TY - JOUR AU - Venter, J. AU - Remington, K. AU - Heidelberg, J. AU - Halpern, A. AU - Rusch, D. AU - Eisen, J. AU - Wu, D. AU - Paulsen, I. AU - Nelson, K. AU - Nelson, W. AU - Fouts, D. AU - Levy, S. AU - Knap, A. AU - Lomas, M. AU - Nealson, K. AU - White, O. AU - Peterson, J. AU - Hoffman, J. AU - Parsons, R. AU - Baden-Tillson, H. AU - Pfannkoch, C. AU - Rogers, Y. AU - Smith, H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Environmental genome shotgun sequencing of the Sargasso sea JO - Science VL - 304 UR - https://doi.org/10.1126/science.1093857 DO - 10.1126/science.1093857 ID - Venter2004 ER - TY - JOUR AU - Simon, C. AU - Wiezer, A. AU - Strittmatter, A. W. AU - Daniel, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phylogenetic diversity and metabolic potential revealed in a glacier ice metagenome JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00946-09 DO - 10.1128/AEM.00946-09 ID - Simon2009 ER - TY - JOUR AU - Tyson, G. W. AU - Chapman, J. AU - Hugenholtz, P. AU - Allen, E. E. AU - Ram, R. J. AU - Richardson, P. M. AU - Solovyev, V. V. AU - Rubin, E. M. AU - Rokhsar, D. S. AU - Banfield, J. F. PY - 2004 DA - 2004// TI - Community structure and metabolism through reconstruction of microbial genomes from the environment JO - Nature VL - 428 UR - https://doi.org/10.1038/nature02340 DO - 10.1038/nature02340 ID - Tyson2004 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, R. AU - Raes, J. AU - Arumugam, M. AU - Burgdorf, K. S. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Levenez, F. AU - Yamada, T. AU - Mende, D. R. AU - Li, J. AU - Xu, J. AU - Li, S. AU - Li, D. AU - Cao, J. AU - Wang, B. AU - Liang, H. AU - Zheng, H. AU - Xie, Y. AU - Tap, J. AU - Lepage, P. AU - Bertalan, M. AU - Batto, J. M. AU - Hansen, T. AU - Le Paslier, D. AU - Linneberg, A. AU - Nielsen, H. B. AU - Pelletier, E. AU - Renault, P. AU - Sicheritz-Ponten, T. AU - Turner, K. AU - Zhu, H. AU - Yu, C. AU - Li, S. AU - Jian, M. AU - Zhou, Y. AU - Li, Y. AU - Zhang, X. AU - Li, S. AU - Qin, N. AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Brunak, S. AU - Dore, J. AU - Guarner, F. AU - Kristiansen, K. AU - Pedersen, O. AU - Parkhill, J. AU - Weissenbach, J. AU - Bork, P. AU - Ehrlich, S. D. AU - Wang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08821 DO - 10.1038/nature08821 ID - Qin2010 ER - TY - JOUR AU - Turnbaugh, P. J. AU - Hamady, M. AU - Yatsunenko, T. AU - Cantarel, B. L. AU - Duncan, A. AU - Ley, R. E. AU - Sogin, M. L. AU - Jones, W. J. AU - Roe, B. A. AU - Affourtit, J. P. AU - Egholm, M. AU - Henrissat, B. AU - Heath, A. C. AU - Knight, R. AU - Gordon, J. I. PY - 2009 DA - 2009// TI - A core gut microbiome in obese and lean twins JO - Nature VL - 457 UR - https://doi.org/10.1038/nature07540 DO - 10.1038/nature07540 ID - Turnbaugh2009 ER - TY - JOUR AU - García Martín, H. AU - Ivanova, N. AU - Kunin, V. AU - Warnecke, F. AU - Barry, K. W. AU - McHardy, A. C. AU - Yeates, C. AU - He, S. AU - Salamov, A. A. AU - Szeto, E. AU - Dalin, E. AU - Putnam, N. H. AU - Shapiro, H. J. AU - Pangilinan, J. L. AU - Rigoutsos, I. AU - Kyrpides, N. C. AU - Blackall, L. L. AU - McMahon, K. D. AU - Hugenholtz, P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Metagenomic analysis of two enhanced biological phosphorus removal (EBPR) sludge communities JO - Nat Biotechnol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1247 DO - 10.1038/nbt1247 ID - García Martín2006 ER - TY - JOUR AU - Béjà, O. AU - Aravind, L. AU - Koonin, E. V. AU - Suzuki, M. T. AU - Hadd, A. AU - Nguyen, L. P. AU - Jovanovich, S. B. AU - Gates, C. M. AU - Feldman, R. A. AU - Spudich, J. L. AU - Spudich, E. N. AU - DeLong, E. F. PY - 2000 DA - 2000// TI - Bacterial rhodopsin: evidence for a new type of phototrophy in the sea JO - Science VL - 289 UR - https://doi.org/10.1126/science.289.5486.1902 DO - 10.1126/science.289.5486.1902 ID - Béjà2000 ER - TY - JOUR AU - Tringe, S. G. AU - von Mering, C. AU - Kobayashi, A. AU - Salamov, A. A. AU - Chen, K. AU - Chang, H. W. AU - Podar, M. AU - Short, J. M. AU - Mathur, E. J. AU - Detter, J. C. AU - Bork, P. AU - Hugenholtz, P. AU - Rubin, E. