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Table 2 Experimental results

From: A linear-time algorithm for reconstructing zero-recombinant haplotype configuration on a pedigree

      

Number of individuals (n)

    

Number of loci ( m)

30

60

100

130

160

200

230

260

300

330

360

400

 

10

0.02

0.00

0.00

0.02

0.05

0.01

0.02

0.01

0.04

0.03

0.02

0.02

 

30

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

60

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

100

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

130

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

(a)

160

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

200

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

230

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

260

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

300

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

0.00

 

10

0.10

0.40

0.55

0.50

0.51

0.61

0.99

0.52

1.41

1.77

1.28

0.41

 

30

0.11

0.50

0.90

0.48

0.66

0.55

2.28

1.22

1.06

2.94

1.16

2.71

 

60

0.21

1.66

1.09

0.68

2.19

2.77

1.63

3.26

3.08

2.76

2.20

4.38

 

100

0.49

1.03

1.79

1.63

1.93

2.66

3.21

3.42

3.63

4.65

3.42

3.73

 

130

1.74

1.55

2.39

1.24

1.84

3.57

3.07

3.49

4.81

3.38

5.01

5.26

(b)

160

0.57

1.53

2.17

1.53

2.99

3.76

3.71

4.81

6.44

4.52

5.99

6.45

 

200

1.20

1.82

2.02

2.10

5.18

4.31

4.89

4.49

5.37

6.16

6.77

8.87

 

230

0.70

2.59

2.34

2.71

5.52

3.79

5.28

6.19

6.63

7.89

7.87

9.77

 

260

1.15

2.29

2.62

3.72

5.10

5.99

5.97

6.45

7.12

8.34

10.11

10.77

 

300

1.67

2.31

3.33

4.27

5.27

6.49

6.35

7.11

8.70

9.12

11.40

13.22

 

10

3.52

3.36

2.92

3.18

3.02

3.18

3.36

3.08

2.98

2.42

3.06

3.14

 

30

2.96

3.00

2.98

3.14

3.18

2.90

2.96

3.04

3.18

3.02

3.22

2.94

 

60

3.08

3.08

3.02

2.66

3.36

2.92

3.24

3.02

3.10

2.86

2.90

2.86

 

100

3.00

2.90

2.78

3.36

3.00

3.28

3.38

2.72

3.30

2.66

2.98

2.74

 

130

2.80

3.00

3.24

3.50

3.72

3.30

2.90

3.04

3.08

2.94

3.68

3.20

(c)

160

3.02

3.18

3.46

2.92

3.10

2.86

3.32

3.40

2.88

3.40

3.16

2.62

 

200

2.84

3.18

3.06

2.76

2.78

2.82

3.14

3.12

3.12

2.86

3.00

3.14

 

230

3.24

3.22

2.90

2.74

3.32

2.86

2.94

3.34

3.08

2.70

2.84

3.42

 

260

2.72

2.70

2.66

3.00

3.22

3.42

3.10

3.32

3.24

2.86

2.66

2.92

 

300

3.24

3.02

2.70

2.76

2.92

2.74

2.94

2.98

2.62

3.02

3.34

3.44

  1. (a) Average number of free variables. (b) Execution time (seconds) to generate solutions. Each entry in the table is the cumulative execution time of 100 replicates. (c) Average number of mating loops.