TY - JOUR AU - Neumann, B. AU - Walter, T. AU - Heriche, J. K. AU - Bulkescher, J. AU - Erfle, H. AU - Conrad, C. AU - Rogers, P. AU - Poser, I. AU - Held, M. AU - Liebel, U. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phenotypic profiling of the human genome by time-lapse microscopy reveals cell division genes JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08869 DO - 10.1038/nature08869 ID - Neumann2010 ER - TY - JOUR AU - Muller, P. AU - Kuttenkeuler, D. AU - Gesellchen, V. AU - Zeidler, M. P. AU - Boutros, M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Identification of JAK/STAT signalling components by genome-wide RNA interference JO - Nature VL - 436 UR - https://doi.org/10.1038/nature03869 DO - 10.1038/nature03869 ID - Muller2005 ER - TY - JOUR AU - Brass, A. L. AU - Dykxhoorn, D. M. AU - Benita, Y. AU - Yan, N. AU - Engelman, A. AU - Xavier, R. J. AU - Lieberman, J. AU - Elledge, S. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of host proteins required for HIV infection through a functional genomic screen JO - Science VL - 319 UR - https://doi.org/10.1126/science.1152725 DO - 10.1126/science.1152725 ID - Brass2008 ER - TY - JOUR AU - Li, Q. AU - Brass, A. L. AU - Ng, A. AU - Hu, Z. AU - Xavier, R. J. AU - Liang, T. J. AU - Elledge, S. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A genome-wide genetic screen for host factors required for hepatitis C virus propagation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0907439106 DO - 10.1073/pnas.0907439106 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Erfle, H. AU - Pepperkok, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Production of siRNA- and cDNA-transfected cell arrays on noncoated chambered coverglass for high-content screening microscopy in living cells JO - Methods Mol Biol VL - 360 ID - Erfle2007 ER - TY - JOUR AU - Moffat, J. AU - Sabatini, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Building mammalian signalling pathways with RNAi screens JO - Nat Rev Mol Cell Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrm1860 DO - 10.1038/nrm1860 ID - Moffat2006 ER - TY - JOUR AU - Winograd-Katz, S. E. AU - Itzkovitz, S. AU - Kam, Z. AU - Geiger, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multiparametric analysis of focal adhesion formation by RNAi-mediated gene knockdown JO - J Cell Biol VL - 186 UR - https://doi.org/10.1083/jcb.200901105 DO - 10.1083/jcb.200901105 ID - Winograd-Katz2009 ER - TY - JOUR AU - Fuchs, F. AU - Pau, G. AU - Kranz, D. AU - Sklyar, O. AU - Budjan, C. AU - Steinbrink, S. AU - Horn, T. AU - Pedal, A. AU - Huber, W. AU - Boutros, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Clustering phenotype populations by genome-wide RNAi and multiparametric imaging JO - Mol Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2010.25 DO - 10.1038/msb.2010.25 ID - Fuchs2010 ER - TY - JOUR AU - Jones, T. R. AU - Carpenter, A. E. AU - Lamprecht, M. R. AU - Moffat, J. AU - Silver, S. J. AU - Grenier, J. K. AU - Castoreno, A. B. AU - Eggert, U. S. AU - Root, D. E. AU - Golland, P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Scoring diverse cellular morphologies in image-based screens with iterative feedback and machine learning JO - Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0808843106 DO - 10.1073/pnas.0808843106 ID - Jones2009 ER - TY - JOUR AU - Boutros, M. AU - Bras, L. P. AU - Huber, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of cell-based RNAi screens JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-7-r66 DO - 10.1186/gb-2006-7-7-r66 ID - Boutros2006 ER - TY - JOUR AU - Rieber, N. AU - Knapp, B. AU - Eils, R. AU - Kaderali, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - RNAither, an automated pipeline for the statistical analysis of high-throughput RNAi screens JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp014 DO - 10.1093/bioinformatics/btp014 ID - Rieber2009 ER - TY - JOUR AU - Pelz, O. AU - Gilsdorf, M. AU - Boutros, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - web cellHTS2: a web-application for the analysis of high-throughput screening data JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-185 DO - 10.1186/1471-2105-11-185 ID - Pelz2010 ER - TY - JOUR AU - Borner, K. AU - Hermle, J. AU - Sommer, C. AU - Brown, N. P. AU - Knapp, B. AU - Glass, B. AU - Kunkel, J. AU - Torralba, G. AU - Reymann, J. AU - Beil, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - From experimental setup to bioinformatics: an RNAi screening platform to identify host factors involved in HIV-1 replication JO - Biotechnol J VL - 5 UR - https://doi.org/10.1002/biot.200900226 DO - 10.1002/biot.200900226 ID - Borner2010 ER - TY - JOUR AU - Malo, N. AU - Hanley, J. A. AU - Cerquozzi, S. AU - Pelletier, J. AU - Nadon, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Statistical practice in high-throughput screening data analysis JO - Nat Biotechnol VL - 24 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1186 DO - 10.1038/nbt1186 ID - Malo2006 ER - TY - JOUR AU - Birmingham, A. AU - Selfors, L. M. AU - Forster, T. AU - Wrobel, D. AU - Kennedy, C. J. AU - Shanks, E. AU - Santoyo-Lopez, J. AU - Dunican, D. J. AU - Long, A. AU - Kelleher, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Statistical methods for analysis of high-throughput RNA interference screens JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1351 DO - 10.1038/nmeth.1351 ID - Birmingham2009 ER - TY - JOUR AU - Wiles, A. M. AU - Ravi, D. AU - Bhavani, S. AU - Bishop, A. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - An analysis of normalization methods for Drosophila RNAi genomic screens and development of a robust validation scheme JO - J Biomol Screen VL - 13 UR - https://doi.org/10.1177/1087057108323125 DO - 10.1177/1087057108323125 ID - Wiles2008 ER - TY - JOUR AU - Reiss, S. AU - Rebhan, I. AU - Backes, P. AU - Romero-Brey, I. AU - Erfle, H. AU - Matula, P. AU - Kaderali, L. AU - Pönisch, M. AU - Blankenburg, H. AU - Hiet, M. -. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Recruitment and activation of a lipid kinase by NS5A of the hepatitis C virus is essential for integrity of the membranous replication compartment JO - Cell Host & Microbe VL - 9 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2010.12.002 DO - 10.1016/j.chom.2010.12.002 ID - Reiss2011 ER - TY - JOUR AU - Snijder, B. AU - Sacher, R. AU - Ramo, P. AU - Damm, E. M. AU - Liberali, P. AU - Pelkmans, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Population context determines cell-to-cell variability in endocytosis and virus infection JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08282 DO - 10.1038/nature08282 ID - Snijder2009 ER - TY - JOUR AU - Suratanee, A. AU - Rebhan, I. AU - Matula, P. AU - Kumar, A. AU - Kaderali, L. AU - Rohr, K. AU - Bartenschlager, R. AU - Eils, R. AU - Konig, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - Detecting host factors involved in virus infection by observing the clustering of infected cells in siRNA screening images JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq398 DO - 10.1093/bioinformatics/btq398 ID - Suratanee2010 ER - TY - JOUR AU - Erfle, H. AU - Neumann, B. AU - Liebel, U. AU - Rogers, P. AU - Held, M. AU - Walter, T. AU - Ellenberg, J. AU - Pepperkok, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reverse transfection on cell arrays for high content screening microscopy JO - Nat Protoc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2006.483 DO - 10.1038/nprot.2006.483 ID - Erfle2007 ER - TY - JOUR AU - Friedman, J. H. PY - 1991 DA - 1991// TI - Multivariate Adaptive Regression Splines - Rejoinder JO - Ann Stat VL - 19 UR - https://doi.org/10.1214/aos/1176347973 DO - 10.1214/aos/1176347973 ID - Friedman1991 ER - TY - JOUR AU - Sweet-Cordero, A. AU - Mukherjee, S. AU - Subramanian, A. AU - You, H. AU - Roix, J. J. AU - Ladd-Acosta, C. AU - Mesirov, J. AU - Golub, T. R. AU - Jacks, T. PY - 2005 DA - 2005// TI - An oncogenic KRAS2 expression signature identified by