Prognostic gene signatures for patient stratification in breast cancer - accuracy, stability and interpretability of gene selection approaches using prior knowledge on protein-protein interactions

Table 3 Gene selection stability according to stability index (lower = better)

gene selection method	GSE2034	GSE11121	GSE1456	GSE2990	GSE4922	GSE7390	Median
PAM	0.237	0.282	0.259	0.302	0.281	0.277	0.279
sigGenNB	0.209	0.193	0.173	0.289	0.208	0.272	0.208
sigGenSVM	0.209	0.193	0.173	0.289	0.208	0.272	0.208
SCAD	0.245	0.265	0.268	0.232	0.229	0.251	0.247
HHSVM	0.212	0.191	0.210	0.199	0.197	0.205	0.202
RFE	0.285	0.298	0.295	0.287	0.293	0.291	0.292
RRFE	0.224	0.240	0.211	0.246	0.209	0.248	0.232
graphK	0.276	0.290	0.295	0.285	0.283	0.285	0.285
graphkKp	0.269	0.281	0.276	0.271	0.273	0.276	0.274
networkSVM	0.021	0.027	0.018	0.026	0.014	0.018	0.020
PAC	0.249	0.257	0.245	0.259	0.158	0.181	0.248
aveExpPath	0.189	0.192	0.156	0.294	0.190	0.237	0.191
HubClassify	0.215	0.095	0.073	0.106	0.138	0.120	0.113
pathBoost	0.200	0.206	0.247	0.199	0.235	0.213	0.210

ISSN: 1471-2105