Skip to main content

Table 5 Performance comparison in simulated data with binary outcomes

From: Significance testing in ridge regression for genetic data

    Shrinkage Parameter
    Approximate test Permutation test
    0.1 1 10 100 0.1 1 10 100
Individuals SNPs          
500 20          
   TPR 0.300 0.500 0.900 0.900 0.400 0.600 0.900 0.900
   FPR 0.023 0.036 0.068 0.142 0.078 0.078 0.099 0.174
  100          
   TPR 0.100 0.100 0.500 0.900 0.200 0.200 0.400 0.900
   FPR 0.024 0.037 0.046 0.087 0.050 0.052 0.058 0.115
  1000          
   TPR 0.200 0.300 0.500 0.700 0.100 0.100 0.400 0.700
   FPR 0.103 0.096 0.071 0.054 0.046 0.045 0.047 0.056
  2000          
   TPR 0.000 0.300 0.500 0.700 0.200 0.300 0.300 0.700
   FPR 0.008 0.056 0.081 0.063 0.052 0.049 0.048 0.055
  ALL          
   TPR 0.000 0.000 0.600 0.900 - - - -
   FPR 0.000 0.000 0.014 0.068 - - - -
5000 20          
   TPR 0.700 0.800 1.000 1.000 0.700 0.800 1.000 1.000
   FPR 0.024 0.024 0.030 0.096 0.090 0.083 0.089 0.154
  100          
   TPR 0.400 0.400 0.900 1.000 0.200 0.300 0.900 1.000
   FPR 0.027 0.028 0.041 0.078 0.071 0.067 0.078 0.110
  1000          
   TPR 0.200 0.300 0.600 1.000 0.100 0.200 0.600 1.000
   FPR 0.047 0.046 0.041 0.053 0.053 0.052 0.052 0.062
  2000          
   TPR 0.000 0.200 0.500 1.000 0.000 0.100 0.400 1.000
   FPR 0.074 0.067 0.056 0.057 0.053 0.052 0.053 0.058
  1. Performance comparison between a permutation test and the approximate test in simulated genotype data with case-control phenotypes. Reported are proportion of true positive and false positive results at significance threshold α = 0.05. TPR = True Positive Rate, FPR = False positive rate. Results for each simulation scenario are averaged over ten replicates.