TY - JOUR AU - Krzywinski, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Circos: an information aesthetic for comparative genomics JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.092759.109 DO - 10.1101/gr.092759.109 ID - Krzywinski2009 ER - TY - JOUR AU - Brodie, R. AU - Roper, R. L. AU - Upton, C. PY - 2004 DA - 2004// TI - JDotter: a Java interface to multiple dot plots generated by dotter JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg406 DO - 10.1093/bioinformatics/btg406 ID - Brodie2004 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Frazer, K. A. AU - Pachter, L. AU - Poliakov, A. AU - Rubin, E. M. AU - Dubchak, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - VISTA: computational tools for comparative genomics JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh458 DO - 10.1093/nar/gkh458 ID - Frazer2004 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Stein, L. D. AU - Mungall, C. AU - Shu, S. AU - Caudy, M. AU - Mangone, M. AU - Day, A. AU - Nickerson, E. AU - Stajich, J. E. AU - Harris, T. W. AU - Arva, A. AU - Lewis, S. PY - 2002 DA - 2002// TI - The generic genome browser: a building block for a model organism system database JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.403602 DO - 10.1101/gr.403602 ID - Stein2002 ER - TY - JOUR AU - Hubbard, T. AU - Barker, D. AU - Birney, E. AU - Cameron, G. AU - Chen, Y. AU - Clark, L. AU - Cox, T. AU - Cuff, J. AU - Curwen, V. AU - Down, T. AU - Durbin, R. AU - Eyras, E. AU - Gilbert, J. AU - Hammond, M. AU - Huminiecki, L. AU - Kasprzyk, A. AU - Lehvaslaiho, H. AU - Lijnzaad, P. AU - Melsopp, C. AU - Mongin, E. AU - Pettett, R. AU - Pocock, M. AU - Potter, S. AU - Rust, A. AU - Schmidt, E. AU - Searle, S. AU - Slater, G. AU - Smith, J. AU - Spooner, W. AU - Stabenau, A. AU - Stalker, J. AU - Stupka, E. AU - Ureta-Vidal, A. AU - Vastrik, I. AU - Clamp, M. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Ensembl genome database project JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.38 DO - 10.1093/nar/30.1.38 ID - Hubbard2002 ER - TY - CHAP AU - Dombrowski, S. M. AU - Maglott, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - Using the map viewer to explore genomes BT - The NCBI Handbook ID - Dombrowski2002 ER - TY - JOUR AU - Skinner, M. E. AU - Uzilov, A. V. AU - Stein, L. D. AU - Mungall, C. J. AU - Holmes, I. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - JBrowse: a next-generation genome browser JO - Genome Res VL - 19 UR - https://doi.org/10.1101/gr.094607.109 DO - 10.1101/gr.094607.109 ID - Skinner2009 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - Wang, J. AU - Didion, J. P. AU - Buus, R. J. AU - Bell, T. A. AU - Welsh, C. E. AU - Bonhomme, F. AU - Yu, A. H. AU - Nachman, M. W. AU - Pialek, J. AU - Tucker, P. AU - Boursot, P. AU - McMillan, L. AU - Churchill, G. A. AU - Villena, F. P. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Subspecific origin and haplotype diversity in the laboratory mouse JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.847 DO - 10.1038/ng.847 ID - Yang2011 ER - TY - JOUR AU - Yang, H. AU - Ding, Y. AU - Hutchins, L. N. AU - Szatkiewicz, J. AU - Bell, T. A. AU - Paigen, B. J. AU - Graber, J. H. AU - Villena, F. P. M. AU - Churchill, G. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - A customized and versatile high-density genotyping array for the mouse JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1359 DO - 10.1038/nmeth.1359 ID - Yang2009 ER - TY - JOUR AU - Hsu, F. AU - Kent, W. J. AU - Clawson, H. AU - Kuhn, R. M. AU - Diekhans, M. AU - Haussler, D. PY - 2006 DA - 2006// TI - The UCSC known genes JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl048 DO - 10.1093/bioinformatics/btl048 ID - Hsu2006 ER - TY - STD TI - Didion JP, Yang H, Sheppard K, Fu C, McMillan L, Villena FPM, Churchill GA: Discovery of novel variants in genotyping arrays significantly improves genotype retention and corrects ascertainment bias. BMC Genomics. ID - ref13 ER - TY - CHAP AU - Wang, J. AU - Moore, K. J. AU - Zhang, Q. AU - Villena, F. P. M. AU - Wang, W. AU - McMillan, L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genome-wide compatible SNP intervals and their properties BT - Proceedings of ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology ID - Wang2010 ER - TY - CHAP AU - Wang, J. R. AU - Villena, F. P. M. AU - Lawson, H. A. AU - Cheverud, J. M. AU - Churchill, G. A. AU - McMillan, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Imputation of SNPs in inbred mice using local phylogeny BT - Genetics ID - Wang2011 ER - TY - JOUR AU - Aylor, D. L. AU - Valdar, W. AU - Foulds-Mathes, W. AU - Buus, R. J. AU - Verdugo, R. A. AU - Baric, R. S. AU - Ferris, M. T. AU - Frelinger, J. A. AU - Heise, M. AU - Frieman, M. B. AU - Gralinski, L. E. AU - Bell, T. A. AU - Didion, J. D. AU - Hua, K. AU - Nehrenberg, D. L. AU - Powell, C. L. AU - Steigerwalt, J. AU - Xie, Y. AU - Kelada, S. N. P. AU - Collins, F. AU - Yang, I. V. AU - Schwartz, D. A. AU - Branstetter, L. A. AU - Chesler, E. J. AU - Miller, D. R. AU - Spence, J. AU - Liu, E. Y. AU - McMillan, L. AU - Sarkar, A. AU - Wang, J. AU - Wang, W. AU - Zhang, Q. AU - Broman, K. W. AU - Korstanje, R. AU - Durrant, C. AU - Mott, R. AU - Iraqi, F. A. AU - Pomp, D. AU - Threadgill, D. AU - Villena, F. P. M. AU - Churchill, G. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Genetic analysis of complex traits in the emerging Collaborative Cross JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.111310.110 DO - 10.1101/gr.111310.110 ID - Aylor2011 ER - TY - CHAP PY - 2011 DA - 2011// TI - The genome architecture of the Collaborative Cross mouse genetic reference population BT - Genetics ID - ref17 ER -