SOMEA: self-organizing map based extraction algorithm for DNA motif identification with heterogeneous model

BMC Bioinformatics

Table 2 Evaluation results with comparisons for multiple motifs datasets

		SOMEA			SOMBRERO			MEME			WEEDER
R	P	F	R	P	R	R	P	F	R	P	F
Dataset1	CREB	0.43	0.26	0.33	0.44	0.26	0.33	0.20	1.00	0.33	0.00	0.00	0.00
MYOD	0.48	0.23	0.31	0.20	0.08	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00
TBP	0.36	0.21	0.26	0.20	0.12	0.15	0.07	0.50	0.12	0.00	0.00	0.00
Avg	0.42	0.23	0.30	0.28	0.15	0.20	0.09	0.50	0.15	0.00	0.00	0.00
Dataset2	NFAT	0.39	0.27	0.31	0.36	0.21	0.26	0.44	0.78	0.56	0.00	0.00	0.00
HNF4	0.57	0.40	0.47	0.63	0.39	0.48	0.60	0.82	0.69	0.40	1.00	0.57
SP1	0.50	0.53	0.50	0.53	0.35	0.42	0.38	0.54	0.44	0.00	0.00	0.00
Avg	0.49	0.40	0.43	0.51	0.32	0.39	0.47	0.71	0.56	0.13	0.33	0.19
Dataset3	CAAT	0.43	0.21	0.25	0.32	0.17	0.22	0.29	0.80	0.42	0.00	0.00	0.00
SRF	0.70	0.40	0.50	0.59	0.28	0.38	0.29	0.57	0.38	0.00	0.00	0.00
MEF2	0.79	0.45	0.57	0.65	0.31	0.27	0.80	0.57	0.67	0.27	1.00	0.42
Avg	0.64	0.35	0.44	0.52	0.25	0.29	0.46	0.65	0.49	0.09	0.33	0.14
Dataset4	USF	0.68	0.39	0.48	0.73	0.48	0.57	0.41	0.88	0.56	0.00	0.00	0.00
HNF3B	0.47	0.25	0.31	0.26	0.13	0.17	0.15	1.00	0.27	0.00	0.00	0.00
NFKB	0.71	0.47	0.56	0.66	0.46	0.54	0.80	0.57	0.67	0.33	1.00	0.50
Avg	0.62	0.37	0.45	0.55	0.36	0.43	0.45	0.82	0.50	0.11	0.33	0.17
Dataset5	GATA3	0.61	0.37	0.46	0.49	0.33	0.36	0.40	0.75	0.52	0.40	1.00	0.57
CMYC	0.74	0.47	0.57	0.89	0.70	0.84	0.75	1.00	0.86	0.19	0.75	0.30
EGR1	0.66	0.36	0.47	0.47	0.26	0.33	0.64	0.81	0.72	0.00	0.00	0.00
Avg	0.67	0.40	0.50	0.62	0.43	0.51	0.60	0.85	0.70	0.20	0.58	0.29

ISSN: 1471-2105