TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Cheung, S. T. AU - So, S. AU - Fan, S. T. AU - Barry, C. AU - Higgins, J. AU - Lai, K. M. AU - Ji, J. AU - Dudoit, S. AU - Ng, I. O. L. AU - Rijn, M. V. D. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene expression patterns in human liver cancers JO - Mol Biol Cell VL - 13 UR - https://doi.org/10.1091/mbc.02-02-0023. DO - 10.1091/mbc.02-02-0023. ID - Chen2002 ER - TY - JOUR AU - Golub, T. R. AU - Slonim, D. K. AU - Tamayo, P. AU - Huard, C. AU - Gaasenbeek, M. AU - Mesirov, J. P. AU - Coller, H. AU - Loh, M. L. AU - Downing, J. R. AU - Caligiuri, M. A. AU - Bloomfield, C. D. AU - Lander, E. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.531 DO - 10.1126/science.286.5439.531 ID - Golub1999 ER - TY - JOUR AU - Nielsen, T. O. AU - West, R. B. AU - Linn, S. C. AU - Alter, O. AU - Knowling, M. A. AU - O'Connell, J. X. AU - Zhu, S. AU - Fero, M. AU - Sherlock, G. AU - Pollack, J. R. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. AU - van de Rijn, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - Molecular characterisation of soft tissue tumours: a gene expression study JO - Lancet VL - 359 UR - https://doi.org/10.1016/S0140-6736(02)08270-3 DO - 10.1016/S0140-6736(02)08270-3 ID - Nielsen2002 ER - TY - JOUR AU - Perou, C. M. AU - Sorlie, T. AU - Eisen, M. B. AU - van de Rijn, M. AU - Jeffrey, S. S. AU - Rees, C. A. AU - Pollack, J. R. AU - Ross, D. T. AU - Johnsen, H. AU - Akslen, L. A. AU - Fluge, O. AU - Pergamenschikov, A. AU - Williams, C. AU - Zhu, S. X. AU - Lonning, P. E. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. PY - 2000 DA - 2000// TI - Molecular portraits of human breast tumours JO - Nature VL - 406 UR - https://doi.org/10.1038/35021093 DO - 10.1038/35021093 ID - Perou2000 ER - TY - JOUR AU - Sorlie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Parker, J. AU - Hastie, T. AU - Marron, J. S. AU - Nobel, A. AU - Deng, S. AU - Johnsen, H. AU - Pesich, R. AU - Geisler, S. AU - Demeter, J. AU - Perou, C. M. AU - Lonning, P. E. AU - Brown, P. O. AU - Borresen-Dale, A. L. AU - Botstein, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Repeated observation of breast tumor subtypes in independent gene expression data sets JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 100 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0932692100 DO - 10.1073/pnas.0932692100 ID - Sorlie2003 ER - TY - JOUR AU - Alizadeh, A. A. AU - Eisen, M. B. AU - Davis, R. E. AU - Ma, C. AU - Lossos, I. S. AU - Rosenwald, A. AU - Boldrick, J. C. AU - Sabet, H. AU - Tran, T. AU - Yu, X. AU - Powell, J. I. AU - Yang, L. AU - Marti, G. E. AU - Moore, T. AU - Hudson, J. AU - Lu, L. AU - Lewis, D. B. AU - Tibshirani, R. AU - Sherlock, G. AU - Chan, W. C. AU - Greiner, T. C. AU - Weisenburger, D. D. AU - Armitage, J. O. AU - Warnke, R. AU - Levy, R. AU - Wilson, W. AU - Grever, M. R. AU - Byrd, J. C. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. AU - Staudt, L. M. PY - 2000 DA - 2000// TI - Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/35000501 DO - 10.1038/35000501 ID - Alizadeh2000 ER - TY - JOUR AU - Garber, M. E. AU - Troyanskaya, O. G. AU - Schluens, K. AU - Petersen, S. AU - Thaesler, Z. AU - Pacyna-Gengelbach, M. AU - van de Rijn, M. AU - Rosen, G. D. AU - Perou, C. M. AU - Whyte, R. I. AU - Altman, R. B. AU - Brown, P. O. AU - Botstein, D. AU - Petersen, I. PY - 2001 DA - 2001// TI - Diversity of gene expression in adenocarcinoma of the lung JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.241500798 DO - 10.1073/pnas.241500798 ID - Garber2001 ER - TY - JOUR AU - Minn, A. J. AU - Gupta, G. P. AU - Siegel, P. M. AU - Bos, P. D. AU - Shu, W. AU - Giri, D. D. AU - Viale, A. AU - Olshen, A. B. AU - Gerald, W. L. AU - Massague, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genes that mediate breast cancer metastasis to lung JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03799 DO - 10.1038/nature03799 ID - Minn2005 