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Comparative metagenomics of microbial communities JO - Science VL - 308 UR - https://doi.org/10.1126/science.1107851 DO - 10.1126/science.1107851 ID - Tringe2005 ER - TY - JOUR AU - Amann, R. I. AU - Ludwig, W. AU - Schleifer, K. H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation JO - Microbiol Rev VL - 59 ID - Amann1995 ER - TY - JOUR AU - Wu, D. AU - Hugenholtz, P. AU - Mavromatis, K. AU - Pukall, R. AU - Dalin, E. AU - Ivanova, N. N. AU - Kunin, V. AU - Goodwin, L. AU - Wu, M. AU - Tindall, B. J. AU - Hooper, S. D. AU - Pati, A. AU - Lykidis, A. AU - Spring, S. AU - Anderson, I. J. AU - D'haeseleer, P. AU - Zemla, A. AU - Singer, M. AU - Lapidus, A. AU - Nolan, M. AU - Copeland, A. AU - Han, C. AU - Chen, F. AU - Cheng, J. F. AU - Lucas, S. AU - Kerfeld, C. AU - Lang, E. AU - Gronow, S. AU - Chain, P. AU - Bruce, D. AU - Rubin, E. M. AU - Kyrpides, N. C. AU - Klenk, H. P. AU - Eisen, J. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A phylogeny-driven genomic encyclopaedia of Bacteria and Archaea JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08656 DO - 10.1038/nature08656 ID - Wu2009 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Gori, F. AU - Folino, G. AU - Jetten, M. S. AU - Marchiori, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - MTR: taxonomic annotation of short metagenomic reads using clustering at multiple taxonomic ranks JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq649 DO - 10.1093/bioinformatics/btq649 ID - Gori2011 ER - TY - JOUR AU - Clemente, J. C. AU - Jansson, J. AU - Valiente, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Flexible taxonomic assignment of ambiguous sequencing reads JO - BMC Bioinformatics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-12-8 DO - 10.1186/1471-2105-12-8 ID - Clemente2011 ER - TY - JOUR AU - Schreiber, F. AU - Gumrich, P. AU - Daniel, R. AU - Meinicke, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Treephyler: fast taxonomic profiling of metagenomes JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq070 DO - 10.1093/bioinformatics/btq070 ID - Schreiber2010 ER - TY - JOUR AU - Krause, L. AU - Diaz, N. N. AU - Goesmann, A. AU - Kelley, S. AU - Nattkemper, T. W. AU - Rohwer, F. AU - Edwards, R. A. AU - Stoye, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn038 DO - 10.1093/nar/gkn038 ID - Krause2008 ER - TY - JOUR AU - Brady, A. AU - Salzberg, S. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Phymm and PhymmBL: metagenomic phylogenetic classification with interpolated Markov models JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1358 DO - 10.1038/nmeth.1358 ID - Brady2009 ER - TY - JOUR AU - Sandberg, R. AU - Winberg, G. AU - Bränden, C. I. AU - Kaske, A. AU - Ernberg, I. AU - Cöster, J. PY - 2001 DA - 2001// TI - Capturing whole-genome characteristics in short sequences using a naïve Bayesian classifier JO - Genome Res VL - 11 UR - https://doi.org/10.1101/gr.186401 DO - 10.1101/gr.186401 ID - Sandberg2001 ER - TY - JOUR AU - Rosen, G. AU - Garbarine, E. AU - Caseiro, D. AU - Polikar, R. AU - Sokhansanj, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Metagenome fragment classification using N-mer frequency profiles JO - Adv Bioinformatics VL - 2008 UR - https://doi.org/10.1155/2008/205969 DO - 10.1155/2008/205969 ID - Rosen2008 ER - TY - JOUR AU - Yu, F. AU - Sun, Y. AU - Liu, L. AU - Farmerie, W. PY - 2009 DA - 2009// TI - GSTaxClassifier: a genomic signature based taxonomic classifier for metagenomic data analysis JO - Bioinformation VL - 4 UR - https://doi.org/10.6026/97320630004046 DO - 10.6026/97320630004046 ID - Yu2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, Q. AU - Garrity, G. M. AU - Tiedje, J. M. AU - Cole, J. R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Naïve Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy JO - Appl Environ Microbiol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.00062-07 DO - 10.1128/AEM.00062-07 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Karlin, S. AU - Mrázek, J. AU - Campbell, A. M. PY - 1997 DA - 1997// TI - Compositional biases of bacterial genomes and evolutionary implications JO - J Bacteriol VL - 179 ID - Karlin1997 ER - TY - JOUR AU - Deschavanne, P. J. AU - Giron, A. AU - Vilain, J. AU - Fagot, G. AU - Fertil, B. PY - 1999 DA - 1999// TI - Genomic signature: characterization and classification of species assessed by chaos game