Table 5 Rank and direction of change of the leading nodes for the cell cycle network in the CDKi experiment
2 h | 4 h | 6 h | 8 h | |
|---|---|---|---|---|
INH+GM | INH+GM | INH+GM | INH+GM | |
taof(E2F2) | 2 (+) | 1 (+) | 1 (+) | 1 (+) |
taof(TFDP1) | 1 (+) | 2 (+) | 2 (+) | 2 (+) |
taof(E2F3) | 4 (+) | 3 (+) | 3 (+) | 3 (+) |
taof(E2F1) | 5 (+) | 4 (+) | 4 (+) | 4 (+) |
TFDP1 | 3 (+) | 5 (+) | 6 (+) | 6 (+) |
taof(RB1) | 6 (-) | 6 (-) | 5 (-) | 5 (-) |
G1/S transition of | 7 (+) | 7 (+) | 7 (+) | 8 (+) |
mitotic cell cycle | ||||
CDC2 | 8 (+) | 8 (+) | 9 (+) | 9 (+) |
THAP1 | 13 (-) | 9 (-) | 8 (-) | 7 (-) |
CDKN1A | 12 (-) | 10 (-) | 10 (-) | 10 (-) |
E2F2 | 9 (+) | 12 (+) | 13 (+) | 14 (+) |
kaof(CDK2) | 15 (+) | 11 (+) | 11 (+) | 12 (+) |
kaof(CDC2) | 16 (+) | 14 (+) | 12 (+) | 13 (+) |
CCNE1 | 11 (+) | 15 (+) | 16 (+) | 19 (+) |
taof(MYC) | 18 (+) | 16 (+) | 15 (+) | 15 (+) |
CCNA2 | 10 (+) | 13 (+) | 17 (+) | 25 (+) |
taof(FOXM1) | 27 (+) | 14 (+) | 11 (+) | |
Cell proliferation | 19 (+) | 19 (+) | 18 (+) | 18 (+) |
kaof(CDK4) | 22 (+) | 17 (+) | 21 (+) | 21 (+) |
CCNB1 | 24 (+) | 20 (+) | 17 (+) | |
CCNB2 | 26 (+) | 19 (+) | 16 (+) | |
RB1 | 20 (-) | 20 (-) | 22 (-) | 22 (-) |
CDKN1B | 21 (-) | 18 (-) | 25 (-) | 24 (-) |
CDK4 | 23 (+) | 23 (+) | 23 (+) | |
SKP2 | 26 (+) | 20 (+) | ||
E2F3 | 14 (+) | 21 (+) | 27 (+) | 31 (+) |
CDKN2A | 17 (-) | 25 (-) | 30 (-) | |
CCND1 | 22 (+) | 24 (+) | 26 (+) | |
kaof(CDK6) | 28 (+) | 28 (+) | 28 (+) | |
MYC | 29 (+) | 27 (+) | ||
FOXM1 | 29 (+) | |||
ZBTB17 | 30 (+) | |||
taof(SMARCA4) | 31 (-) | |||
taof(E2F4) | 32 (-) | |||
CDC25C | 32 (+) | |||
CDK2 | 33 (+) | |||
CDC25B | 34 (+) |