From: Significance testing in ridge regression for genetic data
 |  |  | Shrinkage Parameter | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 |  |  | Approximate test | Permutation test | ||||||
 |  |  | 0.1 | 1 | 10 | 100 | 0.1 | 1 | 10 | 100 |
Individuals | SNPs | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
500 | 20 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
 |  | TPR | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.045 | 0.045 | 0.061 | 0.133 | 0.015 | 0.015 | 0.017 | 0.095 |
 | 100 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.056 | 0.054 | 0.071 | 0.141 | 0.015 | 0.018 | 0.024 | 0.074 |
 | 1000 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 0.100 | 0.500 | 0.900 | 1.000 | 0.000 | 0.200 | 0.800 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.038 | 0.045 | 0.049 | 0.080 | 0.007 | 0.006 | 0.010 | 0.029 |
 | ALL |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.318 | 0.071 | 0.068 | 0.069 | 0.019 | 0.019 | 0.020 | 0.020 |
1000 | 20 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
 |  | TPR | 0.900 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.900 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.043 | 0.043 | 0.087 | 0.137 | 0.013 | 0.013 | 0.034 | 0.096 |
 | 100 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 0.900 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 0.900 | 0.900 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.051 | 0.052 | 0.060 | 0.108 | 0.023 | 0.023 | 0.019 | 0.062 |
 | 1000 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 0.700 | 0.700 | 1.000 | 1.000 | 0.400 | 0.500 | 0.900 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.060 | 0.058 | 0.055 | 0.076 | 0.007 | 0.008 | 0.010 | 0.020 |
 | ALL |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.166 | 0.155 | 0.110 | 0.071 | 0.015 | 0.015 | 0.015 | 0.017 |
5000 | 20 | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â | Â |
 |  | TPR | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.048 | 0.048 | 0.048 | 0.113 | 0.006 | 0.006 | 0.006 | 0.053 |
 | 100 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 0.900 | 0.900 | 1.000 | 1.000 | 0.800 | 0.900 | 1.000 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.055 | 0.052 | 0.062 | 0.100 | 0.003 | 0.001 | 0.007 | 0.055 |
 | 1000 |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 0.700 | 0.700 | 1.000 | 1.000 | 0.700 | 0.700 | 0.900 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.046 | 0.046 | 0.045 | 0.060 | 0.006 | 0.007 | 0.008 | 0.014 |
 | ALL |  |  |  |  |  |  |  |  |  |
 |  | TPR | 0.400 | 0.500 | 0.900 | 1.000 | 0.300 | 0.900 | 0.900 | 1.000 |
 |  | FPR | 0.026 | 0.027 | 0.029 | 0.042 | 0.007 | 0.007 | 0.007 | 0.009 |