. P. AU - Haussler, D. AU - Kent, W. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - The UCSC genome browser database: update 2010 BT - Nucl Acids Res ID - Rhead2009 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Baertsch, R. AU - Hinrichs, A. AU - Miller, W. AU - Haussler, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Evolution's cauldron: Duplication, deletion, and rearrangement in the mouse and human genomes JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1932072100 DO - 10.1073/pnas.1932072100 ID - Kent2003 ER - TY - JOUR AU - Dewey, C. N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Aligning multiple whole genomes with Mercator and MAVID JO - Methods Mol Biol VL - 395 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-59745-514-5_14 DO - 10.1007/978-1-59745-514-5_14 ID - Dewey2007 ER -