TY - JOUR AU - Draghici, S. AU - Khatri, P. AU - Martins, R. P. AU - Ostermeier, G. C. AU - Krawetz, S. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Global functional profiling of gene expression JO - Genomics VL - 81 UR - https://doi.org/10.1016/S0888-7543(02)00021-6 DO - 10.1016/S0888-7543(02)00021-6 ID - Draghici2003 ER - TY - JOUR AU - Mootha, V. K. AU - Lindgren, C. M. AU - Eriksson, K. F. AU - Subramanian, A. AU - Sihag, S. AU - Lehar, J. AU - Puigserver, P. AU - Carlsson, E. AU - Ridderstrle, M. AU - Laurila, E. AU - Houstis, N. AU - Daly, M. J. AU - Patterson, N. AU - Mesirov, J. P. AU - Golub, T. R. AU - Tamayo, P. AU - Spiegelman, B. AU - Lander, E. S. AU - Hirschhorn, J. N. AU - Altshuler, D. AU - Groop, L. C. PY - 2003 DA - 2003// TI - PGC-1 α−resonsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes JO - Nat Genet VL - 34 UR - https://doi.org/10.1038/ng1180 DO - 10.1038/ng1180 ID - Mootha2003 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. AU - Mesirov, J. P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpretting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Tian, L. AU - Greenberg, S. A. AU - Kong, S. W. AU - Altschuler, J. AU - Kohane, I. S. AU - Park, P. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Discovering statistically significant pathways in expression profiling studies JO - Proc Natl Acad of Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506577102 DO - 10.1073/pnas.0506577102 ID - Tian2005 ER - TY - JOUR AU - Efron, B. AU - Tibshirani, R. PY - 2007 DA - 2007// TI - On testing the significance of sets of genes JO - Ann Appl Stat VL - 1 UR - https://doi.org/10.1214/07-AOAS101 DO - 10.1214/07-AOAS101 ID - Efron2007 ER - TY - JOUR AU - Goeman, J. J. AU - van de Geer, S. A. AU - de Kort, F. AU - van Houwelingen, H. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - A global test for groups of genes: testing association with a clinical outcome JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg382 DO - 10.1093/bioinformatics/btg382 ID - Goeman2004 ER - TY - JOUR AU - Tomfohr, J. AU - Lu, J. AU - Kepler, T. B. PY - 2005 DA - 2005// TI - Pathway level analysis of gene expression using singular value decomposition JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-225 DO - 10.1186/1471-2105-6-225 ID - Tomfohr2005 ER - TY - JOUR AU - Kong, S. W. AU - Pu, W. T. AU - Park, P. J. PY - 2006 DA - 2006// TI - A multivariate approach for integrating genomewide expression data and biological knowledge JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl401 DO - 10.1093/bioinformatics/btl401 ID - Kong2006 ER - TY - JOUR AU - Dinu, I. AU - Potter, J. D. AU - Mueller, T. AU - Liu, Q. AU - Adewale, A. J. AU - Jhangri, G. S. AU - Einecke, G. AU - Famulski, K. S. AU - Halloran, P. AU - Yasui, Y. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improving gene set analysis of microarray data by SAM-GS JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-242 DO - 10.1186/1471-2105-8-242 ID - Dinu2007 ER - TY - JOUR AU - Hummel, M. AU - Meister, R. AU - Mansmann, U. PY - 2008 DA - 2008// TI - GlobalANCOVA: exploration and assessment of gene group effects JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm531 DO - 10.1093/bioinformatics/btm531 ID - Hummel2008 ER - TY - JOUR AU - Tsai, C. AU - Chen, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Multivariate analysis of variance test for gene set analysis JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp098 DO - 10.1093/bioinformatics/btp098 ID - Tsai2009 ER - TY - JOUR AU - Chen, J. J. AU - Lee, T. AU - Delongchamp, R. R. AU - Chen, T. AU - Tsai, C. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Significance analysis of groups of genes in expression profiling studies JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm310 DO - 10.1093/bioinformatics/btm310 ID - Chen2007 ER - TY - JOUR AU - Adewale, A. J. AU - Dinu, I. AU - Potter, J. D. AU - Liu, Q. AU - Yasui, Y. PY - 2008 DA - 2008// TI - Pathway analysis of microarray data via regression JO - J Comput Biol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2008.0002 DO - 10.1089/cmb.2008.0002 ID - Adewale2008 ER - TY - JOUR AU - Lin, R. AU - Dai, S. AU - Irwin, R. D. AU - Heinloth, A. N. AU - Boorman, G. A. AU - Li, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene set enrichment analysis for non-monotone association and multiple experimental categories JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-481 DO - 