cross-species gene-expression analysis JO - Nat Genet VL - 37 ID - Sweet-Cordero2005 ER - TY - JOUR AU - Mootha, V. K. AU - Lindgren, C. M. AU - Eriksson, K. F. AU - Subramanian, A. AU - Sihag, S. AU - Lehar, J. AU - Puigserver, P. AU - Carlsson, E. AU - Ridderstrale, M. AU - Laurila, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1180 DO - 10.1038/ng1180 ID - Mootha2003 ER - TY - CHAP AU - Hollander, M. AU - Wolfe, D. A. PY - 1999 DA - 1999// BT - Nonparametric statistical methods PB - Wiley CY - New York ID - Hollander1999 ER - TY - JOUR AU - Vaillancourt, F. H. AU - Pilote, L. AU - Cartier, M. AU - Lippens, J. AU - Liuzzi, M. AU - Bethell, R. C. AU - Cordingley, M. G. AU - Kukolj, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Identification of a lipid kinase as a host factor involved in hepatitis C virus RNA replication JO - Virology VL - 387 UR - https://doi.org/10.1016/j.virol.2009.02.039 DO - 10.1016/j.virol.2009.02.039 ID - Vaillancourt2009 ER - TY - JOUR AU - Borawski, J. AU - Troke, P. AU - Puyang, X. AU - Gibaja, V. AU - Zhao, S. AU - Mickanin, C. AU - Leighton-Davies, J. AU - Wilson, C. J. AU - Myer, V. AU - Cornellataracido, I. PY - 2009 DA - 2009// TI - Class III phosphatidylinositol 4-kinase alpha and beta are novel host factor regulators of hepatitis C virus replication JO - J Virol VL - 83 UR - https://doi.org/10.1128/JVI.02418-08 DO - 10.1128/JVI.02418-08 ID - Borawski2009 ER - TY - JOUR AU - Tai, A. W. AU - Benita, Y. AU - Peng, L. F. AU - Kim, S. S. AU - Sakamoto, N. AU - Xavier, R. J. AU - Chung, R. T. PY - 2009 DA - 2009// TI - A functional genomic screen identifies cellular cofactors of hepatitis C virus replication JO - Cell Host Microbe VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2009.02.001 DO - 10.1016/j.chom.2009.02.001 ID - Tai2009 ER - TY - JOUR AU - Trotard, M. AU - Lepere-Douard, C. AU - Regeard, M. AU - Piquet-Pellorce, C. AU - Lavillette, D. AU - Cosset, F. L. AU - Gripon, P. AU - Le Seyec, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Kinases required in hepatitis C virus entry and replication highlighted by small interference RNA screening JO - FASEB J VL - 23 UR - https://doi.org/10.1096/fj.09-131920 DO - 10.1096/fj.09-131920 ID - Trotard2009 ER - TY - JOUR AU - Berger, K. L. AU - Cooper, J. D. AU - Heaton, N. S. AU - Yoon, R. AU - Oakland, T. E. AU - Jordan, T. X. AU - Mateu, G. AU - Grakoui, A. AU - Randall, G. PY - 2009 DA - 2009// TI - Roles for endocytic trafficking and phosphatidylinositol 4-kinase III alpha in hepatitis C virus replication JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 106 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0902693106 DO - 10.1073/pnas.0902693106 ID - Berger2009 ER - TY - JOUR AU - Kim, J. AU - Lee, D. AU - Choe, J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Hepatitis C virus NS5A protein is phosphorylated by casein kinase II JO - Biochem Biophys Res Commun VL - 257 UR - https://doi.org/10.1006/bbrc.1999.0460 DO - 10.1006/bbrc.1999.0460 ID - Kim1999 ER - TY - JOUR AU - Ackermann, M. AU - Strimmer, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - A general modular framework for gene set enrichment analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-47 DO - 10.1186/1471-2105-10-47 ID - Ackermann2009 ER - TY - JOUR AU - Cherry, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - What have RNAi screens taught us about viral-host interactions? JO - Curr Opin Microbiol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1016/j.mib.2009.06.002 DO - 10.1016/j.mib.2009.06.002 ID - Cherry2009 ER - TY - JOUR AU - Matula, P. AU - Kumar, A. AU - Worz, I. AU - Erfle, H. AU - Bartenschlager, R. AU - Eils, R. AU - Rohr, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Single-cell-based image analysis of high-throughput cell array screens for quantification of viral infection JO - Cytometry A VL - 75 UR - https://doi.org/10.1002/cyto.a.20662 DO - 10.1002/cyto.a.20662 ID - Matula2009 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER -