Skip to main content

Table 1 Empirical FDR and mean true rejections

From: Multiple testing for gene sets from microarray experiments

     q* = 0.01 q* = 0.05 q* = 0.1 q* = 0.2
( m k , K ) K 1 D / m ( ρ 1 , ρ 2 )
(50,20) 1 0.2 (0, 0) 0.010 0.10 0.063 0.25 0.105 0.35 0.189 0.46
    (0.2, 0.2) 0.015 0.08 0.053 0.28 0.128 0.38 0.231 0.45
    (0.4, 0.4) 0.013 0.12 0.045 0.25 0.087 0.36 0.215 0.47
   0.5 (0, 0) 0.011 0.72 0.060 0.88 0.107 0.95 0.220 0.98
    (0.2, 0.2) 0.015 0.71 0.051 0.89 0.122 0.94 0.212 0.97
    (0.4, 0.4) 0.005 0.74 0.071 0.89 0.115 0.94 0.266 0.95
   0.8 (0, 0) 0.013 0.97 0.057 1.00 0.106 1.00 0.215 1.00
    (0.2, 0.2) 0.013 0.98 0.065 1.00 0.138 1.00 0.235 1.00
    (0.4, 0.4) 0.018 0.97 0.078 1.00 0.124 1.00 0.253 1.00
  5 0.2 (0, 0) 0.025 0.72 0.067 1.70 0.136 2.51 0.239 3.56
    (0.2, 0.2) 0.009 0.68 0.056 1.79 0.127 2.63 0.235 3.59
    (0.4, 0.4) 0.011 0.74 0.058 1.82 0.118 2.46 0.232 3.55
   0.5 (0, 0) 0.007 4.44 0.058 4.94 0.124 4.97 0.227 5.00
    (0.2, 0.2) 0.013 4.46 0.056 4.90 0.118 4.97 0.214 4.99
    (0.4, 0.4) 0.012 4.44 0.074 4.87 0.137 4.96 0.239 5.00
   0.8 (0, 0) 0.012 4.99 0.066 5.00 0.120 5.00 0.235 5.00
    (0.2, 0.2) 0.011 5.00 0.056 5.00 0.105 5.00 0.200 5.00
    (0.4, 0.4) 0.011 4.98 0.053 5.00 0.101 5.00 0.218 5.00
(20,50) 1 0.2 (0, 0) 0.008 0.04 0.055 0.13 0.092 0.21 0.185 0.25
    (0.2, 0.2) 0.015 0.04 0.051 0.10 0.128 0.15 0.219 0.21
    (0.4, 0.4) 0.005 0.06 0.050 0.10 0.110 0.14 0.198 0.22
   0.5 (0, 0) 0.013 0.45 0.048 0.63 0.118 0.72 0.240 0.82
    (0.2, 0.2) 0.010 0.43 0.077 0.64 0.122 0.72 0.223 0.80
    (0.4, 0.4) 0.010 0.49 0.072 0.68 0.112 0.76 0.214 0.83
   0.8 (0, 0) 0.010 0.86 0.043 0.97 0.113 0.99 0.222 0.99
    (0.2, 0.2) 0.015 0.89 0.048 0.98 0.115 0.98 0.208 0.98
    (0.4, 0.4) 0.013 0.86 0.052 0.96 0.102 0.99 0.201 1.00
  5 0.2 (0, 0) 0.013 0.31 0.054 0.76 0.121 1.08 0.210 1.64
    (0.2, 0.2) 0.010 0.28 0.039 0.57 0.102 0.89 0.224 1.56
    (0.4, 0.4) 0.015 0.18 0.062 0.57 0.103 0.94 0.195 1.59
   0.5 (0, 0) 0.011 3.03 0.055 4.03 0.107 4.43 0.201 4.75
    (0.2, 0.2) 0.008 3.01 0.054 4.11 0.104 4.44 0.218 4.77
    (0.4, 0.4) 0.016 3.22 0.058 4.16 0.103 4.50 0.203 4.72
   0.8 (0, 0) 0.010 4.74 0.054 4.91 0.112 4.95 0.224 4.99
    (0.2, 0.2) 0.011 4.76 0.054 4.94 0.111 4.97 0.212 4.98
    (0.4, 0.4) 0.012 4.73 0.054 4.93 0.110 4.96 0.201 4.99