TY - BOOK AU - Cannataro, M. a. r. i. o. AU - Guzzi, P. i. e. t. r. o. H. i. r. a. m. PY - 2011 DA - 2011// TI - Data Management of Protein Interaction Networks PB - Sons CY - IEEE Computer Society UR - https://doi.org/10.1002/9781118103746 DO - 10.1002/9781118103746 ID - Cannataro2011 ER - TY - JOUR AU - Cannataro, M. a. r. i. o. AU - Guzzi, P. i. e. t. r. o. H. i. r. a. m. AU - Veltri, P. i. e. r. a. n. g. e. l. o. PY - 2010 DA - 2010// TI - Protein-to-protein interactions: Technologies, databases, and algorithms JO - ACM Comput Surv VL - 43 UR - https://doi.org/10.1145/1824795.1824796 DO - 10.1145/1824795.1824796 ID - Cannataro2010 ER - TY - JOUR AU - Ciriello, G. i. o. v. a. n. n. i. AU - Mina, M. a. r. c. o. AU - Guzzi, P. i. e. t. r. o. H. AU - Cannataro, M. a. r. i. o. AU - Guerra, C. o. n. c. e. t. t. i. n. a. PY - 2012 DA - 2012// TI - Alignnemo: a local network alignment method to integrate homology and topology JO - PLoS ONE VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0038107 DO - 10.1371/journal.pone.0038107 ID - Ciriello2012 ER - TY - JOUR AU - Herman, I. AU - Melancon, G. AU - Marshall, M. S. PY - 2000 DA - 2000// TI - Graph visualization and navigation in information visualization: a survey JO - Visualization and Computer Graphics, IEEE Transactions on VL - 6 UR - https://doi.org/10.1109/2945.841119 DO - 10.1109/2945.841119 ID - Herman2000 ER - TY - CHAP AU - Michailidis, G. e. o. r. g. e. PY - 2008 DA - 2008// TI - Data visualization through their graph representations BT - Handbook of Data Visualization PB - Springer Handbooks Comp.Statistics CY - Springer Berlin Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-3-540-33037-0_5 DO - 10.1007/978-3-540-33037-0_5 ID - Michailidis2008 ER - TY - JOUR AU - Cerami, E. t. h. a. n. AU - Bader, G. a. r. y. AU - Gross, B. e. n. j. a. m. i. n. AU - Sander, C. h. r. i. s. PY - 2006 DA - 2006// TI - cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-497 DO - 10.1186/1471-2105-7-497 ID - Cerami2006 ER - TY - JOUR AU - Pavlopoulos, G. e. o. r. g. i. o. s. AU - Wegener, A. n. n. a. L. AU - Schneider, R. e. i. n. h. a. r. d. PY - 2008 DA - 2008// TI - A survey of visualization tools for biological network analysis JO - BioData Mining VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0381-1-12 DO - 10.1186/1756-0381-1-12 ID - Pavlopoulos2008 ER - TY - JOUR AU - Suderman, M. a. t. t. h. e. w. AU - Hallett, M. i. c. h. a. e. l. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tools for visually exploring biological networks JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm401 DO - 10.1093/bioinformatics/btm401 ID - Suderman2007 ER - TY - JOUR AU - Kauffman PY - 1969 DA - 1969// TI - Metabolic stability and epigenesis in randomly constructed genetic nets JO - Journal of Theoretical Biology VL - 22 UR - https://doi.org/10.1016/0022-5193(69)90015-0 DO - 10.1016/0022-5193(69)90015-0 ID - Kauffman1969 ER - TY - JOUR AU - Tsay, J. J. AU - Wu, B. L. AU - Jeng, Y. