TY - JOUR AU - Wang, Z. AU - Gerstein, M. AU - Snyder, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics JO - Nat Rev Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2484 DO - 10.1038/nrg2484 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Stein, L. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - The case for cloud computing in genome informatics JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-5-207 DO - 10.1186/gb-2010-11-5-207 ID - Stein2010 ER - TY - JOUR AU - Hansen, K. D. AU - Wu, Z. AU - Irizarry, R. A. AU - Leek, J. T. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sequencing technology does not eliminate biological variability JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1910 DO - 10.1038/nbt.1910 ID - Hansen2011 ER - TY - JOUR AU - Auer, P. L. AU - Doerge, R. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Statistical design and analysis of RNA sequencing data JO - Genetics VL - 185 UR - https://doi.org/10.1534/genetics.110.114983 DO - 10.1534/genetics.110.114983 ID - Auer2010 ER - TY - JOUR AU - Barrett, T. AU - Troup, D. B. AU - Wilhite, S. E. AU - Ledoux, P. AU - Evangelista, C. AU - Kim, I. F. AU - Tomashevsky, M. AU - Marshall, K. A. AU - Phillippy, K. H. AU - Sherman, P. M. AU - Muertter, R. N. AU - Holko, M. AU - Ayanbule, O. AU - Yefanov, A. AU - Sobolera, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - NCBI GEO: archive for functional genomics data sets - 10 years on JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1184 DO - 10.1093/nar/gkq1184 ID - Barrett2011 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - STD TI - Human BodyMap 2.0 data from Illumina2011. [http://www.ensembl.info/blog/2011/05/24/human-bodymap-2–0-data-from-illumina/] UR - http://www.ensembl.info/blog/2011/05/24/human-bodymap-2-0-data-from-illumina/ ID - ref7 ER - TY - JOUR AU - Cheung, V. G. AU - Nayak, R. R. AU - Wang, I. X. AU - Elwyn, S. AU - Cousins, S. M. AU - Morley, M. AU - Spielman, R. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Polymorphic cis- and trans-regulation of human gene expression JO - PLoS Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.1000480 DO - 10.1371/journal.pbio.1000480 ID - Cheung2010 ER - TY - JOUR AU - Core, L. J. AU - Waterfall, J. J. AU - Lis, J. T. PY - 2008 DA - 2008// TI - Nascent RNA sequencing reveals widespread pausing and divergent initiation at human promoters JO - Science VL - 322 UR - https://doi.org/10.1126/science.1162228 DO - 10.1126/science.1162228 ID - Core2008 ER - TY - JOUR AU - Blekhman, R. AU - Marioni, J. C. AU - Zumbo, P. AU - Gilad, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Sex-specific and lineage-specific alternative splicing in primates JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.099226.109 DO - 10.1101/gr.099226.109 ID - Blekhman2010 ER - TY - JOUR AU - Bullard, J. H. AU - Purdom, E. AU - Hansen, K. D. AU - Dudoit, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Evaluation of statistical methods for normalization and differential expression in mRNA-Seq experiments JO - BMC bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-94 DO - 10.1186/1471-2105-11-94 ID - Bullard2010 ER - TY - JOUR AU - Montgomery, S. B. AU - Sammeth, M. AU - Gutierrez-Arcelus, M. AU - Lach, R. P. AU - Ingle, C. AU - Nisbett, J. AU - Guigo, R. AU - Dermitzakis, E. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcriptome genetics using second generation sequencing in a Caucasian population JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08903 DO - 10.1038/nature08903 ID - Montgomery2010 ER - TY - JOUR AU - Pickrell, J. K. AU - Marioni, J. C. AU - Pai, A. A. AU - Degner, J. F. AU - Engelhardt, B. E. AU - Nkadori, E. AU - Veyrieras, J. B. AU - Stephens, M. AU - Gilad, Y. AU - Pritchard, J. K. PY - 2010 DA - 2010// TI - Understanding mechanisms underlying human gene expression variation with RNA sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08872 DO - 10.1038/nature08872 ID - Pickrell2010 ER - TY - JOUR AU - Sultan, M. AU - Schulz, M. H. AU - Richard, H. AU - Magen, A. AU - Klingenhoff, A. AU - Scherf, M. AU - Seifert, M. AU - Borodina, T. AU - Soldatov, A. AU - Parkhomchuk, D. AU - Schmidt, D. AU - O'Keefe, S. AU - Haas, S. AU - Vingron, M. AU - Lehrach, H. AU - Yaspo, M. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - A global view of gene activity and alternative splicing by deep sequencing of the human transcriptome JO - Science VL - 321 UR - https://doi.org/10.1126/science.1160342 DO - 10.1126/science.1160342 ID - Sultan2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Sandberg, R. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Zhang, L. AU - Mayr, C. AU - Kingsmore, S. F. AU - Schroth, G. P. AU - Burge, C. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07509 DO - 10.1038/nature07509 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Katz, Y. AU - Wang, E. T. AU - Airoldi, E. M. AU - Burge, C. B. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis and design of RNA sequencing experiments for identifying isoform regulation JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1528 DO - 10.1038/nmeth.1528 ID - Katz2010 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Trapnell, C. AU - Williams, B. A. AU - Pertea, G. AU - Mortazavi, A. AU - Kwan, G. AU - Van Baren, M. J. AU - Salzberg, S. L. AU - Wold, B. J. AU - Pachter, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Transcript assembly and quantification by RNA-Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1621 DO - 10.1038/nbt.1621 ID - Trapnell2010 ER - TY - JOUR AU - Yang, F. AU - Babak, T. AU - Shendure, J. AU - Disteche, C. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Global survey of escape from X inactivation by RNA-sequencing in mouse JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.103200.109 DO - 10.1101/gr.103200.109 ID - Yang2010 ER - TY - JOUR AU - Bottomly, P. AU - Walter, N. A. AU - Hunter, J. E. AU - Darakijian, P. AU - Kawane, S. AU - Buck, K. S. AU - Searles, R. P. AU - Mooney, M. AU - McWeeney, S. K. AU - Hitzemann, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evaluating gene expression in C57BL/6J and DBA/2J mouse striatum using RNA-Seq and microarrays JO - PLoS One VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0017820 DO - 10.1371/journal.pone.0017820 ID - Bottomly2011 ER - TY - JOUR AU - Nagalakshmi, U. AU - Wang, Z. AU - Waern, K. AU - Shou, C. AU - Raha, D. AU - Gerstein, M. AU - Snyder, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing JO - Science VL - 320 UR - https://doi.org/10.1126/science.1158441 DO - 10.1126/science.1158441 ID - Nagalakshmi2008 ER - TY - JOUR AU - Hammer, P. AU - Banck, M. S. AU - Amberg, R. AU - Wang, C. AU - Petznick, G. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Schroth, G. P. AU - Beyerlein, P. AU - Beutler, A. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - mRNA-seq with agnostic splice site discovery for nervous system transcriptomics tested in chronic pain JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.101204.109 DO - 10.1101/gr.101204.109 ID - Hammer2010 ER - TY - JOUR AU - Hillier, L. W. AU - Reinke, V. AU - Green, P. AU - Hirst, M. AU - Marra, M. A. AU - Waterston, R. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Massively parallel sequencing of the polyadenylated transcriptome of C. elegans JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.088112.108 DO - 10.1101/gr.088112.108 ID - Hillier2009 ER - TY - JOUR AU - Graveley, B. R. AU - Brooks, A. N. AU - Carlson, J. W. AU - Duff, M. O. AU - Landolin, J. M. AU - Yang, L. AU - Artieri, C. G. AU - van Baren, M. J. AU - Boley, N. AU - Booth, B. W. AU - Brown, J. B. AU - Cherbas, L. AU - Davis, C. A. AU - Dobin, A. AU - Li, R. AU - Lin, W. AU - Malone, J. H. AU - Mattiuzzo, N. R. AU - Miller, D. AU - Sturgill, D. AU - Tuch, B. B. AU - Zaleski, C. AU - Zhang, D. AU - Blanchette AU - Dudoit, S. AU - Eads, B. AU - Green, R. E. AU - Hammonds, A. AU - Jiang, L. AU - Kapranov, P. AU - Langton, L. AU - Perrimon, N. AU - Sandler, J. E. AU - Wan, K. E. AU - Willingham, A. AU - Zhang, Y. AU - Zou, Y. AU - Andrews, J. AU - Bickel, P. J. AU - Brenner, S. E. AU - Brent, M. R. AU - Cherbas, P. AU - Ginergas, T. R. AU - Hoskins, R. A. AU - Kaufman, T. C. AU - Oliver, B. AU - Celniker, S. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - The developmental transcriptome of Drosophila melanogaster JO - Nature VL - 471 UR - https://doi.org/10.1038/nature09715 DO - 10.1038/nature09715 ID - Graveley2011 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Brent, S. AU - Chen, Y. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Gordon, L. AU - Hendrix, M. AU - Hourlier, T. AU - Johnson, N. AU - Kahari, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Kokocinski, F. AU - Kulesha, E. AU - Larsson, P. AU - Longden, I. AU - McLaren, W. AU - Overduin, B. AU - Pritchard, B. AU - Riat, H. S. AU - Rios, D. AU - Ritchie, G. R. AU - Ruffier, M. AU - Schuster, M. AU - Sobral, D. AU - Spudich, D. AU - Tang, Y. A. AU - Trevanion, S. AU - Vandrovcova, J. AU - Vilella, A. J. AU - White, S. AU - Wilder, S. P. AU - Zadissa, A. AU - Zamora, J. AU - Aken, B. L. AU - Birney, E. AU - Cunningham, F. AU - Dunham, I. AU - Durbin, R. AU - Fernandez-Suarez, X. M. AU - Herrero, J. AU - Hubbard, T. J. AU - Parker, A. AU - Proctor, G. AU - Vogel, J. AU - Searle, S. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ensembl 2011 JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1064 DO - 10.1093/nar/gkq1064 ID - Flicek2011 ER - TY - JOUR AU - Langmead, B. AU - Hansen, K. D. AU - Leek, J. T. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cloud-scale RNA-sequencing differential expression analysis with Myrna JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-8-r83 DO - 10.1186/gb-2010-11-8-r83 ID - Langmead2010 ER - TY - JOUR AU - Leinonen, R. AU - Sugawara, H. AU - Shumway, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - The sequence read archive JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1019 DO - 10.1093/nar/gkq1019 ID - Leinonen2011 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. AU - Irizarry, R. AU - Åstrand, M. AU - Speed, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - CHAP AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing. Journal of the Royal Statistical Society BT - Series B (Methodological) ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Storey, J. D. AU - Madeoy, J. AU - Strout, J. L. AU - Wurfel, M. AU - Ronald, J. AU - Akey, J. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene-expression variation within and among human populations JO - Am J Hum Genet VL - 80 UR - https://doi.org/10.1086/512017 DO - 10.1086/512017 ID - Storey2007 ER - TY - JOUR AU - Spielman, R. S. AU - Bastone, L. A. AU - Burdick, J. T. AU - Morley, M. AU - Ewens, W. J. AU - Cheung, V. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Common genetic variants account for differences in gene expression among ethnic groups JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1955 DO - 10.1038/ng1955 ID - Spielman2007 ER -