TY - JOUR AU - Tavazoie, S. AU - Hughes, J. D. AU - Campbell, M. J. AU - Cho, R. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Church GM: Systematic determination of genetic network architecture JO - Nat Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/10343 DO - 10.1038/10343 ID - Tavazoie1999 ER - TY - JOUR AU - Khatri, P. AU - Drăghici, S. AU - Ostermeier, G. C. AU - Krawetz, S. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Profiling Gene Expression Using Onto-Express JO - Genomics VL - 79 UR - https://doi.org/10.1006/geno.2002.6698 DO - 10.1006/geno.2002.6698 ID - Khatri2002 ER - TY - JOUR AU - Drăghici, S. AU - Khatri, P. AU - Martins, R. P. AU - Ostermeier, G. C. AU - Krawetz, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global functional profiling of gene expression JO - Genomics VL - 81 UR - https://doi.org/10.1016/S0888-7543(02)00021-6 DO - 10.1016/S0888-7543(02)00021-6 ID - Drăghici2003 ER - TY - JOUR AU - Ogata, H. AU - Goto, S. AU - Sato, K. AU - Fujibuchi, W. AU - Bono, H. AU - et, a. l. PY - 1999 DA - 1999// TI - KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.29 DO - 10.1093/nar/27.1.29 ID - Ogata1999 ER - TY - JOUR AU - Joshi-Tope, G. AU - Gillespie, M. AU - Vasrik, I. AU - D’Eustachio, P. AU - Schmidt, E. AU - de Bone, B. AU - Jassal, B. AU - Gopinath, G. R. AU - Wu, G. R. AU - Matthews, L. AU - Lewis, S. AU - Birney, E. AU - Stein, L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Reactome: a knowledgebase of biological pathways JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki072 DO - 10.1093/nar/gki072 ID - Joshi-Tope2005 ER - TY - JOUR AU - Draghici, S. AU - Khatri, P. AU - Tarca, A. L. AU - Amin, K. AU - Done, A. AU - Voichita, C. AU - Georgescu, C. AU - Romero, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - A systems biology approach for pathway level analysis JO - Genome Research VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.6202607 DO - 10.1101/gr.6202607 ID - Draghici2007 ER - TY - JOUR AU - Tarca, A. L. AU - Draghici, S. AU - Khatri, P. AU - Hassan, S. S. AU - Mittal, P. AU - Kim, J. S. AU - Kim, C. J. AU - Kusanovic, J. P. PY - 2009 DA - 2009// TI - Romero R: A novel signaling pathway impact analysis JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn577 DO - 10.1093/bioinformatics/btn577 ID - Tarca2009 ER - TY - JOUR AU - Thomas, R. AU - Gohlke, J. M. AU - Stopper, G. F. AU - Parham, F. M. AU - Portier, C. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Choosing the right path: enhancement of biologically relevant sets of genes or proteins using pathway structure JO - Genome Biol VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2009-10-4-r44 DO - 10.1186/gb-2009-10-4-r44 ID - Thomas2009 ER - TY - JOUR AU - Massa, M. S. AU - Chiogna, M. AU - Romualdi, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene set analysis exploiting the topology of a pathway JO - BMC Syst Biol VL - 4 ID - Massa2010 ER - TY - JOUR AU - Rahnenführer, J. AU - Domingues, F. S. AU - Maydt, J. AU - Lengauer, T. PY - 2004 DA - 2004// TI - Calculating the Statistical Significance of Changes in Pathway Activity From Gene Expression Data JO - Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.2202/1544-6115.1055 DO - 10.2202/1544-6115.1055 ID - Rahnenführer2004 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proceeding of The National Academy of Sciences of the USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Efron, B. AU - Tibshirani, R. PY - 2006 DA - 2006// TI - On testing the significance of sets of genes JO - Annals of Applied Statistics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1214/07-AOAS101 DO - 10.1214/07-AOAS101 ID - Efron2006 ER - TY - JOUR AU - Goeman, J. J. AU - Buhlmann, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analyzing gene expression data in terms of gene sets: methodological issues JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm051 DO - 10.1093/bioinformatics/btm051 ID - Goeman2007 ER - TY - JOUR AU - Ackermann, M. AU - Strimmer, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - A general modular framework for gene set enrichment analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-47 DO - 10.1186/1471-2105-10-47 ID - Ackermann2009 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. PY - 2004 DA - 2004// TI - Linear models and empirical Bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments JO - Statistical applications in genetics and molecular biology VL - 3 UR - https://doi.org/10.2202/1544-6115.1027 DO - 10.2202/1544-6115.1027 ID - Smyth2004 ER - TY - JOUR AU - Dinu, I. AU - Potter, J. D. AU - Mueller, T. AU - Liu, Q. AU - Adewale, A. J. AU - Jhangri, G. S. AU - Einecke, G. AU - Famulski, K. S. AU - Halloran, P. AU - Yasui, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improving gene set analysis of microarray data by SAM-GS JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-242 DO - 10.1186/1471-2105-8-242 ID - Dinu2007 ER - TY - JOUR AU - Tusher, V. G. AU - Tibshirani, R. AU - Chu, G. PY - 2001 DA - 2001// TI - Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response JO - Proc Natl Acad Sci VL - 98 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.091062498 DO - 10.1073/pnas.091062498 ID - Tusher2001 ER - TY - JOUR AU - Pavlidis, P. AU - Qin, J. AU - Arango, V. AU - Mann, J. J. AU - Sibille, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Using the Gene Ontology for Microarray Data Mining: A Comparison of Methods and Application to Age Effects in Human Prefrontal Cortex JO - Neurochem Res VL - 29 UR - https://doi.org/10.1023/B:NERE.0000023608.29741.45 DO - 10.1023/B:NERE.0000023608.29741.45 ID - Pavlidis2004 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Kawashima, S. AU - Okunom, Y. AU - Hattori, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - The KEGG resource for deciphering the genome JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh063 DO - 10.1093/nar/gkh063 ID - Kanehisa2004 ER - TY - JOUR AU - Blalock, E. M. AU - Geddes, J. W. AU - Chen, K. C. AU - Porter, N. M. AU - Markesbery, W. R. AU - Landfield, P. W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Incipient Alzheimer’s disease: microarray correlation analyses reveal major transcriptional and tumor suppressor responses JO - Proc Natl Acad Sci U.S.A VL - 101 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0308512100 DO - 10.1073/pnas.0308512100 ID - Blalock2004 ER - TY - JOUR AU - Liang, W. S. AU - Dunckley, T. AU - Beach, T. G. AU - Grover, A. AU - Mastroeni, D. AU - Walker, D. G. AU - Caselli, R. J. AU - Kukull, W. A. AU - McKeel, D. AU - Morris, J. C. AU - Hulette, C. AU - Schmechel, D. AU - Alexander, G. E. AU - Reiman, E. M. AU - Rogers, J. AU - Stephan, D. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Gene expression profiles in anatomically and functionally distinct regions of the normal aged human brain JO - Physiol Genomics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00208.2006 DO - 10.1152/physiolgenomics.00208.2006 ID - Liang2007 ER - TY - JOUR AU - Zheng, B. AU - Liao, Z. AU - Locascio, J. J. AU - Lesniak, K. A. AU - Roderick, S. S. AU - Watt, M. L. AU - Eklund, A. C. AU - Zhang-James, Y. AU - Kim, P. D. AU - Hauser, M. A. AU - Grunblatt, E. AU - Moran, L. B. AU - Mandel, S. A. AU - Riederer, P. AU - Miller, R. M. AU - Federoff, H. J. AU - Wullner, U. AU - Papapetropoulos, S. AU - Youdim, M. B. AU - Cantuti-Castelvetri, I. AU - Young, A. B. AU - Vance, J. M. AU - Davis, R. L. AU - Hedreen, J. C. AU - Adler, C. H. AU - Beach, T. G. AU - Graeber, M. B. AU - Middleton, F. A. AU - Rochet, J. C. AU - Scherzer, C. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - PGC-1?, a potential therapeutic target for early intervention in Parkinson’s disease JO - Sci Transl Med VL - 2 ID - Zheng2010 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - James, M. AU - Middleton, F. A. AU - Davis, R. L. PY - 2005 DA - 2005// TI - Transcriptional analysis of multiple brain regions in Parkinson’s disease supports the involvement of specific protein processing, energy metabolism, and signaling pathways and suggests novel disease mechanisms JO - Am J Med Genet B Neuropsychiatr Genet VL - 137B UR - https://doi.org/10.1002/ajmg.b.30195 DO - 10.1002/ajmg.b.30195 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - Runne, H. AU - Kuhn, A. AU - Wild, E. J. AU - Pratyaksha, W. AU - Kristiansen, M. AU - Isaacs, J. D. AU - Regulier, E. AU - Delorenzi, M. AU - Tabrizi, S. J. AU - Luthi-Carter, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of potential transcriptomic biomarkers for Huntington’s disease in peripheral blood JO - Proc Natl Acad Sci U.S.A VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0703652104 DO - 10.1073/pnas.0703652104 ID - Runne2007 ER - TY - JOUR AU - Hong, Y. AU - Ho, K. S. AU - Eu, K. W. AU - Cheah, P. Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - A susceptibility gene set for early onset colorectal cancer that integrates diverse signaling pathways: implication for tumorigenesis JO - Clin Cancer Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1158/1078-0432.CCR-06-1633 DO - 10.1158/1078-0432.CCR-06-1633 ID - Hong2007 ER - TY - JOUR AU - Sabates-Bellver, J. AU - Van der Flier, L. G. AU - de Palo, M. AU - Cattaneo, E. AU - Maake, C. AU - Rehrauer, H. AU - Laczko, E. AU - Kurowski, M. A. AU - Bujnicki, J. M. AU - Menigatti, M. AU - Luz, J. AU - Ranalli, T. V. AU - Gomes, V. AU - Pastorelli, A. AU - Faggiani, R. AU - Anti, M. AU - Jiricny, J. AU - Clevers, H. AU - Marra, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Transcriptome profile of human colorectal adenomas JO - Mol Cancer Res VL - 5 UR - https://doi.org/10.1158/1541-7786.MCR-07-0267 DO - 10.1158/1541-7786.MCR-07-0267 ID - Sabates-Bellver2007 ER - TY - JOUR AU - Hong, Y. AU - Downey, T. AU - Eu, K. W. AU - Koh, P. K. AU - Cheah, P. Y. AU - Koh, P. K. AU - Cheah, P. Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - A ’metastasis-prone’ signature for early-stage mismatch-repair proficient sporadic colorectal cancer patients and its implications for possible therapeutics JO - Clin Exp Metastasis VL - 27 UR - https://doi.org/10.1007/s10585-010-9305-4 DO - 10.1007/s10585-010-9305-4 ID - Hong2010 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Roche, O. AU - Yan, M. S. AU - Finak, G. AU - Evans, A. J. AU - Metcalf, J. L. AU - Hast, B. E. AU - Hanna, S. C. AU - Wondergem, B. AU - Furge, K. A. AU - Irwin, M. S. AU - Kim, W. Y. AU - Teh, B. T. AU - Grinstein, S. AU - Park, M. AU - Marsden, P. A. AU - Ohh, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Regulation of endocytosis via the oxygen-sensing pathway JO - Nat Med VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nm.1922 DO - 10.1038/nm.1922 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Lenburg, M. E. AU - Liou, L. S. AU - Gerry, N. P. AU - Frampton, G. M. AU - Cohen, H. T. AU - Christman, M. F. PY - 2003 DA - 2003// TI - Previously unidentified changes in renal cell carcinoma gene expression identified by parametric analysis of microarray data JO - BMC Cancer VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2407-3-31 DO - 10.1186/1471-2407-3-31 ID - Lenburg2003 ER - TY - JOUR AU - Badea, L. AU - Herlea, V. AU - Dima, S. O. AU - Dumitrascu, T. AU - Popescu, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Combined gene expression analysis of whole-tissue and microdissected pancreatic ductal adenocarcinoma identifies genes specifically overexpressed in tumor epithelia JO - Hepatogastroenterology VL - 55 ID - Badea2008 ER - TY - JOUR AU - Pei, H. AU - Li, L. AU - Fridley, B. L. AU - Jenkins, G. D. AU - Kalari, K. R. AU - Lingle, W. AU - Petersen, G. AU - Lou, Z. AU - Wang, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - FKBP51 affects cancer cell response to chemotherapy by negatively regulating Akt JO - Cancer Cell VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2009.07.016 DO - 10.1016/j.ccr.2009.07.016 ID - Pei2009 ER - TY - JOUR AU - Wallace, T. A. AU - Prueitt, R. L. AU - Yi, M. AU - Howe, T. M. AU - Gillespie, J. W. AU - Yfantis, H. G. AU - Stephens, R. M. AU - Caporaso, N. E. AU - Loffredo, C. A. AU - Ambs, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Tumor immunobiological differences in prostate cancer between African-American and European-American men JO - Cancer Res VL - 68 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-07-2608 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-07-2608 ID - Wallace2008 ER - TY - JOUR AU - He, H. AU - Jazdzewski, K. AU - Li, W. AU - Liyanarachchi, S. AU - Nagy, R. AU - Volinia, S. AU - Calin, G. A. AU - Liu, C. G. AU - Franssila, K. AU - Suster, S. AU - Kloos, R. T. AU - Croce, C. M. AU - de la Chapelle, A. PY - 2005 DA - 2005// TI - The role of microRNA genes in papillary thyroid carcinoma JO - Proc Natl Acad Sci U.S.A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0509603102 DO - 10.1073/pnas.0509603102 ID - He2005 ER - TY - JOUR AU - Stirewalt, D. L. AU - Meshinchi, S. AU - Kopecky, K. J. AU - Fan, W. AU - Pogosova-Agadjanyan, E. L. AU - Engel, J. H. AU - Cronk, M. R. AU - Dorcy, K. S. AU - McQuary, A. R. AU - Hockenbery, D. AU - Wood, B. AU - Heimfeld, S. AU - Radich, J. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Identification of genes with abnormal expression changes in acute myeloid leukemia JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 47 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.20500 DO - 10.1002/gcc.20500 ID - Stirewalt2008 ER - TY - JOUR AU - Sanchez-Palencia, A. AU - Gomez-Morales, M. AU - Gomez-Capilla, J. A. AU - Pedraza, V. AU - Boyero, L. AU - Rosell, R. AU - Farez-Vidal, M. E. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene expression profiling reveals novel biomarkers in nonsmall cell lung cancer JO - Int J Cancer VL - 129 UR - https://doi.org/10.1002/ijc.25704 DO - 10.1002/ijc.25704 ID - Sanchez-Palencia2010 ER - TY - JOUR AU - Hou, J. AU - Aerts, J. AU - den, H. a. m. e. r. AU - van, I. j. c. k. e. n. AU - den, B. a. k. k. e. r. AU - Riegman, P. AU - van der, L. e. e. s. t. AU - van der, S. p. e. k. AU - Foekens, J. A. AU - Hoogsteden, H. C. AU - Grosveld, F. AU - Philipsen, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Gene expression-based classification of non-small cell lung carcinomas and survival prediction JO - PLoS ONE VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010312 DO - 10.1371/journal.pone.0010312 ID - Hou2010 ER - TY - JOUR AU - Barth, A. S. AU - Kuner, R. AU - Buness, A. AU - Ruschhaupt, M. AU - Merk, S. AU - Zwermann, L. AU - Kaab, S. AU - Kreuzer, E. AU - Steinbeck, G. AU - Mansmann, U. AU - Poustka, A. AU - Nabauer, M. AU - Sultmann, H. PY - 2006 DA - 2006// TI - Identification of a common gene expression signature in dilated cardiomyopathy across independent microarray studies JO - J Am Coll Cardiol VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.jacc.2006.07.026 DO - 10.1016/j.jacc.2006.07.026 ID - Barth2006 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. AU - Domrachev, M. AU - Lash, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.207 DO - 10.1093/nar/30.1.207 ID - Edgar2002 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing JO - Journal of The Royal Statistical Society B VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Hobbs, B. AU - Collin, F. AU - Beazer-Barclay, Y. D. AU - Antonellis, K. J. AU - Scherf, U. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Exploration, Normalization, and Summaries of High Density Oligonucleotide Array Probe Level Data JO - Biostatistics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/4.2.249 DO - 10.1093/biostatistics/4.2.249 ID - Irizarry2003 ER - TY - JOUR AU - Gautier, L. AU - Cope, L. AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. PY - 2004 DA - 2004// TI - affy—analysis of Affymetrix GeneChip data at the probe level JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg405 DO - 10.1093/bioinformatics/btg405 ID - Gautier2004 ER - TY - JOUR AU - Gentleman, R. C. AU - Carey, V. J. AU - Bates, D. M. AU - Bolstad, B. AU - Dettling, M. AU - Dudoit, S. AU - Ellis, B. AU - Gautier, L. AU - Ge, Y. AU - Gentry, J. AU - Hornik, K. AU - Hothorn, T. AU - Huber, W. AU - Iacus, S. AU - Irizarry, R. AU - Leisch, F. AU - Li, C. AU - Maechler, M. AU - Rossini, A. J. AU - Sawitzki, G. AU - Smith, C. AU - Smyth, G. AU - Tierney, L. AU - Yang, J. Y. AU - Zhang, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-10-r80 DO - 10.1186/gb-2004-5-10-r80 ID - Gentleman2004 ER - TY - JOUR AU - Bolstad, B. M. AU - Irizarry, R. A. AU - Astrand, M. AU - Speed, T. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - A Comparison of Normalization Methods for High Density Oligonucleotide Array Data Based on variance and bias JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.2.185 DO - 10.1093/bioinformatics/19.2.185 ID - Bolstad2003 ER - TY - BOOK AU - Smyth, G. K. PY - 2005 DA - 2005// TI - Limma: linear models for microarray data PB - Springer CY - New York ID - Smyth2005 ER - TY - BOOK AU - Efron, B. AU - Tibshirani, R. PY - 2010 DA - 2010// TI - GSA: Gene set analysis ID - Efron2010 ER - TY - STD TI - Carlson M, Falcon S, Pages H, Li N: KEGG.db: A set of annotation maps for KEGG. [R package version 2.5.0] [R package version 2.5.0] ID - ref46 ER - TY - BOOK AU - R Development Core, T. e. a. m. PY - 2011 DA - 2011// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - R Development Core2011 ER -