TY - JOUR AU - Saier, M. H. AU - Yen, M. R. AU - Noto, K. AU - Tamang, D. G. AU - Elkan, C. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Transporter Classification Database: recent advances JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn862 DO - 10.1093/nar/gkn862 ID - Saier2009 ER - TY - JOUR AU - Ren, Q. AU - Chen, K. AU - Paulsen, I. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - TransportDB: a comprehensive database resource for cytoplasmic membrane transport systems and outer membrane channels JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl925 DO - 10.1093/nar/gkl925 ID - Ren2007 ER - TY - JOUR AU - Cherry, J. M. AU - Hong, E. L. AU - Amundsen, C. AU - Balakrishnan, R. AU - Binkley, G. AU - Chan, E. T. AU - Christie, K. R. AU - Costanzo, M. C. AU - Dwight, S. S. AU - Engel, S. R. AU - Fisk, D. G. AU - Hirschman, J. E. AU - Hitz, B. C. AU - Karra, K. AU - Krieger, C. J. AU - Miyasato, S. R. AU - Nash, R. S. AU - Park, J. AU - Skrzypek, M. S. AU - Simison, M. AU - Weng, S. AU - Wong, E. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - Saccharomyces Genome Database: the genomics resource of budding yeast JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1029 DO - 10.1093/nar/gkr1029 ID - Cherry2012 ER - TY - JOUR AU - Schwacke, R. AU - Schneider, A. AU - Van Der Graaff, E. AU - Fischer, K. AU - Catoni, E. AU - Desimone, M. AU - Frommer, W. B. AU - Flugge, U. I. AU - Kunze, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - ARAMEMNON, a Novel Database for Arabidopsis Integral Membrane Proteins JO - Plant Physiol VL - 131 UR - https://doi.org/10.1104/pp.011577 DO - 10.1104/pp.011577 ID - Schwacke2003 ER - TY - JOUR AU - Busch, W. AU - Saier, M. H. PY - 2002 DA - 2002// TI - The Transporter Classification (TC) System JO - Crit Rev Biochem Mol Biol VL - 37 UR - https://doi.org/10.1080/10409230290771528 DO - 10.1080/10409230290771528 ID - Busch2002 ER - TY - JOUR AU - Schaadt, N. S. AU - Christoph, J. AU - Helms, V. PY - 2010 DA - 2010// TI - Classifying Substrate Specificities of Membrane Transporters from Arabidopsis thaliana JO - J Chem Inf Model VL - 50 UR - https://doi.org/10.1021/ci100243m DO - 10.1021/ci100243m ID - Schaadt2010 ER - TY - JOUR AU - Schaadt, N. S. AU - Helms, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Functional classification of membrane transporters and channels based on filtered TM/non-TM amino acid composition JO - Biopolymers VL - 97 UR - https://doi.org/10.1002/bip.22043 DO - 10.1002/bip.22043 ID - Schaadt2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Dai, X. AU - Zhao, X. PY - 2008 DA - 2008// TI - A nearest neighbor approach for automated transporter prediction and categorization from protein sequences JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn099 DO - 10.1093/bioinformatics/btn099 ID - Li2008 ER - TY - JOUR AU - Haiquan, L. AU - Benedito, V. A. AU - Udvardi, M. K. AU - Zhao, P. X. PY - 2009 DA - 2009// TI - TransportTP: A two-phase classification approach for membrane transporter prediction and characterization JO - BMC Bioinformatics VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-10-418 DO - 10.1186/1471-2105-10-418 ID - Haiquan2009 ER - TY - JOUR AU - Yabuki, Y. AU - Gromiha, M. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - Functional discrimination of membrane proteins using machine learning techniques JO - BMC Bioinformatics VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-135 DO - 10.1186/1471-2105-9-135 ID - Yabuki2008 ER - TY - JOUR AU - Punta, M. AU - Coggill, P. C. AU - Eberhardt, R. Y. AU - Mistry, J. AU - Tate, J. AU - Boursnell, C. AU - Pang, N. AU - Forslund, K. AU - Ceric, G. AU - Clements, J. AU - Heger, A. AU - Holm, L. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. AU - Finn, R. D. PY - 2012 DA - 2012// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1065 DO - 10.1093/nar/gkr1065 ID - Punta2012 ER - TY - JOUR AU - Chang, A. B. AU - Lin, R. AU - Keith Studley, W. AU - Tran, C. V. AU - Saier, M. H. PY - 2004 DA - 2004// TI - Phylogeny as a guide to structure and function of membrane transport proteins JO - Mol Membr Biol VL - 21 UR - https://doi.org/10.1080/09687680410001720830 DO - 10.1080/09687680410001720830 ID - Chang2004 ER - TY - JOUR AU - Chen, F. AU - Mackey, A. J. AU - Vermunt, J. K. AU - Roos, D. S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Assessing Performance of Orthology Detection Strategies Applied to Eukaryotic Genomes JO - PLoS ONE VL - 2 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0000383 DO - 10.1371/journal.pone.0000383 ID - Chen2007 ER - TY - JOUR AU - Remm, M. AU - Storm, C. E. V. AU - Sonnhammer, E. L. PY - 2001 DA - 2001// TI - Automatic Clustering of Orthologs and In-paralogs from Pairwise Species Comparisons JO - J Mol Biol VL - 314 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.2000.5197 DO - 10.1006/jmbi.2000.5197 ID - Remm2001 ER - TY - JOUR PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of the genome sequence of the fowering plant Arabidopsis thaliana JO - Nature VL - 408 UR - https://doi.org/10.1038/35048692 DO - 10.1038/35048692 ID - ref15 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Sean, R. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - A new generation of homology search tools based on probabilistic inference JO - Genome Inform VL - 23 ID - Sean2009 ER - TY - JOUR AU - Elkan, C. AU - Bailey, T. L. PY - 1994 DA - 1994// TI - Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers JO - Proc Int Conf Intell Syst Mol Bio VL - 2 ID - Elkan1994 ER - TY - JOUR AU - Frith, M. C. AU - Hamada, M. AU - Horton, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Parameters for accurate genome alignment JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-80 DO - 10.1186/1471-2105-11-80 ID - Frith2010 ER - TY - JOUR AU - Ashkenazi, S. AU - Snir, R. AU - Ofran, Y. PY - 2012 DA - 2012// TI - Assessing the Relationship between Conservation of Function and Conservation of Sequence Using Photosynthetic Proteins JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts608 DO - 10.1093/bioinformatics/bts608 ID - Ashkenazi2012 ER - TY - JOUR AU - Tian, W. AU - Skolnick, J. PY - 2003 DA - 2003// TI - How well is enzyme function conserved as a function of pairwise sequence identity? JO - J Mol Biol VL - 333 UR - https://doi.org/10.1016/j.jmb.2003.08.057 DO - 10.1016/j.jmb.2003.08.057 ID - Tian2003 ER - TY - JOUR AU - Eide, D. J. PY - 1998 DA - 1998// TI - The molecular biology of metal ion transport in Saccharomyces Cerevisiae JO - Annu Rev Nutr VL - 18 UR - https://doi.org/10.1146/annurev.nutr.18.1.441 DO - 10.1146/annurev.nutr.18.1.441 ID - Eide1998 ER - TY - JOUR AU - Peterson, C. W. AU - Narula, S. S. AU - Armitage, I. M. PY - 1996 DA - 1996// TI - 3D solution structure of copper and silver-substituted yeast metallothioneins JO - FEBS Lett VL - 379 UR - https://doi.org/10.1016/0014-5793(95)01492-6 DO - 10.1016/0014-5793(95)01492-6 ID - Peterson1996 ER - TY - JOUR AU - Williamson, L. C. AU - Ribrioux, S. P. C. P. AU - Fitter, A. H. AU - Leyser, H. M. O. PY - 2001 DA - 2001// TI - Phosphate availability regulates root system architecture in Arabidopsis JO - Plant Physiol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1104/pp.126.2.875 DO - 10.1104/pp.126.2.875 ID - Williamson2001 ER - TY - JOUR AU - Schachtman, D. P. AU - Reid, R. J. AU - Ayling, S. M. PY - 1998 DA - 1998// TI - Phosphorus Uptake by Plants: From Soil to Cell JO - Plant Physiol VL - 116 UR - https://doi.org/10.1104/pp.116.2.447 