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - Hierarchically organized layout for visualization of biochemical pathways JO - Artif Intell Med VL - 48 UR - https://doi.org/10.1016/j.artmed.2009.06.002 DO - 10.1016/j.artmed.2009.06.002 ID - Tsay2010 ER - TY - JOUR AU - Sugiyama, K. o. z. o. AU - Tagawa, S. h. o. j. i. r. o. AU - Toda, M. i. t. s. u. h. i. k. o. PY - 1981 DA - 1981// TI - Methods for visual understanding of hierarchical system structures JO - Systems, Man and Cybernetics, IEEE Transactions on VL - 11 UR - https://doi.org/10.1109/TSMC.1981.4308636 DO - 10.1109/TSMC.1981.4308636 ID - Sugiyama1981 ER - TY - JOUR AU - Becker, M. o. r. i. t. z. Y. AU - Rojas, I. s. a. b. e. l. PY - 2001 DA - 2001// TI - A graph layout algorithm for drawing metabolic pathways JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.5.461 DO - 10.1093/bioinformatics/17.5.461 ID - Becker2001 ER - TY - JOUR AU - Fruchterman, T. h. o. m. a. s. M. J. AU - Reingold, E. d. w. a. r. d. M. PY - 1991 DA - 1991// TI - Graph drawing by force-directed placement JO - Softw Pract Exper VL - 21 UR - https://doi.org/10.1002/spe.4380211102 DO - 10.1002/spe.4380211102 ID - Fruchterman1991 ER - TY - JOUR AU - Eades, P. e. t. e. r. PY - 1984 DA - 1984// TI - A heuristic for graph drawing JO - Congressus Numerantium VL - 42 ID - Eades1984 ER - TY - JOUR AU - Jeong, E. AU - Kojima, K. AU - Nagasaki, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - An efficient grid layout algorithm for biological networks utilizing various biological attributes JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-76 DO - 10.1186/1471-2105-8-76 ID - Jeong2007 ER - TY - JOUR AU - Kamada, T. AU - Kawai, S. PY - 1989 DA - 1989// TI - An algorithm for drawing general undirected graphs JO - Inf Process Lett VL - 31 UR - https://doi.org/10.1016/0020-0190(89)90102-6 DO - 10.1016/0020-0190(89)90102-6 ID - Kamada1989 ER - TY - JOUR AU - Tilford, J. o. h. n. S. AU - Reingold, E. d. w. a. r. d. M. PY - 1981 DA - 1981// TI - Tidier drawing of trees JO - IEEE Transaction on software engineering VL - SE-7 UR - https://doi.org/10.1109/TSE.1981.234519 DO - 10.1109/TSE.1981.234519 ID - Tilford1981 ER - TY - JOUR AU - Zhang, S. h. i. h. u. a. AU - Ning, X. u. e. -. M. e. i. AU - Ding, C. h. r. i. s. AU - Zhang, X. i. a. n. g. -. S. u. n. PY - 2010 DA - 2010// TI - Determining modular organization of protein interaction networks by maximizing modularity density JO - BMC Systems Biology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-4-S2-S10 DO - 10.1186/1752-0509-4-S2-S10 ID - Zhang2010 ER - TY - CHAP AU - Clemencon, S. t. e. p. h. a. n. AU - De Arazoza, H. e. c. t. o. r. AU - Rossi, F. a. b. r. i. c. e. AU - Tran, V. i. e. t. -. C. h. i. PY - 2011 DA - 2011// TI - Hierarchical clustering for graph visualization BT - Proceedings of XVIIIth European Symposium on Artificial Neural Networks (ESANN 2011) PB - Bruges CY - Belgique ID - Clemencon2011 ER - TY - CHAP AU - Ware, C. o. l. i. n. AU - Franck, G. l. e. n. n. AU - Parkhi, M. o. n. i. c. a. AU - Dudley, T. i. m. PY - 1997 DA - 1997// TI - Layout for visualizing large software structures in 3d BT - Proceedings of VISUAL '97 ID - Ware1997 ER - TY - JOUR AU - Li, W. e. i. j. i. a. n. g. AU - Kurata, H. i. r. o. y. u. k. i. PY - 2005 DA - 2005// TI - A grid layout algorithm for automatic drawing of biochemical networks JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti290 DO - 10.1093/bioinformatics/bti290 ID - Li2005 ER - TY - JOUR AU - Cannataro, M. a. r. i. o. AU - Guzzi, P. i. e. t. r. o. H. i. r. a. m. AU - Mazza, T. o. m. m. a. s. o. AU - Tradigo, G. i. u. s. e. p. p. e. AU - Veltri, P. i. e. r. a. n. g. e. l. o. PY - 2007 DA - 2007// TI - Using ontologies for preprocessing and mining spectra data on the grid JO - Future Generation