ER - TY - JOUR AU - van de Vijver, M. J. AU - He, Y. D. AU - van't Veer, L. J. AU - Dai, H. AU - Hart, A. A. M. AU - Voskuil, D. W. AU - Schreiber, G. J. AU - Peterse, J. L. AU - Roberts, C. AU - Marton, M. J. AU - Parrish, M. AU - Atsma, D. AU - Witteveen, A. AU - Glas, A. AU - Delahaye, L. AU - van der Velde, T. AU - Bartelink, H. AU - Rodenhuis, S. AU - Rutgers, E. T. AU - Friend, S. H. AU - Bernards, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - A gene-expression signature as a predictor of survival in breast cancer JO - N Engl J Med VL - 347 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa021967 DO - 10.1056/NEJMoa021967 ID - van de Vijver2002 ER - TY - JOUR AU - Wang, S. M. AU - Ooi, L. L. P. J. AU - Hui, K. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification and validation of a novel gene signature associated with the recurrence of human hepatocellular carcinoma JO - Clin Cancer Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-06-2236 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-06-2236 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - de la Fuente, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - From 'differential expression' to 'differential networking' - identification of dysfunctional regulatory networks in diseases JO - Trends in genetics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1016/j.tig.2010.05.001 DO - 10.1016/j.tig.2010.05.001 ID - de la Fuente2010 ER - TY - JOUR AU - Workman, C. T. AU - Mak, H. C. AU - McCuine, S. AU - Tagne, J. B. AU - Agarwal, M. AU - Ozier, O. AU - Begley, T. J. AU - Samson, L. D. AU - Ideker, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - A systems approach to mapping DNA damage response pathways JO - Science VL - 312 UR - https://doi.org/10.1126/science.1122088 DO - 10.1126/science.1122088 ID - Workman2006 ER - TY - JOUR AU - Mani, K. M. AU - Lefebvre, C. AU - Wang, K. AU - Lim, W. K. AU - Basso, K. AU - Dalla-Favera, R. AU - Califano, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - A systems biology approach to prediction of oncogenes and molecular perturbation targets in B-cell lymphomas JO - Mol Syst Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2008.2 DO - 10.1038/msb.2008.2 ID - Mani2008 ER - TY - JOUR AU - Taylor, I. W. AU - Linding, R. AU - Warde-Farley, D. AU - Liu, Y. AU - Pesquita, C. AU - Faria, D. AU - Bull, S. AU - Pawson, T. AU - Morris, Q. AU - Wrana, J. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Dynamic modularity in protein interaction networks predicts breast cancer outcome JO - Nat Biotechnol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1522 DO - 10.1038/nbt.1522 ID - Taylor2009 ER - TY - JOUR AU - Ergun, A. AU - Lawrence, C. A. AU - Kohanski, M. A. AU - Brennan, T. A. AU - Collins, J. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - A network biology approach to prostate cancer JO - Mol Syst Biol VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/msb4100125 DO - 10.1038/msb4100125 ID - Ergun2007 ER - TY - JOUR AU - Schadt, E. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Molecular networks as sensors and drivers of common human diseases JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08454 DO - 10.1038/nature08454 ID - Schadt2009 ER - TY - JOUR AU - Hudson, N. J. AU - Reverter, A. AU - Dalrymple, B. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - A differential wiring analysis of expression data correctly identifies the gene containing the causal mutation JO - PLoS Comput Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000382 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000382 ID - Hudson2009 ER - TY - JOUR AU - Song, L. AU - Kolar, M. AU - Xing, E. PY - 2009 DA - 2009// TI - KELLER: estimating time-varying interactions between genes JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp192 DO - 10.1093/bioinformatics/btp192 ID - Song2009 ER - TY - JOUR AU - Barabasi, A. L. AU - Oltvai, Z. N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Network