TY - JOUR AU - Ouzounis, C. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Rise and demise of bioinformatics? Promise and progress JO - PLoS Comput Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002487 DO - 10.1371/journal.pcbi.1002487 ID - Ouzounis2012 ER - TY - JOUR AU - Flicek, P. AU - Amode, M. R. AU - Barrell, D. AU - Beal, K. AU - Brent, S. AU - Carvalho-Silva, D. AU - Clapham, P. AU - Coates, G. AU - Fairley, S. AU - Fitzgerald, S. AU - Gil, L. AU - Gordon, L. AU - Hendrix, M. AU - Hourlier, T. AU - Johnson, N. AU - Kähäri, A. AU - Keefe, D. AU - Keenan, S. AU - Kinsella, R. AU - Komorowska, M. AU - Koscielny, G. AU - Kulesha, E. AU - Larsson, P. AU - Longden, I. AU - McLaren, W. AU - Muffato, M. AU - Overduin, B. AU - Pignatelli, M. AU - Pritchard, B. AU - Riat, H. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ensembl 2013 JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr991 DO - 10.1093/nar/gkr991 ID - Flicek2012 ER - TY - JOUR AU - Kent, W. J. AU - Sugnet, C. W. AU - Furey, T. S. AU - Roskin, K. M. AU - Pringle, T. H. AU - Zahler, A. M. AU - Haussler, D. PY - 2002 DA - 2002// TI - The human genome browser at UCSC JO - Genome Res VL - 12 UR - https://doi.org/10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 DO - 10.1101/gr.229102. Article published online before print in May 2002 ID - Kent2002 ER - TY - JOUR AU - Ashburner, M. AU - Ball, C. A. AU - Blake, J. A. AU - Botstein, D. AU - Butler, H. AU - Cherry, J. M. AU - Davis, A. P. AU - Dolinski, K. AU - Dwight, S. S. AU - Eppig, J. T. AU - Harris, M. A. AU - Hill, D. P. AU - Issel-Tarver, L. AU - Kasarskis, A. AU - Lewis, S. AU - Matese, J. C. AU - Richardson, J. E. AU - Ringwald, M. AU - Rubin, G. M. AU - Sherlock, G. PY - 2000 DA - 2000// TI - Gene Ontology: tool for the unification of biology JO - Nat Genet VL - 25 UR - https://doi.org/10.1038/75556 DO - 10.1038/75556 ID - Ashburner2000 ER - TY - JOUR AU - Amberger, J. AU - Bocchini, C. A. AU - Scott, A. F. AU - Hamosh, A. PY - 2009 DA - 2009// TI - McKusick’s Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®) JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn665 DO - 10.1093/nar/gkn665 ID - Amberger2009 ER - TY - JOUR AU - Knox, C. AU - Law, V. AU - Jewison, T. AU - Liu, P. AU - Ly, S. AU - Frolkis, A. AU - Pon, A. AU - Banco, K. AU - Mak, C. AU - Neveu, V. AU - Djoumbou, Y. AU - Eisner, R. AU - Guo, A. C. AU - Wishart, D. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - DrugBank 3.0: a comprehensive resource for “omics” research on drugs JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1126 DO - 10.1093/nar/gkq1126 ID - Knox2011 ER - TY - JOUR AU - Ogata, H. AU - Goto, S. AU - Sato, K. AU - Fujibuchi, W. AU - Bono, H. AU - Kanehisa, M. PY - 1999 DA - 1999// TI - KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes JO - Nucleic Acids Res VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/nar/27.1.29 DO - 10.1093/nar/27.1.29 ID - Ogata1999 ER - TY - JOUR AU - Szklarczyk, D. AU - Franceschini, A. AU - Kuhn, M. AU - Simonovic, M. AU - Roth, A. AU - Minguez, P. AU - Doerks, T. AU - Stark, M. AU - Muller, J. AU - Bork, P. AU - Jensen, L. J. AU - von Mering, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq973 DO - 10.1093/nar/gkq973 ID - Szklarczyk2011 ER - TY - JOUR AU - Kozomara, A. AU - Griffiths-Jones, S. PY - 2011 DA - 2011// TI - miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1027 DO - 10.1093/nar/gkq1027 ID - Kozomara2011 ER - TY - CHAP AU - Dennis, G. AU - Sherman, B. T. AU - Hosack, D. A. AU - Yang, J. AU - Gao, W. AU - Lane, H. C. AU - Lempicki, R. A. PY - 2003 DA - 2003// TI - DAVID: Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery BT - Genome Biol ID - Dennis2003 ER - TY - JOUR AU - Huang, D. W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Jiao, X. AU - Sherman, B. T. AU - Huang, D. W. AU - Stephens, R. AU - Baseler, M. W. AU - Lane, H. C. AU - Lempicki, R. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - DAVID-WS: a stateful web service to facilitate gene/protein list analysis JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts251 DO - 10.1093/bioinformatics/bts251 ID - Jiao2012 ER - TY - JOUR AU - Weniger, M. AU - Engelmann, J. C. AU - Schultz, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Genome Expression Pathway Analysis Tool – Analysis and visualization of microarray gene expression data under genomic, proteomic and metabolic context JO - BMC Bioinformatics VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-179 DO - 10.1186/1471-2105-8-179 ID - Weniger2007 ER - TY - JOUR AU - Khatri, P. AU - Draghici, S. AU - Ostermeier, G. C. AU - Krawetz, S. A. PY - 2002 DA - 2002// TI - Profiling gene expression using Onto-Express JO - Genomics VL - 79 UR - https://doi.org/10.1006/geno.2002.6698 DO - 10.1006/geno.2002.6698 ID - Khatri2002 ER - TY - JOUR AU - Khatri, P. AU - Voichita, C. AU - Kattan, K. AU - Ansari, N. AU - Khatri, A. AU - Georgescu, C. AU - Tarca, A. L. AU - Draghici, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Onto-Tools: new additions and improvements in 2006 JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm327 DO - 10.1093/nar/gkm327 ID - Khatri2007 ER - TY - JOUR AU - Kokocinski, F. AU - Delhomme, N. AU - Wrobel, G. AU - Hummerich, L. AU - Toedt, G. AU - Lichter, P. PY - 2005 DA - 2005// TI - FACT - a framework for the functional interpretation of high-throughput experiments JO - BMC Bioinformatics VL - 6 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-6-161 DO - 10.1186/1471-2105-6-161 ID - Kokocinski2005 ER - TY - JOUR AU - Al-Shahrour, F. AU - Minguez, P. AU - Tárraga, J. AU - Montaner, D. AU - Alloza, E. AU - Vaquerizas, J. M. AU - Conde, L. AU - Blaschke, C. AU - Vera, J. AU - Dopazo, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - BABELOMICS: a systems biology perspective in the functional annotation of genome-scale experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 34 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkl172 DO - 10.1093/nar/gkl172 ID - Al-Shahrour2006 ER - TY - JOUR AU - Al-Shahrour, F. AU - Minguez, P. AU - Tárraga, J. AU - Medina, I. AU - Alloza, E. AU - Montaner, D. AU - Dopazo, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - FatiGO+: a functional profiling tool for genomic data. Integration of functional annotation, regulatory motifs and interaction data with microarray experiments JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm260 DO - 10.1093/nar/gkm260 ID - Al-Shahrour2007 ER - TY - JOUR AU - Backes, C. AU - Keller, A. AU - Kuentzer, J. AU - Kneissl, B. AU - Comtesse, N. AU - Elnakady, Y. A. AU - Müller, R. AU - Meese, E. AU - Lenhof, H. -. P. PY - 2007 DA - 2007// TI - GeneTrail - advanced gene set enrichment analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 35 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkm323 DO - 10.1093/nar/gkm323 ID - Backes2007 ER - TY - JOUR AU - Reimand, J. AU - Arak, T. AU - Vilo, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - g:Profiler - a web server for functional interpretation of gene lists (2011 update) JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr378 DO - 10.1093/nar/gkr378 ID - Reimand2011 ER - TY - JOUR AU - Hu, Z. AU - Mellor, J. AU - Wu, J. AU - Yamada, T. AU - Holloway, D. AU - DeLisi, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - VisANT: data-integrating visual framework for biological networks and modules JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki431 DO - 10.1093/nar/gki431 ID - Hu2005 ER - TY - JOUR AU - Croft, D. AU - O’Kelly, G. AU - Wu, G. AU - Haw, R. AU - Gillespie, M. AU - Matthews, L. AU - Caudy, M. AU - Garapati, P. AU - Gopinath, G. AU - Jassal, B. AU - Jupe, S. AU - Kalatskaya, I. AU - Mahajan, S. AU - May, B. AU - Ndegwa, N. AU - Schmidt, E. AU - Shamovsky, V. AU - Yung, C. AU - Birney, E. AU - Hermjakob, H. AU - D’Eustachio, P. AU - Stein, L. PY - 2011 DA - 2011// TI - Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes JO - Nucleic Acids Res VL - 39 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq1018 DO - 10.1093/nar/gkq1018 ID - Croft2011 ER - TY - JOUR AU - Doniger, S. W. AU - Salomonis, N. AU - Dahlquist, K. D. AU - Vranizan, K. AU - Lawlor, S. C. AU - Conklin, B. R. PY - 2003 DA - 2003// TI - MAPPFinder: using Gene Ontology and GenMAPP to create a global gene-expression profile from microarray data JO - Genome Biol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2003-4-1-r7 DO - 10.1186/gb-2003-4-1-r7 ID - Doniger2003 ER - TY - JOUR AU - Masseroli, M. AU - Martucci, D. AU - Pinciroli, F. PY - 2004 DA - 2004// TI - GFINDer: Genome Function INtegrated Discoverer through dynamic annotation, statistical analysis, and mining JO - Nucleic Acids Res VL - 32 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkh432 DO - 10.1093/nar/gkh432 ID - Masseroli2004 ER - TY - JOUR AU - Sealfon, R. S. AU - Hibbs, M. A. AU - Huttenhower, C. AU - Myers, C. L. AU - Troyanskaya, O. G. PY - 2006 DA - 2006// TI - GOLEM: an interactive graph-based gene-ontology navigation and analysis tool JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-443 DO - 10.1186/1471-2105-7-443 ID - Sealfon2006 ER - TY - JOUR AU - Huang, D. W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn923 DO - 10.1093/nar/gkn923 ID - Huang2009 ER - TY - STD TI - Ingenuity System. [http://www.ingenuity.com] UR - http://www.ingenuity.com ID - ref27 ER - TY - JOUR AU - Shannon, P. AU - Markiel, A. AU - Ozier, O. AU - Baliga, N. S. AU - Wang, J. T. AU - Amin, D. R. AU - Schwikowski, B. AU - Ideker, T. PY - 2003 DA - 2003// TI - Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks JO - Genome Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1239303 DO - 10.1101/gr.1239303 ID - Shannon2003 ER - TY - JOUR AU - Zhang, B. AU - Kirov, S. AU - Snoddy, J. PY - 2005 DA - 2005// TI - WebGestalt: an integrated system for exploring gene sets in various biological contexts JO - Nucleic Acids Res VL - 33 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gki475 DO - 10.1093/nar/gki475 ID - Zhang2005 ER - TY - JOUR AU - Wang, J. AU - Duncan, D. AU - Shi, Z. AU - Zhang, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - WEB-based GEne SeT AnaLysis Toolkit (WebGestalt): update 2013 JO - Nucleic Acids Res VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkt439 DO - 10.1093/nar/gkt439 ID - Wang2013 ER - TY - JOUR AU - Glez-Peña, D. AU - Gómez-López, G. AU - Pisano, D. G. AU - Fdez-Riverola, F. PY - 2009 DA - 2009// TI - WhichGenes: a web-based tool for gathering, building, storing and exporting gene sets with application in gene set enrichment analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp263 DO - 10.1093/nar/gkp263 ID - Glez-Peña2009 ER - TY - CHAP AU - Kinsella, R. J. AU - Kähäri, A. AU - Haider, S. AU - Zamora, J. AU - Proctor, G. AU - Spudich, G. AU - Almeida-King, J. AU - Staines, D. AU - Derwent, P. AU - Kerhornou, A. AU - Kersey, P. AU - Flicek, P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Ensembl BioMarts: a hub for data retrieval across taxonomic space BT - Database (Oxford) ID - Kinsella2011 ER - TY - JOUR AU - Hunter, S. AU - Jones, P. AU - Mitchell, A. AU - Apweiler, R. AU - Attwood, T. K. AU - Bateman, A. AU - Bernard, T. AU - Binns, D. AU - Bork, P. AU - Burge, S. AU - de Castro, E. AU - Coggill, P. AU - Corbett, M. AU - Das, U. AU - Daugherty, L. AU - Duquenne, L. AU - Finn, R. D. AU - Fraser, M. AU - Gough, J. AU - Haft, D. AU - Hulo, N. AU - Kahn, D. AU - Kelly, E. AU - Letunic, I. AU - Lonsdale, D. AU - Lopez, R. AU - Madera, M. AU - Maslen, J. AU - McAnulla, C. AU - McDowall, J. PY - 2011 DA - 2011// TI - InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr948 DO - 10.1093/nar/gkr948 ID - Hunter2011 ER - TY - JOUR AU - Kersey, P. J. AU - Staines, D. M. AU - Lawson, D. AU - Kulesha, E. AU - Derwent, P. AU - Humphrey, J. C. AU - Hughes, D. S. T. AU - Keenan, S. AU - Kerhornou, A. AU - Koscielny, G. AU - Langridge, N. AU - McDowall, M. D. AU - Megy, K. AU - Maheswari, U. AU - Nuhn, M. AU - Paulini, M. AU - Pedro, H. AU - Toneva, I. AU - Wilson, D. AU - Yates, A. AU - Birney, E. PY - 2012 DA - 2012// TI - Ensembl Genomes: an integrative resource for genome-scale data from non-vertebrate species JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr895 DO - 10.1093/nar/gkr895 ID - Kersey2012 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource (UniProt) JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr981 DO - 10.1093/nar/gkr981 ID - ref35 ER - TY - JOUR AU - Grossmann, S. AU - Bauer, S. AU - Robinson, P. N. AU - Vingron, M. PY - 2007 DA - 2007// TI - Improved detection of overrepresentation of Gene-Ontology annotations with parent child analysis JO - Bioinformatics VL - 23 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btm440 DO - 10.1093/bioinformatics/btm440 ID - Grossmann2007 ER - TY - JOUR AU - Bauer, S. AU - Grossmann, S. AU - Vingron, M. AU - Robinson, P. N. PY - 2008 DA - 2008// TI - Ontologizer 2.0 - a multifunctional tool for GO term enrichment analysis and data exploration JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn250 DO - 10.1093/bioinformatics/btn250 ID - Bauer2008 ER - TY - JOUR AU - Papadopoulos, G. L. AU - Reczko, M. AU - Simossis, V. A. AU - Sethupathy, P. AU - Hatzigeorgiou, A. G. PY - 2009 DA - 2009// TI - The database of experimentally supported targets: a functional update of TarBase JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn809 DO - 10.1093/nar/gkn809 ID - Papadopoulos2009 ER -