TY - STD TI - The New Science of Metagenomics: Revealing the Secrets of Our Microbial Planet. Washington (DC); 2007. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK54006 UR - http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK54006 ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Cox, M. P. AU - Peterson, D. A. AU - Biggs, P. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - SolexaQA: At-a-glance quality assessment of Illumina second-generation sequencing data JO - BMC Bioinforma VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-485 DO - 10.1186/1471-2105-11-485 ID - Cox2010 ER - TY - JOUR AU - Schmieder, R. AU - Edwards, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Quality control and preprocessing of metagenomic datasets JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr026 DO - 10.1093/bioinformatics/btr026 ID - Schmieder2011 ER - TY - JOUR AU - Altschul, S. F. AU - Gish, W. AU - Miller, W. AU - Myers, E. W. AU - Lipman, D. J. PY - 1990 DA - 1990// TI - Basic local alignment search tool JO - J Mol Biol VL - 215 UR - https://doi.org/10.1016/S0022-2836(05)80360-2 DO - 10.1016/S0022-2836(05)80360-2 ID - Altschul1990 ER - TY - JOUR AU - Eddy, S. R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accelerated Profile HMM Searches JO - PLoS Comput Biol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002195 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002195 ID - Eddy2011 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Homer, N. PY - 2010 DA - 2010// TI - A survey of sequence alignment algorithms for next-generation sequencing JO - Brief Bioinform VL - 11 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbq015 DO - 10.1093/bib/bbq015 ID - Li2010 ER - TY - JOUR AU - Seshadri, R. AU - Kravitz, S. A. AU - Smarr, L. AU - Gilna, P. AU - Frazier, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - CAMERA: a community resource for metagenomics JO - PLoS Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pbio.0050075 DO - 10.1371/journal.pbio.0050075 ID - Seshadri2007 ER - TY - JOUR AU - Markowitz, V. M. AU - Ivanova, N. N. AU - Szeto, E. AU - Palaniappan, K. AU - Chu, K. AU - Dalevi, D. AU - Chen, I. M. AU - Grechkin, Y. AU - Dubchak, I. AU - Anderson, I. PY - 2008 DA - 2008// TI - IMG/M: a data management and analysis system for metagenomes JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm869 DO - 10.1093/nar/gkm869 ID - Markowitz2008 ER - TY - JOUR AU - Meyer, F. AU - Paarmann, D. AU - D’Souza, M. AU - Olson, R. AU - Glass, E. M. AU - Kubal, M. AU - Paczian, T. AU - Rodriguez, A. AU - Stevens, R. AU - Wilke, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - The metagenomics RAST server - a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes JO - BMC Bioinforma VL - 9 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-386 DO - 10.1186/1471-2105-9-386 ID - Meyer2008 ER - TY - JOUR AU - Yilmaz, P. AU - Kottmann, R. AU - Field, D. AU - Knight, R. AU - Cole, J. R. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Gilbert, J. A. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Johnston, A. AU - Cochrane, G. PY - 2011 DA - 2011// TI - Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications JO - Nat Biotechnol VL - 29 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1823 DO - 10.1038/nbt.1823 ID - Yilmaz2011 ER - TY - JOUR AU - Yilmaz, P. AU - Gilbert, J. A. AU - Knight, R. AU - Amaral-Zettler, L. AU - Karsch-Mizrachi, I. AU - Cochrane, G. AU - Nakamura, Y. AU - Sansone, S. A. AU - Glockner, F. O. AU - Field, D. PY - 2011 DA - 2011// TI - The genomic standards consortium: bringing standards to life for microbial ecology JO - ISME J VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/ismej.2011.39 DO - 10.1038/ismej.2011.39 ID - Yilmaz2011 ER - TY - JOUR AU - Huson, D. H. AU - Auch, A. F. AU - Qi, J. AU - Schuster, S. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - MEGAN analysis of metagenomic data JO - Genome Res VL - 17 UR - https://doi.org/10.1101/gr.5969107 DO - 10.1101/gr.5969107 ID - Huson2007 ER - TY - JOUR AU - Arumugam, M. AU - Harrington, E. D. AU - Foerstner, K. U. AU - Raes, J. AU - Bork, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - SmashCommunity: a metagenomic annotation and analysis tool JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq536 DO - 10.1093/bioinformatics/btq536 ID - Arumugam2010 ER - TY - JOUR AU - Parks, D. H. AU - Beiko, R. G. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identifying biologically relevant differences between metagenomic communities JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq041 DO - 10.1093/bioinformatics/btq041 ID - Parks2010 ER - TY - JOUR AU - Kembel, S. W. AU - Cowan, P. D. AU - Helmus, M. R. AU - Cornwell, W. K. AU - Morlon, H. AU - Ackerly, D. D. AU - Blomberg, S. P. AU - Webb, C. O. PY - 2010 DA - 2010// TI - Picante: R tools for integrating phylogenies and ecology JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq166 DO - 10.1093/bioinformatics/btq166 ID - Kembel2010 ER - TY - JOUR AU - Dixon, P. PY - 2003 DA - 2003// TI - VEGAN, a package of R functions for community ecology JO - J Veg Sci VL - 14 UR - https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2003.tb02228.x DO - 10.1111/j.1654-1103.2003.tb02228.x ID - Dixon2003 ER - TY - JOUR AU - Caporaso, J. G. AU - Kuczynski, J. AU - Stombaugh, J. AU - Bittinger, K. AU - Bushman, F. D. AU - Costello, E. K. AU - Fierer, N. AU - Pena, A. G. AU - Goodrich, J. K. AU - Gordon, J. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - QIIME allows analysis of high-throughput community sequencing data JO - Nat Methods VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.f.303 DO - 10.1038/nmeth.f.303 ID - Caporaso2010 ER - TY - JOUR AU - Schloss, P. D. AU - Westcott, S. L. AU - Ryabin, T. AU - Hall, J. R. AU - Hartmann, M. AU - Hollister, E. B. AU - Lesniewski, R. A. AU - Oakley, B. B. AU - Parks, D. H. AU - Robinson, C. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities JO - Appl Environ Microbiol VL - 75 UR - https://doi.org/10.1128/AEM.01541-09 DO - 10.1128/AEM.01541-09 ID - Schloss2009 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. AU - Goto, S. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Tatusov, R. L. AU - Galperin, M. Y. AU - Natale, D. A. AU - Koonin, E. V. PY - 2000 DA - 2000// TI - The COG database: a tool for genome-scale analysis of protein functions and evolution JO - Nucleic Acids Res VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.33 DO - 10.1093/nar/28.1.33 ID - Tatusov2000 ER - TY - JOUR AU - Finn, R. D. AU - Mistry, J. AU - Tate, J. AU - Coggill, P. AU - Heger, A. AU - Pollington, J. E. AU - Gavin, O. L. AU - Gunasekaran, P. AU - Ceric, G. AU - Forslund, K. PY - 2010 DA - 2010// TI - The Pfam protein families database JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp985 DO - 10.1093/nar/gkp985 ID - Finn2010 ER - TY - JOUR AU - Haft, D. H. AU - Selengut, J. D. AU - White, O. PY - 2003 DA - 2003// TI - The TIGRFAMs database of protein families JO - Nucleic Acids Res VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg128 DO - 10.1093/nar/gkg128 ID - Haft2003 ER - TY - JOUR AU - Qin, J. AU - Li, R. AU - Raes, J. AU - Arumugam, M. AU - Burgdorf, K. S. AU - Manichanh, C. AU - Nielsen, T. AU - Pons, N. AU - Levenez, F. AU - Yamada, T. PY - 2010 DA - 2010// TI - A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08821 DO - 10.1038/nature08821 ID - Qin2010 ER - TY - JOUR AU - Ley, R. E. AU - Backhed, F. AU - Turnbaugh, P. AU - Lozupone, C. A. AU - Knight, R. D. AU - Gordon, J. I. PY - 2005 DA - 2005// TI - Obesity alters gut microbial ecology JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0504978102 DO - 10.1073/pnas.0504978102 ID - Ley2005 ER - TY - JOUR AU - Schwiertz, A. AU - Taras, D. AU - Schafer, K. AU - Beijer, S. AU - Bos, N. A. AU - Donus, C. AU - Hardt, P. D. PY - 2010 DA - 2010// TI - Microbiota and SCFA in lean and overweight healthy subjects JO - Obesity (Silver Spring) VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/oby.2009.167 DO - 10.1038/oby.2009.167 ID - Schwiertz2010 ER - TY - JOUR AU - Duncan, S. H. AU - Lobley, G. E. AU - Holtrop, G. AU - Ince, J. AU - Johnstone, A. M. AU - Louis, P. AU - Flint, H. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Human colonic microbiota associated with diet, obesity and weight loss JO - Int J Obes (Lond) VL - 32 UR - https://doi.org/10.1038/ijo.2008.155 DO - 10.1038/ijo.2008.155 ID - Duncan2008 ER - TY - JOUR AU - Sokol, H. AU - Pigneur, B. AU - Watterlot, L. AU - Lakhdari, O. AU - Bermudez-Humaran, L. G. AU - Gratadoux, J. J. AU - Blugeon, S. AU - Bridonneau, C. AU - Furet, J. P. AU - Corthier, G. PY - 2008 DA - 2008// TI - Faecalibacterium prausnitzii is an anti-inflammatory commensal bacterium identified by gut microbiota analysis of Crohn disease patients JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 105 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0804812105 DO - 10.1073/pnas.0804812105 ID - Sokol2008 ER -