Skip to main content

Table 2 Empirical FDR and mean true rejections on simulation data with small n large p values.

From: Multiple testing for gene sets from microarray experiments

     q* = 0.01 q* = 0.05 q* = 0.1 q* = 0.2
K 1 D / m k ( ρ 1 , ρ 2 ) method
1 0.2 (0, 0) MP 0.0160 0.004 0.0633 0.018 0.1102 0.036 0.2328 0.058
    LW 0.0060 0.018 0.523 0.040 0.1022 0.060 0.2294 0.098
   (0.2 0.2) MP 0.0100 0.006 0.0593 0.010 0.1145 0.022 0.2325 0.042
    LW 0.0180 0.006 0.0563 0.020 0.1058 0.036 0.2249 0.084
   (0.4 0.4) MP 0.0180 0.008 0.0590 0.020 0.1133 0.032 0.2182 0.054
    LW 0.0100 0.010 0.0503 0.032 0.1087 0.048 0.2387 0.094
  0.5 (0, 0) MP 0.0120 0.024 0.0650 0.068 0.1138 0.100 0.2016 0.162
    LW 0.0210 0.078 0.0652 0.160 0.1189 0.230 0.2303 0.330
   (0.2 0.2) MP 0.0300 0.024 0.0720 0.072 0.1269 0.106 0.2608 0.170
    LW 0.0200 0.084 0.0823 0.154 0.1467 0.222 0.2658 0.316
   (0.4 0.4) MP 0.0290 0.038 0.0920 0.072 0.1359 0.112 0.2161 0.184
    LW 0.0150 0.070 0.0747 0.168 0.1300 0.228 0.2444 0.338
  0.8 (0, 0) MP 0.0150 0.084 0.0667 0.136 0.1261 0.178 0.2534 0.258
    LW 0.0070 0.240 0.0520 0.404 0.1199 0.508 0.2179 0.618
   (0.2 0.2) MP 0.0260 0.068 0.0563 0.142 0.1147 0.198 0.2341 0.276
    LW 0.0220 0.234 0.0603 0.420 0.1054 0.516 0.2095 0.622
   (0.4 0.4) MP 0.0153 0.068 0.0738 0.138 0.1299 0.176 0.2548 0.258
    LW 0.0270 0.274 0.0607 0.434 0.1129 0.512 0.2118 0.636
5 0.2 (0, 0) MP 0.0080 0.022 0.0503 0.094 0.0924 0.194 0.1817 0.386
    LW 0.0120 0.066 0.0443 0.188 0.0933 0.344 0.1883 0.726
   (0.2 0.2) MP 0.0180 0.024 0.0683 0.084 0.1030 0.138 0.2140 0.364
    LW 0.0170 0.054 0.0642 0.144 0.1028 0.288 0.2125 0.646
   (0.4 0.4) MP 0.0060 0.040 0.0350 0.078 0.0848 0.158 0.1969 0.304
    LW 0.0150 0.072 0.0446 0.192 0.0762 0.328 0.1761 0.668
  0.5 (0, 0) MP 0.0143 0.158 0.0479 0.402 0.0990 0.608 0.2144 1.062
    LW 0.0140 0.442 0.0626 1.148 0.1221 1.734 0.2131 2.586
   (0.2 0.2) MP 0.0157 0.148 0.0586 0.418 0.0974 0.662 0.2090 1.128
    LW 0.0127 0.452 0.0646 1.162 0.1076 1.796 0.2165 2.644
   (0.4 0.4) MP 0.0160 0.150 0.0602 0.418 0.0978 0.678 0.2062 1.142
    LW 0.0108 0.498 0.0572 1.154 0.1134 1.680 0.2226 2.548
  0.8 (0, 0) MP 0.0193 0.468 0.0662 1.006 0.1194 1.452 0.2320 2.054
    LW 0.0216 1.660 0.0609 3.044 0.1220 3.702 0.2385 4.286
   (0.2 0.2) MP 0.0127 0.478 0.0567 1.036 0.1130 1.440 0.2257 2.156
    LW 0.0145 1.654 0.0506 2.970 0.1157 3.670 0.2269 4.278
   (0.4 0.4) MP 0.0200 0.510 0.0587 1.020 0.1080 1.468 0.2163 2.164
    LW 0.0201 1.772 0.0729 3.066 0.1303 3.662 0.2350 4.234
  1. Here, n = 20, m k = 50, and K = 20.