representation of sequences JO - Mol Biol Evol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1093/oxfordjournals.molbev.a026048 DO - 10.1093/oxfordjournals.molbev.a026048 ID - Deschavanne1999 ER - TY - JOUR AU - Perry, S. C. AU - Beiko, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Distinguishing microbial genome fragments based on their composition: evolutionary and comparative genomic perspectives JO - Genome Biol Evol VL - 2 UR - https://doi.org/10.1093/gbe/evq004 DO - 10.1093/gbe/evq004 ID - Perry2010 ER - TY - JOUR AU - McHardy, A. C. AU - Martín, H. G. AU - Tsirigos, A. AU - Hugenholtz, P. AU - Rigoutsos, I. PY - 2007 DA - 2007// TI - Accurate phylogenetic classification of variable-length DNA fragments JO - Nat Methods VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth976 DO - 10.1038/nmeth976 ID - McHardy2007 ER - TY - JOUR AU - Patil, K. R. AU - Haider, P. AU - Pope, P. B. AU - Turnbaugh, P. J. AU - Morrison, M. AU - Scheffer, T. AU - McHardy, A. C. PY - 2001 DA - 2001// TI - Taxonomic metagenome sequence assignment with structured output models JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0311-191 DO - 10.1038/nmeth0311-191 ID - Patil2001 ER - TY - JOUR AU - Diaz, N. N. AU - Krause, L. AU - Goesmann, A. AU - Niehaus, K. AU - Nattkemper, T. W. PY - 2009 DA - 2009// TI - TACOA - taxonomic classification of environmental genomic fragments using a kernelized nearest neighbor approach JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-56 DO - 10.1186/1471-2105-10-56 ID - Diaz2009 ER - TY - JOUR AU - Pruitt, K. D. AU - Tatusova, T. AU - Klimke, W. AU - Maglott, D. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - NCBI Reference Sequences: current status, policy and new initiatives JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn721 DO - 10.1093/nar/gkn721 ID - Pruitt2009 ER - TY - JOUR AU - Sayers, E. W. AU - Barrett, T. AU - Benson, D. A. AU - Bolton, E. AU - Bryant, S. H. AU - Canese, K. AU - Chetvernin, V. AU - Church, D. M. AU - DiCuccio, M. AU - Federhen, S. AU - Feolo, M. AU - Fingerman, I. M. AU - Geer, L. Y. AU - Helmberg, W. AU - Kapustin, Y. AU - Landsman, D. AU - Lipman, D. J. AU - Lu, Z. AU - Madden, T. L. AU - Madej, T. AU - Maglott, D. R. AU - Marchler-Bauer, A. AU - Miller, V. AU - Mizrachi, I. AU - Ostell, J. AU - Panchenko, A. AU - Phan, L. AU - Pruitt, K. D. AU - Schuler, G. D. AU - Sequeira, E. AU - Sherry, S. T. AU - Shumway, M. AU - Sirotkin, K. AU - Slotta, D. AU - Souvorov, A. AU - Starchenko, G. AU - Tatusova, T. A. AU - Wagner, L. AU - Wang, Y. AU - Wilbur, W. J. AU - Yaschenko, E. AU - Ye, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Database resources of the National Center for Biotechnology Information JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn741 DO - 10.1093/nar/gkn741 ID - Sayers2009 ER - TY - JOUR AU - Hand, D. J. AU - Yu, K. PY - 2001 DA - 2001// TI - Idiot's Bayes - not so stupid after all? JO - Int Stat Rev VL - 69 ID - Hand2001 ER - TY - JOUR AU - Camacho, C. AU - Coulouris, G. AU - Avagyan, V. AU - Ma, N. AU - Papadopoulos, J. AU - Bealer, K. AU - Madden, T. L. PY - 2009 DA - 2009// TI - BLAST+: architecture and applications JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-421 DO - 10.1186/1471-2105-10-421 ID - Camacho2009 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Beiko, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identifying biologically relevant differences between metagenomic communities JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq041 DO - 10.1093/bioinformatics/btq041 ID - Parks2010 ER - TY - BOOK PY - 2011 DA - 2011// TI - R: a language and environment for statistical computing ID - ref33 ER - TY - JOUR AU - Richter, D. C. AU - Ott, F. AU - Auch, A. F. AU - Schmid, R. AU - Huson, D. H. PY - 2008 DA - 2008// TI - MetaSim - a sequencing simulator for genomics and metagenomics JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0003373 DO - 10.1371/journal.pone.0003373 ID - Richter2008 ER - TY - JOUR AU - Brady, A. AU - Salzberg, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - PhymmBL expanded: confidence scores, custom databases, parallelization and more JO - Nat Methods VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth0511-367 DO - 10.1038/nmeth0511-367 ID - Brady2011 ER -