Skip to main content

Table 2 Empirical FDR and mean true rejections on simulation data with small n large p values.

From: Multiple testing for gene sets from microarray experiments

    

q* = 0.01

q* = 0.05

q* = 0.1

q* = 0.2

K 1

D / m k

( ρ 1 , ρ 2 )

method

1

0.2

(0, 0)

MP

0.0160

0.004

0.0633

0.018

0.1102

0.036

0.2328

0.058

   

LW

0.0060

0.018

0.523

0.040

0.1022

0.060

0.2294

0.098

  

(0.2 0.2)

MP

0.0100

0.006

0.0593

0.010

0.1145

0.022

0.2325

0.042

   

LW

0.0180

0.006

0.0563

0.020

0.1058

0.036

0.2249

0.084

  

(0.4 0.4)

MP

0.0180

0.008

0.0590

0.020

0.1133

0.032

0.2182

0.054

   

LW

0.0100

0.010

0.0503

0.032

0.1087

0.048

0.2387

0.094

 

0.5

(0, 0)

MP

0.0120

0.024

0.0650

0.068

0.1138

0.100

0.2016

0.162

   

LW

0.0210

0.078

0.0652

0.160

0.1189

0.230

0.2303

0.330

  

(0.2 0.2)

MP

0.0300

0.024

0.0720

0.072

0.1269

0.106

0.2608

0.170

   

LW

0.0200

0.084

0.0823

0.154

0.1467

0.222

0.2658

0.316

  

(0.4 0.4)

MP

0.0290

0.038

0.0920

0.072

0.1359

0.112

0.2161

0.184

   

LW

0.0150

0.070

0.0747

0.168

0.1300

0.228

0.2444

0.338

 

0.8

(0, 0)

MP

0.0150

0.084

0.0667

0.136

0.1261

0.178

0.2534

0.258

   

LW

0.0070

0.240

0.0520

0.404

0.1199

0.508

0.2179

0.618

  

(0.2 0.2)

MP

0.0260

0.068

0.0563

0.142

0.1147

0.198

0.2341

0.276

   

LW

0.0220

0.234

0.0603

0.420

0.1054

0.516

0.2095

0.622

  

(0.4 0.4)

MP

0.0153

0.068

0.0738

0.138

0.1299

0.176

0.2548

0.258

   

LW

0.0270

0.274

0.0607

0.434

0.1129

0.512

0.2118

0.636

5

0.2

(0, 0)

MP

0.0080

0.022

0.0503

0.094

0.0924

0.194

0.1817

0.386

   

LW

0.0120

0.066

0.0443

0.188

0.0933

0.344

0.1883

0.726

  

(0.2 0.2)

MP

0.0180

0.024

0.0683

0.084

0.1030

0.138

0.2140

0.364

   

LW

0.0170

0.054

0.0642

0.144

0.1028

0.288

0.2125

0.646

  

(0.4 0.4)

MP

0.0060

0.040

0.0350

0.078

0.0848

0.158

0.1969

0.304

   

LW

0.0150

0.072

0.0446

0.192

0.0762

0.328

0.1761

0.668

 

0.5

(0, 0)

MP

0.0143

0.158

0.0479

0.402

0.0990

0.608

0.2144

1.062

   

LW

0.0140

0.442

0.0626

1.148

0.1221

1.734

0.2131

2.586

  

(0.2 0.2)

MP

0.0157

0.148

0.0586

0.418

0.0974

0.662

0.2090

1.128

   

LW

0.0127

0.452

0.0646

1.162

0.1076

1.796

0.2165

2.644

  

(0.4 0.4)

MP

0.0160

0.150

0.0602

0.418

0.0978

0.678

0.2062

1.142

   

LW

0.0108

0.498

0.0572

1.154

0.1134

1.680

0.2226

2.548

 

0.8

(0, 0)

MP

0.0193

0.468

0.0662

1.006

0.1194

1.452

0.2320

2.054

   

LW

0.0216

1.660

0.0609

3.044

0.1220

3.702

0.2385

4.286

  

(0.2 0.2)

MP

0.0127

0.478

0.0567

1.036

0.1130

1.440

0.2257

2.156

   

LW

0.0145

1.654

0.0506

2.970

0.1157

3.670

0.2269

4.278

  

(0.4 0.4)

MP

0.0200

0.510

0.0587

1.020

0.1080

1.468

0.2163

2.164

   

LW

0.0201

1.772

0.0729

3.066

0.1303

3.662

0.2350

4.234

  1. Here, n = 20, m k = 50, and K = 20.