Comp Syst VL - 23 UR - https://doi.org/10.1016/j.future.2006.04.011 DO - 10.1016/j.future.2006.04.011 ID - Cannataro2007 ER - TY - CHAP AU - Bender, M. i. c. h. a. e. l. AU - Demaine, E. r. i. k. AU - Farach-Colton, M. a. r. t. i. n. PY - 2002 DA - 2002// BT - Efficient tree layout in a multilevel memory hierarchy ID - Bender2002 ER - TY - JOUR AU - Pavlopoulos, G. e. o. r. g. i. o. s. AU - O'Donoghue, S. e. a. n. AU - Satagopam, V. e. n. k. a. t. a. AU - Soldatos, T. h. e. o. d. o. r. o. s. AU - Pafilis, E. v. a. n. g. e. l. o. s. AU - Schneider, R. e. i. n. h. a. r. d. PY - 2008 DA - 2008// TI - Arena3D: visualization of biological networks in 3D JO - BMC Systems Biology VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1752-0509-2-104 DO - 10.1186/1752-0509-2-104 ID - Pavlopoulos2008 ER - TY - JOUR AU - Neumann, B. e. a. t. e. AU - Walter, T. h. o. m. a. s. AU - Hériché, J. e. a. n. -. K. a. r. i. m. K. AU - Bulkescher, J. u. t. t. a. AU - Erfle, H. o. l. g. e. r. AU - Conrad, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Rogers, P. h. i. l. l. AU - Poser, I. n. a. AU - Held, M. i. c. h. a. e. l. AU - Liebel, U. r. b. a. n. AU - Cetin, C. i. h. a. n. AU - Sieckmann, F. r. a. n. k. AU - Pau, G. r. e. g. o. i. r. e. AU - Kabbe, R. o. l. f. AU - Wünsche, A. n. n. e. l. i. e. AU - Satagopam, V. e. n. k. a. t. a. AU - Schmitz, M. i. c. h. a. e. l. H. AU - Chapuis, C. a. t. h. e. r. i. n. e. AU - Gerlich, D. a. n. i. e. l. W. AU - Schneider, R. e. i. n. h. a. r. d. AU - Eils, R. o. l. a. n. d. AU - Huber, W. o. l. f. g. a. n. g. AU - Peters, J. a. n. -. M. i. c. h. a. e. l. M. AU - Hyman, A. n. t. h. o. n. y. A. AU - Durbin, R. i. c. h. a. r. d. AU - Pepperkok, R. a. i. n. e. r. AU - Ellenberg, J. a. n. PY - 2010 DA - 2010// TI - Phenotypic profiling of the human genome by time-lapse microscopy reveals cell division genes JO - Nature VL - 464 UR - https://doi.org/10.1038/nature08869 DO - 10.1038/nature08869 ID - Neumann2010 ER - TY - JOUR AU - Mering, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Huynen, M. a. r. t. i. j. n. AU - Jaeggi, D. a. n. i. e. l. AU - Schmidt, S. t. e. f. f. e. n. AU - Bork, P. e. e. r. AU - Snel, B. e. r. e. n. d. PY - 2003 DA - 2003// TI - STRING: a database of predicted functional associations between proteins JO - Nucleic Acids Research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg034 DO - 10.1093/nar/gkg034 ID - Mering2003 ER - TY - JOUR AU - Hamosh, A. AU - Scott, A. F. AU - Amberger, J. S. AU - Bocchini, C. A. AU - McKusick, V. A. PY - 2005 DA - 2005// TI - Online mendelian inheritance in man (OMIM), a knowledgebase of human genes and genetic disorders JO - Nucleic acids research VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki033 DO - 10.1093/nar/gki033 ID - Hamosh2005 ER - TY - JOUR AU - Berman, H. e. l. e. n. M. AU - Westbrook, J. o. h. n. AU - Feng, Z. u. k. a. n. g. AU - Gilliland, G. a. r. y. AU - Bhat, T. N. AU - Weissig, H. e. l. g. e. AU - Shindyalov, I. l. y. a. N. AU - Bourne, P. h. i. l. i. p. E. PY - 2000 DA - 2000// TI - The protein data bank JO - Nucleic Acids Research VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.235 DO - 10.1093/nar/28.1.235 ID - Berman2000 ER - TY - JOUR PY - 2004 DA - 2004// TI - The gene ontology (GO) database and informatics resource JO - Nucleic Acids Research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh036 DO - 10.1093/nar/gkh036 