Integrated analysis of the heterogeneous microarray data

BMC Bioinformatics

Table 5 Power and FDR of methods under simulated data of Types 1, 2, and 3 covariance structures when FDR was controlled by 0.05

Type	ρ		Meta analysis	Two-stage ANOVA	LMe
					M1	M2	M3	M4	M5
1	0	Power	0.2087	0.1983	0.2770	0.2073	0.2610	0.2273	0.2240
		FDR	0.0740	0.0600	0.1150	0.0730	0.0863	0.0746	0.0807
	0.2	Power	0.1863	0.1683	0.3493	0.2570	0.2847	0.2607	0.1903
		FDR	0.0345	0.0307	0.0958	0.0666	0.0707	0.0668	0.0371
	0.4	Power	0.1543	0.1403	0.4783	0.3950	0.4007	0.3953	0.1580
		FDR	0.0170	0.0186	0.0718	0.0558	0.0573	0.0557	0.0104
2	0	Power	0.1453	0.1423	0.3650	0.3067	0.3093	0.3073	0.1570
		FDR	0.0224	0.0251	0.0920	0.0564	0.0569	0.0563	0.0248
	0.2	Power	0.1290	0.1347	0.3373	0.2867	0.2867	0.2867	0.1450
		FDR	0.0203	0.0098	0.0858	0.0591	0.591	0.0591	0.0247
	0.4	Power	0.1490	0.1497	0.3700	0.3150	0.3170	0.3150	0.1503
		FDR	0.0283	0.0323	0.1091	0.0680	0.0676	0.0680	0.0363
3		Power	0.1517	0.0010	1.000	1.0000	1.0000	1.0000	0.0043
		FDR	0.0000	0.0000	0.0712	0.0455	0.0455	0.0455	0.0000

ISSN: 1471-2105