TY - JOUR AU - Carpenter, A. E. AU - Jones, T. R. AU - Lamprecht, M. R. AU - Clarke, C. AU - Kang, I. H. AU - Friman, O. AU - Guertin, D. A. AU - Chang, J. H. AU - Lindquist, R. A. AU - Moffat, J. AU - Golland, P. AU - Sabatini, D. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Cell Profiler: image analysis software for identifying and quantifying cell phenotypes JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-10-r100 DO - 10.1186/gb-2006-7-10-r100 ID - Carpenter2006 ER - TY - JOUR AU - Pau, G. AU - Fuchs, F. AU - Sklyar, O. AU - Boutros, M. AU - Huber, W. PY - 2010 DA - 2010// TI - EBImage-an R package for image processing with applications to cellular phenotypes JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq046 DO - 10.1093/bioinformatics/btq046 ID - Pau2010 ER - TY - JOUR AU - Yuan, Y. AU - Failmezger, H. AU - Rueda, O. M. AU - Ali, H. R. AU - Graf, S. AU - Chin, S. F. AU - Schwarz, R. F. AU - Curtis, C. AU - Dunning, M. J. AU - Bardwell, H. AU - Johnson, N. AU - Doyle, S. AU - Turashvili, G. AU - Provenzano, E. AU - Aparicio, S. AU - Caldas, C. AU - Markowetz, F. PY - 2012 DA - 2012// TI - Quantitative image analysis of cellular heterogeneity in breast tumors complements genomic profiling JO - Sci Transl Med VL - 4 ID - Yuan2012 ER - TY - JOUR AU - Ramo, P. AU - Sacher, R. AU - Snijder, B. AU - Begemann, B. AU - Pelkmans, L. PY - 2009 DA - 2009// TI - Cell Classifier: supervised learning of cellular phenotypes JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp524 DO - 10.1093/bioinformatics/btp524 ID - Ramo2009 ER - TY - JOUR AU - Haralick, R. M. AU - Shanmugam, K. AU - Dinstein, I. PY - 1973 DA - 1973// TI - Textural features for image classification JO - IEEE Trans Syst Man Cybern VL - 3 UR - https://doi.org/10.1109/TSMC.1973.4309314 DO - 10.1109/TSMC.1973.4309314 ID - Haralick1973 ER - TY - JOUR AU - Prokop, R. J. AU - Reeves, A. P. PY - 1992 DA - 1992// TI - A survey of moment-based techniques for unoccluded object representation and recognition JO - CVGIP: Graphical Models and Image Processing VL - 54.5 ID - Prokop1992 ER - TY - CHAP AU - Walker, R. F. AU - Jackway, P. T. PY - 1996 DA - 1996// TI - Statistical geometric features-extensions for cytological texture analysis BT - Pattern Recognition, 1996, Proceedings of the 13th International Conference on ID - Walker1996 ER - TY - JOUR AU - Sacher, R. AU - Stergiou, L. AU - Pelkmans, L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Lessons from genetics: interpreting complex phenotypes in RNAi screens JO - Curr Opin Cell Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1016/j.ceb.2008.06.002 DO - 10.1016/j.ceb.2008.06.002 ID - Sacher2008 ER - TY - JOUR AU - Boutros, M. AU - Bras, L. P. AU - Huber, W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Analysis of cell-based RNAi screens JO - Genome Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2006-7-7-r66 DO - 10.1186/gb-2006-7-7-r66 ID - Boutros2006 ER - TY - JOUR AU - Fuchs, F. AU - Pau, G. AU - Kranz, D. AU - Sklyar, O. AU - Budjan, C. AU - Steinbrink, S. AU - Horn, T. AU - Pedal, A. AU - Huber, W. AU - Boutros, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Clustering phenotype populations by genome-wide RNAi and multiparametric imaging JO - Mol Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2010.25 DO - 10.1038/msb.2010.25 ID - Fuchs2010 ER - TY - JOUR AU - Harder, N. AU - Eils, R. AU - Rohr, K. PY - 2008 DA - 2008// TI - Automated classification of mitotic phenotypes of human cells using fluorescent proteins JO - Methods Cell Biol VL - 85 UR - https://doi.org/10.1016/S0091-679X(08)85023-6 DO - 10.1016/S0091-679X(08)85023-6 ID - Harder2008 ER - TY - JOUR AU - Neumann, B. AU - Held, M. AU - Liebel, U. AU - Erfle, H. AU - Rogers, P. AU - Pepperkok, R. AU - Ellenberg, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - High-throughput RNAi screening by time-lapse imaging of live human cells JO - Nat Methods VL - 3 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth876 DO - 10.1038/nmeth876 ID - Neumann2006 ER - TY - CHAP AU - Harder, N. AU - Mora-Bermudez, F. AU - Godinez, W. J. AU - Ellenberg, J. AU - Eils, R. AU - Rohr, K. PY - 2007 DA - 2007// TI - DETERMINATION OF MITOTIC DELAYS IN 3D FLUORESCENCE MICROSCOPY IMAGES OF HUMAN CELLS USING AN ERROR-CORRECTING FINITE STATE MACHINE BT - Biomedical Imaging: From Nano to Macro, 2007. ISBI 2007. 4th IEEE International Symposium on UR - https://doi.org/10.1109/ISBI.2007.357034 DO - 10.1109/ISBI.2007.357034 ID - Harder2007 ER - TY - JOUR AU - Held, M. AU - Schmitz, M. H. AU - Fischer, B. AU - Walter, T. AU - Neumann, B. AU - Olma, M. H. AU - Peter, M. AU - Ellenberg, J. AU - Gerlich, D. W. PY - 2010 DA - 2010// TI - Cell cognition: time-resolved phenotype annotation in high-throughput live cell imaging JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1486 DO - 10.1038/nmeth.1486 ID - Held2010 ER - TY - JOUR AU - Zhong, Q. AU - Busetto, A. G. AU - Fededa, J. P. AU - Buhmann, J. M. AU - Gerlich, D. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Unsupervised modeling of cell morphology dynamics for time-lapse microscopy JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2046 DO - 10.1038/nmeth.2046 ID - Zhong2012 ER - TY - JOUR AU - Neumann, B. AU - Walter, T. AU - Heriche, J. K. AU - Bulkescher, J. AU - Erfle, H. AU - Conrad, C. AU - Rogers, P. AU - Poser, I. AU - Held, M. AU - Liebel, U. AU - Cetin, C. AU - Sieckmann, F. AU - Pau, G. AU - Kabbe, R. AU - Wunsche, A. AU - Satagopam, V. AU - Schmitz, M. H. AU - Chapuis, C. AU - Gerlich, D. W. AU - Schneider, R. AU - Eils, R. AU - Huber, W. AU - Peters, J. M. AU - Hyman, A. A. AU - Durbin, R. AU - Pepperkok, R. AU - Ellenberg, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phenotypic profiling of the human genome by time-lapse microscopy reveals cell division genes JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08869 DO - 10.1038/nature08869 ID - Neumann2010 ER - TY - JOUR AU - Bakal, C. AU - Aach, J. AU - Church, G. AU - Perrimon, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantitative morphological signatures define local signaling networks regulating cell morphology JO - Science (New York, N.Y.) VL - 316 UR - https://doi.org/10.1126/science.1140324 DO - 10.1126/science.1140324 ID - Bakal2007 ER - TY - JOUR AU - Chen, X. AU - Zhou, X. AU - Wong, S. T. PY - 2006 DA - 2006// TI - Automated segmentation, classification, and tracking of cancer cell nuclei in time-lapse microscopy JO - IEEE Trans Biomed Eng VL - 53 UR - https://doi.org/10.1109/TBME.2006.870201 DO - 10.1109/TBME.2006.870201 ID - Chen2006 ER - TY - JOUR AU - Lee, K. S. AU - Oh, D. Y. AU - Kang, Y. H. AU - Park, J. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Self-regulated mechanism of Plk1 localization to kinetochores: lessons from the Plk1-PBIP1 interaction JO - Cell Div VL - 3 UR - https://doi.org/10.1186/1747-1028-3-4 DO - 10.1186/1747-1028-3-4 ID - Lee2008 ER - TY - JOUR AU - Kashina, A. S. AU - Baskin, R. J. AU - Cole, D. G. AU - Wedaman, K. P. AU - Saxton, W. M. AU - Scholey, J. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - A bipolar kinesin JO - Nature VL - 379 UR - https://doi.org/10.1038/379270a0 DO - 10.1038/379270a0 ID - Kashina1996 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene ontology: tool for the unification of biology. The Gene Ontology Consortium JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Taylor, A. K. AU - Klisak, I. AU - Mohandas, T. AU - Sparkes, R. S. AU - Li, C. AU - Gaynor, R. AU - Lusis, A. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Assignment of the human gene for CREB1 to chromosome 2q32.3-q34 JO - Genomics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1016/0888-7543(90)90176-U DO - 10.1016/0888-7543(90)90176-U ID - Taylor1990 ER - TY - JOUR AU - Solomin, L. AU - Johansson, C. B. AU - Zetterstrom, R. H. AU - Bissonnette, R. P. AU - Heyman, R. A. AU - Olson, L. AU - Lendahl, U. AU - Frisen, J. AU - Perlmann, T. PY - 1998 DA - 1998// TI - Retinoid-X receptor signalling in the developing spinal cord JO - Nature VL - 395 UR - https://doi.org/10.1038/26515 DO - 10.1038/26515 ID - Solomin1998 ER - TY - JOUR AU - McNamara, P. AU - Seo, S. AU - Rudic, R. D. AU - Sehgal, A. AU - Chakravarti, D. AU - FitzGerald, G. A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Regulation of CLOCK and MOP4 by nuclear hormone receptors in the Vasculature JO - Cell VL - 105 UR - https://doi.org/10.1016/S0092-8674(01)00401-9 DO - 10.1016/S0092-8674(01)00401-9 ID - McNamara2001 ER - TY - JOUR AU - Jenne, D. E. AU - Reimann, H. AU - Nezu, J. AU - Friedel, W. AU - Loff, S. AU - Jeschke, R. AU - Müller, O. AU - Back, W. AU - Zimmer, M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Peutz-Jeghers syndrome is caused by mutations in a novel serine threonine kinase JO - Nat Genet VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/ng0198-38 DO - 10.1038/ng0198-38 ID - Jenne1998 ER - TY - JOUR AU - Hezel, A. F. AU - Bardeesy, N. PY - 2008 DA - 2008// TI - LKB1; linking cell structure and tumor suppression JO - Oncogene VL - 27 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2008.342 DO - 10.1038/onc.2008.342 ID - Hezel2008 ER - TY - JOUR AU - Komiya, T. AU - Coxon, A. AU - Park, Y. AU - Chen, W. -. D. AU - Zajac-Kaye, M. AU - Meltzer, P. AU - Karpova, T. AU - Kaye, F. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Enhanced activity of the CREB co-activator Crtc1 in LKB1 null lung cancer JO - Oncogene VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2009.453 DO - 10.1038/onc.2009.453 ID - Komiya2010 ER - TY - JOUR AU - Gu, Y. AU - Lin, S. AU - Li, J. -. L. AU - Nakagawa, H. AU - Chen, Z. AU - Jin, B. AU - Tian, L. AU - Ucar, D. A. AU - Shen, H. AU - Lu, J. AU - Hochwald, S. N. AU - Kaye, F. J. AU - Wu, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Altered LKB1/CREB-regulated transcription co-activator (CRTC) signaling axis promotes esophageal cancer cell migration and invasion JO - Oncogene VL - 31 UR - https://doi.org/10.1038/onc.2011.247 DO - 10.1038/onc.2011.247 ID - Gu2012 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. AU - Sato, Y. AU - Furumichi, M. AU - Tanabe, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr988 DO - 10.1093/nar/gkr988 ID - Kanehisa2012 ER - TY - JOUR AU - Wall, S. J. AU - Zhong, Z. -. D. AU - DeClerck, Y. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The cyclin-dependent kinase inhibitors p15INK4B and p21CIP1 are critical regulators of fibrillar collagen-induced tumor cell cycle arrest JO - J Biol Chem VL - 282 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M702697200 DO - 10.1074/jbc.M702697200 ID - Wall2007 ER - TY - JOUR AU - Herbig, U. AU - Jobling, W. A. AU - Chen, B. P. C. AU - Chen, D. J. AU - Sedivy, J. M. PY - 2004 DA - 2004// TI - Telomere shortening triggers senescence of human cells through a pathway involving ATM, p53, and p21(CIP1), but not p16(INK4a) JO - Mol Cell VL - 14 UR - https://doi.org/10.1016/S1097-2765(04)00256-4 DO - 10.1016/S1097-2765(04)00256-4 ID - Herbig2004 ER - TY - JOUR AU - Kamentsky, L. AU - Jones, T. R. AU - Fraser, A. AU - Bray, M. A. AU - Logan, D. J. AU - Madden, K. L. AU - Ljosa, V. AU - Rueden, C. AU - Eliceiri, K. W. AU - Carpenter, A. E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Improved structure, function and compatibility for Cell Profiler: modular high-throughput image analysis software JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr095 DO - 10.1093/bioinformatics/btr095 ID - Kamentsky2011 ER - TY - JOUR AU - Otsu, N. PY - 1979 DA - 1979// TI - A threshold selection method from gray-level histograms JO - Systems, Man and Cybernetics, IEEE Transactions VL - 9 UR - https://doi.org/10.1109/TSMC.1979.4310076 DO - 10.1109/TSMC.1979.4310076 ID - Otsu1979 ER - TY - JOUR AU - Malpica, N. AU - De Solorzano, C. O. AU - Vaquero, J. J. AU - Santos, A. AU - Vallcorba, I. AU - Garcia-Sagredo, J. M. AU - Del Pozo, F. PY - 1997 DA - 1997// TI - Applying watershed algorithms to the segmentation of clustered nuclei JO - Cytometry VL - 28 UR - https://doi.org/3.0.CO;2-7 DO - 3.0.CO;2-7 ID - Malpica1997 ER - TY - JOUR AU - Rabiner, L. R. PY - 1989 DA - 1989// TI - A tutorial on hidden Markov models and selected applications in speech recognition JO - Proceedings of the IEEE on VL - 77 UR - https://doi.org/10.1109/5.18626 DO - 10.1109/5.18626 ID - Rabiner1989 ER - TY - JOUR AU - Baum, L. E. AU - Petrie, T. AU - Soules, G. AU - Weiss, N. PY - 1970 DA - 1970// TI - A maximization technique occurring in the statistical analysis of probabilistic functions of Markov chains JO - Ann Math Stat VL - 41 UR - https://doi.org/10.1214/aoms/1177697196 DO - 10.1214/aoms/1177697196 ID - Baum1970 ER - TY - JOUR AU - Viterbi, A. J. PY - 1967 DA - 1967// TI - Error bounds for convolutional codes and an asymptotically optimum decoding algorithm JO - Information Theory, IEEE Transactions on VL - 13 UR - https://doi.org/10.1109/TIT.1967.1054010 DO - 10.1109/TIT.1967.1054010 ID - Viterbi1967 ER - TY - BOOK AU - Bishop, C. M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Pattern Recognition and Machine Learning (Information Science and Statistics) ID - Bishop2006 ER - TY - JOUR AU - Eden, E. AU - Navon, R. AU - Steinfeld, I. AU - Lipson, D. AU - Yakhini, Z. PY - 2009 DA - 2009// TI - GOrilla: a tool for discovery and visualization of enriched GO terms in ranked gene lists JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-48 DO - 10.1186/1471-2105-10-48 ID - Eden2009 ER -