TY - CHAP AU - Liu, W. AU - Lahdesmaki, H. AU - Dougherty, E. R. AU - Shmulevich, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Inference of Boolean networks using sensitivity regularization BT - EURASIP J Bioinform Syst Biol ID - Liu2008 ER - TY - JOUR AU - Shmulevich, I. AU - Dougherty, E. R. AU - Zhang, W. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene perturbation and intervention in probabilistic Boolean networks JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.10.1319 DO - 10.1093/bioinformatics/18.10.1319 ID - Shmulevich2002 ER - TY - JOUR AU - Faith, J. J. AU - Hayete, B. AU - Thaden, J. T. AU - Mogno, I. AU - Wierzbowski, J. AU - Cottarel, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Large-scale mapping and validation of Escherichia coli transcriptional regulation from a compendium of expression profiles JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050008 DO - 10.1371/journal.pbio.0050008 ID - Faith2007 ER - TY - JOUR AU - Margolin, A. A. AU - Nemenman, I. AU - Basso, K. AU - Wiggins, C. AU - Stolovitzky, G. AU - Dalla, F. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - ARACNE: an algorithm for the reconstruction of gene regulatory networks in a mammalian cellular context JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-S1-S7 DO - 10.1186/1471-2105-7-S1-S7 ID - Margolin2006 ER - TY - JOUR AU - Zou, M. AU - Conzen, S. D. PY - 2005 DA - 2005// TI - A new dynamic Bayesian network (DBN) approach for identifying gene regulatory networks from time course microarray data JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth463 DO - 10.1093/bioinformatics/bth463 ID - Zou2005 ER - TY - JOUR AU - Bader, G. D. AU - Donaldson, I. AU - Wolting, C. AU - Ouellette, B. F. AU - Pawson, T. AU - Hogue, C. W. PY - 2001 DA - 2001// TI - BIND--The Biomolecular Interaction Network Database JO - Nucleic Acids Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1093/nar/29.1.242 DO - 10.1093/nar/29.1.242 ID - Bader2001 ER - TY - JOUR AU - Ceol, A. AU - Chatr, A. A. AU - Licata, L. AU - Peluso, D. AU - Briganti, L. AU - Perfetto, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - MINT, the molecular interaction database: 2009 update JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp983 DO - 10.1093/nar/gkp983 ID - Ceol2010 ER - TY - JOUR AU - Keshava Prasad, T. S. AU - Goel, R. AU - Kandasamy, K. AU - Keerthikumar, S. AU - Kumar, S. AU - Mathivanan, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Human Protein Reference Database--2009 update JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn892 DO - 10.1093/nar/gkn892 ID - Keshava Prasad2009 ER - TY - JOUR AU - Stark, C. AU - Breitkreutz, B. J. AU - Chatr-Aryamontri, A. AU - Boucher, L. AU - Oughtred, R. AU - Livstone, M. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - The BioGRID Interaction Database: 2011 update JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1116 DO - 10.1093/nar/gkq1116 ID - Stark2011 ER - TY - JOUR AU - Konieczka, J. H. AU - Drew, K. AU - Pine, A. AU - Belasco, K. AU - Davey, S. AU - Yatskievych, T. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - BioNetBuilder2.0: bringing systems biology to chicken and other model organisms JO - BMC Genomics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-10-S2-S6 DO - 10.1186/1471-2164-10-S2-S6 ID - Konieczka2009 ER - TY - JOUR AU - Avila-Campillo, I. AU - Drew, K. AU - Lin, J. AU - Reiss, D. J. AU - Bonneau, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - BioNetBuilder: automatic integration of biological networks JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl604 DO - 10.1093/bioinformatics/btl604 ID - Avila-Campillo2007 ER - TY - JOUR AU - Ferro, A. AU - Giugno, R. AU - Pigola, G. AU - Pulvirenti, A. AU - Skripin, D. AU - Bader, G. D. PY - 2007 DA - 2007// TI - NetMatch: a Cytoscape plugin for searching biological networks JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm032 DO - 10.1093/bioinformatics/btm032 ID - Ferro2007 ER - TY - JOUR AU - Lopes, C. T. AU - Franz, M. AU - Kazi, F. AU - Donaldson, S. L. AU - Morris, Q. AU - Bader, G. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cytoscape Web: an interactive web-based network browser JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq430 DO - 10.1093/bioinformatics/btq430 ID - Lopes2010 ER - TY - JOUR AU - Kelley, B. P. AU - Yuan, B. AU - Lewitter, F. AU - Sharan, R. AU - Stockwell, B. R. AU - Ideker, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - PathBLAST: a tool for alignment of protein interaction networks JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh411 DO - 10.1093/nar/gkh411 ID - Kelley2004 ER - TY - JOUR AU - Xia, T. AU - Dickerson, J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - OmicsViz: Cytoscape plug-in for visualizing omics data across species JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn473 DO - 10.1093/bioinformatics/btn473 ID - Xia2008 ER - TY - JOUR AU - Aoki-Kinoshita, K. F. AU - Kanehisa, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene annotation and pathway mapping in KEGG JO - Methods Mol Biol VL - 396 UR - https://doi.org/10.1007/978-1-59745-515-2_6 DO - 10.1007/978-1-59745-515-2_6 ID - Aoki-Kinoshita2007 ER - TY - JOUR AU - Moriya, Y. AU - Itoh, M. AU - Okuda, S. AU - Yoshizawa, A. C. AU - Kanehisa, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - KAAS: an automatic genome annotation and pathway reconstruction server JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm321 DO - 10.1093/nar/gkm321 ID - Moriya2007 ER - TY - JOUR AU - Johnson, M. AU - Zaretskaya, I. AU - Raytselis, Y. AU - Merezhuk, Y. AU - McGinnis, S. AU - Madden, T. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - NCBI BLAST: a better web interface JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn201 DO - 10.1093/nar/gkn201 ID - Johnson2008 ER - TY - JOUR AU - Ye, J. AU - McGinnis, S. AU - Madden, T. L. PY - 2006 DA - 2006// TI - BLAST: improvements for better sequence analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl164 DO - 10.1093/nar/gkl164 ID - Ye2006 ER - TY - JOUR AU - Klukas, C. AU - Schreiber, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - Dynamic exploration and editing of KEGG pathway diagrams JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl611 DO - 10.1093/bioinformatics/btl611 ID - Klukas2007 ER - TY - JOUR AU - Schaefer, C. F. AU - Anthony, K. AU - Krupa, S. AU - Buchoff, J. AU - Day, M. AU - Hannay, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - PID: the Pathway Interaction Database JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn653 DO - 10.1093/nar/gkn653 ID - Schaefer2009 ER - TY - JOUR AU - Vastrik, I. AU - D'Eustachio, P. AU - Schmidt, E. AU - Gopinath, G. AU - Croft, D. AU - de B, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Reactome: a knowledge base of biologic pathways and processes JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-3-r39 DO - 10.1186/gb-2007-8-3-r39 ID - Vastrik2007 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. D. AU - Ouzounis, C. A. AU - Moore-Kochlacs, C. AU - Goldovsky, L. AU - Kaipa, P. AU - Ahren, D. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expansion of the BioCyc collection of pathway/genome databases to 160 genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki892 DO - 10.1093/nar/gki892 ID - Karp2005 ER -