Skip to main content

Table 3 Positive predictive value (PPV) and in parentheses the count of all positives (true and false) for the given datasets and randomization methods

From: Randomization techniques for assessing the significance of gene periodicity results

Dataset P R A S
FDR 0.01, Futschik and Herzel
ALPHA 1C   (0)   (0)   (0)   (0)
ALPHA 2C 0.315 (111) 0.315 (127)   (0)   (0)
CDC 15 0.199 (251) 0.197 (259) 0.400 (15)   (0)
CDC 28 0.193 (145) 0.168 (202)   (1)   (0)
ELU 0.184 (103) 0.183 (104)   (0)   (0)
FDR 0.01, Benjamini-Hochberg
ALPHA 1C   (0)   (0)   (0)   (0)
ALPHA 2C 0.315 (111) 0.315 (127)   (0)   (0)
CDC 15 0.199 (251) 0.197 (259) 0.429 (21)   (0)
CDC 28 0.193 (145) 0.168 (202)   (0)   (0)
ELU 0.184 (103) 0.181 (105)   (0)   (0)
FDR 0.05, Futschik and Herzel
ALPHA 1C 0.080 (75) 0.087 (115)   (0)   (0)
ALPHA 2C 0.176 (296) 0.166 (314) 0.364 (77) 0.600 (10)
CDC 15 0.140 (450) 0.136 (464) 0.215 (191) 0.429 (21)
CDC 28 0.108 (435) 0.102 (500) 0.276 (58)   (2)
ELU 0.055 (1155) 0.050 (1327)   (1)   (0)
FDR 0.05, Benjamini-Hochberg
ALPHA 1C 0.077 (78) 0.087 (115)   (0)   (0)
ALPHA 2C 0.176 (296) 0.166 (314) 0.372 (78) 0.667 (15)
CDC 15 0.140 (450) 0.136 (463) 0.218 (193) 0.435 (23)
CDC 28 0.108 (435) 0.102 (500) 0.276 (58)   (2)
ELU 0.055 (1155) 0.050 (1327)   (1)   (0)
FDR 0.10, Futschik and Herzel
ALPHA 1C 0.077 (338) 0.067 (421)   (0)   (0)
ALPHA 2C 0.125 (447) 0.120 (476) 0.251 (167) 0.434 (53)
CDC 15 0.107 (653) 0.105 (668) 0.188 (271) 0.292 (96)
CDC 28 0.084 (651) 0.085 (685) 0.205 (132)   (2)
ELU 0.040 (2058) 0.039 (2207)   (2)   (0)
FDR 0.10, Benjamini-Hochberg
ALPHA 1C 0.077 (339) 0.067 (432)   (0)   (0)
ALPHA 2C 0.125 (447) 0.120 (476) 0.253 (170) 0.434 (53)
CDC 15 0.107 (653) 0.105 (668) 0.188 (271) 0.280 (107)
CDC 28 0.084 (651) 0.085 (685) 0.205 (132)   (2)
ELU 0.040 (2058) 0.039 (2207)   (2)   (0)
  1. Values are calculated using FDR levels 0.01, 0.05 and 0.10 with different control procedures.