biology: understanding the cell's functional organization JO - Nat Rev Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nrg1272 DO - 10.1038/nrg1272 ID - Barabasi2004 ER - TY - JOUR AU - Kostka, D. AU - Spang, R. PY - 2004 DA - 2004// TI - Finding disease specific alterations in the co-expression of genes JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth909 DO - 10.1093/bioinformatics/bth909 ID - Kostka2004 ER - TY - CHAP AU - Choi, Y. AU - Kendziorski, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Statistical methods for gene set co-expression analysis BT - Bioinformatics ID - Choi2009 ER - TY - JOUR AU - Tesson, B. M. AU - Breitling, R. AU - Jansen, R. C. PY - 2010 DA - 2010// TI - DiffCoEx: a simple and sensitive method to find differentially coexpressed gene modules JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-497 DO - 10.1186/1471-2105-11-497 ID - Tesson2010 ER - TY - JOUR AU - Gill, R. AU - Datta, S. AU - Datta, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - A statistical framework for differential network analysis from microarray data JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-95 DO - 10.1186/1471-2105-11-95 ID - Gill2010 ER - TY - CHAP AU - Ahmed, A. AU - Xing, E. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Recovering time-varying networks of dependencies in social and biological studies BT - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America ID - Ahmed2009 ER - TY - JOUR AU - Ideker, T. AU - Dutkowski, J. AU - Hood, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Boosting Signal-to-Noise in Complex Biology: Prior Knowledge Is Power JO - Cell VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.03.007 DO - 10.1016/j.cell.2011.03.007 ID - Ideker2011 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Elkon, R. AU - Rashi-Elkeles, S. AU - Lerenthal, Y. AU - Linhart, C. AU - Tenne, T. AU - Amariglio, N. AU - Rechavi, G. AU - Shamir, R. AU - Shiloh, Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Dissection of a DNA-damage-induced transcriptional network using a combination of microarrays, RNA interference and computational promoter analysis JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-5-r43 DO - 10.1186/gb-2005-6-5-r43 ID - Elkon2005 ER - TY - JOUR AU - Povirk, L. F. PY - 1996 DA - 1996// TI - DNA damage and mutagenesis by radiomimetic DNA-cleaving agents: bleomycin, neocarzinostatin and other enediynes JO - Mutat Res VL - 355 UR - https://doi.org/10.1016/0027-5107(96)00023-1 DO - 10.1016/0027-5107(96)00023-1 ID - Povirk1996 ER - TY - JOUR AU - Kurz, E. U. AU - Lees-Miller, S. P. PY - 2004 DA - 2004// TI - DNA damage-induced activation of ATM and ATM-dependent signaling pathways JO - DNA Repair (Amst) VL - 3 UR - https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2004.03.029 DO - 10.1016/j.dnarep.2004.03.029 ID - Kurz2004 ER - TY - JOUR AU - Banin, S. AU - Moyal, L. AU - Shieh, S. AU - Taya, Y. AU - Anderson, C. W. AU - Chessa, L. AU - Smorodinsky, N. I. AU - Prives, C. AU - Reiss, Y. AU - Shiloh, Y. AU - Ziv, Y. PY - 1998 DA - 1998// TI - Enhanced phosphorylation of p53 by ATM in response to DNA damage JO - Science VL - 281 UR - https://doi.org/10.1126/science.281.5383.1674 DO - 10.1126/science.281.5383.1674 ID - Banin1998 ER - TY - JOUR AU - Szczurek, E. AU - Biecek, P. AU - Tiuryn, J. AU - Vingron, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Introducing Knowledge into Differential Expression Analysis JO - Journal of Computational Biology VL - 17 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2010.0034 DO - 10.1089/cmb.2010.0034 ID - Szczurek2010 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Schlicker, A. AU - Domingues, F. S. AU - Rahnenfuhrer, J. AU - Lengauer, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - A new measure for functional similarity of gene products based on Gene Ontology JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-302 DO - 10.1186/1471-2105-7-302 