ID - ref29 ER - TY - JOUR AU - Berger, S. e. t. h. I. AU - Iyengar, R. a. v. i. AU - Ma'ayan, A. v. i. PY - 2007 DA - 2007// TI - AVIS: AJAX viewer of interactive signaling networks JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm444 DO - 10.1093/bioinformatics/btm444 ID - Berger2007 ER - TY - JOUR AU - Apweiler, R. AU - Bairoch, A. AU - Wu, C. H. AU - Barker, W. C. AU - Boeckmann, B. AU - Ferro, S. AU - Gasteiger, E. AU - Huang, H. AU - Lopez, R. AU - Magrane, M. AU - Martin, M. J. AU - Natale, D. A. AU - O'Donovan, C. AU - Redaschi, N. AU - Yeh, L. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - UniProt: the universal protein knowledgebase JO - Nucleic acids research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh131 DO - 10.1093/nar/gkh131 ID - Apweiler2004 ER - TY - JOUR AU - Theocharidis, A. t. h. a. n. a. s. i. o. s. AU - van Dongen, S. t. j. i. n. AU - Enright, A. n. t. o. n. J. AU - Freeman, T. o. m. C. PY - 2009 DA - 2009// TI - Network visualization and analysis of gene expression data using BioLayout Express(3D) JO - Nature protocols VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2009.177 DO - 10.1038/nprot.2009.177 ID - Theocharidis2009 ER - TY - JOUR AU - Smoot, M. i. c. h. a. e. l. E. AU - Ono, K. e. i. i. c. h. i. r. o. AU - Ruscheinski, J. o. h. a. n. n. e. s. AU - Wang, P. e. n. g. -. L. i. a. n. g. AU - Ideker, T. r. e. y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cytoscape 2.8: new features for data integration and network visualization JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq675 DO - 10.1093/bioinformatics/btq675 ID - Smoot2011 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. a. u. l. AU - Markiel, A. n. d. r. e. w. AU - Ozier, O. w. e. n. AU - Baliga, N. i. t. i. n. S. AU - Wang, J. o. n. a. t. h. a. n. T. AU - Ramage, D. a. n. i. e. l. AU - Amin, N. a. d. a. AU - Schwikowski, B. e. n. n. o. AU - Ideker, T. r. e. y. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: A software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Research VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Smoot, M. i. c. h. a. e. l. E. AU - Ono, K. e. i. i. c. h. i. r. o. AU - Ruscheinski, J. o. h. a. n. n. e. s. AU - Wang, P. e. n. g. -. L. i. a. n. g. AU - Ideker, T. r. e. y. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cytoscape 2.8: New features for data integration and network visualization JO - Bioinformatics VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq675 DO - 10.1093/bioinformatics/btq675 ID - Smoot2011 ER - TY - STD TI - Guzzi PH, Cannataro M: Cyto-sevis: semantic similarity-based visualisation of protein interaction networks. EMBnet.journal. 2012, 18 (A): ID - ref36 ER - TY - JOUR AU - Hermjakob, H. e. n. n. i. n. g. AU - Montecchi-Palazzi, L. u. i. s. a. AU - Lewington, C. h. r. i. s. AU - Mudali, S. u. g. a. t. h. AU - Kerrien, S. a. m. u. e. l. AU - Orchard, S. a. n. d. r. a. AU - Vingron, M. a. r. t. i. n. AU - Roechert, B. e. r. n. d. AU - Roepstorff, P. e. t. e. r. AU - Valencia, A. l. f. o. n. s. o. AU - Margalit, H. a. n. a. h. AU - Armstrong, J. o. h. n. AU - Bairoch, A. m. o. s. AU - Cesareni, G. i. a. n. n. i. AU - Sherman, D. a. v. i. d. AU - Apweiler, R. o. l. f. PY - 2004 DA - 2004// TI - IntAct: an open source molecular interaction database JO - Nucleic acids research VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh052 