MimoPro: a more efficient Web-based tool for epitope prediction using phage display libraries

BMC Bioinformatics

Table 2 Test results from MimoPro, Pep-3D-Search and PepSurf

PDB_ID	MimoPro				Pep-3D-Search				PepSurf
	TP / PE	Se	Pr	*MCC*	TP / PE	Se	Pr	*MCC*	TP / PE	Se	Pr	*MCC*
1JRH	20/31	0.952	0.645	0.358	17/43	0.810	0.395	0.217	20/29	0.952	0.690	0.372
1BJ1	15/36	0.882	0.417	0.164	11/36	0.647	0.306	0.113	3/17	0.176	0.176	0.032
1G9M	9/50	0.600	0.180	0.058	11/43	0.733	0.256	0.080	12/40	0.800	0.300	0.092
1E6J	11/42	1.000	0.262	0.117	11/32	1.000	0.344	0.134	11/22	1.000	0.500	0.162
1N8Z	18/38	0.900	0.474	0.118	19/37	0.950	0.514	0.127	6/11	0.300	0.545	0.072
1N8Z*	18/38	0.900	0.474	0.118	20/37	1.000	0.541	0.133	0/22	0.000	0.000	0.000
1IQD	9/39	0.562	0.231	0.089	4/47	0.250	0.085	0.000	8/30	0.500	0.267	0.094
1YY9	0/43	0.000	0.000	0.000	7/24	0.500	0.292	0.056	1/8	0.071	0.125	0.012
2ADF	12/35	0.800	0.343	0.141	12/41	0.800	0.293	0.128	10/18	0.667	0.556	0.167
1ZTX	14/39	0.875	0.359	0.203	6/34	0.375	0.176	0.018	5/21	0.312	0.238	0.052
3IU3	4/24	0.143	0.167	0.017	0/13	0.000	0.000	0.000	6/26	0.214	0.231	0.045
2GHW	13/37	0.448	0.351	0.119	0/37	0.000	0.000	0.000	10/26	0.345	0.385	0.110
2NY7	3/30	0.115	0.100	0.007	3/35	0.115	0.086	0.001	6/39	0.231	0.154	0.031
1AVZ	11/32	0.688	0.344	0.150	10/31	0.625	0.323	0.133	11/18	0.688	0.611	0.217
1HX1	16/38	0.667	0.421	0.195	16/36	0.667	0.444	0.206	6/23	0.250	0.261	0.032
1SQ0	8/34	0.296	0.235	0.057	6/26	0.222	0.231	0.046	1/15	0.037	0.067	0.000
1MQ8	7/30	0.412	0.233	0.072	2/29	0.118	0.069	0.000	0/12	0.000	0.000	0.000
1II4	23/41	0.622	0.561	0.249	23/44	0.622	0.523	0.233	12/22	0.324	0.545	0.163
Average		0.603	0.322	0.124		0.524	0.271	0.082		0.382	0.314	0.089

TP: number of true positive; PE: number of predicted epitope; Se: sensitivity; Pr: precision; MCC: Matthews correlation coefficient.

ISSN: 1471-2105