ID - Schlicker2006 ER - TY - JOUR AU - Shiloh, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - The ATM-mediated DNA-damage response: taking shape JO - Trends Biochem Sci VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/j.tibs.2006.05.004 DO - 10.1016/j.tibs.2006.05.004 ID - Shiloh2006 ER - TY - JOUR AU - Lavin, M. F. AU - Kozlov, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - ATM activation and DNA damage response JO - Cell Cycle VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/cc.6.8.4180 DO - 10.4161/cc.6.8.4180 ID - Lavin2007 ER - TY - JOUR AU - Hoeijmakers, J. H. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - DNA damage, aging, and cancer JO - N Engl J Med VL - 361 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMra0804615 DO - 10.1056/NEJMra0804615 ID - Hoeijmakers2009 ER - TY - JOUR AU - Elkon, R. AU - Vesterman, R. AU - Amit, N. AU - Ulitsky, I. AU - Zohar, I. AU - Weisz, M. AU - Mass, G. AU - Orlev, N. AU - Sternberg, G. AU - Blekhman, R. AU - Assa, J. AU - Shiloh, Y. AU - Shamir, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - SPIKE-a database, visualization and analysis tool of cellular signaling pathways JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-110 DO - 10.1186/1471-2105-9-110 ID - Elkon2008 ER - TY - JOUR AU - Wood, R. D. AU - Mitchell, M. AU - Lindahl, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - Human DNA repair genes, 2005 JO - Mutat Res VL - 577 UR - https://doi.org/10.1016/j.mrfmmm.2005.03.007 DO - 10.1016/j.mrfmmm.2005.03.007 ID - Wood2005 ER - TY - JOUR AU - Honma, M. AU - Sakuraba, M. AU - Koizumi, T. AU - Takashima, Y. AU - Sakamoto, H. AU - Hayashi, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Non-homologous end-joining for repairing I-SceI-induced DNA double strand breaks in human cells JO - DNA Repair (Amst) VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/j.dnarep.2007.01.004 DO - 10.1016/j.dnarep.2007.01.004 ID - Honma2007 ER - TY - BOOK AU - Seluanov, A. AU - Mao, Z. AU - Gorbunova, V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis of DNA double-strand break (DSB) repair in mammalian cells ID - Seluanov2010 ER - TY - BOOK AU - Kielbasa, S. AU - Klein, H. AU - Roider, H. AU - Vingron, M. AU - Blüthgen, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - TransFind-predicting transcriptional regulators for gene sets ID - Kielbasa2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, X. AU - Odom, D. T. AU - Koo, S. H. AU - Conkright, M. D. AU - Canettieri, G. AU - Best, J. AU - Chen, H. AU - Jenner, R. AU - Herbolsheimer, E. AU - Jacobsen, E. AU - Kadam, S. AU - Ecker, J. R. AU - Emerson, B. AU - Hogenesch, J. B. AU - Unterman, T. AU - Young, R. A. AU - Montminy, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Genome-wide analysis of cAMP-response element binding protein occupancy, phosphorylation, and target gene activation in human tissues JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0501076102 DO - 10.1073/pnas.0501076102 ID - Zhang2005 ER - TY - CHAP AU - Szczurek, E. AU - Gat-Viks, I. AU - Tiuryn, J. AU - Vingron, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Elucidating regulatory mechanisms downstream of a signaling pathway using informative experiments BT - Molecular Systems Biology ID - Szczurek2009 ER - TY - JOUR AU - Markowetz, F. AU - Spang, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Inferring cellular networks-a review JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-S6-S5 DO - 10.1186/1471-2105-8-S6-S5 ID - Markowetz2007 ER - TY - JOUR AU - Markowetz, F. PY - 2010 DA - 2010// TI - How to understand the cell by breaking it: network analysis of gene perturbation screens JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000655 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000655 ID - Markowetz2010 ER - TY - JOUR AU - Gat-Viks, I. AU - Shamir, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Refinement and expansion of signaling pathways: the osmotic response network in yeast JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5750507 DO - 10.1101/gr.5750507 ID - Gat-Viks2007 ER - TY - BOOK PY - 2008 DA - 2008// TI - Post-transcriptional gene regulation ID - ref48 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Bolstad, B. M. AU - Collin, F. AU - Cope, L. M. AU - Hobbs, B. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gng015 DO - 10.1093/nar/gng015 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Kauffmann, A. AU - Gentleman, R. AU - Huber, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - arrayQualityMetrics-a bioconductor package for quality assessment of microarray data JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn647 DO - 10.1093/bioinformatics/btn647 ID - Kauffmann2009 ER - TY - JOUR AU - Horvath, M. M. AU - Wang, X. AU - Resnick, M. A. AU - Bell, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Divergent evolution of human p53 binding sites: cell cycle versus apoptosis JO - PLoS Genet VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.0030127 DO - 10.1371/journal.pgen.0030127 ID - Horvath2007 ER - TY - JOUR AU - Wei, C. L. AU - Wu, Q. AU - Vega, V. B. AU - Chiu, K. P. AU - Ng, P. AU - Zhang, T. AU - Shahab, A. AU - Yong, H. C. AU - Fu, Y. AU - Weng, Z. AU - Liu, J. AU - Zhao, X. D. AU - Chew, J. L. AU - Lee, Y. L. AU - Kuznetsov, V. A. AU - Sung, W. K. AU - Miller, L. D. AU - Lim, B. AU - Liu, E. T. AU - Yu, Q. AU - Ng, H. H. AU - Ruan, Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - A global map of p53 transcription-factor binding sites in the human genome JO - Cell VL - 124 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.10.043 DO - 10.1016/j.cell.2005.10.043 ID - Wei2006 ER - TY - JOUR AU - Jen, K. Y. AU - Cheung, V. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of novel p53 target genes in ionizing radiation response JO - Cancer Res VL - 65 ID - Jen2005 ER - TY - JOUR AU - Lim, C. A. AU - Yao, F. AU - Wong, J. J. Y. AU - George, J. AU - Xu, H. AU - Chiu, K. P. AU - Sung, W. K. AU - Lipovich, L. AU - Vega, V. B. AU - Chen, J. AU - Shahab, A. AU - Zhao, X. D. AU - Hibberd, M. AU - Wei, C. L. AU - Lim, B. AU - Ng, H. H. AU - Ruan, Y. AU - Chin, K. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide mapping of RELA(p65) binding identifies E2F1 as a transcriptional activator recruited by NF-kappaB upon TLR4 activation JO - Mol Cell VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.molcel.2007.06.038 DO - 10.1016/j.molcel.2007.06.038 ID - Lim2007 ER - TY - JOUR AU - Markowetz, F. AU - Bloch, J. AU - Spang, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Non-transcriptional pathway features reconstructed from secondary effects of RNA interference JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti662 DO - 10.1093/bioinformatics/bti662 ID - Markowetz2005 ER - TY - JOUR AU - Frohlich, H. AU - Speer, N. AU - Poustka, A. AU - Beissbarth, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - GOSim-an R-package for computation of information theoretic GO similarities between terms and gene products JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-166 DO - 10.1186/1471-2105-8-166 ID - Frohlich2007 ER - TY - JOUR AU - Vastrik, I. AU - D'Eustachio, P. AU - Schmidt, E. AU - Joshi-Tope, G. AU - Gopinath, G. AU - Croft, D. AU - de Bono, B. AU - Gillespie, M. AU - Jassal, B. AU - Lewis, S. AU - Matthews, L. AU - Wu, G. AU - Birney, E. AU - Stein, L. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reactome: a knowledge base of biologic pathways and processes JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-3-r39 DO - 10.1186/gb-2007-8-3-r39 ID - Vastrik2007 ER - TY - JOUR AU - Wingender, E. AU - Dietze, P. AU - Karas, H. AU - Knüppel, R. PY - 1996 DA - 1996// TI - TRANSFAC: a database on transcription factors and their DNA binding sites JO - Nucleic Acids Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/nar/24.1.238 DO - 10.1093/nar/24.1.238 ID - Wingender1996 ER -