DO - 10.1093/nar/gkh052 ID - Hermjakob2004 ER - TY - JOUR AU - Geer, L. e. w. i. s. Y. AU - Marchler-Bauer, A. r. o. n. AU - Geer, R. e. n. a. t. a. C. AU - Han, L. i. a. n. y. i. AU - He, J. a. n. e. AU - He, S. i. q. i. a. n. AU - Liu, C. h. u. n. l. e. i. AU - Shi, W. e. n. y. a. o. AU - Bryant, S. t. e. p. h. e. n. H. PY - 2010 DA - 2010// TI - The NCBI BioSystems database JO - Nucleic acids research VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp858 DO - 10.1093/nar/gkp858 ID - Geer2010 ER - TY - JOUR AU - Haider, S. y. e. d. AU - Ballester, B. e. n. o. i. t. AU - Smedley, D. a. m. i. a. n. AU - Zhang, J. u. n. j. u. n. AU - Rice, P. e. t. e. r. AU - Kasprzyk, A. r. e. k. PY - 2009 DA - 2009// TI - Biomart central portal unified access to biological data JO - Nucleic Acids Research VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp265 DO - 10.1093/nar/gkp265 ID - Haider2009 ER - TY - JOUR AU - Hooper, S. e. a. n. D. AU - Bork, P. e. e. r. PY - 2005 DA - 2005// TI - Medusa: a simple tool for interaction graph analysis JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti696 DO - 10.1093/bioinformatics/bti696 ID - Hooper2005 ER - TY - JOUR AU - Kuhn, M. i. c. h. a. e. l. AU - von Mering, C. h. r. i. s. t. i. a. n. AU - Campillos, M. o. n. i. c. a. AU - Jensen, L. a. r. s. J. u. h. l. J. AU - Bork, P. e. e. r. PY - 2008 DA - 2008// TI - STITCH: interaction networks of chemicals and proteins JO - Nucleic acids research VL - 36 ID - Kuhn2008 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. e. v. i. n. R. AU - Otasek, D. a. v. i. d. AU - Ali, M. u. h. a. m. m. a. d. AU - McGuffin, M. i. c. h. a. e. l. J. AU - Xie, W. i. n. g. AU - Devani, B. a. i. j. u. AU - van Toch, I. a. n. L. a. w. s. o. n. AU - Igor, J. u. r. i. s. i. c. a. PY - 2009 DA - 2009// TI - Navigator: network analysis, visualization and graphing toronto JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp595 DO - 10.1093/bioinformatics/btp595 ID - Brown2009 ER - TY - CHAP AU - Gajer, P. a. w. e. l. AU - Goodrich, M. i. c. h. a. e. l. T. AU - Kobourov, S. t. e. p. h. e. n. G. PY - 2001 DA - 2001// BT - A multi-dimensional approach to force-directed layouts of large graphs ID - Gajer2001 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. e. v. i. n. R. AU - Jurisica, I. g. o. r. PY - 2007 DA - 2007// TI - Unequal evolutionary conservation of human protein interactions in interologous networks JO - Genome biology VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-5-r95 DO - 10.1186/gb-2007-8-5-r95 ID - Brown2007 ER - TY - JOUR AU - Van Dongen, S. t. i. j. n. PY - 2008 DA - 2008// TI - Graph clustering via a discrete uncoupling process JO - SIAM Journal on Matrix Analysis and Applications VL - 30 UR - https://doi.org/10.1137/040608635 DO - 10.1137/040608635 ID - Van Dongen2008 ER - TY - JOUR AU - King, A. D. AU - Pržulj, N. AU - Jurisica, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - Protein complex prediction via cost-based clustering JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth351 DO - 10.1093/bioinformatics/bth351 ID - King2004 ER - TY - JOUR AU - Brown, K. e. v. i. n. R. AU - Jurisica, I. g. o. r. PY - 2005 DA - 2005// TI - Online predicted human interaction database JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti273 DO - 10.1093/bioinformatics/bti273 ID - Brown2005 ER - TY - JOUR AU - Kohler, J. a. c. o. b. AU - Baumbach, J. a. n. AU - Taubert, J. a. n. AU - Specht, M. i. c. h. a. e. l. AU - Skusa, A. n. d. r. e. AU - Ruegg, A. l. e. x. a. n. d. e. r. AU - Rawlings, C. h. r. i. s. AU - Verrier, P. a. u. l. AU - Philippi, S. t. e. p. h. a. n. PY - 2006 DA - 2006// TI - Graph-based analysis and visualization of experimental results with ondex JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl081 DO - 10.1093/bioinformatics/btl081 ID - Kohler2006 ER - TY - JOUR AU - Matys, V. AU - Fricke, E. AU - Geffers, R. AU - Gössling, E. AU - Haubrock, M. AU - Hehl, R. AU - Hornischer, K. AU - Karas, D. AU - Kel, A. E. AU - Kel-Margoulis, O. V. AU - Kloos, D. -. U. U. AU - Land, S. AU - Lewicki-Potapov, B. AU - Michael, H. AU - Münch, R. AU - Reuter, I. AU - Rotert, S. AU - Saxel, H. AU - Scheer, M. AU - Thiele, S. AU - Wingender, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - TRANSFAC: transcriptional regulation, from patterns to profiles JO - Nucleic acids research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg108 DO - 10.1093/nar/gkg108 ID - Matys2003 ER - TY - JOUR AU - Krull, M. AU - Voss, N. AU - Choi, C. AU - Pistor, S. AU - Potapov, A. AU - Wingender, E. PY - 2003 DA - 2003// TI - TRANSPATH: an integrated database on signal transduction and a tool for array analysis JO - Nucleic acids research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg089 DO - 10.1093/nar/gkg089 ID - Krull2003 ER - TY - JOUR AU - Degtyarenko, K. i. r. i. l. l. AU - de Matos, P. a. u. l. a. AU - Ennis, M. a. r. c. u. s. AU - Hastings, J. a. n. n. a. AU - Zbinden, M. a. r. t. i. n. AU - McNaught, A. l. a. n. AU - Alcántara, R. a. f. a. e. l. AU - Darsow, M. i. c. h. a. e. l. AU - Guedj, M. i. c. k. a. ë. l. AU - Ashburner, M. i. c. h. a. e. l. PY - 2008 DA - 2008// TI - ChEBI: a database and ontology for chemical entities of biological interest JO - Nucleic Acids Research VL - 36 ID - Degtyarenko2008 ER - TY - JOUR AU - Kanehisa, M. i. n. o. r. u. AU - Goto, S. u. s. u. m. u. PY - 2000 DA - 2000// TI - KEGG: Kyoto encyclopedia of genes and genomes JO - Nucleic Acids Research VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/nar/28.1.27 DO - 10.1093/nar/28.1.27 ID - Kanehisa2000 ER - TY - JOUR AU - Gasteiger, E. l. i. s. a. b. e. t. h. AU - Gattiker, A. l. e. x. a. n. d. r. e. AU - Hoogland, C. h. r. i. s. t. i. n. e. AU - Ivanyi, I. v. a. n. AU - Appel, R. o. n. D. AU - Bairoch, A. m. o. s. PY - 2003 DA - 2003// TI - ExPASy: the proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis JO - Nucleic acids research VL - 31 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkg563 DO - 10.1093/nar/gkg563 ID - Gasteiger2003 ER - TY - JOUR AU - Riano-Pachon, D. i. e. g. o. M. AU - Ruzicic, S. l. o. b. o. d. a. n. AU - Dreyer, I. n. g. o. AU - Mueller-Roeber, B. e. r. n. d. PY - 2007 DA - 2007// TI - PlnTFDB: an integrative plant transcription factor database JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-42 DO - 10.1186/1471-2105-8-42 ID - Riano-Pachon2007 ER - TY - JOUR AU - Karp, P. e. t. e. r. D. AU - Ouzounis, C. h. r. i. s. t. o. s. A. AU - Moore-Kochlacs, C. a. r. o. l. i. n. e. AU - Goldovsky, L. e. o. n. AU - Kaipa, P. a. l. l. a. v. i. AU - Ahrén, D. a. g. AU - Tsoka, S. o. p. h. i. a. AU - Darzentas, N. i. k. o. s. AU - Kunin, V. i. c. t. o. r. AU - López-Bigas, N. ú. r. i. a. PY - 2005 DA - 2005// TI - Expansion of the BioCyc collection of