Skip to main content

Table 3 Putative novel sRNA identified in M. haemolytica PHL213

From: Transcriptome profile of a bovine respiratory disease pathogen: Mannheimia haemolytica PHL213

sRNA_ID Start End Length(bp) Flanking gene (left) Flanking gene (right) Promoter (Strand) BLASTN match
MHS1 219874 219955 82 MHA_0231|- MHA_0232|lamB Y(+)  
MHS2 309458 309563 106 MHA_0300|- MHA_0301|- Y(+) Haemophilus parasuis SH0165
MHS3 319131 319229 99 MHA_0307|era MHA_0308|recO Y(+) Mannheimia granulomatis str. P1135/26
MHS4 353514 353599 86 MHA_0333|res MHA_0334|gyrB Y(+)  
MHS5 428735 428820 86 MHA_0405|- MHA_0406|- Y(+) Bacteriophage phi-MhaA1-BAA410
MHS6 601909 601989 81 MHA_0568|- MHA_0569|- Y(+) Haemophilus parasuis SH0165
MHS7 694168 694238 71 MHA_0694|uppS MHA_0695|- Y(+)  
MHS8 728194 728446 253 MHA_0724|- MHA_0725|hemL Y(+)  
MHS9 760853 760946 94 MHA_0748|dnaA MHA_0749|ccmA Y(+)  
MHS10 809903 810012 110 MHA_0806|- MHA_0807|rluC Y(+)  
MHS11 849372 849453 82 MHA_0843|pstC MHA_0844|pstS Y(+)  
MHS12 962811 962887 77 MHA_0957|- MHA_0958|- Y(+)  
MHS13 1004733 1004837 105 MHA_1000|crp MHA_1001|murB Y(+)  
MHS14 1006880 1006950 71 MHA_1003|- MHA_1004|hxuA Y(+)  
MHS15 1111723 1111820 98 MHA_1103|- MHA_1104|- Y(+)  
MHS16 1164081 1164188 108 MHA_1167|- MHA_1168|- Y(+) Histophilus somni 2336
MHS17 1422454 1422537 84 MHA_1444|- MHA_1445|- Y(+)  
MHS18 1427285 1427368 84 MHA_1449|- MHA_1450|- Y(+)  
MHS19 1544002 1544093 92 MHA_1562|- MHA_1563|dapA Y(+)  
MHS20 1576948 1577051 104 MHA_1597|- MHA_1598|rpmE Y(+)  
MHS21 1580406 1580478 73 MHA_1601|- MHA_1602|lon Y(+)  
MHS22 1590485 1590566 82 MHA_1610|- MHA_1611|- Y(+)  
MHS23 1674686 1674757 72 MHA_1690|leuA MHA_1691|- Y(+)  
MHS24 1705600 1705693 94 MHA_1719|- MHA_1720|uspA Y(+)  
MHS25 1784761 1784848 88 MHA_1796|- MHA_1797|- Y(+)  
MHS26 1842730 1842833 104 MHA_1864|rpoZ MHA_1865|- Y(+)  
MHS27 1861740 1861815 76 MHA_1884|- MHA_1885|- Y(+)  
MHS28 1872042 1872162 121 MHA_1892|- MHA_1893|- Y(+)  
MHS29 1902920 1903001 82 MHA_1926|aroE MHA_1927|uvrD Y(+,-)  
MHS30 1977320 1977411 92 MHA_2021|- MHA_2022|- Y(+)  
MHS31 2054477 2054562 86 MHA_2099|ansB MHA_2100|- Y(+)  
MHS32 2087705 2087940 236 MHA_2131|- MHA_2132|- Y(+)  
MHS33 2135304 2135406 103 MHA_2171|mtlD MHA_2172|- Y(+) Haemophilus ducreyi strain 35000 HP
MHS34 2141830 2141953 124 MHA_2185|tolQ MHA_2186|tolR Y(+)  
MHS35 2233877 2234009 133 MHA_2261|hmbR2 MHA_2262|- Y(+)  
MHS36 2245148 2245226 79 MHA_2272|- MHA_2273|purM Y(+)  
MHS37 2333531 2333628 98 MHA_2360|- MHA_2361|gntK Y(+)  
MHS38 2438972 2439053 82 MHA_2487|nagB MHA_2488|nagA Y(+)  
MHS39 2623678 2623787 110 MHA_2696|dinJ MHA_2697|- Y(+)  
MHS40 2624952 2625021 70 MHA_2698|miaA MHA_2699|hfq Y(+)  
MHS41 2646708 2646793 86 MHA_2712|- MHA_2713|tpx Y(+)  
MHS42 2691938 2692007 70 MHA_2762|ansB MHA_2763|pyrG Y(+,-)  
MHS43 2703602 2703676 75 MHA_2776|- MHA_2777|trmU Y(+) Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 3 str. JL03
MHS44 2755982 2756108 127 MHA_2824|mgsA MHA_2825|thrC Y(+)  
  1. Identified potential sRNA, their locus, length (bp), flanking genes, predicted promoter and its strand specificity, top BLASTN hit (if any).