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Table 5 Rank and direction of change of the leading nodes for the cell cycle network in the CDKi experiment

From: Quantification of biological network perturbations for mechanistic insight and diagnostics using two-layer causal models

  2 h 4 h 6 h 8 h
  INH+GM INH+GM INH+GM INH+GM
taof(E2F2) 2 (+) 1 (+) 1 (+) 1 (+)
taof(TFDP1) 1 (+) 2 (+) 2 (+) 2 (+)
taof(E2F3) 4 (+) 3 (+) 3 (+) 3 (+)
taof(E2F1) 5 (+) 4 (+) 4 (+) 4 (+)
TFDP1 3 (+) 5 (+) 6 (+) 6 (+)
taof(RB1) 6 (-) 6 (-) 5 (-) 5 (-)
G1/S transition of 7 (+) 7 (+) 7 (+) 8 (+)
mitotic cell cycle     
CDC2 8 (+) 8 (+) 9 (+) 9 (+)
THAP1 13 (-) 9 (-) 8 (-) 7 (-)
CDKN1A 12 (-) 10 (-) 10 (-) 10 (-)
E2F2 9 (+) 12 (+) 13 (+) 14 (+)
kaof(CDK2) 15 (+) 11 (+) 11 (+) 12 (+)
kaof(CDC2) 16 (+) 14 (+) 12 (+) 13 (+)
CCNE1 11 (+) 15 (+) 16 (+) 19 (+)
taof(MYC) 18 (+) 16 (+) 15 (+) 15 (+)
CCNA2 10 (+) 13 (+) 17 (+) 25 (+)
taof(FOXM1)   27 (+) 14 (+) 11 (+)
Cell proliferation 19 (+) 19 (+) 18 (+) 18 (+)
kaof(CDK4) 22 (+) 17 (+) 21 (+) 21 (+)
CCNB1   24 (+) 20 (+) 17 (+)
CCNB2   26 (+) 19 (+) 16 (+)
RB1 20 (-) 20 (-) 22 (-) 22 (-)
CDKN1B 21 (-) 18 (-) 25 (-) 24 (-)
CDK4   23 (+) 23 (+) 23 (+)
SKP2    26 (+) 20 (+)
E2F3 14 (+) 21 (+) 27 (+) 31 (+)
CDKN2A 17 (-) 25 (-) 30 (-)  
CCND1   22 (+) 24 (+) 26 (+)
kaof(CDK6)   28 (+) 28 (+) 28 (+)
MYC    29 (+) 27 (+)
FOXM1     29 (+)
ZBTB17     30 (+)
taof(SMARCA4)    31 (-)  
taof(E2F4)    32 (-)  
CDC25C     32 (+)
CDK2     33 (+)
CDC25B     34 (+)
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