TY - JOUR AU - Mitelman, F. AU - Johansson, B. AU - Mertens, F. PY - 2007 DA - 2007// TI - The impact of translocations and gene fusions on cancer causation JO - Nat Rev Cancer VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nrc2091 DO - 10.1038/nrc2091 ID - Mitelman2007 ER - TY - JOUR AU - Tomlins, S. A. AU - Rhodes, D. R. AU - Perner, S. AU - Dhanasekaran, S. M. AU - Mehra, R. AU - Sun, X. W. AU - Varambally, S. AU - Cao, X. AU - Tchinda, J. AU - Kuefer, R. AU - Lee, C. AU - Montie, J. E. AU - Shah, R. B. AU - Pienta, K. J. AU - Rubin, M. A. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2005 DA - 2005// TI - Recurrent fusion of TMPRSS2 and ETS transcription factor genes in prostate cancer JO - Science VL - 310 UR - https://doi.org/10.1126/science.1117679 DO - 10.1126/science.1117679 ID - Tomlins2005 ER - TY - JOUR AU - Soda, M. AU - Choi, Y. L. AU - Enomoto, M. AU - Takada, S. AU - Yamashita, Y. AU - Ishikawa, S. AU - ichiro Fujiwara, S. AU - Watanabe, H. AU - Kurashina, K. AU - Hatanaka, H. AU - Bando, M. AU - Ohno, S. AU - Ishikawa, Y. AU - Aburatani, H. AU - Niki, T. AU - Sohara, Y. AU - Sugiyama, Y. AU - Mano, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Identification of the transforming EML4-ALK fusion gene in non-small-cell lung cancer JO - Nature VL - 448 UR - https://doi.org/10.1038/nature05945 DO - 10.1038/nature05945 ID - Soda2007 ER - TY - JOUR AU - Rowley, J. D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Chromosome translocations: dangerous liaisons revisited JO - Nat Rev Cancer VL - 1 UR - https://doi.org/10.1038/35106108 DO - 10.1038/35106108 ID - Rowley2001 ER - TY - JOUR AU - Maher, C. A. AU - Kumar-Sinha, C. AU - Cao, X. AU - Kalyana-Sundaram, S. AU - Han, B. AU - Jing, X. AU - Sam, L. AU - Barrette, T. AU - Palanisamy, N. AU - Chinnaiyan, A. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Transcriptome sequencing to detect gene fusions in cancer JO - Nature VL - 458 UR - https://doi.org/10.1038/nature07638 DO - 10.1038/nature07638 ID - Maher2009 ER - TY - JOUR AU - Iyer, M. K. AU - Chinnaiyan, A. M. AU - Maher, C. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - ChimeraScan: a tool for identifying chimeric transcription in sequencing data JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr467 DO - 10.1093/bioinformatics/btr467 ID - Iyer2011 ER - TY - JOUR AU - McPherson, A. AU - Hormozdiari, F. AU - Zayed, A. AU - Giuliany, R. AU - Ha, G. AU - Sun, M. G. F. AU - Griffith, M. AU - Moussavi, A. H. AU - Senz, J. AU - Melnyk, N. AU - Pacheco, M. AU - Marra, M. A. AU - Hirst, M. AU - Nielsen, T. O. AU - Sahinalp, S. C. AU - Huntsman, D. AU - Shah, S. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - deFuse: an algorithm for gene fusion discovery in tumor RNA-Seq data JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1001138 DO - 10.1371/journal.pcbi.1001138 ID - McPherson2011 ER - TY - JOUR AU - Ge, H. AU - Liu, K. AU - Juan, T. AU - Fang, F. AU - Newman, M. AU - Hoeck, W. PY - 2011 DA - 2011// TI - FusionMap: detecting fusion genes from next-generation sequencing data at base-pair resolution JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr310 DO - 10.1093/bioinformatics/btr310 ID - Ge2011 ER - TY - JOUR AU - Asmann, Y. W. AU - Hossain, A. AU - Necela, B. M. AU - Middha, S. AU - Kalari, K. R. AU - Sun, Z. AU - Chai, H. S. AU - Williamson, D. W. AU - Radisky, D. AU - Schroth, G. P. AU - Kocher, J. P. A. AU - Perez, E. A. AU - Thompson, E. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - A novel bioinformatics pipeline for identification and characterization of fusion transcripts in breast cancer and normal cell lines JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr362 DO - 10.1093/nar/gkr362 ID - Asmann2011 ER - TY - JOUR AU - Li, Y. AU - Chien, J. AU - Smith, D. I. AU - Ma, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - FusionHunter: identifying fusion transcripts in cancer using paired-end RNA-seq JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr265 DO - 10.1093/bioinformatics/btr265 ID - Li2011 ER - TY - STD TI - GenePred Table Format [http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9] [] UR - http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9 ID - ref11 ER - TY - STD TI - Gene Feature Format [http://www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/] [] UR - http://www.sanger.ac.uk/resources/software/gff/ ID - ref12 ER - TY - STD TI - Gene Transfer Format [http://mblab.wustl.edu/GTF22.html] [] UR - http://mblab.wustl.edu/GTF22.html ID - ref13 ER - TY - JOUR AU - Pearson, W. R. AU - Lipman, D. J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Improved tools for biological sequence comparison JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 85 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.85.8.2444 DO - 10.1073/pnas.85.8.2444 ID - Pearson1988 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. AU - Marth, G. AU - Abecasis, G. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Mortazavi, A. AU - Williams, B. A. AU - McCue, K. AU - Schaeffer, L. AU - Wold, B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Mapping and quantifying mammalian transcriptomes by RNA-Seq JO - Nat Methods VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1226 DO - 10.1038/nmeth.1226 ID - Mortazavi2008 ER - TY - JOUR AU - Pellestor, F. AU - Anahory, T. AU - Lefort, G. AU - Puechberty, J. AU - Liehr, T. AU - Hédon, B. AU - Sarda, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Complex chromosomal rearrangements: origin and meiotic behavior JO - Hum Reprod Update VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/humupd/dmr010 DO - 10.1093/humupd/dmr010 ID - Pellestor2011 ER - TY - JOUR AU - Kim, P. AU - Yoon, S. AU - Kim, N. AU - Lee, S. AU - Ko, M. AU - Lee, H. AU - Kang, H. AU - Kim, J. AU - Lee, S. PY - 2010 DA - 2010// TI - ChimerDB 2.0-a knowledgebase for fusion genes updated JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp982 DO - 10.1093/nar/gkp982 ID - Kim2010 ER - TY - JOUR AU - Cock, P. J. A. AU - Fields, C. J. AU - Goto, N. AU - Heuer, M. L. AU - Rice, P. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp1137 DO - 10.1093/nar/gkp1137 ID - Cock2010 ER - TY - JOUR AU - Huang, W. AU - Li, L. AU - Myers, J. R. AU - Marth, G. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - ART: a next-generation sequencing read simulator JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr708 DO - 10.1093/bioinformatics/btr708 ID - Huang2012 ER -