DO - 10.1104/pp.116.2.447 ID - Schachtman1998 ER - TY - JOUR AU - Shin, H. AU - Shin, H. -. S. AU - Dewbre, G. R. AU - Harrison, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Phosphate transport in Arabidopsis: Pht1;1 and Pht1;4 play a major role in phosphate acquisition from both low- and high-phosphate environments JO - Plant Journal VL - 39 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-313X.2004.02161.x DO - 10.1111/j.1365-313X.2004.02161.x ID - Shin2004 ER - TY - JOUR AU - Williams, L. E. AU - Lemoine, R. AU - Sauer, N. PY - 2000 DA - 2000// TI - Sugar transporters in higher plants-a diversity of roles and complex regulation JO - Trends Plant Sci VL - 5 UR - https://doi.org/10.1016/S1360-1385(00)01681-2 DO - 10.1016/S1360-1385(00)01681-2 ID - Williams2000 ER - TY - JOUR AU - Gribskov, M. AU - Bailey, T. L. PY - 1998 DA - 1998// TI - Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches JO - Bioinformatics VL - 14 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/14.1.48 DO - 10.1093/bioinformatics/14.1.48 ID - Gribskov1998 ER - TY - JOUR AU - Marsico, A. AU - Scheubert, K. AU - Tuukkanen, A. AU - Henschel, A. AU - Winter, C. AU - Winnenburg, R. AU - Schroeder, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - MeMotif: a database of linear motifs in α-helical transmembrane proteins JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp1042 DO - 10.1093/nar/gkp1042 ID - Marsico2009 ER - TY - JOUR AU - Frith, M. C. AU - Saunders, N. F. W. AU - Kobe, B. AU - Bailey, T. L. PY - 2008 DA - 2008// TI - Discovering Sequence Motifs with Arbitrary Insertions and Deletions JO - PLoS Comput Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1000071 DO - 10.1371/journal.pcbi.1000071 ID - Frith2008 ER - TY - JOUR AU - Khafizov, K. AU - Staritzbichler, R. AU - Mar, S. AU - Forrest, L. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - A Study of the Evolution of Inverted-Topology Repeats from LeuT-Fold Transporters Using AlignMe JO - Biochemistry VL - 49 UR - https://doi.org/10.1021/bi101256x DO - 10.1021/bi101256x ID - Khafizov2010 ER - TY - JOUR AU - Paulsen, I. T. AU - Sliwinski, M. K. AU - Saier, M. H. PY - 1998 DA - 1998// TI - Microbial genome analyses: global comparisons of transport capabilities based on phylogenies, bioenergetics and substrate specificities JO - J Mol Biol VL - 277 UR - https://doi.org/10.1006/jmbi.1998.1609 DO - 10.1006/jmbi.1998.1609 ID - Paulsen1998 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Mistry, J. AU - Tate, J. AU - Coggill, P. AU - Heger, A. AU - Pollington, J. E. AU - Gavin, O. L. AU - Gunesekaran, P. AU - Ceric, G. AU - Forslund, K. AU - Holm, L. AU - Sonnhammer, E. L. AU - Eddy, S. R. AU - Bateman, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm960 DO - 10.1093/nar/gkm960 ID - Finn2010 ER - TY - JOUR AU - Gaulton, A. AU - Bellis, L. J. AU - Bento, A. P. AU - Chambers, J. AU - Davies, M. AU - Hersey, A. AU - Light, Y. AU - McGlinchey, S. AU - Michalovich, D. AU - Al-Lazikani, B. AU - Overington, J. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - ChEMBL: a large-scale bioactivity database for drug discovery JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr777 DO - 10.1093/nar/gkr777 ID - Gaulton2011 ER - TY - JOUR PY - 2013 DA - 2013// TI - The UniProt. Update on activities at the Universal Protein Resource (UniProt) in 2013 JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks1068 DO - 10.1093/nar/gks1068 ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Pearson, W. R. AU - Lipma, D. J. PY - 1988 DA - 1988// TI - Improved tools for biological sequence comparison JO - Proc Natl Acad Sci VL - 85 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.85.8.2444 DO - 10.1073/pnas.85.8.2444 ID - Pearson1988 ER -