TY - CHAP AU - Ben-Dor, A. AU - Chor, B. AU - Karp, R. AU - Yakhini, Z. PY - 2002 DA - 2002// TI - Discovering local structure in gene expression data: the order-preserving submatrix problem BT - RECOMB PB - ACM CY - New York ID - Ben-Dor2002 ER - TY - JOUR AU - Madeira, S. C. AU - Oliveira, A. L. PY - 2004 DA - 2004// TI - Biclustering algorithms for biological data analysis: a survey JO - IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinformatics VL - 1 UR - https://doi.org/10.1109/TCBB.2004.2 DO - 10.1109/TCBB.2004.2 ID - Madeira2004 ER - TY - JOUR AU - Hochreiter, S. AU - Bodenhofer, U. AU - Heusel, M. AU - Mayr, A. AU - Mitterecker, A. AU - Kasim, A. AU - Khamiakova, T. AU - Van Sanden, S. AU - Lin, D. AU - Talloen, W. AU - Bijnens, L. AU - Göhlmann, H. W. H. AU - Shkedy, Z. AU - Clevert, D. A. PY - 2010 DA - 2010// TI - FABIA: factor analysis for bicluster acquisition JO - Bioinformatics VL - 26 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btq227 DO - 10.1093/bioinformatics/btq227 ID - Hochreiter2010 ER - TY - JOUR AU - Bebek, G. AU - Yang, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - PathFinder: mining signal transduction pathway segments from protein-protein interaction networks JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-335 DO - 10.1186/1471-2105-8-335 ID - Bebek2007 ER - TY - CHAP AU - Ding, C. AU - Zhang, Y. AU - Li, T. AU - Holbrook, S. R. PY - 2006 DA - 2006// TI - Biclustering protein complex interactions with a biclique finding algorithm BT - ICDM PB - IEEE Computer Society CY - Washington, DC ID - Ding2006 ER - TY - JOUR AU - Choi, H. AU - Kim, S. AU - Gingras, A. C. AU - Nesvizhskii, A. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - Analysis of protein complexes through model-based biclustering of label-free quantitative AP-MS data JO - Mol Syst Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/msb.2010.41 DO - 10.1038/msb.2010.41 ID - Choi2010 ER - TY - CHAP AU - Liu, J. AU - Wang, W. PY - 2003 DA - 2003// TI - OP-Cluster: clustering by tendency in high dimensional space BT - ICDM PB - IEEE Computer Society CY - Washington, DC ID - Liu2003 ER - TY - JOUR AU - Lazzeroni, L. AU - Owen, A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Plaid models for gene expression data JO - Statistica Sinica VL - 12 ID - Lazzeroni2002 ER - TY - CHAP AU - Charrad, M. AU - Ahmed, M. B. PY - 2011 DA - 2011// BT - Simultaneous clustering: a survey ID - Charrad2011 ER - TY - JOUR AU - Sim, K. AU - Gopalkrishnan, V. AU - Zimek, A. AU - Cong, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - A survey on enhanced subspace clustering JO - Data Min Knowl Discov VL - 26 UR - https://doi.org/10.1007/s10618-012-0258-x DO - 10.1007/s10618-012-0258-x ID - Sim2013 ER - TY - JOUR AU - Yip, K. AU - Kao, B. AU - Zhu, X. AU - Chui, C. K. AU - Lee, S. D. AU - Cheung, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Mining order-preserving submatrices from data with repeated measurements JO - IEEE Trans Knowl Data Eng VL - 25 UR - https://doi.org/10.1109/TKDE.2011.167 DO - 10.1109/TKDE.2011.167 ID - Yip2013 ER - TY - JOUR AU - Fang, Q. AU - Ng, W. AU - Feng, J. AU - Li, Y. PY - 2014 DA - 2014// TI - Mining order-preserving submatrices from probabilistic matrices JO - ACM Trans Database Syst VL - 39 UR - https://doi.org/10.1145/2533712 DO - 10.1145/2533712 ID - Fang2014 ER - TY - CHAP AU - Liu, J. AU - Yang, J. AU - Wang, W. PY - 2004 DA - 2004// TI - Biclustering in gene expression data by tendency BT - Computational Systems Bioinformatics Conference PB - IEEE Computer Society CY - Stanford, CA, USA ID - Liu2004 ER - TY - JOUR AU - Hochbaum, D. S. AU - Levin, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Approximation algorithms for a minimization variant of the order-preserving submatrices and for biclustering problems JO - ACM Trans Algorithms VL - 9 UR - https://doi.org/10.1145/2438645.2438651 DO - 10.1145/2438645.2438651 ID - Hochbaum2013 ER - TY - CHAP AU - Bozdağ, D. AU - Kumar, A. S. AU - Catalyurek, U. V. PY - 2010 DA - 2010// BT - Comparative analysis of biclustering algorithms UR - https://doi.org/10.1145/1854776.1854814 DO - 10.1145/1854776.1854814 ID - Bozdağ2010 ER - TY - JOUR AU - Prelić, A. AU - Bleuler, S. AU - Zimmermann, P. AU - Wille, A. AU - Bühlmann, P. AU - Gruissem, W. AU - Hennig, L. AU - Thiele, L. AU - Zitzler, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - A systematic comparison and evaluation of biclustering methods for gene expression data JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl060 DO - 10.1093/bioinformatics/btl060 ID - Prelić2006 ER - TY - JOUR AU - Patrikainen, A. AU - Meila, M. PY - 2006 DA - 2006// TI - Comparing subspace clusterings JO - IEEE TKDE VL - 18 ID - Patrikainen2006 ER - TY - JOUR AU - Tanay, A. AU - Sharan, R. AU - Shamir, R. PY - 2002 DA - 2002// TI - Discovering statistically significant biclusters in gene expression data JO - Bioinformatics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 DO - 10.1093/bioinformatics/18.suppl_1.S136 ID - Tanay2002 ER - TY - JOUR AU - Madeira, S. AU - Teixeira, M. N. P. C. AU - Sá-Correia, I. AU - Oliveira, A. PY - 2010 DA - 2010// TI - Identification of regulatory modules in time series gene expression data using a linear time biclustering algorithm JO - IEEE/ACM Trans Comput Biol Bioinform VL - 1 UR - https://doi.org/10.1109/TCBB.2008.34 DO - 10.1109/TCBB.2008.34 ID - Madeira2010 ER - TY - JOUR AU - Berriz, G. F. AU - King, O. D. AU - Bryant, B. AU - Sander, C. AU - Roth, F. P. PY - 2003 DA - 2003// TI - Characterizing gene sets with FuncAssociate JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btg363 DO - 10.1093/bioinformatics/btg363 ID - Berriz2003 ER - TY - BOOK AU - Young, S. S. PY - 1993 DA - 1993// TI - Resampling-based Multiple Testing: Examples and Methods for p-value Adjustment PB - Sons CY - Hoboken, NJ, USA ID - Young1993 ER - TY - JOUR AU - Serin, A. AU - Vingron, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - DeBi: discovering differentially expressed biclusters using a frequent itemset approach JO - Algorithm Mol Biol VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1748-7188-6-18 DO - 10.1186/1748-7188-6-18 ID - Serin2011 ER - TY - CHAP AU - Martinez, R. AU - Pasquier, C. AU - Pasquier, N. PY - 2007 DA - 2007// TI - GenMiner: mining informative association rules from genomic data BT - BIBM PB - IEEE Computer Society CY - Washington, DC ID - Martinez2007 ER - TY - CHAP AU - Pandey, G. AU - Atluri, G. AU - Steinbach, M. AU - Myers, C. L. AU - Kumar, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - An association analysis approach to biclustering BT - KDD PB - ACM CY - New York UR - https://doi.org/10.1145/1557019.1557095 DO - 10.1145/1557019.1557095 ID - Pandey2009 ER - TY - JOUR AU - Okada, Y. AU - Okubo, K. AU - Horton, P. AU - Fujibuchi, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Exhaustive search method of gene expression modules and its application to human tissue data JO - IAENG IJ Comput Sci VL - 34 ID - Okada2007 ER - TY - CHAP AU - Atluri, G. AU - Bellay, J. AU - Pandey, G. AU - Myers, C. AU - Kumar, V. PY - 2000 DA - 2000// TI - Discovering coherent value bicliques in genetic interaction data BT - Proc. of 9th IW on Data Mining in Bioinformatics (BIOKDD), KDD PB - ACM digital library CY - Washington, DC, USA ID - Atluri2000 ER - TY - JOUR AU - Okada, Y. AU - Fujibuchi, W. AU - Horton, P. PY - 2007 DA - 2007// TI - A biclustering method for gene expression module discovery using closed itemset enumeration algorithm JO - IPSJ Trans Bioinformatics VL - 48 ID - Okada2007 ER - TY - JOUR AU - Bellay, J. AU - Atluri, G. AU - Sing, T. L. AU - Toufighi, K. AU - Costanzo, M. AU - Ribeiro, P. S. AU - Pandey, G. AU - Baller, J. AU - VanderSluis, B. AU - Michaut, M. AU - Han, S. AU - Kim, P. AU - Brown, G. W. AU - Andrews, B. J. AU - Boone, C. AU - Kumar, V. AU - Myers, C. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Putting genetic interactions in context through a global modular decomposition JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.117176.110 DO - 10.1101/gr.117176.110 ID - Bellay2011 ER - TY - JOUR AU - Han, J. AU - Cheng, H. AU - Xin, D. AU - Yan, X. PY - 2007 DA - 2007// TI - Frequent pattern mining: current status and future directions JO - Data Min Knowl Discov VL - 15 UR - https://doi.org/10.1007/s10618-006-0059-1 DO - 10.1007/s10618-006-0059-1 ID - Han2007 ER - TY - CHAP AU - Huang, Y. AU - Xiong, H. AU - Wu, W. AU - Sung, S. Y. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mining quantitative maximal hyperclique patterns: a summary of results BT - PAKDD PB - Springer-Verlag CY - Berlin, Heidelberg ID - Huang2006 ER - TY - CHAP AU - Steinbach, M. AU - Tan, P. N. AU - Xiong, H. AU - Kumar, V. PY - 2004 DA - 2004// TI - Generalizing the notion of support BT - KDD PB - ACM CY - New York ID - Steinbach2004 ER - TY - JOUR AU - Mabroukeh, N. R. AU - Ezeife, C. I. PY - 2010 DA - 2010// TI - A taxonomy of sequential pattern mining algorithms JO - ACM Comput Surv VL - 43 UR - https://doi.org/10.1145/1824795.1824798 DO - 10.1145/1824795.1824798 ID - Mabroukeh2010 ER - TY - JOUR AU - Zaki, M. J. PY - 2001 DA - 2001// TI - SPADE: an efficient algorithm for mining frequent sequences JO - Mach Learn VL - 42 UR - https://doi.org/10.1023/A:1007652502315 DO - 10.1023/A:1007652502315 ID - Zaki2001 ER - TY - JOUR AU - Pei, J. AU - Han, J. AU - Mortazavi-Asl, B. AU - Wang, J. AU - Pinto, H. AU - Chen, Q. AU - Dayal, U. AU - Hsu, M. C. PY - 2004 DA - 2004// TI - Mining sequential patterns by pattern-growth: the prefixspan approach JO - IEEE Trans Knowl Data Eng VL - 16 UR - https://doi.org/10.1109/TKDE.2004.77 DO - 10.1109/TKDE.2004.77 ID - Pei2004 ER - TY - CHAP AU - Yan, X. AU - Han, J. AU - Afshar, R. PY - 2003 DA - 2003// TI - CloSpan: mining closed sequential patterns in large datasets BT - Proc. of SIAM IC on Data Mining (SDM) PB - SIAM CY - San Francisco, CA, USA ID - Yan2003 ER - TY - CHAP AU - Wang, J. AU - Han, J. PY - 2004 DA - 2004// TI - BIDE: efficient mining of frequent closed sequences BT - IEEE Computer Society ID - Wang2004 ER - TY - JOUR AU - Henriques, R. AU - Antunes, C. AU - Madeira, S. C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Methods for the efficient discovery of large item-indexable sequential patterns JO - Lect Notes Artif Intell VL - 8399 ID - Henriques2014 ER - TY - CHAP AU - Henriques, R. AU - Madeira, S. C. AU - Antunes, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - F2g: efficient discovery of full-patterns BT - ECML/PKDD IW on New Frontiers in Mining Complex Patterns PB - Springer-Verlag CY - Prague, Czech Republic ID - Henriques2013 ER - TY - JOUR AU - Troyanskaya, O. AU - Cantor, M. AU - Sherlock, G. AU - Brown, P. AU - Hastie, T. AU - Tibshirani, R. AU - Botstein, D. PY - 2001 DA - 2001// TI - Altman RB: Missing value estimation methods for DNA microarrays JO - Bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.6.520 DO - 10.1093/bioinformatics/17.6.520 ID - Troyanskaya2001 ER - TY - JOUR AU - Donders, A. R. AU - van der Heijden, G. J. AU - Stijnen, T. AU - Moons, K. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - Review: a gentle introduction to imputation of missing values JO - J Clin Epidemiol VL - 59 UR - https://doi.org/10.1016/j.jclinepi.2006.01.014 DO - 10.1016/j.jclinepi.2006.01.014 ID - Donders2006 ER - TY - JOUR AU - Hellem, T. AU - Dysvik, B. AU - Jonassen, I. PY - 2004 DA - 2004// TI - LSimpute: accurate estimation of missing values in microarray data with least squares methods JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gnh026 DO - 10.1093/nar/gnh026 ID - Hellem2004 ER - TY - CHAP AU - de Souto, M. AU - de Araujo, D. AU - Costa, I. AU - Soares, R. AU - Ludermir, T. AU - Schliep, A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Comparative study on normalization procedures for cluster analysis of gene expression datasets BT - IEEE Int. Joint Conf. in Neural Networks PB - IEEE CY - Hong Kong, China ID - de Souto2008 ER - TY - JOUR AU - Mahfouz, M. A. AU - Ismail, M. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - BIDENS: iterative density based biclustering algorithm with application to gene expression analysis JO - World Academy Sci Eng Technol VL - 3 ID - Mahfouz2009 ER - TY - CHAP AU - Calders, T. AU - Goethals, B. AU - Jaroszewicz, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - Mining rank-correlated sets of numerical attributes BT - KDD PB - ACM CY - New York ID - Calders2006 ER - TY - JOUR AU - Carmona-Saez, P. AU - Chagoyen, M. AU - Rodriguez, A. AU - Trelles, O. AU - Carazo, J. AU - Pascual-Montano, A. PY - 2006 DA - 2006// TI - Integrated analysis of gene expression by association rules discovery JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-1 DO - 10.1186/1471-2105-7-1 ID - Carmona-Saez2006 ER - TY - JOUR AU - Creighton, C. AU - Hanash, S. PY - 2003 DA - 2003// TI - Mining gene expression databases for association rules JO - Bioinformatics VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/19.1.79 DO - 10.1093/bioinformatics/19.1.79 ID - Creighton2003 ER - TY - CHAP AU - Zhu, F. AU - Yan, X. AU - Han, J. AU - Yu, P. AU - Cheng, H. PY - 2007 DA - 2007// TI - Mining colossal frequent patterns by core pattern fusion BT - ICDE PB - IEEE CY - Istanbul, Turkey ID - Zhu2007 ER - TY - JOUR AU - Ihmels, J. AU - Bergmann, S. AU - Barkai, N. PY - 2004 DA - 2004// TI - Defining transcription modules using large-scale gene expression data JO - Bioinformatics VL - 20 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bth166 DO - 10.1093/bioinformatics/bth166 ID - Ihmels2004 ER - TY - JOUR AU - Barkow, S. AU - Bleuler, S. AU - Prelić, A. AU - Zimmermann, P. AU - Zitzler, E. PY - 2006 DA - 2006// TI - BicAT: a biclustering analysis toolbox JO - Bioinformatics VL - 22 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btl099 DO - 10.1093/bioinformatics/btl099 ID - Barkow2006 ER - TY - CHAP AU - Toivonen, H. PY - 1996 DA - 1996// TI - Sampling large databases for association rules BT - Proceedings of the 22th International Conference on Very Large Data Bases, VLDB '96 PB - Morgan Kaufmann Publishers Inc. CY - San Francisco ID - Toivonen1996 ER - TY - CHAP AU - Fournier-Viger, P. AU - Gomariz, A. AU - Soltani, A. AU - Lam, H. AU - Gueniche, T. PY - 2014 DA - 2014// BT - SPMF: Open-Source Data Mining Platform ID - Fournier-Viger2014 ER - TY - JOUR AU - Alizadeh, A. A. AU - Eisen, M. B. AU - Davis, R. E. AU - Ma, C. AU - Lossos, I. S. AU - Rosenwald, A. AU - Boldrick, J. C. AU - Sabet, H. AU - Tran, T. AU - Yu, X. AU - Powell, J. I. AU - Yang, L. AU - Marti, G. E. AU - Moore, T. AU - Hudson, J. J. AU - Lu, L. AU - Lewis, D. B. AU - Tibshirani, R. AU - Sherlock, G. AU - Chan, W. C. AU - Greiner, T. C. AU - Weisenburger, D. D. AU - Armitage, J. O. AU - Warnke, R. AU - Levy, R. AU - Wilson, W. AU - Grever, M. R. AU - Byrd, J. C. AU - Botstein, D. AU - Brown, P. O. PY - 2000 DA - 2000// TI - Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expression profiling JO - Nature VL - 403 UR - https://doi.org/10.1038/35000501 DO - 10.1038/35000501 ID - Alizadeh2000 ER - TY - JOUR AU - Tavazoie, S. AU - Hughes, J. D. AU - Campbell, M. J. AU - Cho, R. J. AU - Church, G. M. PY - 1999 DA - 1999// TI - Systematic determination of genetic network architecture JO - Nat Genet VL - 22 UR - https://doi.org/10.1038/10343 DO - 10.1038/10343 ID - Tavazoie1999 ER - TY - JOUR AU - Alon, U. AU - Barkai, N. AU - Notterman, D. A. AU - Gish, K. AU - Ybarra, S. AU - Mack, D. AU - Levine, A. J. PY - 1999 DA - 1999// TI - Broad patterns of gene expression revealed by clustering analysis of tumor and normal colon tissues probed by oligonucleotide arrays JO - Proc Natl Acad Sci VL - 96 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.96.12.6745 DO - 10.1073/pnas.96.12.6745 ID - Alon1999 ER - TY - JOUR AU - Golub, T. R. AU - Slonim, D. K. AU - Tamayo, P. AU - Huard, C. AU - Gaasenbeek, M. AU - Mesirov, J. P. AU - Coller, H. AU - Loh, M. L. AU - Downing, J. R. AU - Caligiuri, M. A. AU - Bloomfield, C. D. AU - Lander, E. S. PY - 1999 DA - 1999// TI - Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring JO - Science VL - 286 UR - https://doi.org/10.1126/science.286.5439.531 DO - 10.1126/science.286.5439.531 ID - Golub1999 ER - TY - JOUR AU - Martin, D. AU - Brun, C. AU - Remy, E. AU - Mouren, P. AU - Thieffry, D. AU - Jacq, B. PY - 2004 DA - 2004// TI - GOToolBox: functional analysis of gene datasets based on gene ontology JO - Genome Biol VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2004-5-12-r101 DO - 10.1186/gb-2004-5-12-r101 ID - Martin2004 ER - TY - CHAP AU - Yang, J. AU - Wang, W. AU - Wang, H. AU - Yu, P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Delta-clusters: capturing subspace correlation in a large data set BT - ICDE PB - IEEE Computer Science CY - San Jose, California ID - Yang2002 ER - TY - CHAP AU - Califano, A. AU - Stolovitzky, G. AU - Tu, Y. PY - 2000 DA - 2000// TI - Analysis of gene expression microarrays for phenotype classification BT - Proc. IC Intelligent Systems for Molecular Biology PB - AAAI Press CY - San Diego, CA, USA ID - Califano2000 ER - TY - CHAP AU - Wang, H. AU - Wang, W. AU - Yang, J. AU - Yu, P. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Clustering by pattern similarity in large data sets BT - SIGMOD PB - ACM CY - New York ID - Wang2002 ER - TY - JOUR AU - Getz, G. AU - Levine, E. AU - Domany, E. PY - 2000 DA - 2000// TI - Coupled two-way clustering analysis of gene microarray data JO - Proc Natl Acad Sci VL - 97 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.210134797 DO - 10.1073/pnas.210134797 ID - Getz2000 ER - TY - CHAP AU - Tang, C. AU - Zhang, L. AU - Ramanathan, M. AU - Zhang, A. PY - 2001 DA - 2001// TI - Interrelated two-way clustering: an unsupervised approach for gene expression data analysis BT - BIBE PB - IEEE Computer Society CY - Washington ID - Tang2001 ER - TY - JOUR AU - Hartigan, J. A. PY - 1972 DA - 1972// TI - Direct clustering of a data matrix JO - J Am Stat Assoc VL - 67 UR - https://doi.org/10.1080/01621459.1972.10481214 DO - 10.1080/01621459.1972.10481214 ID - Hartigan1972 ER - TY - CHAP AU - Sheng, Q. AU - Moreau, Y. AU - Moor, B. D. PY - 2003 DA - 2003// TI - Biclustering microarray data by Gibbs sampling BT - ECCB. Volume 19 PB - Citeseer CY - Paris, France ID - Sheng2003 ER -