Skip to main content

Table 2 Test results from MimoPro, Pep-3D-Search and PepSurf

From: MimoPro: a more efficient Web-based tool for epitope prediction using phage display libraries

PDB_ID MimoPro Pep-3D-Search PepSurf
  TP / PE Se Pr MCC TP / PE Se Pr MCC TP / PE Se Pr MCC
1JRH 20/31 0.952 0.645 0.358 17/43 0.810 0.395 0.217 20/29 0.952 0.690 0.372
1BJ1 15/36 0.882 0.417 0.164 11/36 0.647 0.306 0.113 3/17 0.176 0.176 0.032
1G9M 9/50 0.600 0.180 0.058 11/43 0.733 0.256 0.080 12/40 0.800 0.300 0.092
1E6J 11/42 1.000 0.262 0.117 11/32 1.000 0.344 0.134 11/22 1.000 0.500 0.162
1N8Z 18/38 0.900 0.474 0.118 19/37 0.950 0.514 0.127 6/11 0.300 0.545 0.072
1N8Z* 18/38 0.900 0.474 0.118 20/37 1.000 0.541 0.133 0/22 0.000 0.000 0.000
1IQD 9/39 0.562 0.231 0.089 4/47 0.250 0.085 0.000 8/30 0.500 0.267 0.094
1YY9 0/43 0.000 0.000 0.000 7/24 0.500 0.292 0.056 1/8 0.071 0.125 0.012
2ADF 12/35 0.800 0.343 0.141 12/41 0.800 0.293 0.128 10/18 0.667 0.556 0.167
1ZTX 14/39 0.875 0.359 0.203 6/34 0.375 0.176 0.018 5/21 0.312 0.238 0.052
3IU3 4/24 0.143 0.167 0.017 0/13 0.000 0.000 0.000 6/26 0.214 0.231 0.045
2GHW 13/37 0.448 0.351 0.119 0/37 0.000 0.000 0.000 10/26 0.345 0.385 0.110
2NY7 3/30 0.115 0.100 0.007 3/35 0.115 0.086 0.001 6/39 0.231 0.154 0.031
1AVZ 11/32 0.688 0.344 0.150 10/31 0.625 0.323 0.133 11/18 0.688 0.611 0.217
1HX1 16/38 0.667 0.421 0.195 16/36 0.667 0.444 0.206 6/23 0.250 0.261 0.032
1SQ0 8/34 0.296 0.235 0.057 6/26 0.222 0.231 0.046 1/15 0.037 0.067 0.000
1MQ8 7/30 0.412 0.233 0.072 2/29 0.118 0.069 0.000 0/12 0.000 0.000 0.000
1II4 23/41 0.622 0.561 0.249 23/44 0.622 0.523 0.233 12/22 0.324 0.545 0.163
Average   0.603 0.322 0.124   0.524 0.271 0.082   0.382 0.314 0.089
  1. TP: number of true positive; PE: number of predicted epitope; Se: sensitivity; Pr: precision; MCC: Matthews correlation coefficient.