pathway/genome databases to 160 genomes JO - Nucleic Acids Research VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki892 DO - 10.1093/nar/gki892 ID - Karp2005 ER - TY - JOUR AU - Breitkreutz, B. o. b. b. y. -. J. o. e. AU - Stark, C. h. r. i. s. AU - Tyers, M. i. k. e. PY - 2003 DA - 2003// TI - Osprey: a network visualization system JO - Genome Biology VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-3-r22 DO - 10.1186/gb-2003-4-3-r22 ID - Breitkreutz2003 ER - TY - JOUR AU - Breitkreutz, B. o. b. b. y. -. J. o. e. J. AU - Stark, C. h. r. i. s. AU - Tyers, M. i. k. e. PY - 2003 DA - 2003// TI - The GRID: the general repository for interaction datasets JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-3-r23 DO - 10.1186/gb-2003-4-3-r23 ID - Breitkreutz2003 ER - TY - CHAP AU - Batagelj, V. l. a. d. i. m. i. r. AU - Mrvar, A. n. d. r. e. j. ED - Michael, J. u. n. g. e. r. ED - Petra, M. u. t. z. e. l. ED - Gerald, F. a. r. i. n. ED - Hans-Christian, H. e. g. e. ED - David, H. o. f. f. m. a. n. ED - Christopher R., J. o. h. n. s. o. n. ED - Konrad, P. o. l. t. h. i. e. r. PY - 2004 DA - 2004// TI - Pajek, analysis and visualization of large networks BT - Graph Drawing Software PB - Mathematics and Visualization CY - Springer Berlin Heidelberg UR - https://doi.org/10.1007/978-3-642-18638-7_4 DO - 10.1007/978-3-642-18638-7_4 ID - Batagelj2004 ER - TY - JOUR AU - Orlev, N. i. r. AU - Shamir, R. o. n. AU - Shiloh, Y. o. s. e. f. PY - 2004 DA - 2004// TI - Pivot: protein interacions visualization tool JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg426 DO - 10.1093/bioinformatics/btg426 ID - Orlev2004 ER - TY - JOUR AU - Iragne, F. l. o. r. i. a. n. AU - Nikolski, M. a. c. h. a. AU - Mathieu, B. e. r. t. r. a. n. d. AU - Auber, D. a. v. i. d. AU - Sherman, D. a. v. i. d. PY - 2005 DA - 2005// TI - Proviz: protein interaction visualization and exploration JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth494 DO - 10.1093/bioinformatics/bth494 ID - Iragne2005 ER - TY - CHAP AU - Wills, G. r. a. h. a. m. J. PY - 1997 DA - 1997// BT - Nicheworks interactive visualization of very large graphs ID - Wills1997 ER - TY - JOUR AU - Garcia, O. l. i. v. i. e. r. AU - Saveanu, C. o. s. m. i. n. AU - Cline, M. e. l. i. s. s. a. AU - Fromont-Racine, M. i. c. h. e. l. i. n. e. AU - Jacquier, A. l. a. i. n. AU - Schwikowski, B. e. n. n. o. AU - Aittokallio, T. e. r. o. PY - 2007 DA - 2007// TI - Golorize: a cytoscape plug-in for network visualization with gene ontology-based layout and coloring JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl605 DO - 10.1093/bioinformatics/btl605 ID - Garcia2007 ER - TY - JOUR AU - Maere, S. t. e. v. e. n. AU - Heymans, K. a. r. e. l. AU - Kuiper, M. a. r. t. i. n. PY - 2005 DA - 2005// TI - Bingo: a cytoscape plugin to assess overrepresentation of gene ontology categories in biological networks JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti551 DO - 10.1093/bioinformatics/bti551 ID - Maere2005 ER - TY - JOUR AU - Guzzi, P. i. e. t. r. o. H. AU - Mina, M. a. r. c. o. AU - Guerra, C. o. n. c. e. t. t. i. n. a. AU - Cannataro, M. a. r. i. o. PY - 2012 DA - 2012// TI - Semantic similarity analysis of protein data: assessment with biological features and issues JO - Briefings in Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1093/bib/bbr066 DO - 10.1093/bib/bbr066 ID - Guzzi2012 ER -