From: Centroid based clustering of high throughput sequencing reads based on n-mer counts
 | EM | k-means | L 2 | d 2 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Read length | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. | Recall | std. dev. |
2 clusters | ||||||||
30 | 0.734 | 0.134 | 0.733 | 0.139 | 0.734 | 0.141 | 0.734 | 0.139 |
50 | 0.761 | 0.141 | 0.757 | 0.144 | 0.758 | 0.145 | 0.757 | 0.144 |
75 | 0.780 | 0.145 | 0.775 | 0.148 | 0.775 | 0.148 | 0.775 | 0.148 |
100 | 0.793 | 0.148 | 0.789 | 0.150 | 0.789 | 0.150 | 0.789 | 0.150 |
150 | 0.811 | 0.152 | 0.808 | 0.154 | 0.808 | 0.154 | 0.808 | 0.153 |
200 | 0.827 | 0.153 | 0.822 | 0.155 | 0.823 | 0.155 | 0.823 | 0.155 |
250 | 0.839 | 0.153 | 0.835 | 0.156 | 0.835 | 0.155 | 0.836 | 0.155 |
300 | 0.850 | 0.153 | 0.846 | 0.155 | 0.846 | 0.155 | 0.847 | 0.155 |
400 | 0.867 | 0.152 | 0.865 | 0.155 | 0.865 | 0.154 | 0.865 | 0.154 |
3 clusters | ||||||||
30 | 0.569 | 0.109 | 0.582 | 0.111 | 0.587 | 0.113 | 0.577 | 0.113 |
50 | 0.601 | 0.124 | 0.608 | 0.128 | 0.608 | 0.127 | 0.601 | 0.127 |
75 | 0.628 | 0.135 | 0.632 | 0.141 | 0.629 | 0.138 | 0.625 | 0.138 |
100 | 0.646 | 0.142 | 0.649 | 0.148 | 0.646 | 0.144 | 0.643 | 0.145 |
150 | 0.674 | 0.153 | 0.675 | 0.158 | 0.673 | 0.155 | 0.671 | 0.156 |
200 | 0.696 | 0.160 | 0.696 | 0.166 | 0.693 | 0.162 | 0.692 | 0.163 |
250 | 0.714 | 0.166 | 0.714 | 0.171 | 0.712 | 0.168 | 0.711 | 0.169 |
300 | 0.730 | 0.171 | 0.731 | 0.175 | 0.729 | 0.172 | 0.728 | 0.173 |
400 | 0.756 | 0.177 | 0.757 | 0.180 | 0.755 | 0.178 | 0.755 | 0.179 |
4 clusters | ||||||||
30 | 0.465 | 0.117 | 0.495 | 0.097 | 0.518 | 0.098 | 0.497 | 0.098 |
50 | 0.529 | 0.112 | 0.543 | 0.114 | 0.553 | 0.116 | 0.541 | 0.116 |
75 | 0.556 | 0.124 | 0.569 | 0.127 | 0.580 | 0.130 | 0.570 | 0.130 |
100 | 0.575 | 0.131 | 0.584 | 0.135 | 0.599 | 0.140 | 0.591 | 0.139 |
150 | 0.602 | 0.145 | 0.607 | 0.148 | 0.625 | 0.151 | 0.619 | 0.151 |
200 | 0.623 | 0.153 | 0.626 | 0.158 | 0.644 | 0.159 | 0.640 | 0.159 |
250 | 0.642 | 0.161 | 0.642 | 0.166 | 0.659 | 0.164 | 0.657 | 0.165 |
300 | 0.658 | 0.168 | 0.657 | 0.173 | 0.672 | 0.169 | 0.670 | 0.170 |
400 | 0.687 | 0.178 | 0.687 | 0.183 | 0.695 | 0.179 | 0.693 | 0.179 |
5 clusters | ||||||||
30 | 0.411 | 0.105 | 0.410 | 0.094 | 0.416 | 0.092 | 0.405 | 0.093 |
50 | 0.454 | 0.126 | 0.481 | 0.120 | 0.509 | 0.125 | 0.493 | 0.127 |
75 | 0.492 | 0.121 | 0.506 | 0.123 | 0.516 | 0.127 | 0.504 | 0.127 |
100 | 0.516 | 0.130 | 0.526 | 0.132 | 0.528 | 0.132 | 0.520 | 0.132 |
150 | 0.550 | 0.144 | 0.557 | 0.147 | 0.560 | 0.146 | 0.553 | 0.146 |
200 | 0.573 | 0.155 | 0.581 | 0.158 | 0.584 | 0.157 | 0.578 | 0.158 |
250 | 0.595 | 0.164 | 0.603 | 0.167 | 0.605 | 0.166 | 0.601 | 0.167 |
300 | 0.613 | 0.171 | 0.622 | 0.174 | 0.625 | 0.173 | 0.620 | 0.173 |
400 | 0.644 | 0.182 | 0.652 | 0.185 | 0.656 | 0.184 | 0.653 | 0.185 |