TY - JOUR AU - Desai, N. AU - Antonopoulos, D. AU - Gilbert, J. A. AU - Glass, E. M. AU - Meyer, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - From genomics to metagenomics JO - Curr Opin Biotechnol VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.copbio.2011.12.017 DO - 10.1016/j.copbio.2011.12.017 ID - Desai2012 ER - TY - JOUR AU - Johnson, D. S. AU - Mortazavi, A. AU - Myers, R. M. AU - Wold, B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome-wide mapping of in vivo protein-DNA interactions JO - Science (New York, N.Y.) VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1141319 DO - 10.1126/science.1141319 ID - Johnson2007 ER - TY - JOUR AU - Licatalosi, D. D. AU - Mele, A. AU - Fak, J. J. AU - Ule, J. AU - Kayikci, M. AU - Chi, S. W. AU - Clark, T. A. AU - Schweitzer, A. C. AU - Blume, J. E. AU - Wang, X. AU - Darnell, J. C. AU - Darnell, R. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - HITS-CLIP yields genome-wide insights into brain alternative RNA processing JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07488 DO - 10.1038/nature07488 ID - Licatalosi2008 ER - TY - JOUR AU - Davey, J. W. AU - Blaxter, M. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - RADSeq: next-generation population genetics JO - Briefings in Functional Genomics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1093/bfgp/elq031 DO - 10.1093/bfgp/elq031 ID - Davey2010 ER - TY - JOUR AU - Wooley, J. C. AU - Godzik, A. AU - Friedberg, I. PY - 2010 DA - 2010// TI - A Primer on Metagenomics JO - PLoS Comput Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000667 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000667 ID - Wooley2010 ER - TY - JOUR AU - Amann, R. I. AU - Ludwig, W. AU - Schleifer, K. H. PY - 1995 DA - 1995// TI - Phylogenetic identification and in situ detection of individual microbial cells without cultivation JO - Microbiol Rev VL - 59 ID - Amann1995 ER - TY - JOUR AU - Mende, D. R. AU - Waller, A. S. AU - Sunagawa, S. AU - Jäelin, A. I. AU - Chan, M. M. AU - Arumugam, M. AU - Raes, J. AU - Bork, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Assessment of Metagenomic Assembly Using Simulated Next Generation Sequencing Data JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0031386 DO - 10.1371/journal.pone.0031386 ID - Mende2012 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Leung, H. C. AU - Yiu, S. M. AU - Chin, F. Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - MetaCluster 4.0: a novel binning algorithm for NGS reads and huge number of species JO - J Comput Biol VL - 19 UR - https://doi.org/10.1089/cmb.2011.0276 DO - 10.1089/cmb.2011.0276 ID - Wang2012 ER - TY - CHAP AU - Markowitz, V. M. AU - Chen, I. M. AU - Chu, K. AU - Szeto, E. AU - Palaniappan, K. AU - Grechkin, Y. AU - Ratner, A. AU - Jacob, B. AU - Pati, A. AU - Huntemann, M. AU - Liolios, K. AU - Pagani, I. AU - Anderson, I. AU - Mavromatis, K. AU - Ivanova, N. N. AU - Kyrpides, N. C. PY - 2011 DA - 2011// TI - IMG/M: the integrated metagenome data management and comparative analysis system BT - Nucleic Acids Res ID - Markowitz2011 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Foerstner, K. U. AU - von Mering, C. AU - Hooper, S. D. AU - Bork, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - Environments shape the nucleotide composition of genomes JO - EMBO Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/sj.embor.7400538 DO - 10.1038/sj.embor.7400538 ID - Foerstner2005 ER - TY - JOUR AU - Raes, J. AU - Korbel, J. O. AU - Lercher, M. J. AU - von Mering, C. AU - Bork, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - Prediction of effective genome size in metagenomic samples JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-1-r10 DO - 10.1186/gb-2007-8-1-r10 ID - Raes2007 ER - TY - JOUR AU - Jaenicke, S. AU - Ander, C. AU - Bekel, T. AU - Bisdorf, R. AU - Droge, M. AU - Gartemann, K. H. AU - Junemann, S. AU - Kaiser, O. AU - Krause, L. AU - Tille, F. AU - Zakrzewski, M. AU - Puhler, A. AU - Schluter, A. AU - Goesmann, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparative and joint analysis of two metagenomic datasets from a biogas fermenter obtained by 454-pyrosequencing JO - PLoS ONE VL - 6 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0014519 DO - 10.1371/journal.pone.0014519 ID - Jaenicke2011 ER - TY - JOUR AU - Sommer, M. O. AU - Dantas, G. AU - Church, G. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Functional characterization of the antibiotic resistance reservoir in the human microflora JO - Science VL - 325 UR - https://doi.org/10.1126/science.1176950 DO - 10.1126/science.1176950 ID - Sommer2009 ER - TY - JOUR AU - Karsenti, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Towards an 'Oceans Systems Biology' JO - Molecular Systems Biology VL - 8 ID - Karsenti2012 ER - TY - JOUR AU - Bloom, B. H. PY - 1970 DA - 1970// TI - Space/time trade-offs in hash coding with allowable errors JO - Commun ACM VL - 13 UR - https://doi.org/10.1145/362686.362692 DO - 10.1145/362686.362692 ID - Bloom1970 ER - TY - JOUR AU - Pell, J. AU - Hintze, A. AU - Brown, T. AU - Canino-koning, R. AU - Howe, A. AU - Tiedje, J. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Scaling metagenome sequence assembly with probabilistic de Bruijn graphs JO - PNAS VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1121464109 DO - 10.1073/pnas.1121464109 ID - Pell2012 ER - TY - JOUR AU - Broder, A. AU - Mitzenmacher, M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Network applications of bloom filters: A survey JO - Internet Mathematics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1080/15427951.2004.10129096 DO - 10.1080/15427951.2004.10129096 ID - Broder2004 ER - TY - JOUR AU - Abouelhoda, M. I. AU - Kurtz, S. AU - Ohlebusch, E. PY - 2004 DA - 2004// TI - Replacing suffix trees with enhanced suffix arrays JO - Journal of Discrete Algorithms VL - 2 UR - https://doi.org/10.1016/S1570-8667(03)00065-0 DO - 10.1016/S1570-8667(03)00065-0 ID - Abouelhoda2004 ER - TY - CHAP AU - Vyverman, M. AU - De Baets, B. AU - Fack, V. AU - Dawyndt, P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Prospects and limitations of full-text index structures in genome analysis BT - Nucleic acids research ID - Vyverman2012 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Rusch, D. B. AU - Halpern, A. L. AU - Sutton, G. AU - Heidelberg, K. B. AU - Williamson, S. AU - Yooseph, S. AU - Wu, D. AU - Eisen, J. A. AU - Hoffman, J. M. AU - Remington, K. AU - Beeson, K. AU - Tran, B. AU - Smith, H. AU - Baden-Tillson, H. AU - Stewart, C. AU - Thorpe, J. AU - Freeman, J. AU - Andrews-Pfannkoch, C. AU - Venter, J. E. AU - Li, K. AU - Kravitz, S. AU - Heidelberg, J. F. AU - Utterback, T. AU - Rogers, Y. H. AU - Falcon, L. I. AU - Souza, V. AU - Bonilla-Rosso, G. AU - Eguiarte, L. E. AU - Karl, D. M. PY - 2007 DA - 2007// TI - The Sorcerer II Global Ocean Sampling expedition: northwest Atlantic through eastern tropical Pacific JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050077 DO - 10.1371/journal.pbio.0050077 ID - Rusch2007 ER -