10.1186/1471-2105-9-481 ID - Lin2008 ER - TY - JOUR AU - Goeman, J. J. AU - Buhlmann, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analyzing gene expression data in terms of gene sets: methodological issues JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm051 DO - 10.1093/bioinformatics/btm051 ID - Goeman2007 ER - TY - JOUR AU - Nam, D. AU - Kim, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene-set approach for expression pattern analysis JO - Briefings in Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbn001 DO - 10.1093/bib/bbn001 ID - Nam2008 ER - TY - BOOK AU - Johnson, R. AU - Wichern, D. PY - 1998 DA - 1998// TI - Applied Multivariate Statistical Analysis (4th ed) ID - Johnson1998 ER - TY - JOUR AU - Kim, B. S. AU - Kim, I. AU - Lee, S. AU - Kim, S. AU - Rha, S. Y. AU - Chung, H. C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Statistical methods of translating microarray data into clinically relevant diagnostic information in colorectal cancer JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti029 DO - 10.1093/bioinformatics/bti029 ID - Kim2005 ER - TY - JOUR AU - Lu, Y. AU - Liu, P. -. Y. AU - Xiao, P. AU - Deng, H. -. W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Hotelling’s T2 multivariate profiling for detecting differential expression in microarrays JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti496 DO - 10.1093/bioinformatics/bti496 ID - Lu2005 ER - TY - JOUR AU - Szabo, A. AU - Boucher, K. AU - Jones, D. AU - Tsodikov, A. D. AU - Klebanov, L. B. AU - Yakovlev, A. Y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Multivariate exploratory tools for microarray data analysis JO - Biostatistics VL - 4 UR - https://doi.org/10.1093/biostatistics/4.4.555 DO - 10.1093/biostatistics/4.4.555 ID - Szabo2003 ER - TY - JOUR AU - Schafer, J. AU - Strimmer, K. PY - 2005 DA - 2005// TI - A shrinkage approach to large-scale covariance matrix estimation and implications for functional genomics JO - Statist Appl Genet Mol Biol VL - 4 ID - Schafer2005 ER - TY - JOUR AU - Mansmann, U. AU - Meister, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Testing differential gene expression in functional groups: Goeman’s global test versus an ANCOVA approach JO - Method Inform Med VL - 44 ID - Mansmann2005 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: A practical and powerful approach to multiple testing JO - J Royal Stat Soc B VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Ferre, P. J. AU - Liaubet, L. AU - Concordet, D. AU - SanCristobal, M. AU - Uro-Coste, E. AU - Tosser-Klopp, G. AU - Bonnet, A. AU - Toutain, P. L. AU - Hatey, F. AU - Lefebvre, H. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Longitudinal Analysis of Gene Expression in Porcine Skeletal Muscle After Post-Injection Local Injury JO - Pharm Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1007/s11095-007-9266-8 DO - 10.1007/s11095-007-9266-8 ID - Ferre2007 ER - TY - JOUR AU - Dudoit, S. AU - Fridlyand, J. AU - Speed, T. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparison of Discimination Methods for the Classification of Tumors Using Gene Expression Data JO - J Am Stat Assoc VL - 97 UR - https://doi.org/10.1198/016214502753479248 DO - 10.1198/016214502753479248 ID - Dudoit2002 ER - TY - BOOK AU - Efron, B. AU - Tibshirani, R. PY - 1993 DA - 1993// TI - An Introduction to the Bootstrap PB - Applied Probability CY - New York, NY UR - https://doi.org/10.1007/978-1-4899-4541-9 DO - 10.1007/978-1-4899-4541-9 ID - Efron1993 ER - TY - JOUR AU - Peddada, S. AU - Harris, S. AU - Davidov, O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis of Correlated Gene Expression Data on Ordered Categories JO - J Ind Soc Agric Statist VL - 64 ID - Peddada2010 ER - TY - JOUR AU - Heller, R. AU - Manduchi, E. AU - Grant, G. R. AU - Ewens, W. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - A flexible two-stage procedure for identifying gene sets that are differentially expressed JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp076 DO - 10.1093/bioinformatics/btp076 ID - Heller2009 ER - TY - JOUR AU - Peddada, S. D. AU - Lobenhofer, L. AU - Li, L. AU - Afshari, C. AU - Weinberg, C. AU - Umbach, D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Gene selection and clustering for time-course and dose-response microarray experiments using order-restricted inference JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg093 DO - 10.1093/bioinformatics/btg093 ID - Peddada2003 ER -