TY - BOOK AU - Lima, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Visual Complexity Mapping Patterns of Information PB - Princeton Architectural Press CY - New York ID - Lima2011 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Ramage, D. AU - Amin, N. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - STD TI - Download Cytoscape. http://www.cytoscape.org/download.html UR - http://www.cytoscape.org/download.html ID - ref3 ER - TY - JOUR AU - von Mering, C. AU - Krause, R. AU - Snel, B. AU - Cornell, M. AU - Oliver, S. G. AU - Fields, S. AU - Bork, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Comparative assessment of large-scale data sets of protein-protein interactions JO - Nature VL - 417 UR - https://doi.org/10.1038/nature750 DO - 10.1038/nature750 ID - von Mering2002 ER - TY - JOUR AU - Lee, T. I. AU - Rinaldi, N. J. AU - Robert, F. AU - Odom, D. T. AU - Bar-Joseph, Z. AU - Gerber, G. K. AU - Hannett, N. M. AU - Harbison, C. R. AU - Thompson, C. M. AU - Simon, I. AU - Zeitlinger, J. AU - Jennings, E. G. AU - Murray, H. L. AU - Gordon, D. B. AU - Ren, B. AU - Wyrick, J. J. AU - Tagne, J. AU - Volkert, T. L. AU - Fraenkel, E. AU - Gifford, D. K. AU - Young, R. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae JO - Science VL - 298 UR - https://doi.org/10.1126/science.1075090 DO - 10.1126/science.1075090 ID - Lee2002 ER - TY - BOOK AU - McAllister, A. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - A new heuristic algorithm for the linear arrangement problem, Technical Report 99_126a PB - Faculty of Computer Science CY - University of New Brunswick ID - McAllister1999 ER - TY - BOOK AU - Rumbaugh, J. AU - Jacobson, I. AU - Booch, G. PY - 1999 DA - 1999// TI - The unified modeling language reference manual PB - Addison-Wesley CY - Reading, MA ID - Rumbaugh1999 ER - TY - JOUR AU - Royer, L. AU - Reimann, M. AU - Andreopoulos, B. AU - Schroeder, M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Unraveling protein networks with power graph analysis JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000108 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000108 ID - Royer2008 ER - TY - JOUR AU - Longabaugh, W. J. R. AU - Davidson, E. H. AU - Bolouri, H. PY - 2005 DA - 2005// TI - Computational representation of developmental genetic regulatory networks JO - Dev Biol VL - 283 UR - https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2005.04.023 DO - 10.1016/j.ydbio.2005.04.023 ID - Longabaugh2005 ER - TY - JOUR AU - Longabaugh, W. J. R. AU - Davidson, E. H. AU - Bolouri, H. PY - 2009 DA - 2009// TI - Visualization, documentation, analysis, and communication of large-scale gene regulatory networks JO - Biochim Biophys Acta VL - 1789 UR - https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2008.07.014 DO - 10.1016/j.bbagrm.2008.07.014 ID - Longabaugh2009 ER - TY - STD TI - Google Maps. http://maps.google.com/ UR - http://maps.google.com/ ID - ref11 ER - TY - STD TI - Cosine similarity - Wikipedia, the free encyclopedia. http://en.wikipedia.org/wiki/Cosine_similarity UR - http://en.wikipedia.org/wiki/Cosine_similarity ID - ref12 ER - TY - STD TI - Jaccard index - Wikipedia, the free encyclopedia. http://en.wikipedia.org/wiki/Jaccard_index UR - http://en.wikipedia.org/wiki/Jaccard_index ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. T. AU - Reiss, D. J. AU - Bonneau, R. AU - Baliga, N. S. PY - 2006 DA - 2006// TI - The gaggle: an open-source software system for integrating bioinformatics software and data sources JO - BMC Bioinforma VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-176 DO - 10.1186/1471-2105-7-176 ID - Shannon2006 ER - TY - BOOK AU - Garrow, A. AU - Adeleye, Y. AU - Warner, G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Data_Sets – Cytoscape Wiki ID - Garrow2007 ER - TY - JOUR AU - Kerrien, S. AU - Aranda, B. AU - Breuza, L. AU - Bridge, A. AU - Broackes-Carter, F. AU - Chen, C. AU - Duesbury, M. AU - Dumousseau, M. AU - Feuermann, M. AU - Hinz, U. AU - Jandrasits, C. AU - Jimenez, R. C. AU - Khadake, J. AU - Mahadevan, U. AU - Masson, P. AU - Pedruzzi, I. AU - Pfeiffenberger, E. AU - Porras, P. AU - Raghunath, A. AU - Roechert, B. AU - Orchard, S. AU - Hermjakob, H. PY - 2011 DA - 2011// TI - The IntAct molecular interaction database in 2012 JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1088 DO - 10.1093/nar/gkr1088 ID - Kerrien2011 ER - TY - JOUR AU - Salwinski, L. AU - Miller, C. S. AU - Smith, A. J. AU - Pettit, F. K. AU - Bowie, J. U. AU - Eisenberg, D. PY - 2004 DA - 2004// TI - The database of interacting proteins: 2004 update JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh086 DO - 10.1093/nar/gkh086 ID - Salwinski2004 ER - TY - JOUR AU - Bader, G. D. AU - Betel, D. AU - Hogue, C. W. PY - 2003 DA - 2003// TI - BIND: the biomolecular interaction network database JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg056 DO - 10.1093/nar/gkg056 ID - Bader2003 ER - TY - JOUR AU - Peri, S. AU - Navarro, J. D. AU - Amanchy, R. AU - Kristiansen, T. Z. AU - Jonnalagadda, C. K. AU - Surendranath, V. AU - Niranjan, V. AU - Muthusamy, B. AU - Gandhi, T. K. AU - Gronborg, M. AU - Ibarrola, N. AU - Deshpande, N. AU - Shanker, K. AU - Shivashankar, H. N. AU - Rashmi, B. P. AU - Ramya, M. A. AU - Zhao, Z. AU - Chandrika, K. N. AU - Padma, N. AU - Harsha, H. C. AU - Yatish, A. J. AU - Kavitha, M. P. AU - Menezes, M. AU - Choudhury, D. R. AU - Suresh, S. AU - Ghosh, N. AU - Saravana, R. AU - Chandran, S. AU - Krishna, S. AU - Joy, M. PY - 2003 DA - 2003// TI - Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1680803 DO - 10.1101/gr.1680803 ID - Peri2003 ER - TY - JOUR AU - Mishra, G. AU - Suresh, M. AU - Kumaran, K. AU - Kannabiran, N. AU - Suresh, S. AU - Bala, P. AU - Shivkumar, K. AU - Anuradha, N. AU - Reddy, R. AU - Raghavan, T. M. AU - Menon, S. AU - Hanumanthu, G. AU - Gupta, M. AU - Upendran, S. AU - Gupta, S. AU - Mahesh, M. AU - Jacob, B. AU - Matthew, P. AU - Chatterjee, P. AU - Arun, S. AU - Sharma, S. AU - Chandrika, K. N. AU - Deshpande, N. AU - Palvankar, K. AU - Raghavnath, R. AU - Krishnakanth, K. AU - Karathia, H. AU - Rekha, B. AU - Rashmi, N. S. AU - Vishnupriya, G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Human protein reference database - 2006 update JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkj141 DO - 10.1093/nar/gkj141 ID - Mishra2006 ER - TY - JOUR AU - Rual, J. F. AU - Venkatesan, K. AU - Hao, T. AU - Hirozane-Kishikawa, T. AU - Dricot, A. AU - Li, N. AU - Berriz, G. F. AU - Gibbons, F. D. AU - Dreze, M. AU - Ayivi-Guedehoussou, N. AU - Klitgord, N. AU - Simon, C. AU - Boxem, M. AU - Milstein, S. AU - Rosenberg, J. AU - Goldberg, D. S. AU - Zhang, L. V. AU - Wong, S. L. AU - Franklin, G. AU - Li, S. AU - Albala, J. S. AU - Lim, J. AU - Fraughton, C. AU - Llamosas, E. AU - Cevik, S. AU - Bex, C. AU - Lamesch, P. AU - Sikorski, R. S. AU - Vandenhaute, J. AU - Zoghbi, H. Y. PY - 2005 DA - 2005// TI - Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network JO - Nature VL - 437 UR - https://doi.org/10.1038/nature04209 DO - 10.1038/nature04209 ID - Rual2005 ER - TY - JOUR AU - Stelzl, U. AU - Worm, U. AU - Lalowski, M. AU - Haenig, C. AU - Brembeck, F. H. AU - Goehler, H. AU - Stroedicke, M. AU - Zenkner, M. AU - Schoenherr, A. AU - Koeppen, S. AU - Timm, J. AU - Mintzlaff, S. AU - Abraham, C. AU - Bock, N. AU - Kietzmann, S. AU - Goedde, A. AU - Toksöz, E. AU - Droege, A. AU - Krobitsch, S. AU - Korn, B. AU - Birchmeier, W. AU - Lehrach, H. AU - Wanker, E. E. PY - 2005 DA - 2005// TI - A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome JO - Cell VL - 122 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2005.08.029 DO - 10.1016/j.cell.2005.08.029 ID - Stelzl2005 ER - TY - JOUR AU - Ramani, A. K. AU - Bunescu, R. C. AU - Mooney, R. J. AU - Marcotte, E. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Consolidating the set of known human protein-protein interactions in preparation for large-scale mapping of the human interactome JO - Genome Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2005-6-5-r40 DO - 10.1186/gb-2005-6-5-r40 ID - Ramani2005 ER - TY - JOUR AU - Wu, G. AU - Feng, X. AU - Stein, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human functional protein interaction network and its application to cancer data analysis JO - Genome Biol VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2010-11-5-r53 DO - 10.1186/gb-2010-11-5-r53 ID - Wu2010 ER - TY - STD TI - Cancer Regulome. http://www.cancerregulome.org/ UR - http://www.cancerregulome.org/ ID - ref25 ER - TY - JOUR AU - McLendon, R. AU - Friedman, A. AU - Bigner, D. AU - Van Meir, E. G. AU - Brat, D. J. AU - Mastrogianakis, G. M. AU - Olson, J. J. AU - Mikkelsen, T. AU - Lehman, N. AU - Aldape, K. AU - Yung, W. K. AU - Bogler, O. AU - Weinstein, J. N. AU - VandenBerg, S. AU - Berger, M. AU - Prados, M. AU - Muzny, D. AU - Morgan, M. AU - Scherer, S. AU - Sabo, A. AU - Nazareth, L. AU - Lewis, L. AU - Hall, O. AU - Zhu, Y. AU - Ren, Y. AU - Alvi, O. AU - Yao, J. AU - Hawes, A. AU - Jhangiani, S. AU - Fowler, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways JO - Nature VL - 455 UR - https://doi.org/10.1038/nature07385 DO - 10.1038/nature07385 ID - McLendon2008 ER - TY - JOUR AU - Verhaak, R. G. AU - Hoadley, K. A. AU - Purdom, E. AU - Wang, V. AU - Qi, Y. AU - Wilkerson, M. D. AU - Miller, C. R. AU - Ding, L. AU - Golub, T. AU - Mesirov, J. P. AU - Alexe, G. AU - Lawrence, M. AU - O'Kelly, M. AU - Tamayo, P. AU - Weir, B. A. AU - Gabriel, S. AU - Winckler, W. AU - Gupta, S. AU - Jakkula, L. AU - Feiler, H. S. AU - Hodgson, J. G. AU - James, C. D. AU - Sarkaria, J. N. AU - Brennan, C. AU - Kahn, A. AU - Spellman, P. T. AU - Wilson, R. K. AU - Speed, T. P. AU - Gray, J. W. AU - Meyerson, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Integrated genomic analysis identifies clinically relevant subtypes of glioblastoma characterized by abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1 JO - Cancer Cell VL - 17 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2009.12.020 DO - 10.1016/j.ccr.2009.12.020 ID - Verhaak2010 ER - TY - STD TI - All Pairs Significance Explorer [GBM 06Feb classical]. http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_class_pw UR - http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_class_pw ID - ref28 ER - TY - STD TI - All Pairs Significance Explorer [GBM 06Feb mesenchymal]. http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_mesen_pw UR - http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_mesen_pw ID - ref29 ER - TY - STD TI - All Pairs Significance Explorer [GBM 06Feb neural]. http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_neura_pw UR - http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_neura_pw ID - ref30 ER - TY - STD TI - All Pairs Significance Explorer [GBM 06Feb proneural]. http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_prone_pw UR - http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_prone_pw ID - ref31 ER - TY - STD TI - All Pairs Significance Explorer [GBM 06Feb all]. http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_pw UR - http://explorer.cancerregulome.org/all_pairs/?dataset=gbm_06feb_pw ID - ref32 ER - TY - JOUR AU - Van Meir, E. G. AU - Hadjipanayis, C. G. AU - Norden, A. D. AU - Shu, H. K. AU - Wen, P. Y. AU - Olson, J. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Exciting new advances in neuro-oncology: the avenue to a cure for malignant glioma JO - CA Cancer J Clin VL - 60 UR - https://doi.org/10.3322/caac.20069 DO - 10.3322/caac.20069 ID - Van Meir2010 ER - TY - STD TI - Cancer Regulome Software. http://www.cancerregulome.org/software.html UR - http://www.cancerregulome.org/software.html ID - ref34 ER - TY - BOOK AU - Csardi, G. AU - Nepusz, T. PY - 2006 DA - 2006// TI - The igraph software package for complex network research PB - InterJournal CY - Complex Systems ID - Csardi2006 ER - TY - JOUR AU - Erdos, P. AU - Renyi, A. PY - 1959 DA - 1959// TI - On random graphs JO - Publicationes Mathematicae VL - 6 ID - Erdos1959 ER - TY - JOUR AU - Barabasi, A. -. L. AU - Albert, R. PY - 1999 DA - 1999// TI - Emergence of scaling in random networks JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.509 DO - 10.1126/science.286.5439.509 ID - Barabasi1999 ER - TY - STD TI - Dong Y: Cytoscape_3/3D_Renderer. http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/3D_Renderer UR - http://wiki.cytoscape.org/Cytoscape_3/3D_Renderer ID - ref38 ER - TY - STD TI - Kowal G: Launch4j – Cross-platform Java Executable Wrapper. http://launch4j.sourceforge.net/index.html UR - http://launch4j.sourceforge.net/index.html ID - ref39 ER - TY - STD TI - Pilafian D: Bare Bones Browser Launch for Java · Use Default Browser to Open a Web Page from a Swing Application. http://www.centerkey.com/java/browser/ UR - http://www.centerkey.com/java/browser/ ID - ref40 ER -