Skip to main content

Table 2 Evaluation results with comparisons for multiple motifs datasets

From: SOMEA: self-organizing map based extraction algorithm for DNA motif identification with heterogeneous model

  SOMEA SOMBRERO MEME WEEDER
R P F R P R R P F R P F   
Dataset1 CREB 0.43 0.26 0.33 0.44 0.26 0.33 0.20 1.00 0.33 0.00 0.00 0.00
MYOD 0.48 0.23 0.31 0.20 0.08 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00  
TBP 0.36 0.21 0.26 0.20 0.12 0.15 0.07 0.50 0.12 0.00 0.00 0.00  
Avg 0.42 0.23 0.30 0.28 0.15 0.20 0.09 0.50 0.15 0.00 0.00 0.00  
Dataset2 NFAT 0.39 0.27 0.31 0.36 0.21 0.26 0.44 0.78 0.56 0.00 0.00 0.00
HNF4 0.57 0.40 0.47 0.63 0.39 0.48 0.60 0.82 0.69 0.40 1.00 0.57  
SP1 0.50 0.53 0.50 0.53 0.35 0.42 0.38 0.54 0.44 0.00 0.00 0.00  
Avg 0.49 0.40 0.43 0.51 0.32 0.39 0.47 0.71 0.56 0.13 0.33 0.19  
Dataset3 CAAT 0.43 0.21 0.25 0.32 0.17 0.22 0.29 0.80 0.42 0.00 0.00 0.00
SRF 0.70 0.40 0.50 0.59 0.28 0.38 0.29 0.57 0.38 0.00 0.00 0.00  
MEF2 0.79 0.45 0.57 0.65 0.31 0.27 0.80 0.57 0.67 0.27 1.00 0.42  
Avg 0.64 0.35 0.44 0.52 0.25 0.29 0.46 0.65 0.49 0.09 0.33 0.14  
Dataset4 USF 0.68 0.39 0.48 0.73 0.48 0.57 0.41 0.88 0.56 0.00 0.00 0.00
HNF3B 0.47 0.25 0.31 0.26 0.13 0.17 0.15 1.00 0.27 0.00 0.00 0.00  
NFKB 0.71 0.47 0.56 0.66 0.46 0.54 0.80 0.57 0.67 0.33 1.00 0.50  
Avg 0.62 0.37 0.45 0.55 0.36 0.43 0.45 0.82 0.50 0.11 0.33 0.17  
Dataset5 GATA3 0.61 0.37 0.46 0.49 0.33 0.36 0.40 0.75 0.52 0.40 1.00 0.57
CMYC 0.74 0.47 0.57 0.89 0.70 0.84 0.75 1.00 0.86 0.19 0.75 0.30  
EGR1 0.66 0.36 0.47 0.47 0.26 0.33 0.64 0.81 0.72 0.00 0.00 0.00  
Avg 0.67 0.40 0.50 0.62 0.43 0.51 0.60 0.85 0.70 0.20 0.58 0.29